ベッカーゲルトヤン (Gert-Jan Bekker) - マイポータル

基本情報

所属: 一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム JBIC研究所特別研究職員
: 大阪大学蛋白質研究所招聘研究員
: 兵庫県立大学客員准教授

研究者番号: 80813758
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-8385-5693
J-GLOBAL ID: 201801000884084626
researchmap会員ID: B000309941

研究分野

経歴

2026年6月 - 現在

大阪大学, 蛋白質研究所, 招聘研究員
2026年4月 - 現在

兵庫県立大学, 客員准教授
2026年4月 - 現在

一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム, JBIC研究所, 特別研究職員
2016年4月 - 2917年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター
2022年11月 - 2026年3月

大阪大学, 蛋白質研究所, 特任講師
2017年4月 - 2022年10月

大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教
2014年4月 - 2017年3月

大阪大学, 蛋白質研究所
2012年2月 - 2014年4月

大阪大学, 蛋白質研究所

学歴

2014年 - 2017年

大阪大学, 大学院生命機能研究科
2008年 - 2012年

Radboud University, Msc Medical Biology
2004年 - 2008年

HAN University of Applied Sciences, B Bioinformatics

受賞

2024年11月

大阪大学賞, 蛋白質構造データバンクの統合的データ提供システムと可視化技術の研究, 大阪大学

論文

Comparative Assessment of DNA Force Fields for Small-Molecule Ligand Binding via Multicanonical MD-Based Dynamic Docking Simulations

Gert-Jan Bekker, Yoshifumi Fukunishi, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya

Journal of Chemical Theory and Computation 2026年8月11日査読有り筆頭著者責任著者
Protein Data Bank (PDB) Archive: a new architecture (beta) for scalable, PDBx/mmCIF-based data distribution

Zukang Feng, Balakumaran Balasubramaniyan, Gert-Jan Bekker, Jose M. Duarte, Vladimir Guranovic, Jeremy Henry, Sreenath S. Nair, Ezra Peisach, Dennis W. Piehl, Aditya Pingale …

Acta Crystallographica Section D Structural Biology 2026年8月1日
Protein Data Bank Japan: A unified portal for integrating structural and chemical data to explore protein–ligand interactions in PDB and PubChem

Gert‐Jan Bekker, Chioko Nagao, Satomi Niwa, Genji Kurisu

Protein Science 2026年8月
Stability-Driven Pose Prediction and Ligand Design via Contact Persistence Analysis from Molecular Dynamics Simulations

Mochammad Arfin Fardiansyah Nasution, Gert-Jan Bekker, Suyong Re, Kenji Mizuguchi

Computational and Structural Biotechnology Journal 2026年3月1日
Uncovering the Role of Dimerization on Dynamics and Inhibitor Stability in Human vs. Xenopus LTA4H

Gert-Jan Bekker, Sandhya P. Tiwari

Biophysical Journal 2026年3月査読有り筆頭著者
Elucidating Ligand Charge Effects in MR1 Cell-Surface Translocation Using Molecular Simulations

Toshiki Fujii, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Takao Otsuka, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Hiroaki Ohno, Shinsuke Inuki, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Information and Modeling 2026年2月23日査読有り
Molecular recognition of natural compounds by MR1 and their implication in MAIT cell activation elucidated through McMD-based dynamic docking simulations

Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Scientific Reports 2025年11月27日査読有り筆頭著者責任著者
Protein Data Bank Japan: Computational Resources for Analysis of Protein Structures

Gert-Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu

Journal of Molecular Biology 2025年8月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures

Gert‐Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu

Protein Science 2025年3月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Structure-activity relationship of PET-degrading cutinase regulated by weak Ca<sup>2+</sup> binding and temperature

Fumiya Kondo, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Satoshi Nagao, Nobutaka Numoto, Hiroshi Sekiguchi, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Biophysics and Physicobiology 2025年査読有り
A virtual system-coupled molecular dynamics simulation free from experimental knowledge on binding sites: Application to RNA-ligand binding free-energy landscape

Junichi Higo, Kota Kasahara, Shun Sakuraba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Takuya Takahashi, Yoshifumi Fukunishi

Biophysics and Physicobiology 2025年査読有り
Structural dynamics of the Ca2+-regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity

Nobutaka Numoto, Fumiya Kondo, Gert-Jan Bekker, Zengwei Liao, Mitsuaki Yamashita, Akira Iida, Nobutoshi Ito, Narutoshi Kamiya, Masayuki Oda

International Journal of Biological Macromolecules 281 136597-136597 2024年11月査読有り
Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

Mitsugu Araki, Toru Ekimoto, Kazuhiro Takemura, Shigeyuki Matsumoto, Yunoshin Tamura, Hironori Kokubo, Gert-Jan Bekker, Tsutomu Yamane, Yuta Isaka, Yukari Sagae …

Journal of the American Chemical Society 2024年10月12日査読有り
Familial Episodic Pain Syndrome: A Japanese Family Harboring the Novel Variant c.2431C>T (p.Leu811Phe) in SCN11A

Chioko Nagao, Hiroko Okuda, Gert-Jan Bekker, Atsuko Noguchi, Tsutomu Takahashi, Akio Koizumi, Shohab Youssefian, Tohru Tezuka, Shinji Akioka

Biochemical Genetics 2024年7月25日査読有り
Binding Mechanism between Platelet Glycoprotein and Cyclic Peptide Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking

