藤崎弘士 (Fujisaki Hiroshi) - マイポータル

基本情報

所属: 日本医科大学武蔵境校舎物理学教室教授

学位: 理学博士(2001年3月東京大学)
Ms.D(University of Tokyo)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-3668-6684
J-GLOBAL ID: 200901045314466766
researchmap会員ID: 5000042090

外部リンク: http://nonad.zouri.jp/

研究履歴としては、半導体LEDの量子雑音、非断熱遷移の多次元効果、生体分子内の量子ダイナミクス、生体分子の構造変化経路サンプリングなどをやってきました。現在は細胞ダイナミクスのモデリングや機械学習による反応座標の選別に興味があります。

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年4月

日本医科大学医学部物理学教室, 教授
2012年10月 - 2019年3月

日本医科大学, 准教授
2009年10月 - 2012年9月

日本医科大学, 講師
2008年6月 - 2009年9月

理化学研究所, 上級研究員
2007年1月 - 2008年5月

ゲーテ大学 Humboldt fellow
2003年4月 - 2006年12月

ボストン大学化学科 Senior Researcher
2001年4月 - 2003年3月

分子科学研究所非常勤研究員
日本医科大学, 教授

論文

Mathematical model for promotion of wound closure with ATP release.

Kenta Odagiri, Hiroshi Fujisaki, Hiroya Takada, Rei Ogawa

Biophysics and physicobiology 20(2) e200023 2023年
Non-Markov-Type Analysis and Diffusion Map Analysis for Molecular Dynamics Trajectory of Chignolin at a High Temperature

Hiroshi Fujisaki, Hiromichi Suetani, Luca Maragliano, Ayori Mitsutake

Life 2022年8月3日
Path Ensembles for Pin1-Catalyzed Cis-Trans Isomerization of a Substrate Calculated by Weighted Ensemble Simulations.

Kei Moritsugu, Norifumi Yamamoto, Yasushige Yonezawa, Shin-Ichi Tate, Hiroshi Fujisaki

Journal of chemical theory and computation 2021年3月26日
Mathematical model for wound healing caused by exogeneous mechanical forces

Kenta Odagiri, Hiroshi Fujisaki

INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING ICCMSE 2020 2021年3月査読有り招待有り
Weighted ensemble simulations for conformational changes of proteins

Hiroshi Fujisaki, Yasuhiro Matsunaga, Kei Moritsugu

INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING ICCMSE 2020 2021年3月査読有り招待有り
Exploring Configuration Space and Path Space of Biomolecules Using Enhanced Sampling Techniques—Searching for Mechanism and Kinetics of Biomolecular Functions

Hiroshi Fujisaki, Kei Moritsugu, Yasuhiro Matsunaga

doi: 10.20944/preprints201809.0236.v1 19(10) 2018年10月15日査読有り
Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates.

Hiroshi Fujisaki, Kei Moritsugu, Ayori Mitsutake, Hiromichi Suetani

The Journal of chemical physics 149(13) 134112-134112 2018年10月7日査読有り
Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB.

Yasuhiro Matsunaga, Tsutomu Yamane, Tohru Terada, Kei Moritsugu, Hiroshi Fujisaki, Satoshi Murakami, Mitsunori Ikeguchi, Akinori Kidera

eLife 7 2018年3月6日査読有り
Vibrational energy transport in acetylbenzonitrile described by an ab initio-based quantum tier model

Hiroshi Fujisaki, Kiyoshi Yagi, Hiroto Kikuchi, Toshiya Takami, Gerhard Stock

CHEMICAL PHYSICS 482 86-92 2017年1月査読有り
Investigating Kinetics of Conformational Change using Molecular Dynamics and Milestoning

Fujisaki Hiroshi, Mitsutake Ayori

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 523A 2016年2月
Extended phase-space methods for enhanced sampling in molecular simulations: A review

Hiroshi Fujisaki, Kei Moritsugu, Yasuhiro Matsunaga, Tetsuya Morishita, Luca Maragliano

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 3 125 2015年査読有り
3P045 Staphylococcal nuclease とΔ44-49 変異体の構造揺らぎの解析:酵素活性への洞察(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Fuji Kana, Fujisaki Hiroshi, Furuta Tadaomi, Shiba Rumi, Toda Mikito

生物物理 54(1) S256 2014年
1P069 リガンド結合の動的側面 : PDZドメインタンパク質を用いた研究(01D. 蛋白質 : 機能,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Fujisaki Hiroshi, Yamamoto Norifumi, Fuji Kana, Toda Mikito

