上田宏生 (Hiroki Ueda) - マイポータル

基本情報

所属: 千葉大学健康疾患オミクスセンター特任准教授
: 東京大学先端科学技術研究センター特任講師

研究者番号: 70821916
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-9135-7117
J-GLOBAL ID: 202401019278881448
researchmap会員ID: R000076449

外部リンク: http://www.biods.rcast.u-tokyo.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

論文

Repression of ROBO1 Enhances Cisplatin Sensitivity in Hypermethylated Subtype of HPV‐Positive Head and Neck Carcinoma

Kenta Saeda, Takuya Nakagawa, Atsushi Okabe, Kazuko Kita, Tomoya Kurokawa, Masaki Fukuyo, Hiroki Ueda, Motoaki Seki, Bahityar Rahmutulla, Syuji Yonekura …

Cancer Science 2026年7月16日
RNA modifications in cancer and their detection: a review

Bo-Yi Yu, Hiroki Ueda

Japanese Journal of Clinical Oncology 2026年1月30日
Enhancing Mass spectrometry-based tumor immunopeptide identification: machine learning filter leveraging HLA binding affinity, aliphatic index and retention time deviation

Feifei Wei, Taku Kouro, Yuko Nakamura, Hiroki Ueda, Susumu Iiizumi, Kyoko Hasegawa, Yuki Asahina, Takeshi Kishida, Soichiro Morinaga, Hidetomo Himuro …

Computational and Structural Biotechnology Journal 2024年12月
m6ATM: a deep learning framework for demystifying the m6A epitranscriptome with Nanopore long-read RNA-seq data.

Boyi Yu, Genta Nagae, Yutaka Midorikawa, Kenji Tatsuno, Bhaskar Dasgupta, Hiroyuki Aburatani, Hiroki Ueda

Briefings in bioinformatics 25(6) 2024年9月23日
Direct Nanopore RNA sequenceによる神経膠腫異常RNA修飾の検出(Exploring aberrant RNA modifications in glioma using direct RNA Nanopore sequencing)

山田恵祐, 余柏毅, 藤田隆教, 高柳俊作, 上田宏生, 田中將太, 齊藤延人, 油谷浩幸, 永江玄太, 余柏毅

日本癌学会総会記事 83回 P-2080 2024年9月
hireCLIP-seqによるスプライシング因子のアンバイアスト・マルチオミクス解析(Unbiased multi-omics profiling of splicing factors with hireCLIP-seq)

吉田澪奈, 網代将彦, 河知あすか, 判澤まゆ美, 工藤麗, 向山順子, 西村一希, 前之園良一, 武藤朋也, 足達俊吾 …

日本癌学会総会記事 83回 SS1-2 2024年9月
FFPE検体を用いたマルチオミクスおよびマルチモーダルプロファイリングの有用性(Clinical utility of integrative multi-omic and multi-modal profiling of FFPE specimens)

渡邊広祐, 辰野健二, 堤修一, ボヤン・ロシッチ, 上田宏生, 一條俊允, 牛久綾, 鹿毛秀宣, 牛久哲男, ドノバン・チェン …

日本癌学会総会記事 83回 P-1323 2024年9月
臨床がんゲノムプロファイリング検査におけるコピー数異常検出の多層最適化(Multilayer optimization for detecting copy number aberration in clinical cancer genome profiling tests)

辰野健二, 堤修一, 上田宏生, 渡邊広祐, 鹿毛秀宜, 織田克利, 油谷浩幸, 油谷浩幸

日本癌学会総会記事 83回 P-1325 2024年9月
AB019. Detailed analysis of DNA hydroxymethylation observed with the malignant progression of IDH-mutant gliomas.

Taijun Hana, Akitake Mukasa, Masashi Nomura, Genta Nagae, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Shiro Fukuda, Takayoshi Umeda, Shota Tanaka …

Chinese clinical oncology 13(Suppl 1) AB019 2024年8月
HLA結合親和性、脂肪族指数、保持時間偏差に基づく機械学習フィルターを使用した質量分析による腫瘍免疫ペプチドの同定の改善(Improving the identification of tumor immunopeptides by Mass spectrometry using a machine learning filter based on HLA binding affinity, aliphatic index, and retention time deviation)

魏菲菲, 紅露拓, 中村有子, 上田宏生, 氷室秀知, 辻嘉代子, 駒橋充, 川村猛, 笹田哲朗

日本がん免疫学会総会・日本バイオセラピィ学会学術集会総会合同大会プログラム・抄録集 28回・37回 144-144 2024年6月
Region-specific DNA hydroxymethylation along the malignant progression of IDH-mutant gliomas.

