杉本宏 (Hiroshi Sugimoto) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人理化学研究所放射光科学研究センタービームライン基盤研究部生命系放射光利用システム開発チーム専任研究員
: 兵庫県立大学大学院生命理学研究科客員教授

学位: 博士（理学）(北海道大学)

研究者番号: 90344043
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-3140-8362
J-GLOBAL ID: 200901073518187975
researchmap会員ID: 5000072644

外部リンク: http://www.riken.jp/biometal/index.htm

2018年理化学研究所生命系放射光利用システム開発チーム（組織名変更）専任研究員
2017年理化学研究所生命系放射光利用システム開発ユニット専任研究員
2017年~現在兵庫県立大学客員教授を兼務
2010-2016年兵庫県立大学客員准教授を兼務
2009年理化学研究所城生体金属科学研究室専任研究員
2005年理化学研究所城生体金属科学研究室（組織名変更）研究員
2001年理化学研究所生体物理化学研究室研究員
2000年米国コロムビア大学生物分子生物物理学科博士研究員
2000年北海道大学大学院理学研究科博士課程修了

研究キーワード

研究分野

経歴

2018年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 生命系放射光利用システム開発チーム, 専任研究員
2017年4月 - 現在

兵庫県立大学, 大学院生命理学研究科, 客員教授（兼務）
2017年4月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 生命系放射光利用システム開発ユニット, 専任研究員
2009年4月

独立行政法人理化学研究所城生体金属科学研究室, 専任研究員
2005年9月

独立行政法人理化学研究所城生体金属科学研究室に名称変更, 研究員
2001年10月

理化学研究所生体物理化学研究室, 研究員
2000年4月 - 2001年9月

Columbia University, USA (Wayne A. Hendrickson Lab), ポスドク研究員

学歴

1997年 - 2000年

北海道大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻博士課程（後期）
1995年 - 1997年

北海道大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻博士課程（前期）
1991年 - 1995年

北海道大学, 理学部・高分子学科

論文

109

XFEL crystallography reveals catalytic cycle dynamics during non-native substrate oxidation by cytochrome P450BM3

Satoshi Nagao, Wako Kuwano, Takehiko Tosha, Keitaro Yamashita, Joshua Kyle Stanfield, Chie Kasai, Shinya Ariyasu, Kunio Hirata, Go Ueno, Hironori Murakami …

Communications Chemistry 2025年3月12日査読有り
A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron-binding protein FutA from Prochlorococcus.

Rachel Bolton, Moritz M Machelett, Jack Stubbs, Danny Axford, Nicolas Caramello, Lucrezia Catapano, Martin Malý, Matthew J Rodrigues, Charlotte Cordery, Graham J Tizzard …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 121(12) e2308478121 2024年3月19日査読有り
Heme-substituted protein assembly bridged by synthetic porphyrin: achieving controlled configuration while maintaining rotational freedom

Hiroaki Inaba, Yuma Shisaka, Shinya Ariyasu, Erika Sakakibara, Garyo Ueda, Yuichiro Aiba, Nobutaka Shimizu, Hiroshi Sugimoto, Osami Shoji

RSC Advances 14(13) 8829-8836 2024年査読有り
Investigating the applicability of the CYP102A1-decoy-molecule system to other members of the CYP102A subfamily

Joshua Kyle Stanfield, Hiroki Onoda, Shinya Ariyasu, Chie Kasai, Eleanor Mary Burfoot, Hiroshi Sugimoto, Osami Shoji

Journal of Inorganic Biochemistry 245 112235-112235 2023年8月査読有り
Catalytic Oxidation of Methane by Wild-Type Cytochrome P450BM3 with Chemically Evolved Decoy Molecules

Shinya Ariyasu, Kai Yonemura, Chie Kasai, Yuichiro Aiba, Hiroki Onoda, Yuma Shisaka, Hiroshi Sugimoto, Takehiko Tosha, Minoru Kubo, Takashi Kamachi …

ACS Catalysis 8613-8623 2023年6月14日
A Compound I Mimic Reveals the Transient Active Species of a Cytochrome P450 Enzyme: Insight into the Stereoselectivity of P450-Catalysed Oxidations.

Kazuto Suzuki, Joshua Kyle Stanfield, Keita Omura, Yuma Shisaka, Shinya Ariyasu, Chie Kasai, Yuichiro Aiba, Hiroshi Sugimoto, Osami Shoji

Angewandte Chemie (International ed. in English) 62(13) e202215706 2023年3月20日
A Compound I Mimic Reveals the Transient Active Species of a Cytochrome P450 Enzyme: Insight into the Stereoselectivity of P450-Catalysed Oxidations

Kazuto Suzuki, Joshua Kyle Stanfield, Keita Omura, Yuma Shisaka, Shinya Ariyasu, Chie Kasai, Yuichiro Aiba, Hiroshi Sugimoto, Osami Shoji

ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 2023年1月
Serial Femtosecond Crystallography Reveals the Role of Water in the One- or Two-Electron Redox Chemistry of Compound I in the Catalytic Cycle of the B-Type Dye-Decolorizing Peroxidase DtpB.

