土居秀幸 (Hideyuki Doi) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院情報学研究科

研究者番号: 80608505
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2701-3982
J-GLOBAL ID: 201801007621959746
researchmap会員ID: B000302373

外部リンク: https://ecologyweb.jimdofree.com

研究キーワード

研究分野

論文

201

Seven-year changes in eDNA concentrations of two dominant submerged macrophytes in Lake Shinji: effects of salinity

Teruhiko Takahara, Satoshi Yamagishi, Rina Shimoda, Akihiro Nagata, Masayuki K. Sakata, Hideyuki Doi, Toshifumi Minamoto

Estuarine, Coastal and Shelf Science 109165-109165 2025年1月
Evaluation of the persistence of Epichloë endophyte and its possible effect on fungal assemblages in dead leaf sheaths

Yuki Hatano, Shunsuke Matsuoka, Hideyuki Doi, Ryunosuke Tateno, Motohiro Hasegawa, Takashi Osono

Fungal Biology 128(8) 2325-2332 2024年12月
Toward defining the Anthropocene onset using a rapid increase in anthropogenic fingerprints in global geological archives.

Michinobu Kuwae, Yusuke Yokoyama, Stephen Tims, Michaela Froehlich, L Keith Fifield, Takahiro Aze, Narumi Tsugeki, Hideyuki Doi, Yoshiki Saito

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 121(41) e2313098121 2024年10月8日
Classifying animal migration patterns using small-shuffle surrogate and PCA evaluating short-term trends

Hideyuki Takagi, Hideyuki Doi, Tomomichi Nakamura

Behaviour 161(8-9) 661-676 2024年8月13日
Trophic niche partitioning and intraspecific variation in food resource use in the genus <scp>Pangasianodon</scp> in a reservoir revealed by stable isotope analysis of multiple tissues

Ayano Medo, Nobuhito Ohte, Hideyuki Doi, Kiattipong Kamdee, Keisuke Koba, Nobuaki Arai, Yasushi Mitsunaga, Manabu Kume, Daichi Kojima, Takashi Nose …

Journal of Fish Biology 2024年6月16日
Rapid assessment of invasion front and biological impact of the invasive fish Coreoperca herzi using quantitative eDNA metabarcoding

Satsuki Tsuji, Hideyuki Doi, Yusuke Hibino, Naoki Shibata, Katsutoshi Watanabe

Biological Invasions 2024年6月12日
Do aquatic fungal environmental DNA assemblages reflect the surrounding terrestrial sporocarp communities?

Yoriko Sugiyama, Shunsuke Matsuoka, Yoshito Shimono, Masayuki Ushio, Hideyuki Doi

Fungal Ecology 67 101311-101311 2024年2月
Tributary mitigates river discontinuity by dam depending on the distance from dam to the tributary confluence

Izumi Katano, Hideyuki Doi, Junjiro N. Negishi, Tomoko Minagawa, Yuichi Kayaba

River Research and Applications 1-14 2023年11月査読有り
Detection of fish sedimentary <scp>DNA</scp> in aquatic systems: A review of methodological challenges and future opportunities

Grayson P. Huston, Mark Louie D. Lopez, Yuanyu Cheng, Leighton King, Lucinda C. Duxbury, Maïlys Picard, Georgia Thomson‐Laing, Erika Myler, Caren C. Helbing, Michael T. Kinnison …

Environmental DNA 2023年8月28日
The <scp>eDNA</scp> Society International Meeting 2023, “moving from knowledge into practice”

Hiroki Yamanaka, Hideyuki Doi, Hitoshi Araki, Kimiko Uchii, Toshifumi Minamoto

Environmental DNA 2023年8月14日
Species traits and ecosystem characteristics affect species detection by <scp>eDNA</scp> metabarcoding in lake fish communities

Hideyuki Doi, Shunsuke Matsuoka, Shin‐ichiro S. Matsuzaki, Mariko Nagano, Hirotoshi Sato, Hiroki Yamanaka, Saeko Matsuhashi, Satoshi Yamamoto, Toshifumi Minamoto, Hitoshi Araki …

Freshwater Biology 68(8) 1346-1358 2023年6月
Beppu Bay, Japan, as a candidate Global boundary Stratotype Section and Point for the Anthropocene series

