西羽美 (HAFUMI NISHI) - マイポータル

基本情報

所属: 東北大学大学院情報科学研究科

学位: 博士（理学）(2010年3月東京工業大学)

J-GLOBAL ID: 202001007108403501
researchmap会員ID: R000000958

研究キーワード

バイオインフォマティクス

研究分野

経歴

2020年2月 - 現在

お茶の水女子大学, 基幹研究院, 准教授（クロスアポイントメント）
2018年9月 - 現在

東北大学, 大学院情報科学研究科, 准教授
2014年8月 - 2018年8月

東北大学, 大学院情報科学研究科, 助教
2013年4月 - 2014年7月

独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員（PD）
2013年1月 - 2013年3月

横浜市立大学, 大学院生命ナノシステム科学研究科, 特任助教
2010年6月 - 2012年12月

アメリカ国立衛生学研究所, 国立医学図書館生物工学情報センター（NIH/NLM/NCBI）, 博士研究員
2009年4月 - 2010年5月

名古屋大学, 大学院情報科学研究科, 研究員
2007年4月 - 2009年3月

独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員（DC2）

学歴

2020年4月 - 2023年1月

University of the People, Bachelor of Science in Computer Science, summa cum laude
2004年4月 - 2009年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 生体システム専攻
2001年4月 - 2004年3月

東京工業大学, 生命理工学部, 生命科学科
2000年4月 - 2001年3月

東京工業大学, 工学部, 第6類

委員歴

2024年6月 - 現在

日本蛋白質科学会, 役員
2023年1月 - 現在

日本生物物理学会, 「生物物理」会誌編集委員
2017年 - 現在

日本蛋白質科学会, アーカイブ編集委員
2023年1月 - 2023年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員
2019年11月 - 2021年11月

第59回日本生物物理学会年会実行委員
2017年1月 - 2018年12月

日本生物物理学会, ホームページ編集委員

受賞

2015年6月

若手奨励賞, 日本蛋白質科学会

論文

Laccase-catalyzed tyrosine click reaction with 1-methyl-4-arylurazole: rapid labeling on protein surfaces.

Keita Nakane, Chizu Fujimura, Shogo Miyano, Zhengyi Liu, Tatsuya Niwa, Hafumi Nishi, Tetsuya Kadonosono, Hideki Taguchi, Shusuke Tomoshige, Minoru Ishikawa …

Chemical communications (Cambridge, England) 2024年11月12日査読有り
Tyrosine Bioconjugation Using Stably Preparable Urazole Radicals

Shinichi Sato, Shogo Miyano, Keita Nakane, Zhengyi Liu, Munehiro Kumashiro, Tomohide Saio, Yuya Tanaka, Akira Shigenaga, Chizu Fujimura, Eri Koyanagi …

Tetrahedron Chem 100111-100111 2024年11月査読有り
The role of the STAS domain in SLC26A9 for chloride ion transporter function.

Satoshi Omori, Yuya Hanazono, Hafumi Nishi, Kengo Kinoshita

Biophysical journal 2024年5月21日査読有り
Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19

Lin Zhang, Hafumi Nishi, Kengo Kinoshita

International Journal of Molecular Sciences 25(7) 3841-3841 2024年3月29日査読有り
Single-cell RNA-seq public data reveal the gene regulatory network landscape of respiratory epithelial and peripheral immune cells in COVID-19 patients

Lin Zhang, Hafumi Nishi, Kengo Kinoshita

Frontiers in Immunology 14 2023年10月23日査読有り
Selection of target-binding proteins from the information of weakly enriched phage display libraries by deep sequencing and machine learning.

Tomoyuki Ito, Thuy Duong Nguyen, Yutaka Saito, Yoichi Kurumida, Hikaru Nakazawa, Sakiya Kawada, Hafumi Nishi, Koji Tsuda, Tomoshi Kameda, Mitsuo Umetsu

mAbs 15(1) 2168470-2168470 2023年査読有り
Selective Elimination of NRF2-Activated Cells by Competition with Neighboring Cells in the Esophageal Epithelium.

Wataru Hirose, Makoto Horiuchi, Donghan Li, Ikuko N Motoike, Lin Zhang, Hafumi Nishi, Yusuke Taniyama, Takashi Kamei, Mikiko Suzuki, Kengo Kinoshita …

Cellular and molecular gastroenterology and hepatology 15(1) 153-178 2022年9月14日査読有り
Transcriptome analysis of Homo sapiens and Mus musculus reveals mechanisms of CD8+ T cell exhaustion caused by different factors.

