土居秀幸 (Hideyuki Doi) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院情報学研究科

研究者番号: 80608505
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-2701-3982
J-GLOBAL ID: 201801007621959746
researchmap会員ID: B000302373

外部リンク: https://ecologyweb.jimdofree.com

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研究分野

論文

172

Effective environmental DNA collection for an endangered catfish species: testing for habitat and daily periodicity

Teruhiko Takahara, Hideyuki Doi, Toshihiro Kosuge, Nanae Nomura, Nobutaka Maki, Toshifumi Minamoto, Katsutoshi Watanabe

Ichthyological Research 2022年12月24日
Diurnal detection of environmental DNA of the semi-aquatic water shrew Chimarrogale platycephala using 25-h water sampling in streams

Nao Shiozuka, Izumi Katano, Hideyuki Doi, Masatoshi Nakamura, Tomoyasu Shirako, Hidetaka Ichiyanagi

Landscape and Ecological Engineering 2022年10月20日
Terrigenous subsidies in lakes support zooplankton production mainly via a green food chain and not the brown food chain

Fumiya Hirama, Jotaro Urabe, Hideyuki Doi, Takehiro Kazama, Takumi Noguchi, Tyler H. Tappenbeck, Izumi Katano, Masato Yamamichi, Takehito Yoshida, James J. Elser

Frontiers in Ecology and Evolution 10 2022年8月25日
Environmental <scp>DNA</scp> methods for detecting two invasive alien species (American bullfrog and red swamp crayfish) in Japanese ponds

Shigeki Ogata, Hideyuki Doi, Takeshi Igawa, Shohei Komaki, Teruhiko Takahara

Ecological Research 2022年7月5日
Influence of DNA extraction kits on freshwater fungal DNA metabarcoding

Shunsuke Matsuoka, Yoriko Sugiyama, Mariko Nagano, Hideyuki Doi

PeerJ 10 e13477-e13477 2022年5月27日
Development of primer–probe sets for environmental DNA-based monitoring of pond smelt Hypomesus nipponensis and Japanese icefish Salangichthys microdon

Teruhiko Takahara, Katsuya Fukui, Daisuke Hiramatsu, Hideyuki Doi, Masato Fujii, Toshifumi Minamoto

Landscape and Ecological Engineering 19(1) 11-19 2022年4月19日
Effects of sediment replenishment on riverbed environments and macroinvertebrate assemblages downstream of a dam

Izumi Katano, Junjiro N. Negishi, Tomoko Minagawa, Hideyuki Doi, Yôichi Kawaguchi, Yuichi Kayaba

Scientific Reports 11(1) 2021年12月
Simultaneous absolute quantification and sequencing of fish environmental DNA in a mesocosm by quantitative sequencing technique

Tatsuhiko Hoshino, Ryohei Nakao, Hideyuki Doi, Toshifumi Minamoto

Scientific Reports 11(1) 2021年12月
Evaluation of seasonal dynamics of fungal DNA assemblages in a flow-regulated stream in a restored forest using eDNA metabarcoding.

Shunsuke Matsuoka, Yoriko Sugiyama, Yoshito Shimono, Masayuki Ushio, Hideyuki Doi

Environmental microbiology 2021年7月13日
Causal analysis of the temperature impact on deep-sea biodiversity.

Hideyuki Doi, Moriaki Yasuhara, Masayuki Ushio

Biology letters 17(7) 20200666-20200666 2021年7月
Utility of environmental DNA analysis for effective monitoring of invasive fish species in reservoirs

Toshiaki Jo, Saki Ikeda, Arisa Fukuoka, Takashi Inagawa, Jiro Okitsu, Izumi Katano, Hideyuki Doi, Katsuki Nakai, Hidetaka Ichiyanagi, Toshifumi Minamoto

Ecosphere 12(6) e03643 2021年6月査読有り
Compilation of real‐time PCR conditions toward the standardization of environmental DNA methods

Hideyuki Doi, Toshifumi Minamoto, Teruhiko Takahara, Satsuki Tsuji, Kimiko Uchii, Satoshi Yamamoto, Izumi Katano, Hiroki Yamanaka

Ecological Research 36(3) 379-388 2021年5月査読有り
Estimation of biodiversity metrics by environmental DNA metabarcoding compared with visual and capture surveys of river fish communities

Hideyuki Doi, Ryutei Inui, Shunsuke Matsuoka, Yoshihisa Akamatsu, Masuji Goto, Takanori Kono

Freshwater Biology 66(7) 1257-1266 2021年4月13日
Effects of sediment replenishment on riverbed environments and macroinvertebrate assemblages downstream of a dam.

Izumi Katano, Junjiro N Negishi, Tomoko Minagawa, Hideyuki Doi, Yôichi Kawaguchi, Yuichi Kayaba

Scientific reports 11(1) 7525-7525 2021年4月8日
A unified framework for herbivore-to-producer biomass ratio reveals the relative influence of four ecological factors.