Michinobu Kuwae, Bruce P. Finney, Zhiyuan Shi, Aya Sakaguchi, Narumi Tsugeki, Takayuki Omori, Tetsuro Agusa, Yoshiaki Suzuki, Yusuke Yokoyama, Hirofumi Hinata …

Anthropocene Review 10(1) 49-86 2023年4月査読有り
Dominant barriers and the solutions to the social application of environmental DNA

Hideyuki Doi, Keigo Nakamura

Landscape and Ecological Engineering 19(2) 305-312 2023年4月
Sedimentary DNA can reveal the past population dynamics of a pelagic copepod

Kai Nakane, Xin Liu, Hideyuki Doi, Gael Dur, Michinobu Kuwae, Syuhei Ban, Narumi Tsugeki

FRESHWATER BIOLOGY 2023年4月
Comparing environmental <scp>DNA</scp> with whole pond survey to estimate the total biomass of fish species in ponds

Rio Souma, Izumi Katano, Hideyuki Doi, Teruhiko Takahara, Toshifumi Minamoto

Freshwater Biology 2023年2月23日
Special issue: Environmental DNA as a practical tool for aquatic conservation and restoration

Hideyuki Doi, Keigo Nakamura

Landscape and Ecological Engineering 19(1) 1-2 2023年1月
Effective environmental DNA collection for an endangered catfish species: testing for habitat and daily periodicity

Teruhiko Takahara, Hideyuki Doi, Toshihiro Kosuge, Nanae Nomura, Nobutaka Maki, Toshifumi Minamoto, Katsutoshi Watanabe

Ichthyological Research 70(4) 409-418 2022年12月24日
Diurnal detection of environmental DNA of the semi-aquatic water shrew Chimarrogale platycephala using 25-h water sampling in streams

Nao Shiozuka, Izumi Katano, Hideyuki Doi, Masatoshi Nakamura, Tomoyasu Shirako, Hidetaka Ichiyanagi

Landscape and Ecological Engineering 19(1) 69-77 2022年10月20日
Terrigenous subsidies in lakes support zooplankton production mainly via a green food chain and not the brown food chain

Fumiya Hirama, Jotaro Urabe, Hideyuki Doi, Takehiro Kazama, Takumi Noguchi, Tyler H. Tappenbeck, Izumi Katano, Masato Yamamichi, Takehito Yoshida, James J. Elser

Frontiers in Ecology and Evolution 10 2022年8月25日
Environmental <scp>DNA</scp> methods for detecting two invasive alien species (American bullfrog and red swamp crayfish) in Japanese ponds

Shigeki Ogata, Hideyuki Doi, Takeshi Igawa, Shohei Komaki, Teruhiko Takahara

Ecological Research 2022年7月5日

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経歴

2022年10月 - 現在

京都大学, 大学院情報学研究科
2021年4月 - 2022年9月

兵庫県立大学, 大学院情報科学研究科
2015年4月 - 2021年3月

兵庫県立大学, 大学院シミュレーション学研究科
2011年3月 - 2015年4月

広島大学, サステナブル・ディベロップメント実践研究センター
2008年8月 - 2011年2月

Carl-von-Ossietzky University Oldenburg, 日本学術振興会海外特別研究員（育児による採用中断・付加用務を含む）
2005年4月 - 2008年7月

愛媛大学, 農学部, 日本学術振興会特別研究員（PD) （育児による採用中断を含む）
2006年6月 - 2007年5月

University of Washington, 客員研究員 (日本学術振興会特別研究員PD)

