尾嶋拓 (Hiraku Oshima) - マイポータル

基本情報

所属: 兵庫県立大学大学院理学研究科情報理学研究室准教授

学位: 博士（理学）(2009年3月九州大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-5626-1291
J-GLOBAL ID: 201801021113859771
researchmap会員ID: B000319339

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

兵庫県立大学大学院理学研究科, 情報理学研究室, 准教授
2021年4月 - 2023年3月

兵庫県立大学大学院情報科学研究科, 鷲津仁志研究室, 理研クロスアポイントメント准教授
2019年10月 - 2023年3月

神戸大学大学院, システム情報学研究科, 非常勤講師
2018年4月 - 2023年3月

理化学研究所, 計算科学研究センター, 特別研究員
2018年4月 - 2023年3月

理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員
2016年4月 - 2018年3月

理化学研究所, 計算科学研究機構, 特別研究員
2016年4月 - 2018年3月

理化学研究所, 生命システム研究センター, 特別研究員
2013年4月 - 2016年3月

京都大学, エネルギー理工学研究所, 日本学術振興会特別研究員(PD)
2011年4月 - 2013年3月

京都大学, エネルギー理工学研究所, 博士研究員
2009年4月 - 2011年3月

京都大学, 次世代開拓研究ユニット, 研究員

学歴

2004年4月 - 2009年3月

九州大学大学院, 理学府, 凝縮系科学専攻
2000年4月 - 2004年3月

九州大学, 理学部, 物理学科

受賞

2020年7月

第20回日本蛋白質科学会年会若手奨励賞優秀賞, Developments and applications of generalized-ensemble methods for free-energy analysis of protein-ligand binding, 日本蛋白質科学会

論文

Molecular dynamics–quantum mechanical/molecular mechanical simulation of amide I infrared spectra to identify protein conformational ensembles: a case study of chignolin

Hiraku Oshima, Shogo Fukatsu, Wataru Sato, Kiyoshi Yagi, Minoru Kubo

Bulletin of the Chemical Society of Japan 99 uoag001 2026年1月2日査読有り責任著者
Bidirectional regulation of KEAP1 BTB domain-based sensor activity

Suzuki, T., Takagi, K., Iso, T., Wen, H., Zhang, A., Hatakeyama, T., Oshima, H., Mizushima, T., Yamamoto, M.

Redox Biology 87 103885 2025年査読有り
Allosteric changes in the conformational landscape of Src kinase upon substrate binding.

Song-Ho Chong, Hiraku Oshima, Yuji Sugita

Journal of molecular biology 168871-168871 2024年11月19日査読有り
GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models

Jung, J., Yagi, K., Tan, C., Oshima, H., Mori, T., Yu, I., Matsunaga, Y., Kobayashi, C., Ito, S., Ugarte La Torre, D. …

Journal of Physical Chemistry B 128(25) 6028-6048 2024年6月27日査読有り
Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation

Matsunaga, Y., Kamiya, M., Oshima, H., Jung, J., Ito, S., Sugita, Y.

Biophysical Reviews 14(6) 1503-1512 2022年12月14日査読有り
Modified Protein-Water Interactions in CHARMM36m for Thermodynamics and Kinetics of Proteins in Dilute and Crowded Solutions

Daiki Matsubara, Kento Kasahara, Hisham M. Dokainish, Hiraku Oshima, Yuji Sugita

MOLECULES 27(17) 5726 2022年9月査読有り
Modified Hamiltonian in FEP Calculations for Reducing the Computational Cost of Electrostatic Interactions

Oshima, H., Sugita, Y.

Journal of Chemical Information and Modeling 62(11) 2846-2856 2022年6月13日査読有り
Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution

Kento Kasahara, Suyong Re, Grzegorz Nawrocki, Hiraku Oshima, Chiemi Mishima-Tsumagari, Yukako Miyata-Yabuki, Mutsuko Kukimoto-Niino, Isseki Yu, Mikako Shirouzu, Michael Feig …

Nature Communications 12(1) 4099 2021年12月査読有り
Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems

Jaewoon Jung, Kento Kasahara, Chigusa Kobayashi, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Yuji Sugita

Journal of Chemical Theory and Computation 17(8) 5312-5321 2021年7月17日査読有り
Unraveling the Coupling between Conformational Changes and Ligand Binding in Ribose Binding Protein Using Multiscale Molecular Dynamics and Free-Energy Calculations

Weitong Ren, Hisham M. Dokainish, Ai Shinobu, Hiraku Oshima, Yuji Sugita

The Journal of Physical Chemistry B 125(11) 2898-2909 2021年3月25日査読有り
Erratum: Mosaic cooperativity in slow polypeptide topological isomerization revealed by residue-specific NMR thermodynamic analysis (The Journal of Physical Chemistry Letters (2020) 11:5 (1934-1939) DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b03591)

Fujinami, D., Motomura, H., Oshima, H., Mahin, A.-A., Elsayed, K.M., Zendo, T., Sugita, Y., Sonomoto, K., Kohda, D.

Journal of Physical Chemistry Letters 12(44) 2021年
Prediction of Protein–Ligand Binding Pose and Affinity Using the gREST+FEP Method

Hiraku Oshima, Suyong Re, Yuji Sugita

Journal of Chemical Information and Modeling 60(11) 5382-5394 2020年11月23日査読有り
CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Absolute and Relative Ligand Solvation and Binding Free Energy Simulations

Seonghoon Kim, Hiraku Oshima, Han Zhang, Nathan R. Kern, Suyong Re, Jumin Lee, Benoît Roux, Yuji Sugita, Wei Jiang, Wonpil Im

Journal of Chemical Theory and Computation 16(11) 7207-7218 2020年11月10日査読有り
Mosaic Cooperativity in Slow Polypeptide Topological Isomerization Revealed by Residue-Specific NMR Thermodynamic Analysis.