Takehiro Kazama, Jotaro Urabe, Masato Yamamichi, Kotaro Tokita, Xuwang Yin, Izumi Katano, Hideyuki Doi, Takehito Yoshida, Nelson G Hairston Jr

Communications biology 4(1) 49-49 2021年1月8日
Sedimentary DNA tracks decadal-centennial changes in fish abundance

Michinobu Kuwae, Hiromichi Tamai, Hideyuki Doi, Masayuki K. Sakata, Toshifumi Minamoto, Yoshiaki Suzuki

Communications Biology 3(1) 2020年12月査読有り
Complementary molecular methods reveal comprehensive phylogenetic diversity integrating inconspicuous lineages of early-diverged wood-decaying mushrooms

Takashi Shirouzu, Shunsuke Matsuoka, Hideyuki Doi, Nobuaki Nagata, Masayuki Ushio, Kentaro Hosaka

Scientific Reports 10(1) 2020年12月査読有り
Exploring a legendary giant squid: an environmental DNA approach

Toshifumi Wada, Hideyuki Doi, Daisuke Togaki, Ryotaro Kaida, Mariko Nagano, Izumi Katano, Masami Suzuki, Tetsuya Ohtani, Hiromune Mitsuhashi

Marine Biology 167(11) 2020年11月査読有り
Global diversity of microbial communities in marine sediment

Tatsuhiko Hoshino, Hideyuki Doi, Go-Ichiro Uramoto, Lars Wörmer, Rishi R. Adhikari, Nan Xiao, Yuki Morono, Steven D’Hondt, Kai-Uwe Hinrichs, Fumio Inagaki

Proceedings of the National Academy of Sciences 117(44) 27587-27597 2020年10月19日査読有り
Broad-scale detection of environmental DNA for an invasive macrophyte and the relationship between DNA concentration and coverage in rivers

Hideyuki Doi, Yoshihisa Akamatsu, Masuji Goto, Ryutei Inui, Takashi Komuro, Mariko Nagano, Toshifumi Minamoto

Biological Invasions 23(2) 507-520 2020年10月12日査読有り

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経歴

2022年10月 - 現在

京都大学大学院情報学研究科
2021年4月 - 2022年9月

兵庫県立大学大学院情報科学研究科
2015年4月 - 2021年3月

兵庫県立大学大学院シミュレーション学研究科
2011年3月 - 2015年4月

広島大学サステナブル・ディベロップメント実践研究センター
2008年8月 - 2011年2月

Carl-von-Ossietzky University Oldenburg 日本学術振興会海外特別研究員（付加用務を含む）
2005年4月 - 2008年7月

愛媛大学農学部日本学術振興会特別研究員（PD)
2006年6月 - 2007年5月

University of Washington 客員研究員 (日本学術振興会特別研究員PD)

学歴

2002年4月 - 2005年3月

東北大学大学院生命科学研究科
2000年4月 - 2002年3月

東北大学大学院理学研究科生物学専攻
1996年4月 - 2000年3月

大阪府立大学総合科学部

受賞

2018年8月

クリタ水・環境科学研究優秀賞クリタ水・環境科学振興財団

土居秀幸
2014年4月

日本陸水学会第１６回吉村賞日本陸水学会

土居秀幸
2011年11月

信州フィールド賞

土居秀幸
2009年3月

日本生態学会第１４回宮地賞日本生態学会

土居秀幸
2005年3月

生命科学研究科長賞東北大学

土居秀幸
2005年3月

青葉理学振興会賞青葉理学振興会

土居秀幸

MISC

Detection of freshwater mussels (Sinanodonta spp.) in artificial ponds through environmental DNA: a comparison with traditional hand collection methods (vol 21, pg 59, 2020)

Daisuke Togaki, Hideyuki Doi, Izumi Katano

LIMNOLOGY 21(2) 267-267 2020年4月
Note on important and novel findings : Detection of freshwater mussels (Sinanodonta spp.) in artificial ponds through environmental DNA : a comparison with traditional hand collection methods

Togaki Daisuke, Doi Hideyuki, Katano Izumi

Limnology 21(1) 59-65 2020年1月
河川生態系の調査・分析方法（分担執筆）

土居秀幸, 太田民久, 石川尚人

2019年
海底下微生物の全球的な多様性分布と規定環境要因

星野辰彦, 土居秀幸, XIAO Nan, 諸野祐樹, 浦本豪一郎, 稲垣史生

日本地質学会学術大会講演要旨 125th 2018年
環境DNAモニタリング手法の課題と展望

源利文, 内井喜美子, 高原輝彦, 土居秀幸

環境技術 46(12) 648-652 2017年12月招待有り
環境DNAを用いた河川内の魚類現存量推定に関する基礎的検討

赤松良久, 乾隆帝, 一松晃弘, 河野誉仁, 土居秀幸

水工学論文集 Annual journal of Hydraulic Engineering, JSCE 61 Ⅰ_1111-1116 2017年
環境DNAを用いたニホンザリガニ生息場の推定における季節影響