学歴

2002年4月 - 2005年3月

東北大学, 大学院生命科学研究科
2000年4月 - 2002年3月

東北大学, 大学院理学研究科, 生物学専攻
1996年4月 - 2000年3月

大阪府立大学, 総合科学部

受賞

2022年3月

村尾育英会学術賞, 村尾育英会
2018年8月

クリタ水・環境科学研究優秀賞, クリタ水・環境科学振興財団

土居秀幸
2014年4月

日本陸水学会第１６回吉村賞, 日本陸水学会

土居秀幸
2011年11月

信州フィールド賞

土居秀幸
2009年3月

日本生態学会第１４回宮地賞, 日本生態学会

土居秀幸
2005年3月

生命科学研究科長賞, 東北大学

土居秀幸
2005年3月

青葉理学振興会賞, 青葉理学振興会

土居秀幸

MISC

海底下深部堆積物における微生物叢の成り立ちと適応

星野辰彦, 土居秀幸, 伊藤武彦

日本微生物生態学会大会(Web) 36th 2023年
葉齢段階の異なるイネ科植物の葉における菌類群集組成の比較

秦野悠貴, 松岡俊将, 土居秀幸, 長谷川元洋, 大園享司

日本生態学会大会講演要旨(Web) 69th 2022年
全国50ダム湖比較による水生菌類群集構造の解析

望月学, 土居秀幸, 松岡俊将, 瀬戸健介, 一柳英隆, 大杉泰功, 吉村千洋, 占部城太郎, 鏡味麻衣子

日本生態学会大会講演要旨(Web) 69th 2022年
全国ダム湖比較からみえる生物群集プロセス:菌類と魚類を例に

鏡味麻衣子, 土居秀幸, 松岡俊将, 瀬戸健介, 望月学, 斉藤達也, 一柳英隆, 大杉奉功, 占部城太郎

日本陸水学会大会講演要旨集 86th (CD-ROM) 2022年
Trade-offs between reducing complex terminology and producing accurate interpretations from environmental DNA: Comment on “Environmental DNA: What's behind the term?” by Pawlowski et al., (2020)

Naiara Rodriguez-Ezpeleta, Olivier Morissette, Colin W. Bean, Shivakumara Manu, Pritam Banerjee, Anaïs Lacoursière-Roussel, Kingsly C. Beng, S. Elizabeth Alter, Fabian Roger, Luke E. Holman …

Molecular Ecology 30(19) 4601-4605 2021年10月1日
Declining phenology observations by the Japan Meteorological Agency

Hideyuki Doi, Hiroyoshi Higuchi, Hiromi Kobori, Sangdon Lee, Richard B. Primack

Nature Ecology and Evolution 5(7) 886-887 2021年7月1日
The merits of entomophagy in the post COVID-19 world

Hideyuki Doi, Remigiusz Gałęcki, Randy Nathaniel Mulia

Trends in Food Science and Technology 110 849-854 2021年4月1日
本邦亜熱帯林における樹木細根の分解に伴う菌類群集の時間変動

松岡俊将, 土居秀幸, 大園享司

日本生態学会大会講演要旨(Web) 68th 2021年
老衰段階の異なるアオカモジグサの葉における菌類群集組成の比較

秦野悠貴, 松岡俊将, 土居秀幸, 長谷川元洋, 大園享司

日本生態学会大会講演要旨(Web) 68th 2021年
Detection of freshwater mussels (Sinanodonta spp.) in artificial ponds through environmental DNA: a comparison with traditional hand collection methods (vol 21, pg 59, 2020)

Daisuke Togaki, Hideyuki Doi, Izumi Katano

LIMNOLOGY 21(2) 267-267 2020年4月
降水量変化に伴う植物-根圏菌類群集の多様性と生態系機能の関係

岡田慶一, 松岡俊将, 土居秀幸, 小林真, 佐々木雄大, 森章

日本生態学会大会講演要旨(Web) 67th 2020年
eDNAメタバーコーディングにより検出された木材腐朽性きのこ類の見えない未知系統

白水貴, 松岡俊将, 土居秀幸, 長太伸章, 潮雅之, 保坂健太郎

日本生態学会大会講演要旨(Web) 67th 2020年
環境DNA分析によるスナメリを中心とした日本近海の鯨類検出の試み

工樂樹洋, 杉山賢子, 辰見香織, 石川恵, 西田清徳, 若林郁夫, 土居秀幸

日本水産学会大会講演要旨集 2020 2020年
Note on important and novel findings : Detection of freshwater mussels (Sinanodonta spp.) in artificial ponds through environmental DNA : a comparison with traditional hand collection methods

Togaki Daisuke, Doi Hideyuki, Katano Izumi

Limnology 21(1) 59-65 2020年1月
環境DNAメタバーコーディング手法を用いたプランクトン群集の解明

永野真理子, 松岡俊将, 土居秀幸

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
環境DNAメタバーコーディング解析を用いた微生物群集の空間構造解析:群集生態学の高次プロセスを微生物群集から考える

