平瀬祥太朗 (Shotaro HIRASE) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 東京大学大学院農学生命科学研究科生圏システム学専攻水域保全学研究室准教授

研究者番号: 90635559
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-7595-590X
J-GLOBAL ID: 202001009595887279
researchmap会員ID: R000013981

研究キーワード

8

研究分野

1

ライフサイエンス / 水圏生命科学 / 水圏遺伝生態学

経歴

3

2015年10月 - 2024年11月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科附属水産実験所, 助教
2015年4月 - 2015年9月

独立行政法人日本学術振興会（東京大学大学院理学系研究科）, 特別研究員
2012年4月 - 2015年3月

東京大学大気海洋研究所, 地球表層圏変動研究センター生物遺伝子変動分野, 特任研究員

学歴

3

2009年4月 - 2012年3月

東北大学, 大学院農学研究科, 資源生物科学専攻
2007年4月 - 2009年3月

東北大学, 大学院農学研究科, 資源生物科学専攻
2003年4月 - 2007年3月

東北大学, 農学部, 生物生産科学科

委員歴

4

2023年10月 - 現在

日本魚類学会, 代議員
2023年4月 - 現在

日本水産学会, 編集委員
2020年4月 - 現在

John Wiley & Sons, Molecular Ecology Resources, Associate Editor
2018年4月 - 現在

John Wiley & Sons, Molecular Ecology, Associate Editor

受賞

3

論文

42

Discordant Phylogeographic Patterns in Ecologically Similar Sympatric Sister Species: Revisiting the Null Hypothesis of Comparative Phylogeography

Shuya Kato, Seiji Arakaki, Atsushi J. Nagano, Kiyoshi Kikuchi, Shotaro Hirase

Journal of Biogeography 2025年12月9日
Ancestral Origin and Structural Characteristics of Non-Syntenic Homologous Chromosomes in Abalones (Haliotis).

Shotaro Hirase, Takashi Makino, Takeshi Takeuchi, Mitsutaka Kadota, Shigehiro Kuraku, Kiyoshi Kikuchi

Molecular Ecology Resources e70057 2025年11月7日筆頭著者責任著者
Ancestral origin and structural characteristics of non-syntenic homologous chromosomes in abalones

Shotaro Hirase, Takashi Makino, Takeshi Takeuchi, Mitsutaka Kadota, Shigehiro Kuraku, Kiyoshi Kikuchi

bioRxiv e70057 2025年4月筆頭著者責任著者
Identification of the sex determination region and the development of a marker to distinguish males and females in megai abalone (Haliotis gigantea)

Taito Kina, Motoyuki Hara, Shotaro Hirase, Kiyoshi Kikuchi

Aquaculture Reports 40 2025年3月15日
Phenotypic and Genomic Signatures of Latitudinal Local Adaptation Along With Prevailing Ocean Current in a Coastal Goby.

Shotaro Hirase, Atsushi J Nagano, Kenji Nohara, Kiyoshi Kikuchi, Tomoyuki Kokita

Molecular Ecology 34(2) e17599 2025年1月筆頭著者責任著者
Silver chimaera genome assembly and identification of the holocephalan sex chromosome sequence

Akinori Teramura, Mitsutaka Kadota, Shotaro Hirase, Shigehiro Kuraku, Kiyoshi Kikuchi

2024年8月20日
6. Genetic basis of speciation and adaptive evolution in Japanese large abalones

Shotaro Hirase

Nippon Suisan Gakkaishi (Japanese Edition) 90(2) 146 2024年
Chimaera stellata, a new species described from the northwestern Pacific Ocean, with the redescription of Chimaera owstoni Tanaka 1905 (Chondrichthyes: Chimaeridae)

Akinori Teramura, Hiroshi Senou, Shotaro Hirase

Ichthyological Research 2024年最終著者
Integrating genetic and morphological data to assess species delimitation of two Japanese large abalones: Haliotis discus discus and H. madaka

Shotaro Hirase, Sota Ikegaya, Kiyoshi Kikuchi

Fisheries Science 2024年筆頭著者責任著者
Genomic landscape of introgression from the ghost lineage in a gobiid fish uncovers the generality of forces shaping hybrid genomes.