池田幸資, 土居秀幸, 田中一典, 川井唯史, 荒木仁志, 高原輝彦, 源利文, 鈴木透, 小泉逸郎, 根岸淳二郎

土木学会年次学術講演会講演概要集(CD-ROM) 71st 2016年
安定同位体を用いた餌資源・食物網調査法

土居秀幸, 兵藤不二夫, 石川尚人

1-164 2016年
環境DNA分析：新しい水棲生物分布調査法

内井貴美子, 源利文, 土居秀幸, 高原輝彦, 山中裕樹, 片野泉

日本生態学会誌 66(3) 581-582 2016年
環境DNA分析の野外調査への展開

山中裕樹, 源利文, 高原輝彦, 内井貴美子, 土居秀幸

日本生態学会誌 66(3) 601-612 2016年査読有り
環境DNA分析の手法開発の現状〜淡水域の研究事例を中心にして〜

高原輝彦, 山中裕樹, 源利文, 土居秀幸, 内井貴美子

日本生態学会誌 66(3) 583-600 2016年査読有り
環境DNA分析のさらなる進展にむけて

源利文, 内井喜美子, 山中裕樹, 高原輝彦, 片野泉, 土居秀幸

日本生態学会誌 66(3) 621-624 2016年
Preliminary experiment for detection method of fish inhabiting agricultural drainage canals using environmental DNA

KOIZUMI Noriyuki, TAKAHARA Teruhiko, MINAMOTO Toshifumi, DOI Hideyuki, MORI Atsushi, WATANABE Keiji, TAKEMURA Takeshi

Irrigation, Drainage and Rural Engineering Journal 297(83-3) IV_7-IV_8 2015年6月査読有り
Longitudinal macroinvertebrate organization over contrasting discontinuities: effects of a dam and a tributary

Izumi Katano, Junjiro N. Negishi, Tomoko Minagawa, Hideyuki Doi, Yoichi Kawaguchi, Yuichi Kayaba

JOURNAL OF THE NORTH AMERICAN BENTHOLOGICAL SOCIETY 28(2) 331-351 2009年6月
ダム下流における支川の効果を考える：供給土砂量の異なる２河川間の比較

片野泉, 佐川志朗, 真田誠至, 土居秀幸, 根岸淳二郎, 皆川朋子, 萱場祐一

日本陸水学会講演要旨集 73 84-84 2008年
研究者から現場へ安定同位体を使って河川食物網を調べる--樹冠の有無による水生昆虫の餌資源の違い

土居秀幸

河川 63(11) 70-72 2007年11月
強酸性湖潟沼におけるサンユスリカ幼虫の餌資源解析

土居秀幸, 菊地永祐

陸水學雜誌 63(2) 160-162 2002年6月30日
珪藻における安定同体比の変動

土居秀幸

Radioisotopes 51(2) 97-98 2002年2月15日
Carbon and Nitrogen Stable Isotope Ratios Analysis of Food Sources for Chironomus acerbiphilus larvae(Diptera Chironomidae) in Strongly Acidic Lake Katanuma.

土居秀幸, 菊地永祐, 鹿野秀一

RADIOISOTOPES 50(12) 601-611 2001年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

沿岸堆積物コアでの環境DNAメタバーコーディングによる近過去魚類群集の復元

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

土居秀幸, 加三千宣
検出阻害を克服する新たな環境DNA分析法:阻害要因を加味した生物量推定式の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

片野泉, 杉山裕子, 土居秀幸, 高原輝彦
環境RNAを用いたモデル生物を対象とした環境毒性への生物応答の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

土居秀幸, 坂本正樹
堆積物中の環境DNAを用いた浮魚類の個体数復元に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2020年3月

加三千宣, 土居秀幸
健全な流砂系の回復によるサステナブル流域総合土砂管理の実証研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

赤松良久, 糠澤桂, 今村正裕, 入江光輝, 竹林洋史, 新谷哲也, 土居秀幸
魚類の大量死イベントの予測手法の開発：水中の環境mRNAとストレス物質を用いて

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

高原輝彦, 土居秀幸
水界生物群集に及ぼす光―栄養バランスの生態化学量効果：北米での野外実験による検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2015年4月 - 2018年3月

占部城太郎, 吉田丈人, 山道真人, 土居秀幸, 片野泉
湿地の非侵襲調査を可能にする，泥水からの環境DNA検出技術の開発と野外への適用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

片野泉, 高原輝彦, 土居秀幸
水圏の化学情報ネットワークが被食者の適応進化と生物群集に及ぼす影響の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2015年4月 - 2017年3月

高原輝彦, 土居秀幸
環境DNAを用いた回遊性サケ科魚類の非侵襲的モニタリングとバイオマス推定

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

荒木仁志, 近藤倫生, 土居秀幸, 佐藤俊平, 高原輝彦, 源利文
空間スケールの階層性と生物群集・生態系研究：島嶼のため池群を用いて明らかにする

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

土居秀幸
湖沼・河川生態系の食物網を介した生息場所連結

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2005年 - 2007年

土居秀幸

土居秀幸

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