生物物理 54(1) S152 2014年
2P286 The analysis of energy transfer in Chaotic Dynamical Systems 2(25. Nonequilibrium state & Biological rhythm,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

Kushida Mami, Fuji Kana, Toda Mikito, Fujisaki Hiroshi

生物物理 54(1) S242 2014年
Multiscale enhanced path sampling based on the Onsager-Machlup action: Application to a model polymer

Hiroshi Fujisaki, Motoyuki Shiga, Kei Moritsugu, Akinori Kidera

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 139(5) 054117 2013年8月査読有り
3P047 Mutation studies on the mammalian and the baterial XORs with inhibitors(01A. Protein: Structure,Poster)

Kikuchi Hiroto, Fujisaki Hiroshi, Furuta Tadaomi, Okamoto Ken, Nishino Takeshi

生物物理 53(1) S219 2013年
1P077 生体分子の分子動力学に対する時系列解析 : 運動変化と構造変化の関係を探る(01E. 蛋白質:計測・解析の方法論,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Fuji Kana, Sekijima Masakazu, Fujisaki Hiroshi, Toda Mikito

生物物理 53(1) S118 2013年
Minimum Free Energy Path of Ligand-Induced Transition in Adenylate Kinase

Yasuhiro Matsunaga, Hiroshi Fujisaki, Tohru Terada, Tadaomi Furuta, Kei Moritsugu, Akinori Kidera

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 8(6) e1002555 2012年6月査読有り
A quantum generalization of intrinsic reaction coordinate using path integral centroid coordinates

Motoyuki Shiga, Hiroshi Fujisaki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 136(18) 184103 2012年5月査読有り
Different inhibitory potency of febuxostat towards mammalian and bacterial xanthine oxidoreductases: insight from molecular dynamics

Hiroto Kikuchi, Hiroshi Fujisaki, Tadaomi Furuta, Ken Okamoto, Silke Leimkuehler, Takeshi Nishino

SCIENTIFIC REPORTS 2 331 2012年3月査読有り

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MISC

136

生物物理学からみた臨床医学：タンパク質ダイナミクスと細胞ダイナミクス

藤崎弘士

日本医科大学医学会雑誌 20(3) 232-236 2024年8月26日
日本医科大学における数理・データサイエンス・AI教育プログラムについて—「数理・データサイエンス・AI教育プログラム(リテラシーレベル)プラス」選定校における教育実践取組みの紹介(その6)

藤崎弘士

大学教育と情報 2024年度(1) 41-45 2024年6月
生成AIと戯れた日々2023—The days with generative AI 2023

藤崎弘士

日本医科大学基礎科学紀要 = The Bulletin of liberal arts & sciences, Nippon Medical School / 日本医科大学基礎科学紀要編集委員会編 (52) 65-104 2023年12月
日本医科大学におけるAI教育とAIを活用した生物物理研究

藤崎弘士

日本医科大学医学会雑誌 19(3) 279-282 2023年8月31日
Numerical simulation using cellular Potts model for wound closure with ATP release and the mechanobioligical effects

Kenta Odagiri, Hiroshi Fujisaki, Hiroya Takada, Rei Ogawa

2022年9月3日
Multiscale Aspects of Molecular Motions: From Molecular Vibrations, Conformational Changes of Biomolecules to Cellular Dynamics

Fujisaki Hiroshi

Journal of Nippon Medical School 89(1) 9-15 2022年2月25日
タンパク質の構造変化をどのように記述するか-生体分子におけるパスサンプリング手法の発展

松永康佑, 森次圭, 藤崎弘士

日本物理学会誌 76(11) 714-722 2021年
多様体学習によるタンパク質構造変化のキネティクスの計算

藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑, 山本典史, 末谷大道

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 76(2) 2021年
細胞に加わる力を考慮した創傷治癒過程のモデル化

小田切健太, 藤崎弘士

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 75(1) 2020年
重み付きアンサンブル法によるPin1異性化のパスサンプリング

森次圭, 山本典史, 米澤康滋, 楯真一, 藤崎弘士

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 75(1) 2020年
モンテカルロ法を使った席順決めと経路の再重み付けについて

藤崎弘士

日本医科大学基礎科学紀要(Web) (47) 2019年
重み付きアンサンブル法を用いたタンパク質の構造変化とキネティックスの計算

藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 74(2) 2019年
分子動力学を用いたアセチルベンゾニトリルからクロロフォルム溶媒へのエネルギー移動の計算