Shuya Kato, Seiji Arakaki, Atsushi J Nagano, Kiyoshi Kikuchi, Shotaro Hirase

Molecular Ecology 2023年12月4日責任著者
Accumulation of gene copy number variations during the early phase of free-spawning abalone speciation.

Shotaro Hirase, Masashi Sekino, Motoyuki Hara, Kiyoshi Kikuchi

Ecology and Evolution 13(2) e9816 2023年2月筆頭著者責任著者
Assessing the effectiveness of DNA barcoding for exploring hidden genetic diversity in deep-sea fishes

Akinori Teramura, Keita Koeda, Ayumi Matsuo, Mitsuhiko P. Sato, Hiroshi Senou, Hsuan-Ching Ho, Yoshihisa Suyama, Kiyoshi Kikuchi, Shotaro Hirase

MARINE ECOLOGY PROGRESS SERIES 701 83-98 2022年11月最終著者責任著者
Repeated translocation of a supergene underlying rapid sex chromosome turnover in Takifugu pufferfish.

Ahammad Kabir, Risa Ieda, Sho Hosoya, Daigaku Fujikawa, Kazufumi Atsumi, Shota Tajima, Aoi Nozawa, Takashi Koyama, Shotaro Hirase, Osamu Nakamura …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(23) e2121469119 2022年6月7日
Genomic signatures for latitudinal selection in the tropical eel Anguilla marmorata.

Shotaro Hirase, Yusuke Kumai, Shuya Kato, Seishi Hagihara, Kiyoshi Kikuchi, Mari Kuroki

Journal of Evolutionary Biology 35(5) 763-771 2022年3月24日筆頭著者責任著者
A preliminary deep-sea fish fauna list with new and northernmost records, in the continental shelf to the upper continental slope in the east Enshu-nada Sea, central Japan

Akinori Teramura, Hiroshi Kohno, Hiroshi Senou, Kiyoshi Kikuchi, Shotaro Hirase, Taiga Kunishima

Plankton and Benthos Research 17(1) 95-99 2022年2月22日
Squalomix: shark and ray genome analysis consortium and its data sharing platform.

Osamu Nishimura, John Rozewicki, Kazuaki Yamaguchi, Kaori Tatsumi, Yuta Ohishi, Tazro Ohta, Masaru Yagura, Taiki Niwa, Chiharu Tanegashima, Akinori Teramura …

F1000Research 11 1077-1077 2022年
Genomic evidence for speciation with gene flow in broadcast spawning marine invertebrates.

Shotaro Hirase, Yo Y Yamasaki, Masashi Sekino, Masato Nishisako, Minoru Ikeda, Motoyuki Hara, Juha Merilä, Kiyoshi Kikuchi

Molecular biology and evolution 38(11) 4683-4699 2021年7月26日筆頭著者責任著者
Comparative phylogeography of coastal gobies in the Japanese Archipelago: future perspectives for the study of adaptive divergence and speciation

Shotaro Hirase

ICHTHYOLOGICAL RESEARCH 2021年7月筆頭著者最終著者責任著者
DNA barcoding of deep-sea fishes from the northwestern Pacific Ocean: a resource for identifying hidden genetic diversity in deep-sea fishes

Akinori Teramura, Keita Koeda, Hiroshi Senou, Hsuan-Ching Ho, Kiyoshi Kikuchi, Shotaro Hirase

2021年3月23日
Integrative genomic phylogeography reveals signs of mitonuclear incompatibility in a natural hybrid goby population.

Shotaro Hirase, Ayumi Tezuka, Atsushi J Nagano, Mana Sato, Sho Hosoya, Kiyoshi Kikuchi, Wataru Iwasaki

Evolution 75(1) 176-194 2020年11月9日筆頭著者責任著者

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MISC

36

メガイアワビにおける性分化関連遺伝子群のトランスクリプトーム解析

喜納泰斗, 平瀬祥太朗, 菊池潔

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2025 2025年
野生水産生物における集団ゲノミクス：はじめに

池田実, 平瀬祥太朗, 菊池潔

日本水産学会誌 90(2) 140-140 2024年3月
クマノミ温帯集団の低温適応進化に関わる遺伝子の探索

吉田陽香, 平瀬祥太朗, 小北智之

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2024 2024年
アゴハゼの複数の交雑帯に着目した全ゲノムクライン解析