Taijun Hana, Akitake Mukasa, Masashi Nomura, Genta Nagae, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Shiro Fukuda, Takayoshi Umeda, Shota Tanaka …

Cancer science 115(5) 1706-1717 2024年5月
神経膠腫における異常RNA修飾の高解像度検出(High-resolution detection of Aberrant RNA modification in glioma)

山田恵祐, 永江玄太, 余柏毅, 藤田隆教, 上田宏生, 田中將太, 油谷浩幸, 齊藤延人

日本癌学会総会記事 82回 2018-2018 2023年9月
機械学習を駆使した質量分析によるネオアンチゲンの同定率の向上(HLA-Mascot: Machine Learning-based False Positive Filter in Tumor Immunopeptidomics by Mass Spectrometry)

魏菲菲, 紅露拓, 中村有子, 上田宏生, 氷室秀知, 洞口俊, 辻嘉代子, 眞野恭伸, 中村徳弘, 川村猛 …

日本癌学会総会記事 82回 1232-1232 2023年9月
免疫ペプチドーム解析のための腎がん患者由来オルガノイドの樹立(Establishment of Organoids Derived from Renal Cell Cancer for Immunopeptidome Analysis)

辻嘉代子, 中村有子, 上田宏生, 紅露拓, 魏菲菲, 眞野恭伸, 洞口俊, 氷室秀知, 星野大輔, 川村猛 …

日本癌学会総会記事 82回 1889-1889 2023年9月
Multiancestry genomic and transcriptomic analysis of gastric cancer

Yasushi Totoki, Mihoko Saito-Adachi, Yuichi Shiraishi, Daisuke Komura, Hiromi Nakamura, Akihiro Suzuki, Kenji Tatsuno, Hirofumi Rokutan, Natsuko Hama, Shogo Yamamoto …

Nature Genetics 55(4) 581-594 2023年3月13日査読有り
RNA Modification Detection Using Nanopore Direct RNA Sequencing and nanoDoc2.

Hiroki Ueda, Bhaskar Dasgupta, Bo-Yi Yu

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2632 299-319 2023年
Discovering A-to-I RNA editing through chemical methodology “ICE-seq”

Masayuki Sakurai, Shunpei Okada, Hiroki Ueda, Yuxi Yang

Methods in Molecular Biology 2181 113-148 2022年
Genetic and epigenetic basis of hepatoblastoma diversity.

Genta Nagae, Shogo Yamamoto, Masashi Fujita, Takanori Fujita, Aya Nonaka, Takayoshi Umeda, Shiro Fukuda, Kenji Tatsuno, Kazuhiro Maejima, Akimasa Hayashi …

Nature communications 12(1) 5423-5423 2021年9月20日
Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytidine by selective oxidation and reverse transcription arrest

Kenta Koyama, Gosuke Hayashi, Hiroki Ueda, Satoshi Ota, Genta Nagae, Hiroyuki Aburatani, Akimitsu Okamoto

Organic & Biomolecular Chemistry 2021年
Accumulation of Molecular Aberrations Distinctive to Hepatocellular Carcinoma Progression.

Yutaka Midorikawa, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Claire Renard-Guillet, Shingo Tsuji, Akimasa Hayashi, Hiroki Ueda, Shiro Fukuda, Takanori Fujita, Hiroto Katoh …

Cancer research 80(18) 3810-3819 2020年9月15日

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MISC

Comprehensive Analysis of RNA Modifications in Coding and Non-Coding Transcripts Using Nanopore Sequencing

Hiroki Ueda, Boyi Yu, Keisuke Yamada, Akihide Yoshimi, Genta Nagae, Hiroyuki Aburatani

CANCER SCIENCE 117 714-714 2026年1月
Development of a Method for Simultaneous Detection of Multiple RNA Modifications Using Nanopore Sequencing

Hiroki Ueda, Boyi Yu, Keisuke Yamada, Akihide Yoshimi, Genta Nagae, Hiroyuki Aburatani

CANCER SCIENCE 116 1242-1242 2025年1月
Exploring aberrant RNA modifications in glioma using direct RNA Nanopore sequencing

Keisuke Yamada, Boyi Yu, Takanori Fujita, Shunsaku Takayanagi, Hiroki Ueda, Shota Tanaka, Nobuhito Saito, Hiroyuki Aburatani, Genta Nagae

CANCER SCIENCE 116 1100-1100 2025年1月
High-resolution detection of Aberrant RNA modification in glioma

Keisuke Yamada, Genta Nagae, Boyi Yu, Takanori Fujita, Hiroki Ueda, Shota Tanaka, Hiroyuki Aburatani, Nobuhito Saito