中島広樹, 土居秀幸, 高原輝彦, 松岡俊将, 永野真理子

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
環境DNAメタバーコーディングによる河川水中の菌類DNA相の時間変動評価

松岡俊将, 杉山賢子, 下野義人, 潮雅之, 土居秀幸

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
超並列シークエンサーiSeqおよびMiSeqを用いた環境DNAメタバーコーディングにおける魚類検出の比較検討

中尾遼平, 赤松良久, 乾隆帝, 後藤益滋, 松岡俊将, 土居秀幸

応用生態工学会研究発表会講演集 23rd 2019年
河川生態系の調査・分析方法（分担執筆）

土居秀幸, 太田民久, 石川尚人

2019年
集約した環境DNAサンプルを利用した淡水魚類の環境DNAメタバーコーディング~その有用性と制約について~

佐藤博俊, 佐藤博俊, 十河勇樹, 土居秀幸, 山中裕樹

日本生態学会大会講演要旨(Web) 65th 2018年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

堆積物DNAを用いた過去1000年にわたる湖沼生態系のレジリエンス評価

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

槻木玲美, 源利文, 内井喜美子, 土居秀幸, 大森貴之, 山田圭太郎, 里口保文, 加三千宣
長期環境DNA観測と機械学習モデルを用いた汽水湖生態系の異常検出・予防可能な技術革新

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

高原輝彦, 深谷肇一, 源利文, 土居秀幸
PCRフリー超深度全ゲノムシークエンスを用いた環境DNAによる全生物相把握

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2022年6月 - 2026年3月

土居秀幸, 永野真理子, 片野泉
河川の生物多様性をはぐくむキーハビタット・河床間隙域を環境DNAで評価する

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

片野泉, 土居秀幸
湖沼生態系への温暖化対策の影響解明に向けた環境DNAによる新たな評価手法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

槻木玲美, 鏡味麻衣子, 土居秀幸, 本庄三恵, 加三千宣
堆積物コアDNAを用いた海跡湖の近過去魚類群集と環境変遷との関係解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

高原輝彦, 土居秀幸
別府湾堆積物の人新世境界模式地選定に向けたキーマーカーデータセットの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

加三千宣, 齋藤文紀, 坂口綾, 大森貴之, 土居秀幸, 松岡數充
魚類の成長ステージを把握する環境RNA手法の開発：ニホンウナギをモデルとして

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2023年3月

高原輝彦, 土居秀幸
沿岸堆積物コアでの環境DNAメタバーコーディングによる近過去魚類群集の復元

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

土居秀幸, 加三千宣
検出阻害を克服する新たな環境DNA分析法:阻害要因を加味した生物量推定式の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

片野泉, 杉山裕子, 土居秀幸, 高原輝彦
環境RNAを用いたモデル生物を対象とした環境毒性への生物応答の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

土居秀幸, 坂本正樹
堆積物中の環境DNAを用いた浮魚類の個体数復元に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2020年3月

加三千宣, 土居秀幸
健全な流砂系の回復によるサステナブル流域総合土砂管理の実証研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

赤松良久, 糠澤桂, 今村正裕, 入江光輝, 竹林洋史, 新谷哲也, 土居秀幸
魚類の大量死イベントの予測手法の開発：水中の環境mRNAとストレス物質を用いて

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

高原輝彦, 土居秀幸
水界生物群集に及ぼす光―栄養バランスの生態化学量効果：北米での野外実験による検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2015年4月 - 2018年3月

占部城太郎, 吉田丈人, 山道真人, 土居秀幸, 片野泉
湿地の非侵襲調査を可能にする，泥水からの環境DNA検出技術の開発と野外への適用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

片野泉, 高原輝彦, 土居秀幸
水圏の化学情報ネットワークが被食者の適応進化と生物群集に及ぼす影響の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2015年4月 - 2017年3月

高原輝彦, 土居秀幸
環境DNAを用いた回遊性サケ科魚類の非侵襲的モニタリングとバイオマス推定

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

荒木仁志, 近藤倫生, 土居秀幸, 佐藤俊平, 高原輝彦, 源利文
空間スケールの階層性と生物群集・生態系研究：島嶼のため池群を用いて明らかにする

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

土居秀幸
湖沼・河川生態系の食物網を介した生息場所連結

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2005年 - 2007年

土居秀幸

土居秀幸

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