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Profile Information

Affiliation: Assistant Professor, Center for Information Biology, National Institute of Genetics

Degree: Ph.D.(Tokyo Institute of Technology)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-0806-7704
J-GLOBAL ID: 201601016277811550
researchmap Member ID: B000264719

External link: https://kaken.nii.ac.jp/ja/search/?qm=40610837

Lab web page https://www.genome.id/

Research Interests

Research Areas

Life sciences / Systems genomics /

Research History

Apr, 2021 - Present

Associate Professor, Advanced Genomics Center, National Institute of Genetics
Apr, 2021 - Present

Associate Professor, Department of Informatics, National Institute of Genetics
Jan, 2019 - Mar, 2021

Assistant Professor, Department of Informatics, National Institute of Genetics
Sep, 2016 - Dec, 2018

National Institute of Genetics
Apr, 2011 - Aug, 2016

Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo Institute of Technology

Committee Memberships

2021 - Present

評議員, 日本ゲノム微生物学会
2019 - Present

世話人, 日本ゲノム微生物学会若手の会

Awards

2016

若手賞, 日本ゲノム微生物学会
2015

手島精一記念研究論文賞

共同受賞
2011

ライフサイエンス賞, Linked Open Data Challenge 2011

共同受賞

Papers

Unique H2-utilizing lithotrophy in serpentinite-hosted systems.

Masaru Konishi Nobu, Ryosuke Nakai, Satoshi Tamazawa, Hiroshi Mori, Atsushi Toyoda, Akira Ijiri, Shino Suzuki, Ken Kurokawa, Yoichi Kamagata, Hideyuki Tamaki

The ISME journal, Oct 7, 2022
Granulimonas faecalis gen. nov., sp. nov., and Leptogranulimonas caecicola gen. nov., sp. nov., novel lactate-producing Atopobiaceae bacteria isolated from mouse intestines, and an emended description of the family Atopobiaceae.

Kana Morinaga, Hiroyuki Kusada, Sachiko Sakamoto, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Xian-Ying Meng, Motoko Takashino, Kazutoshi Murotomi, Hideyuki Tamaki

International journal of systematic and evolutionary microbiology, 72(10), Oct, 2022
Omics profiles of fecal and oral microbiota change in irritable bowel syndrome patients with diarrhea and symptom exacerbation.

Yukari Tanaka, Riu Yamashita, Junko Kawashima, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Shinji Fukuda, Yasuhiro Gotoh, Keiji Nakamura, Tetsuya Hayashi, Yoshiyuki Kasahara, Yukuto Sato, Shin Fukudo

Journal of gastroenterology, 57(10) 748-760, Oct, 2022
Dietary-protein sources modulate host susceptibility to Clostridioides difficile infection through the gut microbiota.

Kyosuke Yakabe, Seiichiro Higashi, Masahiro Akiyama, Hiroshi Mori, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Yuta Sugiyama, Shigenobu Kishino, Kenji Okano, Akiyoshi Hirayama, Aina Gotoh, Shunyi Li, Takeshi Mori, Takane Katayama, Jun Ogawa, Shinji Fukuda, Koji Hase, Yun-Gi Kim

Cell reports, 40(11) 111332-111332, Sep 13, 2022
Paleogenomics reveals independent and hybrid origins of two morphologically distinct wolf lineages endemic to Japan.

Takahiro Segawa, Takahiro Yonezawa, Hiroshi Mori, Ayako Kohno, Yuichiro Kudo, Ayumi Akiyoshi, Jiaqi Wu, Fuyuki Tokanai, Minoru Sakamoto, Naoki Kohno, Hidenori Nishihara

Current biology : CB, 32(11) 2494-2504, May 5, 2022
Distinct responsiveness to rifaximin in patients with hepatic encephalopathy depends on functional gut microbial species.

Yoshimi Yukawa-Muto, Tomonori Kamiya, Hideki Fujii, Hiroshi Mori, Atsushi Toyoda, Ikuya Sato, Yusuke Konishi, Akiyoshi Hirayama, Eiji Hara, Shinji Fukuda, Norifumi Kawada, Naoko Ohtani

Hepatology communications, 6(8) 2090-2104, Apr 16, 2022
Metagenomics reveals global-scale contrasts in nitrogen cycling and cyanobacterial light-harvesting mechanisms in glacier cryoconite.