CANCER SCIENCE 115 2017-2017 2024年3月
ぺプチドーム解析による患者由来ゼノグラフト組織からのHLA結合ネオエピトープの同定

紅露拓, 川村猛, 上田宏生, 岸裕幸, 油谷浩幸, 笹田哲朗

日本癌学会総会記事 80回 [P12-7] 2021年9月
ペプチドミクス解析によるネオアンチゲン同定と特異的T細胞樹立による検証

紅露拓, 朝比奈佑希, 中村有子, 上田宏生, 浜名洋, 東島直子, 近岡洋子, 辰野健二, 岸裕幸, 中村徳弘 …

日本がん免疫学会総会プログラム・抄録集 25回 172-172 2021年5月
ペプチドミクス解析によるネオアンチゲン同定と特異的T細胞樹立による検証

紅露拓, 朝比奈佑希, 中村有子, 上田宏生, 浜名洋, 東島直子, 近岡洋子, 辰野健二, 岸裕幸, 中村徳弘 …

日本がん免疫学会総会プログラム・抄録集 25回 172-172 2021年5月
ぺプチドーム解析による臨床腫瘍組織からのHLA結合ネオエピトープ同定法

長谷川香子, 紅露拓, 五十嵐友香, 川村猛, 上田宏生, 油谷浩幸, 笹田哲朗

日本癌学会総会記事 79回 PJ12-6 2020年10月
がん組織のペプチドミクス解析によるHLA class I結合ネオアンチゲン同定法の開発

長谷川香子, 紅露拓, 中村有子, 上田宏生, 五十嵐友香, 東島直子, 近岡洋子, 辰野健二, 中村徳弘, 川村猛 …

日本がん免疫学会総会プログラム・抄録集 24回 136-136 2020年9月
がん組織のペプチドミクス解析によるHLA class I結合ネオアンチゲン同定法の開発

長谷川香子, 紅露拓, 中村有子, 上田宏生, 五十嵐友香, 東島直子, 近岡洋子, 辰野健二, 中村徳弘, 川村猛 …

日本がん免疫学会総会プログラム・抄録集 24回 136-136 2020年9月
日本人胃がんの包括的ゲノムプロファイル

鈴木章浩, 垣内美和子, 田頭周, 加藤洋人, 上田宏生, 山本尚吾, 辰野健二, 大島貴, 利野靖, 中島淳 …

日本癌学会総会記事 75回 P-1016 2016年10月
アンドロゲン非依存性LNCaP亜株のスプライシング異常について RNA-seq解析からみたアンドロゲン受容体およびクロマチン因子の異常

山本竜児, 溝上敦, 山本尚吾, 上田宏生, 辰野健二, 油谷浩幸, 穴井元暢, 児玉龍彦, 田中十志也

泌尿器外科 29(8) 1229-1233 2016年8月
Genetic difference between multicentric carcinogenesis and intrahepatic metastasis of hepatocellular carcinoma

Yutaka Midorikawa, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Shingo Tsuji, Genta Nagae, Tadatoshi Takayama, Hiroyuki Aburatani

CANCER RESEARCH 76 2016年7月
Genomic characterization of primary central nervous system lymphoma

Kazutaka Fukumura, Masahito Kawazu, Shinya Kojima, Toshihide Ueno, Eirin Sai, Manabu Soda, Hiroki Ueda, Takahiko Yasuda, Hiroyuki Yamaguchi, Jeunghun Lee …

Acta Neuropathologica 131(6) 865-875 2016年1月12日
Integrated genomic analysis identified sequential molecular aberrations in stepwise progression from early to classical hepatocellular carcinomas

Yutaka Midorikawa, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Shingo Tsuji, Genta Nagae, Tadatoshi Takayama, Hiroyuki Aburatani

CANCER RESEARCH 75(22) 2015年11月
胃癌治療の層別化へ向けてのゲノム解析

林茂也, 垣内美和子, 田頭周, 加藤洋人, 上田宏生, 山本尚吾, 辰野健二, 大島貴, 利野靖, 中島淳 …

日本癌学会総会記事 74回 P-1284 2015年10月
胃がんゲノム解析の展望

鈴木章浩, 田頭周, 加藤洋人, 上田宏生, 山本尚吾, 辰野健二, 酒井英嗣, 大島貴, 利野靖, 中島淳 …

日本癌学会総会記事 74回 P-1287 2015年10月
びまん性胃癌におけるRHOA変異とCLDN18-ARHGAPs融合遺伝子の意義

垣内美和子, 林茂也, 田頭周, 加藤洋人, 上田宏生, 山本尚吾, 辰野健二, 大島貴, 利野靖, 中島淳 …

日本癌学会総会記事 74回 J-1290 2015年10月
肝細胞癌における局所的コピー数変化の統合解析

辰野健二, 山本尚吾, 上田宏生, 永江玄太, 辻真吾, 林玲匡, 緑川泰, 十時泰, 柴田龍彦, 油谷浩幸

日本癌学会総会記事 74回 P-1158 2015年10月
Identification of genetic heterogeneity by whole exome sequencing using cell free DNA from blood samples