菊地浩人, 藤崎弘士

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 74(2) 2019年
生命現象へのマルチスケール的なアプローチについて

藤崎弘士

日本医科大学医学会雑誌 15(4) 2019年
重み付きアンサンブル法による生体分子の構造変化ダイナミクスの計算

藤崎弘士, 森次圭, 松永康佑

分子シミュレーション討論会講演要旨集 33rd 2019年
機械的刺激の効果を考慮した創傷治癒の数理モデル II

小田切健太, 藤崎弘士

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 73(2) 2018年
溶媒中のアセチルベンゾニトリルにおけるエネルギー移動:非平衡MDによる計算

菊地浩人, 藤崎弘士

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 73(2) 2018年
プロリン異性化酵素の重み付きアンサンブル法による計算とその加速

藤崎弘士, 森次圭, 米澤康滋, 楯真一

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 73(2) 2018年
教育報告「生」と「死」を考える医学教養教育科目の軌跡(2)2012年度から2017年度まで

藤崎弘士

日本医科大学基礎科学紀要 = The Bulletin of liberal arts & sciences, Nippon Medical School (46) 71-81 2017年12月
生体分子におけるレアイベントサンプリング : Onsager-Machlup 作用を用いた計算方法 (ランダム力学系理論とその応用)

藤崎弘士

数理解析研究所講究録 2028(2028) 38-48 2017年5月

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書籍等出版物

生体分子の統計力学入門 ―タンパク質の動きを理解するために―

藤崎弘士, 藤崎百合 (担当:共訳) (原著:Daniel M.Zuckerman)

共立出版 2014年8月23日 (ISBN: 4320034996)
Proteins: Energy, Heat and Signal Flow (Computation in Chemistry)

Taylor and Francis/CRC Press, London 2009年 (ISBN: 9781420087031)
Normal Mode Analysis: Theory and Applications to Biological and Chemical Systems

Chapman and Hall/CRC Press, Boca Raton, Florida 2005年 (ISBN: 9781584884729)

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

効果的なPBL課題作成にAIで助言-課題作成支援ツールの開発-

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2027年3月

早坂明哲, 藤倉輝道, 根本崇宏, 高久俊, 藤崎弘士, 三宅弘一
凝集誘起発光において非断熱遷移ダイナミクスが巧みに制御されるメカニズムを捉える

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

山本典史, 藤崎弘士, 上田将史
高次元生命ダイナミクス時系列の機械学習による低次元系への縮約と制御への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

藤崎弘士, 小田切健太, 末谷大道, 森次圭
機械学習で議事録を分析：PBLチュートリアルチューター支援システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2023年3月

早坂明哲, 藤倉輝道, 根本崇宏, 藤崎弘士, 三宅弘一, 井上千鹿子
リアルタイムイメージングから構築するがん細胞動態の高精度予測モデル

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

小田切健太, 高田弘弥, 藤崎弘士
酵素反応のボトルネックを探る：反応経路サンプリングによる計算と実験による検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2017年7月 - 2021年3月

藤崎弘士, 楯真一, 山本典史, 森次圭
動的データに内在するレアイベント性の新規な特徴付けと生体時系列への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

藤崎弘士, 末谷大道, 光武亜代理, 森次圭, 松永康佑
時間方向並列化法に基づくマルチスケールシミュレーションの構築と検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

高見利也, 小林泰三, 下川倫子, 戸田幹人, 高橋公也, 藤崎弘士
ヒトには効くがバクテリアには効かない痛風薬―酵素薬剤相互作用のダイナミクス―

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

菊地浩人, 藤崎弘士, 古田忠臣, 岡本研
非平衡非定常現象への統計科学の展開と生体分子の機能発現機構に対するその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

戸田幹人, 高見利也, 福水健次, 藤崎弘士
身近な非線形現象に対するマルチスケール的手法の確立と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2011年 - 2013年

高見利也, 藤崎弘士, 下川倫子, 小林泰三, 戸田幹人, 高橋公也
キサンチン酸化還元酵素における阻害剤の作用の研究―「鍵と鍵穴」のドグマを超えて

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2011年 - 2013年

菊地浩人, 岡本研, 藤崎弘士, 古田忠臣
生体分子の量子ダイナミクス:その理論的解明と制御

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2010年 - 2012年

藤崎弘士, 高見利也, 菊地浩人, 戸田幹人

藤崎弘士

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