Takumi Murakami, Nozomu Takeuchi, Hiroshi Mori, Yuu Hirose, Arwyn Edwards, Tristram Irvine-Fynn, Zhongqin Li, Satoshi Ishii, Takahiro Segawa

Microbiome, 10(1) 50-50, Mar 23, 2022
Allochromatium tepidum, sp. nov., a hot spring species of purple sulfur bacteria.

Michael T Madigan, Jill N Absher, Joseph E Mayers, Marie Asao, Deborah O Jung, Kelly S Bender, Megan L Kempher, Mackenzie K Hayward, Sophia A Sanguedolce, Abigail C Brown, Shinichi Takaichi, Ken Kurokawa, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Yusuke Tsukatani, Zheng-Yu Wang-Otomo, David M Ward, W Matthew Sattley

Archives of microbiology, 204(1) 115-115, Jan 4, 2022
Adlercreutzia hattorii sp. nov., an equol non-producing bacterium isolated from human faeces.

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Masahiro Yuki, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma

International journal of systematic and evolutionary microbiology, 71(12), Dec, 2021
Comprehensive discovery of CRISPR-targeted terminally redundant sequences in the human gut metagenome: Viruses, plasmids, and more.

Ryota Sugimoto, Luca Nishimura, Phuong Thanh Nguyen, Jumpei Ito, Nicholas F Parrish, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Hirofumi Nakaoka, Ituro Inoue

PLoS computational biology, 17(10) e1009428, Oct, 2021
Key bacterial taxa and metabolic pathways affecting gut short-chain fatty acid profiles in early life.

Naoki Tsukuda, Kana Yahagi, Taeko Hara, Yohei Watanabe, Hoshitaka Matsumoto, Hiroshi Mori, Koichi Higashi, Hirokazu Tsuji, Satoshi Matsumoto, Ken Kurokawa, Takahiro Matsuki

The ISME journal, 15(9) 2574-2590, Sep, 2021
Ancient DNA reveals multiple origins and migration waves of extinct Japanese brown bear lineages.

Takahiro Segawa, Takahiro Yonezawa, Hiroshi Mori, Ayumi Akiyoshi, Morten E Allentoft, Ayako Kohno, Fuyuki Tokanai, Eske Willerslev, Naoki Kohno, Hidenori Nishihara

Royal Society open science, 8(8) 210518-210518, Aug, 2021
PZLAST: an ultra-fast amino acid sequence similarity search server against public metagenomes.

Hiroshi Mori, Hitoshi Ishikawa, Koichi Higashi, Yoshiaki Kato, Toshikazu Ebisuzaki, Ken Kurokawa

Bioinformatics (Oxford, England), Jul 7, 2021
Coprobacter secundus subsp. similis subsp. nov. and Solibaculum mannosilyticum gen. nov., sp. nov., isolated from human feces

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Sho Morohoshi, Tadao Kunihiro, Takao Iino, Moriya Ohkuma

Microbiology and Immunology, 65(6) 245-256, Jun, 2021
Aberrant mucosal immunoreaction to tonsillar microbiota in immunoglobulin A nephropathy.

Hiroki Yamaguchi, Shin Goto, Nao Takahashi, Masafumi Tsuchida, Hirofumi Watanabe, Suguru Yamamoto, Yoshikatsu Kaneko, Koichi Higashi, Hiroshi Mori, Yukio Nakamura, Arata Horii, Ken Kurokawa, Ichiei Narita

Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association, 36(1) 75-86, Jan 1, 2021
Complete Genome Sequence of Faecalibacillus intestinalis JCM 34082, Isolated from Feces from a Healthy Japanese Female.

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Moriya Ohkuma

Microbiology resource announcements, 9(50), Dec 10, 2020
Short-Chain Fatty Acid-Producing Gut Microbiota Is Decreased in Parkinson's Disease but Not in Rapid-Eye-Movement Sleep Behavior Disorder.

Hiroshi Nishiwaki, Tomonari Hamaguchi, Mikako Ito, Tomohiro Ishida, Tetsuya Maeda, Kenichi Kashihara, Yoshio Tsuboi, Jun Ueyama, Teppei Shimamura, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Masahisa Katsuno, Masaaki Hirayama, Kinji Ohno

mSystems, 5(6), Dec 8, 2020
Redox stratification within cryoconite granules influences the nitrogen cycle on glaciers.

Takahiro Segawa, Nozomu Takeuchi, Hiroshi Mori, Rathnayake M L D Rathnayake, Zhongqin Li, Ayumi Akiyoshi, Hisashi Satoh, Satoshi Ishii

FEMS microbiology ecology, 96(11), Oct 20, 2020
Microbial interaction between the succinate-utilizing bacterium Phascolarctobacterium faecium and the gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron.