Kayo Asada, Katsutoshi Oda, Kengo Gotoh, Reiko Kurikawa, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Yuji Ikeda, Yuriko Uehara, Kenbun Sone …

CANCER RESEARCH 75 2015年8月

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書籍等出版物

月間「細胞」2021年12月号エピトランスクリプトミクス

(担当:共著, 範囲:ナノポアシーケンサを用いたRNA修飾の解析)

ニューサイエンス社 2021年12月
ロングリードWET&DRY解析ガイド : シークエンスをもっと自由に! : リピート配列から構造変異、ダイレクトRNA、de novoアセンブリまで、研究の可能性をグンと広げる応用自在な最新技術 : どこでも、誰でも、今日から使える!

荒川, 和晴, 宮本, 真理 (担当:共著, 範囲:direct RNA sequenceとRNA修飾の情報解析)

羊土社 2021年10月 (ISBN: 9784758122535)
個別化医療を拓くがんゲノム研究 : 解き明かされるがんの本質と分子診断・治療応用への展開

柴田, 龍弘 (担当:共著, 範囲:がんエクソーム解読の情報解析)

羊土社 2014年8月 (ISBN: 9784758103404)

講演・口頭発表等

がんにおけるRNA修飾の網羅的解析

上田宏生

公益財団法人がん研究振興財団事務局令和6年度がん研究シンポジウムがんRNA標的創薬の展望 2025年3月15日招待有り
Detecting of RNA modification using nanopore sequencer and nanoDoc

上田宏生

Nanopore Day Tokyo 2022 2022年10月4日招待有り
RNA modification detection with nanoDoc

上田宏生

Virtual Nanopore Day Japan 2021年10月27日招待有り

所属学協会

2021年4月 - 現在

日本RNA学会
2012年4月 - 現在

日本癌学会
2003年4月 - 現在

日本分子生物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

エピゲノム-RNA修飾軸による肥満と生活習慣病の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2024年4月 - 2029年3月

酒井寿郎, 魏范研, 松村欣宏, 松本雅記, 永江玄太, 上田宏生
全長RNA修飾解析によるがん転写調節異常の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究（Ｂ） 2025年4月 - 2029年3月

永江玄太, 上田宏生
ナノポアシーケンサと深層学習を用いた多種RNA修飾の網羅的検出および機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2028年3月

上田宏生
化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2024年4月 - 2028年3月

浅井潔, 佐藤健吾, 上田宏生, 阿部洋
先端的1細胞オミックス・エピトランスクリプトーム解析の支援と高度化

国立研究開発法人日本医療研究開発機構生命科学・創薬研究支援基盤事業 2022年4月 - 2027年3月

油谷浩幸, 野村征太郎,上田宏生
新規RNAメチル化解析手法に基づく肝癌mRNA制御異常の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

永江玄太, 緑川泰, 上田宏生
新規創薬標的探索のためのウィルスRNA修飾解析

次世代感染症センター 2024年度UTOPIA AI研究発掘事業 2024年9月 - 2025年3月
AI/DX領域及び組織独自の知識に関する知識マップ自動生成手法の確立

Beyond AI研究推進機構新規ハイサイクル研究 2024年4月 - 2025年3月
鈴木RNA修飾生命機能プロジェクト

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 ERATO 2020年 - 2025年

鈴木勉
オルガノイドを用いたがん特異的ネオアンチゲン同定法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

笹田哲朗, 星野大輔, 川村猛, 上田宏生
ナノポアシーケンサとクラウドコンピューティングを用いた RNA 修飾の網羅的検出法の開発

武田科学振興財団 2021年度ビジョナリーリサーチ助成 2021年4月 - 2022年3月
ナノポアシーケンサデータと深層学習を用いた核酸修飾解析技術の開発

公益財団法人島津科学技術振興財団研究開発助成事業 2018年4月 - 2019年3月

産業財産権

特願2007-195555 核酸の塩基配列及び塩基修飾を解析する装置、方法及びプログラム

上田宏生

上田宏生

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研究キーワード

研究分野

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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