加藤柊也, 永野惇, 永野惇, 菊池潔, 平瀬祥太朗

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2024 2024年
メガイアワビにおける性決定領域の同定と性判別マーカーの開発

喜納泰斗, 平瀬祥太朗, 菊池潔

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2024 2024年
世界のアワビ類のゲノム系統解析

平瀬祥太朗, 菊池潔

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2024 2024年
ミミズハゼとミナミヒメミミズハゼにおけるmito-nuclear discordanceの検証

末松知宙, 松井彰子, 前田健, 乾隆帝, 福家悠介, 加藤柊也, 菊池潔, 平瀬祥太朗

日本魚類学会年会講演要旨 58th (CD-ROM) 2024年
集団ゲノミクス:SNP検出と解析

平瀬祥太朗

水産育種 53(2) 2024年
日本産大型アワビ類における種分化と適応進化の遺伝基盤

平瀬祥太朗

水産育種 53(2) 2024年
1. Population genomics: SNP calling and subsequent genomic analyses

Shotaro Hirase

Nippon Suisan Gakkaishi (Japanese Edition) 90(2) 141 2024年
クロアワビとマダカアワビにおける種の境界

池谷蒼太, 菊池潔, 平瀬祥太朗

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2023 2023年
集団パラロガスゲノミクスで迫る日本産アワビ類の種分化と適応進化

平瀬祥太朗

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 25th 2023年
日本産大型アワビ類における種分化と適応進化の遺伝基盤

平瀬祥太朗

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2023 2023年
集団ゲノミクス:SNP検出と解析

平瀬祥太朗

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2023 2023年
アゴハゼの2つの交雑帯におけるゲノムクライン解析

加藤柊也, 永野惇, 永野惇, 菊池潔, 平瀬祥太朗

日本魚類学会年会講演要旨 57th 2023年
温帯域のクマノミ集団における低温耐性の進化

吉田陽香, 平瀬祥太朗, 小北智之

日本魚類学会年会講演要旨 57th 2023年
海流がもたらす深海魚類相の変化

手良村知功, 平瀬祥太朗, 國島大河

日本魚類学会年会講演要旨 57th 2023年
天然のアワビ類におけるAbalone asfa-like virus保有状況調査

永瀬航, 平瀬祥太朗, 早川淳, 渡邊勇歩, 伊藤直樹

日本魚病学会大会プログラムおよび講演要旨 2023 2023年
幻の「マダカアワビ」の生物学的な実態をとらえる

平瀬祥太朗

水産育種 52(2) 2023年
日本産ギンザメ科魚類の全ゲノム系統解析

手良村知功, 瀬能宏, 菊池潔, 平瀬祥太朗

日本魚類学会年会講演要旨 56th 2022年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

9

移動活性の違いがもたらすクロアワビとマダカアワビの生殖隔離とその将来予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2030年3月

松本有記雄, 平瀬祥太朗
幻の「マダカアワビ」における種分化逆転仮説の検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

平瀬祥太朗
急速な進化を逆利用して水産生物の性決定遺伝子をとらえる

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2022年4月 - 2026年3月

菊池潔, 小山喬, 細谷将, 竹内裕, 平瀬祥太朗
トゲウオ科魚類をモデルとした繁殖行動形質の適応的多様化のゲノム基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

小北智之, 平瀬祥太朗
交雑起源の新規集団のゲノム進化に関する包括的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

平瀬祥太朗, 岩崎渉, 小北智之
日本列島のアワビ類における種分化遺伝子の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2020年3月

平瀬祥太朗, 關野正志
全ゲノムリシーケンスによる高効率な海産魚遺伝資源管理技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

菊池潔, 片町太輔, 鈴木重則, 細谷将, 平瀬祥太朗
沿岸生物種において遺伝的撹乱は起こっているか：マハゼの大規模DNA分析からの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

平瀬祥太朗
交雑によるゲノム不和合回避と適応進化の分子機構：アゴハゼの交雑集団をモデルとして

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2015年4月 - 2016年3月

平瀬祥太朗