近藤寛子 (Hiroko X Kondo) - マイポータル

基本情報

所属: 北見工業大学工学部准教授

J-GLOBAL ID: 201601018129488930
researchmap会員ID: B000256109

論文

Quantitative evaluation of noncovalent interactions with negative fragmentation approach including basis set superposition error correction

Yu Takano, Hiroko X Kondo, Haruki Nakamura

Bulletin of the Chemical Society of Japan 97(9) 2024年9月2日査読有り
Structure comparison of heme-binding sites in heme protein predicted by AlphaFold3 and AlphaFold2

Hiroko X Kondo, Yu Takano

Chemistry Letters 53(8) 2024年7月31日査読有り筆頭著者責任著者
Hydrogen Bond Energies in Helical Peptides Investigated by Negative Fragmentation Approach with Density Functional Theory

Hiroko X. KONDO, Yu TAKANO

Seibutsu Butsuri 64(2) 89-93 2024年査読有り招待有り筆頭著者
Computational Exploration of Minimum Energy Reaction Pathway of N2O Formation from Intermediate I of P450nor Using an Active Center Model

Yusuke Kanematsu, Hiroko X. Kondo, Yu Takano

International Journal of Molecular Sciences 24(24) 17172-17172 2023年12月6日査読有り
Random Forest Classifier of Heme Proteins Using Porphyrin Distortions and Axial Ligands of Heme

Hinako Fujikawa, Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Chemistry Letters 52(6) 503-507 2023年6月5日査読有り
Negative fragmentation approach for investigating the depolarization effect of neighboring residues on hydrogen bonds in π-helix

Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura, Yu Takano

Chemical Physics Letters 815 140361-140361 2023年3月査読有り筆頭著者責任著者
Prediction of Protein Function from Tertiary Structure of the Active Site in Heme Proteins by Convolutional Neural Network

Hiroko X. Kondo, Hiroyuki Iizuka, Gen Masumoto, Yuichi Kabaya, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Biomolecules 13(1) 137-137 2023年1月9日査読有り筆頭著者責任著者
Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Hiroko X. Kondo, Yu Takano

International Journal of Molecular Sciences 23(24) 15913-15913 2022年12月14日査読有り
Quantum chemical studies on hydrogen bonds in helical secondary structures

Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura

Biophysical Reviews 14(6) 1369-1378 2022年12月査読有り招待有り
Conformational Preference of Flavonols and Its Effect on the Chemical Properties Involved in Radical Scavenging Activity

Hiroko X. Kondo, Yu Takano

Chemistry 4(4) 1123-1135 2022年9月査読有り筆頭著者責任著者
Elucidation of the Correlation between Heme Distortion and Tertiary Structure of the Heme-Binding Pocket Using a Convolutional Neural Network

Hiroko X. Kondo, Hiroyuki Iizuka, Gen Masumoto, Yuichi Kabaya, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Biomolecules 12(9) 1172-1172 2022年8月査読有り筆頭著者責任著者
Depolarizing Effects in Hydrogen Bond Energy in 3-10-Helices Revealed by Quantum Chemical Analysis

Hiroko X. Kondo, Haruki Nakamura, Yu Takano

International Journal of Molecular Science 23(16) 9032 2022年8月査読有り筆頭著者責任著者
Structure of Heme-binding Pocket in Heme Protein is Generally Rigid and can be Predicted by AlphaFold2

Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu, Yu Takano

Chemistry Letters 51 704-708 2022年5月査読有り筆頭著者責任著者
Global Analysis of Heme Proteins Elucidates the Correlation between Heme Distortion and the Heme-Binding Pocket

Hiroko X. Kondo, Masanori Fujii, Takuma Tanioka, Yusuke Kanematsu, Takashi Yoshida, Yu Takano

Journal of Chemical Information and Modeling 62(4) 775-784 2022年2月14日査読有り筆頭著者責任著者
Analysis of Fluctuation in the Heme-Binding Pocket and Heme Distortion in Hemoglobin and Myoglobin

Hiroko X. Kondo, Yu Takano

Life 12(2) 210 2022年1月査読有り筆頭著者責任著者
ヘムタンパク質の機能発現メカニズムの解明に向けたデータベースの整備と機械学習を用いた解析

近藤寛子

フロンティア 3(1) 29-36 2021年1月査読有り筆頭著者
PyDISH: database and analysis tools for heme porphyrin distortion in heme proteins

Hiroko X Kondo, Yusuke Kanematsu, Gen Masumoto, Yu Takano

Database 2020 2020年10月3日査読有り筆頭著者責任著者
Computational study of distortion effect of Fe-porphyrin found as a biological active site

Yu Takano, Hiroko X. Kondo, Yusuke Kanematsu, Yasuhiro Imada

Japanese Journal of Applied Physics 59(1) 010502 2020年1月査読有り
Effects of a remote mutation from the contact paratope on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG16

Hiroko X. Kondo, Ryo Kiribayashi, Daisuke Kuroda, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Kouhei Tsumoto, Yu Takano

Scientific Reports 9(1) 19840 2019年12月査読有り筆頭著者責任著者
電位依存性カリウムチャネルKv1.2の変異体における不活性化の分子機構の解析