Lin Zhang, Hafumi Nishi

PloS one 17(9) e0274494 2022年査読有り
Combination Informatic and Experimental Approach for Selecting Scaffold Proteins for Development as Antibody Mimetics

Ito Tomoyuki, Nishi Hafumi, Kameda Tomoshi, Yoshida Mayu, Fukazawa Reito, Kawada Sakiya, Nakazawa Hikaru, Umetsu Mitsuo

Chemistry Letters 50(11) 1867-1871 2021年査読有り
Dynamic recognition and linkage specificity in K63 di-ubiquitin and TAB2 NZF domain complex.

Kei Moritsugu, Hafumi Nishi, Keiichi Inariyama, Masanori Kobayashi, Akinori Kidera

Scientific reports 8(1) 16478-16478 2018年11月7日査読有り
New tools and functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj).

Akira R Kinjo, Gert-Jan Bekker, Hiroshi Wako, Shigeru Endo, Yuko Tsuchiya, Hiromu Sato, Hafumi Nishi, Kengo Kinoshita, Hirofumi Suzuki, Takeshi Kawabata …

Protein science : a publication of the Protein Society 27(1) 95-102 2018年1月査読有り
Identification of the sequence determinants of protein N-terminal acetylation through a decision tree approach.

Kazunori D Yamada, Satoshi Omori, Hafumi Nishi, Masaru Miyagi

BMC bioinformatics 18(1) 289-289 2017年6月2日査読有り
H255Y and K508R missense mutations in tumour suppressor folliculin (FLCN) promote kidney cell proliferation.

Hisashi Hasumi, Yukiko Hasumi, Masaya Baba, Hafumi Nishi, Mitsuko Furuya, Cathy D Vocke, Martin Lang, Nobuko Irie, Chiharu Esumi, Maria J Merino …

Human molecular genetics 26(2) 354-366 2017年1月15日査読有り
Distribution of single-nucleotide variants on protein-protein interaction sites and its relationship with minor allele frequency.

Hafumi Nishi, Junichi Nakata, Kengo Kinoshita

Protein science : a publication of the Protein Society 25(2) 316-21 2016年2月査読有り筆頭著者
Structural characterization of single nucleotide variants at ligand binding sites and enzyme active sites of human proteins.

Kazunori D Yamada, Hafumi Nishi, Junichi Nakata, Kengo Kinoshita

Biophysics and physicobiology 13 157-163 2016年査読有り筆頭著者
Crosstalk between signaling pathways provided by single and multiple protein phosphorylation sites.

Hafumi Nishi, Emek Demir, Anna R Panchenko

Journal of molecular biology 427(2) 511-20 2015年1月30日査読有り筆頭著者
Physicochemical mechanisms of protein regulation by phosphorylation.

Hafumi Nishi, Alexey Shaytan, Anna R Panchenko

Frontiers in genetics 5 270-270 2014年査読有り筆頭著者責任著者
Molecular mechanisms of disease-causing missense mutations.

Shannon Stefl, Hafumi Nishi, Marharyta Petukh, Anna R Panchenko, Emil Alexov

Journal of molecular biology 425(21) 3919-36 2013年11月1日査読有り筆頭著者
Regulation of protein-protein binding by coupling between phosphorylation and intrinsic disorder: analysis of human protein complexes.

Hafumi Nishi, Jessica H Fong, Christiana Chang, Sarah A Teichmann, Anna R Panchenko

Molecular bioSystems 9(7) 1620-6 2013年7月査読有り筆頭著者
Cancer missense mutations alter binding properties of proteins and their interaction networks.

Hafumi Nishi, Manoj Tyagi, Shaolei Teng, Benjamin A Shoemaker, Kosuke Hashimoto, Emil Alexov, Stefan Wuchty, Anna R Panchenko

PloS one 8(6) e66273 2013年査読有り筆頭著者

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MISC

網羅的構造解析による機能関連天然変性蛋白質の探索

大森聡, 西羽美, 木下賢吾

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
網羅的ヒトSLCトランスポーターデータベースCASLcDB

西羽美, 花園祐矢, 山田和範, 山形仁, 木下賢吾

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
天然変性領域の網羅的探索および機構解析

大森聡, 西羽美, 村上洋一, 木下賢吾

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
VR技術を用いた生体分子の可視化システムの開発

佐藤広夢, 西羽美, 大森聡, 木下賢吾

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
ヒトゲノム一塩基変異のタンパク質構造からの理解:Exome6500とJPN1Kを例に