Nao Ikeyama, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma, Mitsuo Sakamoto

MicrobiologyOpen, 9(10) e1111, Oct, 2020
Gut Bacterial Species Distinctively Impact Host Purine Metabolites during Aging in Drosophila.

Toshitaka Yamauchi, Ayano Oi, Hina Kosakamoto, Yoriko Akuzawa-Tokita, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Masayuki Miura, Fumiaki Obata

iScience, 101477-101477, Sep 2, 2020

Books and Other Publications

バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤

小野, 浩雅 (Role: Contributor, Microbiome DatahubとPZLAST)

羊土社, Nov, 2022 (ISBN: 9784758104067)
遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源

日本遺伝学会 (Role: Contributor, メタゲノム解析と原核生物の多様性)

丸善出版, Jan, 2022 (ISBN: 9784621306604)
メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ (実験医学別冊)

坊農秀雅 (Role: Contributor, VITCOMIC2, LEA)

羊土社, Dec 2, 2021 (ISBN: 4758122555)
統計的仮説検定

実験医学別冊独習Pythonバイオ情報解析, 羊土社, Apr, 2021
メタゲノム解析における機械学習的手法

森宙史

実験医学増刊機械学習を生命科学に使う！, 羊土社, Dec, 2020
ヒトマイクロバイオーム統合データベースの構築

森宙史, 黒川顕

ヒトマイクロバイオーム Vol. 2, NTS出版, 2020
メタゲノムデータの情報解析とデータベース

村上匠, 森宙史, 黒川顕

実験医学増刊腸内細菌叢健康と疾患を制御するエコシステム, 羊土社, 2019
9章メタゲノム解析

黒川顕, 森宙史, 東光一

よくわかるバイオインフォマティクス入門, 講談社, 2018
細菌のゲノム進化と群集ダイナミクス

森宙史

生体の科学, 医学書院, Apr, 2017
Metagenome analyses and hologenome analyses

Hiroshi Mori, Ken Kurokawa

2017
メタゲノムデータの情報解析のオーバービュー

東光一, 森宙史, 黒川顕

今すぐ始める！メタゲノム解析実験プロトコール, 羊土社, Dec, 2016
微生物統合データベースによる微生物と環境の研究への貢献

森宙史, 東光一, 山田拓司, 黒川顕

難培養微生物研究の最新技術 III—微生物の生き様に迫り課題解決へ—, シーエムシー出版, 2015
メタゲノミクスの現状と未来

山本希, 森宙史, 山田拓司, 黒川顕

生命のビッグデータ利用の最前線, シーエムシー出版, 2014
MicrobeDB.jp

森宙史, 黒川顕

今日から使えるデータベース・ウェブツール, 羊土社, 2014
ヒトメタゲノムの大規模コホート研究

森宙史, 山田拓司, 黒川顕

遺伝, エヌ・ティー・エス, May, 2013
メタゲノム解析の現状と将来知識データベースの開発

森宙史, 山田拓司, 黒川顕

情報管理, 科学技術振興機構, Jun, 2012
メタゲノムデータベース

森宙史, 丸山史人, 黒川顕

メタゲノム解析技術の最前線, シーエムシー出版, 2010
メタゲノムインフォマティクス

森宙史, 丸山史人, 黒川顕

難培養微生物研究の最新技術 II—ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望—, シーエムシー出版, 2010
メタゲノム研究の最前線

森宙史, 林哲也, 黒川顕

蛋白質核酸酵素, 共立出版, Aug, 2009

Presentations

マイクロバイオームからのMAG/SAGデータの取得と活用の展望

森宙史

NITEスポンサーセミナー, BioJapan 2022, Oct 12, 2022, NITE Invited
メタゲノムインフォマティクスの現状と今後の展開

森宙史

第33回⽇本臨床微生物学会総会・学術集会シンポジウム「マイクロバイオーム最前線」, Jan 30, 2022, ⽇本臨床微生物学会 Invited
MicrobeDB.jp: integration of microbial data from microbiome point of view

Hiroshi Mori

ACM17 Online, Sep 9, 2020, NITE, JCM and NIE Invited
メタゲノムインフォマティクスと微生物統合データベース

森宙史

産総研セミナー, Nov 1, 2019, 産業総合技術研究所つくばセンター Invited
寒冷地の雪のメタゲノム解析による群集構造の解明

森宙史

信州大学理学部生物科学科教室セミナー, Sep 12, 2019, 信州大学理学部生物科学科 Invited
古代の動物の骨のメタゲノム解析

森宙史

日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会第二回講演会, Dec 5, 2018, 日本生物工学会バイオインフォマティクス相談部会 Invited
Metagenome informatics to understand microbial communities