Gert-Jan Bekker, Kanji Oshima, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Journal of Chemical Information and Modeling 64(10) 4158-4167 2024年5月16日査読有り筆頭著者責任著者
Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations

Gert-Jan Bekker, Yoshifumi Fukunishi, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya

ACS Omega 2024年1月10日査読有り筆頭著者責任著者
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model

Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Theory and Computation 2024年1月9日査読有り
Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02

Gert‐Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda …

Protein Science 2023年9月4日査読有り筆頭著者責任著者
Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL

Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Communications Biology 6(1) 2023年3月30日査読有り筆頭著者責任著者
Binding free-energy landscapes of small molecule binder and non-binder to FMN riboswitch: All-atom molecular dynamics

Junichi Higo, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Yoshifumi Fukunishi

Biophysics and Physicobiology 2023年査読有り

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MISC

大腸菌由来ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ変異体の構造機能

三宅智哉, 西村和樹, 松田佳央理, 藤田純三, 藤田純三, 藤田純三, 難波啓一, 難波啓一, 徳山健斗, 戸谷吉博 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
PDBjが提供する,構造データを分析,編集・登録するためのツールやサービス

BEKKER Gert-Jan

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
構造データの解析と可視化のためのPDBjツールとサービス

BEKKER Gert-Jan

生物物理(Web) 61(Supplement 1-2) 2021年
RDFグラフデータモデルによるwwPDBコアアーカイブの拡張

横地政志, BEKKER Gert-Jan, 栗栖源嗣

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
Flexible Docking between Enzyme and Its Inhibitor Using Multicanonical MD Simulations and Binding Free Energy Calculations

Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker

BIOPHYSICAL JOURNAL 118(3) 361A-361A 2020年2月
生物学的構造モデルアーカイブ(BSM-ARC):in silicoモデルとシミュレーションのためのアーカイブ【JST・京大機械翻訳】

Bekker Gert-Jan, Kawabata Takeshi, Kurisu Genji

Biophysical Reviews 12(2) 2020年
DYNAMIC DOCKING BETWEEN AN ENZYME AND ITS INHIBITOR USING MULTICANONICAL MD SIMULATIONS

Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker

PROTEIN SCIENCE 28 157-157 2019年9月
Thermal Stability of Single-Domain-Antibodies Estimated by MD Simulations

Narutoshi Kamiya, Benson Ma, Gert-Jan Bekker

BIOPHYSICAL JOURNAL 116(3) 59A-59A 2019年2月
マルチカノニカルMDを用いる酵素とその阻害剤との間の動的ドッキング

BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
マルチカノニカル分子動力学シミュレーションと結合自由エネルギー計算を用いたフレキシブル酵素とその阻害剤との間の動的ドッキング

KAMIYA Narutoshi, BEKKER Gert-Jan

生物物理(Web) 59(Supplement 1-2) 2019年
Biological Structure Model Archive:計算機で得られた生体分子モデルのアーカイブ

BEKKER Gert-Jan, KAWABATA Takeshi, KURISU Genji

生物物理(Web) 59(Supplement 1-2) 2019年
構造データの編集と注釈のための新規ツール

BEKKER Gert-Jan

生物物理(Web) 59(Supplement 1-2) 2019年
ウエブベースCIFエジターによるPDB_X/mmCァイルの編集

BEKKER Gert-Jan

日本結晶学会年会講演要旨集 2019 2019年
Stability of Single Domain Antibodies Estimated by Molecular Dynamics Simulation

Narutoshi Kamiya, Benson Ma, Gert-Jan Bekker

PROTEIN SCIENCE 27 194-195 2018年11月
PET分解活性を有する酵素クチナーゼの基質結合型構造

沼本修孝, 神谷成敏, 神谷成敏, BEKKER Gert-Jan, 山上由莉, 稲葉理美, 稲葉理美, 河合富佐子, 織田昌幸, 伊藤暢聡

日本結晶学会年会講演要旨集 2018 2018年
分子動力学シミュレーションによる単一ドメイン抗体に対する安定性の評価

BEKKER Gert-Jan, MA Benson, KAMIYA Narutoshi

生物物理(Web) 58(Supplement 1-2) 2018年
蛋白質データバンクジャパンによるPDBに対する進歩した探索および可視化ツール

BEKKER Gert-Jan, KINJO Akira, NAKAMURA Haruki, KURISU Genji

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
糖加水分解酵素グルカナーゼの糖結合構造モデルと結合熱力学解析

織田昌幸, 稲葉理美, 稲葉理美, BEKKER Gert-Jan, 神谷成敏, 神谷成敏

熱測定討論会講演要旨集 53rd 2017年
Molmil:汎用WebGL基盤の分子ビュアー

BEKKER Gert-Jan

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
多重カノニカルMDおよび熱力学統合シミュレーションを用いたサイクリン依存性キナーゼ2およびその阻害剤の間のフレキシブルドッキング

BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, KAMIYA Narutoshi, ARAKI Mitsugu, FUKUDA Ikuo, OKUNO Yasushi, NAKAMURA Haruki

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年

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書籍等出版物

バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤

小野, 浩雅 (担当:分担執筆)

羊土社 2022年11月 (ISBN: 9784758104067)
どうして心臓は動き続けるの? : 生命をささえるタンパク質のなぞにせまる

大阪大学蛋白質研究所 (担当:分担執筆)

化学同人 2018年11月 (ISBN: 9784759819816)

ベッカーゲルトヤン

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