近藤寛子, 吉田紀生, 城田松之

アンサンブル 21 283-289 2019年10月査読有り

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MISC

ヘム蛋白質における構造機能相関の解明に向けた蛋白質ポケットとヘムの歪みの相関解析

近藤寛子, 飯塚博幸, 舛本現, 兼松佑典, 鷹野優

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
ヘムの構造歪みデータベースおよび解析ツールPyDISHの開発

鷹野優, 近藤寛子, 近藤寛子, 近藤寛子, 兼松佑典, 兼松佑典, 舛本現

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2020 2020年
ヘムの構造歪みに着目した統計解析・電子状態計算による構造機能相関の解明とデータベースの構築

近藤寛子, 兼松佑典, 藤井理則, 石井学, 舛本現, 今田康博, 吉田孝, 鷹野優

生体分子科学討論会講演要旨集 46th 2019年
Improvement of Sampling Efficiency through Combined use of Molecular Dynamics Simulations with Implicit and Explicit Solvent Models

Hiroko X. Kondo, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji

BIOPHYSICAL JOURNAL 104(2) 170A-171A 2013年1月
Exploration of Free-Energy Profiles With Conformational Changes of Proteins

Hiroko Kondo, Noriaki Okimoto, Gentaro Morimoto, Makoto Taiji

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 26A-26A 2010年1月
リガンド結合に伴うタンパク質のドメイン運動の解析

近藤寛子, 近藤寛子, 沖本憲明, 森本元太郎, 泰地真弘人, 泰地真弘人

生体分子科学討論会講演要旨集 36th 2009年
分子動力学シミュレーションによる蛋白質でのドメイン運動に関する研究

近藤寛子, 沖本憲明, 森本元太郎, 二木紀行, 泰地真弘人, 泰地真弘人

分子シミュレーション討論会講演要旨集 22nd 2008年

講演・口頭発表等

ヘムタンパク質における構造機能相関の解明に向けた構造データの網羅解析

近藤寛子

生物工学会北日本支部シンポジウム 2021年8月26日招待有り
ヘム蛋白質における構造機能相関の解明に向けた蛋白質ポケットとヘムの歪みの相関解析

近藤寛子, 飯塚博幸, 舛本現, 兼松佑典, 鷹野優

第21回日本蛋白質科学会 2021年6月招待有り
Analysis of an effect of mutations on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG16

第58回日本生物物理学会年会 2020年9月17日招待有り
電位依存性カリウムチャネル Kv1.2 における C 型不活性化の分子機構の解析

近藤寛子, 吉田紀生, 城田松之, 鷹野優, 木下賢吾

凝縮系の理論化学 2019年3月14日招待有り
電位依存性カリウムチャネル変異体の電位依存的な不活性化機構の解析

近藤寛子

第18回日本蛋白質科学会年会 2018年6月招待有り
Molecular dynamics study of kinetics of the voltage-gated proton channel VSOP/Hv1 under electric fields

Hiroko X. Kondo

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月招待有り
A study of dynamics of palmitoylated Ankyrin-G around a lipid bilayer by coarse-grained simulations

Hiroko X. Kondo

第94回日本生理学会大会 2017年3月招待有り
Molecular dynamics simulations of the effect of zinc on the voltage-gated proton channel VSOP

Hiroko X. Kondo

第53回日本生物物理学会年会 2015年9月招待有り
Computational analysis of the conformational changes in proteins

近藤寛子

第12回日本バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会「タンパク質-リガンド相互作用：分子シミュレーションおよび合成展開からのアプローチ」 2010年7月招待有り
分子動力学シミュレーションによるタンパク質構造変化の解析

近藤寛子

公開シンポジウム「蛋白質の基質結合や構造変化における分子揺らぎの意義を討論する会」 2010年3月招待有り
自由エネルギー地形計算によるタンパク質構造変化の解析

近藤寛子

大阪大学蛋白質研究所セミナー「分子科学を基盤とした生命活動への理論的アプローチ」 2009年12月招待有り

共同研究・競争的資金等の研究課題

計算科学による蛋白質構造形成相互作用の高次構造依存性の解明と新規分子力場の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2026年3月

鷹野優, 近藤寛子
蛋白質構造形成に関する高次構造依存性の解明および新規分子力場の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2019年4月 - 2023年3月

鷹野優, 近藤寛子
気液界面修飾型薬物捕捉場の創成と持続可能な水系反応分離工学の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

齋藤徹, 林英男, 近藤寛子, 安田啓司
ヘムタンパク質におけるポケット形状とヘムの歪みの相関解析に対する畳み込みニューラルネットワークの最適化

北⾒⼯業⼤学「ダイバーシティ研究環境実現イニシアティブ（牽引型）」2020年度 KNIT共同研究助成 2020年7月 - 2021年3月

近藤寛子, 飯塚博幸, 舛本現
ヘムの機能制御を目的とした人工知能および量子化学計算によるヘム蛋白質の網羅解析

住友財団基礎科学研究助成 2019年11月 - 2020年11月

近藤寛子, 兼松佑典, 舛本現, 鷹野優

近藤寛子

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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