Daisuke Fujinami, Hajime Motomura, Hiraku Oshima, Abdullah-Al Mahin, Khaled M Elsayed, Takeshi Zendo, Yuji Sugita, Kenji Sonomoto, Daisuke Kohda

The journal of physical chemistry letters 11(5) 1934-1939 2020年3月5日査読有り
Structural Mechanisms Underlying Activity Changes in an AMPA-type Glutamate Receptor Induced by Substitutions in Its Ligand-Binding Domain

Masayoshi Sakakura, Yumi Ohkubo, Hiraku Oshima, Suyong Re, Masahiro Ito, Yuji Sugita, Hideo Takahashi

Structure 27(11) 1698-1709.e5 2019年11月査読有り
De Novo Prediction of Binders and Nonbinders for T4 Lysozyme by gREST Simulations.

Ai Niitsu, Suyong Re, Hiraku Oshima, Motoshi Kamiya, Yuji Sugita

Journal of chemical information and modeling 59(9) 3879-3888 2019年9月23日査読有り
Replica-Exchange Umbrella Sampling Combined with Gaussian Accelerated Molecular Dynamics for Free-Energy Calculation of Biomolecules

Hiraku Oshima, Suyong Re, Yuji Sugita

Journal of Chemical Theory and Computation 15(10) 5199-5208 2019年査読有り
Population Shift Mechanism for Partial Agonism of AMPA Receptor

Hiraku Oshima, Suyong Re, Masayoshi Sakakura, Hideo Takahashi, Yuji Sugita

Biophysical Journal 116(1) 57-68 2019年査読有り
Encounter complexes and hidden poses of kinaseinhibitor binding on the free-energy landscape

Suyong Re, Hiraku Oshima, Kento Kasahara, Motoshi Kamiya, Yuji Sugita

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(37) 18404-18409 2019年査読有り
Water based on a molecular model behaves like a hard-sphere solvent for a nonpolar solute when the reference interaction site model and related theories are employed

Tomohiko Hayashi, Hiraku Oshima, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER 28(34) 344003 2016年9月査読有り

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MISC

GaREUS 法を用いた自由エネルギー地形の計算

尾嶋拓

蛋白質科学会アーカイブ 14 e105 2021年8月招待有り筆頭著者責任著者
分子動力学ソフトウェアGENESISを用いたタンパク質―リガンド結合の自由エネルギー計算

尾嶋拓, 李秀栄, 新津藍, 杉田有治

シミュレーション 40 22-28 2021年4月招待有り筆頭著者
Replica-Exchange Methods for Biomolecular Simulations

Yuji Sugita, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Suyong Re

Methods in Molecular Biology 155-177 2019年8月招待有り
Effects of network structure on associative memory

Oshima, H., Odagaki, T.

Modelling Perception with Artificial Neural Networks 134-148 2010年招待有り筆頭著者責任著者

講演・口頭発表等

Developments and applications of generalized-ensemble methods for free-energy analysis of protein-ligand binding

尾嶋拓

第20回日本蛋白質科学会年 2020年7月28日招待有り
Free-energy analysis of protein-ligand binding pose using generalized ensemble methods

尾嶋拓, 李秀栄, 杉田有治

第57回日本生物物理学会年会 2019年9月25日招待有り
リガンド・蛋白質構造変化を考慮した自由エネルギー計算法の開発と応用

尾嶋拓

近畿化学協会コンピュータ化学部会公開講演会(第101回例会) 2018年2月1日招待有り
蛋白質構造変化を考慮したリガンド結合自由エネルギー計算法の開発

尾嶋拓

CBI 2017年大会 2017年10月5日招待有り
タンパク質の熱安定性への糖の影響

尾嶋拓

日本物理学会第69回年次大会 2014年3月27日招待有り

担当経験のある科目(授業)

2025年10月 - 現在

情報科学 IIA / IIB (兵庫県立大学理学部)
2023年10月 - 現在

生体高分子計算科学論 (兵庫県立大学大学院理学研究科)
2023年10月 - 現在

基礎物理学ⅡＢ (兵庫県立大学理学部)

所属学協会

2016年12月 - 現在

日本蛋白質科学会
2009年5月 - 現在

日本生物物理学会
2005年7月 - 現在

日本物理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

機械学習を用いた生体分子の反応座標決定および拡張アンサンブル法への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2026年4月 - 2029年3月

尾嶋拓
深層生成モデルとFEP法を用いた創薬応用基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2024年6月 - 2026年3月

尾嶋拓
データ同化と拡張アンサンブル法を用いた生体分子の長時間ダイナミクスの予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

尾嶋拓
生体系における自己組織化・秩序化過程の統一的解明－水を主役として－

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2013年4月 - 2016年3月

尾嶋拓

学術貢献活動

第38回分子シミュレーション討論会実行委員

企画立案・運営等

分子シミュレーション学会 2024年12月2日 - 2024年12月4日

社会貢献活動

GENESIS Users' Group

講師, 運営参加・支援, 実演

2022年4月1日 - 現在
兵庫県立大学理学部オープンキャンパス

実演

2024年8月9日
兵庫県立大学理学部オープンキャンパス

実演

2023年8月10日
グローバルサイエンスキャンパス ROOTプログラム面接委員

その他

2023年7月9日
理化学研究所一般公開in神戸

実演

理化学研究所 2022年10月29日 - 2022年10月30日
理化学研究所一般公開in神戸

企画, 運営参加・支援

理化学研究所 2017年10月14日
理化学研究所一般公開in神戸

企画, 運営参加・支援

理化学研究所 2016年11月5日

尾嶋拓

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

社会貢献活動

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