Hiroshi Mori

Illumina Microbiology Workshop 2018 in Japan, Sep 18, 2018 Invited
配列相同性検索ツールCLASTとPZLASTの開発

森宙史

理研セミナー, Aug 27, 2018, 理化学研究所 Invited
博物館資料のメタゲノム解析

森宙史

第8回Museomics研究会, Jan 26, 2018, 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設 Invited
Developing tools and database for microbial community analysis

森宙史

マイクロバイオーム研究開発の最前線, Jan 25, 2018, 一般社団法人ライフサイエンス・イノベーション・ネットワーク・ジャパン Invited
微生物研究開発における微生物統合データベースMicrobeDB.jpの利用法

森宙史

千葉県バイオ・ライフサイエンス・ネットワーク会議, Dec 22, 2017, 公益財団法人かずさDNA研究所 Invited
ヒト乳児腸内細菌群集の形成と安定化機構

森宙史

第252回信州大学理学部生物科学科教室セミナー, Sep 14, 2017, 信州大学理学部生物科学科 Invited
微生物ゲノムアノテーションの現状と問題点

森宙史

2015年度国立遺伝学研究所研究会 Annotathon 2015, Nov 12, 2015 Invited
プライマー設計の方法と実践

森宙史

第32回 DDBJing 講習会 in 那覇植物防疫事務所, Jul 29, 2015 Invited
微生物統合データベースMicrobeDB.jpのメタゲノム情報を用いた超高度化

森宙史

ラン藻ゲノム交流会2015, Jul 25, 2015 Invited
メタゲノム解析と微生物統合データベース

森宙史

第３０回DDBJing講習会in東京, Dec 18, 2014 Invited
細菌群集解析のためのメタ16S・メタゲノム解析パイプラインの開発

森宙史

Illumina BaseSpace Worldwide Developers Conference in Japan, Oct 29, 2014 Invited
MiGAPを用いた微生物ゲノムオートアノテーションとMicrobeDB.jp連携

森宙史, 藤澤貴智, 大山彰, 菅原秀明, 中村保一, 黒川顕

第8回日本ゲノム微生物学会若手の会, Sep 28, 2014 Invited
古代ゲノムと微生物統合データベース

森宙史

北海道大学低温科学研究所研究集会「低温環境への適応：ゲノム進化と環境変動指標」, Jul 22, 2014 Invited
Draft Aepyornis and Mullerornis mitochondrial genome assembly

Hiroshi Mori

Workshop on Methods for Biodiversity Research, Mar 12, 2014 Invited

Teaching Experience

Professional Memberships

Research Projects

マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指した微生物統合データベースの特化型開発

ライフサイエンスデータベース統合推進事業[統合化推進プログラム], 科学技術振興機構, Apr, 2022 - Mar, 2027

森宙史
ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成

AMED-CREST, AMED, Oct, 2017 - Mar, 2023

豊田敦
細菌群集の機能遺伝子組成の環境に依存した収斂現象の解明

科学研究費補助金(基盤研究(C)), 文部科学省, 2015 - 2017

森宙史
群集としての協調代謝を明らかにするための土壌細菌群集解析

科学研究費補助金(若手研究(B)), 文部科学省, 2012 - 2015

森宙史
MicrobeDB.jpデータを用いたメタゲノム解析Webアプリケーションの開発

統合化推進プログラム(統合データ解析トライアル), 科学技術振興機構, Sep, 2013 - Jan, 2014

森宙史

Media Coverage

ニホンオオカミの起源を解明

May, 2022 Other
本州にかつて生息していたヒグマの起源の解明

Aug, 2021 Other
膨大なメタゲノムデータの相同性検索を可能にするシステム「PZLAST」

Jul, 2021 Other
北極と南極の雪を赤く染める藻類の地理的分布の解明

Aug, 2018 Other
高速かつ高精度に細菌群集の系統組成を推定するツールVITCOMIC2を開発

Jun, 2018 Other
マダガスカルの絶滅した巨大な鳥・象鳥の古代DNA解析による走鳥類進化の解明

Dec, 2016 Other
ビフィズス菌が優勢になる乳児の腸内フローラ形成機構を解明

Jun, 2016 Other