西羽美, 中田純一, 木下賢吾, 木下賢吾

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年
生命情報科学から見たタンパク質リン酸化の構造と機能

西羽美

生物物理(Web) 56(4) 2016年
タンパク質機能解析に役立つデータベースとウェブツールタンパク質複合体構造の判定~PQSを例に

西羽美

バイオテクノロジージャーナル 6(4) 2006年

書籍等出版物

AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド

(担当:分担執筆, 範囲:第1章-3 AlphaFoldの予測構造を読み解くための基礎知識)

羊土社 2024年11月 (ISBN: 9784758122764)
タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例

技術情報協会 (担当:分担執筆, 範囲:第7章第2節アミノ酸配列関連データベースUniprotの使い方)

技術情報協会 2023年7月 (ISBN: 9784861049712)
Oligomerization in health and disease

(担当:分担執筆, 範囲:Chapter One - Evolutionary, Physicochemical, and Functional Mechanisms of Protein Homooligomerization)

Elsevier 2013年 (ISBN: 9780123869319)
分子細胞生物学辞典（第２版）

村松, 正實 (担当:分担執筆, 範囲:疎水性相互作用、他5項目)

東京化学同人 2008年10月 (ISBN: 9784807906871)

講演・口頭発表等

AI生成タンパク質から見る生成生物学の可能性

西羽美

第24回日本蛋白質科学会年会 2024年6月13日招待有り
タンパク質予測・生成 AI とゲノム科学で探る SLC トランスポーターファミリー

スーパーコンピュータワークショップ2023 2024年1月16日招待有り
生成系AIは蛋白質デザインに何をもたらすか？

西羽美

第23回日本蛋白質科学会年会 2023年7月6日招待有り
AlphaFold で探るタンパク質リン酸化部位の立体構造

西羽美

第45回日本分子生物学会年会 2022年12月2日招待有り
AlphaFold2: What it is and What it is not

西羽美

第20回駿河台シンポジウム 2022年11月28日招待有り
タンパク質の機能部位周辺における一塩基変異：変異頻度の観点から

西羽美, 木下賢吾

NGS現場の会第五回研究会 2017年5月24日招待有り
ヒトゲノム一塩基変異のタンパク質構造からの理解：Exome 6500と1KJPNを例に

西羽美, 中田純一, 木下賢吾

第16回日本蛋白質科学会年会 2016年6月8日招待有り
ヒトゲノム一塩基変異のタンパク質間相互作用面上での分布

西羽美, 中田純一, 木下賢吾

第15回日本蛋白質科学会年会 2015年6月25日招待有り
Disease and non-disease mutations on protein-protein interface

Hafumi Nishi

IPR International Seminar: Analysis and prediction of protein assembly structures by bioinformatics 2015年3月6日招待有り
生命情報学的手法に基づくタンパク質複合体の形成機構の解明

西羽美

第11回日本蛋白質科学会年会 2011年6月8日招待有り

担当経験のある科目(授業)

2020年4月 - 現在

応用データ科学 (東北大学)
2019年10月 - 現在

応用数学B (東北大学)
2015年4月 - 現在

生命情報システム科学 (東北大学)
2024年10月 - 2025年3月

学門論演習（遺伝子と社会） (東北大学)
2014年10月 - 2023年3月

創造工学研修 (東北大学)
2018年10月 - 2020年3月

データ科学基礎 (東北大学)
2014年10月 - 2017年3月

電気・通信・電子・情報工学実験A (東北大学)

共同研究・競争的資金等の研究課題

生命科学生成AIで埋める天然生物学データの隙間

科学技術振興機構(JST) 創発的研究支援事業 2024年10月 - 2028年3月

西羽美
タンパク質構造予測・生成AIの可能性と限界の進化生物学的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化) 2024年 - 2026年

西羽美
タンパク質立体構造に基づく分子機能部位の網羅的解析と細胞機能の理解への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

西羽美
仮想現実技術と触覚技術を駆使した直感的な生体分子可視化・操作システムの実装

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2024年3月

西羽美
Google exploreCSR Award 2023

Google Research 2023年10月
AlphaFold予測構造の高精度化とそれに基づくSLCトランスポーターの網羅的ゲノム変異解析

蛋白質研究奨励会金子・成田研究奨励金 2022年4月 - 2023年3月
Google exploreCSR Award 2022

Google Research 2022年10月
タンパク質リン酸化の細胞機能による分類とその立体構造的特徴の網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2013年4月 - 2015年3月

西羽美
タンパク質間相互作用における相互作用面形成メカニズムの解明と複合体予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

西羽美

西羽美

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研究分野

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学歴

委員歴

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論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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