Marina Lučić, Michael T Wilson, Takehiko Tosha, Hiroshi Sugimoto, Anastasya Shilova, Danny Axford, Robin L Owen, Michael A Hough, Jonathan A R Worrall

ACS catalysis 12(21) 13349-13359 2022年11月4日
Complementarity of neutron, XFEL and synchrotron crystallography for defining the structures of metalloenzymes at room temperature.

Tadeo Moreno-Chicano, Leiah M Carey, Danny Axford, John H Beale, R Bruce Doak, Helen M E Duyvesteyn, Ali Ebrahim, Robert W Henning, Diana C F Monteiro, Dean A Myles …

IUCrJ 9(Pt 5) 610-624 2022年9月1日
Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein.

Yuma Shisaka, Erika Sakakibara, Kazuto Suzuki, Joshua Kyle Stanfield, Hiroki Onoda, Garyo Ueda, Miu Hatano, Hiroshi Sugimoto, Osami Shoji

ChemBioChem : a European journal of chemical biology 23(14) e202200095 2022年7月19日
Metabolism of non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs) by Streptomyces griseolus CYP105A1 and its variants.

Yuya Yogo, Kaori Yasuda, Teisuke Takita, Kiyoshi Yasukawa, Yuichiro Iwai, Miyu Nishikawa, Hiroshi Sugimoto, Shinichi Ikushiro, Toshiyuki Sakaki

Drug metabolism and pharmacokinetics 45 100455-100455 2022年3月7日
A Heme‐Acquisition Protein Reconstructed with a Cobalt 5‐Oxaporphyrinium Cation and Its Growth‐Inhibition Activity Toward Multidrug‐Resistant Pseudomonas aeruginosa

Asahi Takiguchi, Erika Sakakibara, Hiroshi Sugimoto, Osami Shoji, Hiroshi Shinokubo

Angewandte Chemie International Edition 61(7) e202112456 2022年2月7日査読有り
XFEL Crystal Structures of Peroxidase Compound II.

Hanna Kwon, Jaswir Basran, Chinar Pathak, Mahdi Hussain, Samuel L Freeman, Alistair J Fielding, Anna J Bailey, Natalia Stefanou, Hazel A Sparkes, Takehiko Tosha …

Angewandte Chemie (International ed. in English) 60(26) 14578-14585 2021年6月21日
Short-lived intermediate in N2O generation by P450 NO reductase captured by time-resolved IR spectroscopy and XFEL crystallography.

Takashi Nomura, Tetsunari Kimura, Yusuke Kanematsu, Daichi Yamada, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Go Ueno, Hironori Murakami, Tamao Hisano, Raika Yamagiwa …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118(21) 2021年5月25日
Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival.

Megumi Nishinaga, Hiroshi Sugimoto, Yudai Nishitani, Seina Nagai, Satoru Nagatoishi, Norifumi Muraki, Takehiko Tosha, Kouhei Tsumoto, Shigetoshi Aono, Yoshitsugu Shiro …

Communications biology 4(1) 467-467 2021年4月13日
Spatially restricted substrate-binding site of cortisol-synthesizing CYP11B1 limits multiple hydroxylations and hinders aldosterone synthesis.

Kuniaki Mukai, Hiroshi Sugimoto, Katsumasa Kamiya, Reiko Suzuki, Tomomi Matsuura, Takako Hishiki, Hideo Shimada, Yoshitsugu Shiro, Makoto Suematsu, Norio Kagawa

Current research in structural biology 3 192-205 2021年
Serial Femtosecond Zero Dose Crystallography Captures a Water‐Free Distal Heme Site in a Dye‐Decolorising Peroxidase to Reveal a Catalytic Role for an Arginine in Fe IV =O Formation

Marina Lučić, Dimitri A. Svistunenko, Michael T. Wilson, Amanda K. Chaplin, Bradley Davy, Ali Ebrahim, Danny Axford, Takehiko Tosha, Hiroshi Sugimoto, Shigeki Owada …

Angewandte Chemie International Edition 59(48) 21656-21662 2020年11月23日
Systematic Evolution of Decoy Molecules for the Highly Efficient Hydroxylation of Benzene and Small Alkanes Catalyzed by Wild-Type Cytochrome P450BM3

Kai Yonemura, Shinya Ariyasu, Joshua Kyle Stanfield, Kazuto Suzuki, Hiroki Onoda, Chie Kasai, Hiroshi Sugimoto, Yuichiro Aiba, Yoshihito Watanabe, Osami Shoji

ACS Catalysis 10(16) 9136-9144 2020年8月7日査読有り
Kristalle in Minutenschnelle: Sofortige Mikrokristallisation verschiedenster Varianten der CYP102A1‐(P450BM3)‐Hämdomäne

Joshua Kyle Stanfield, Keita Omura, Ayaka Matsumoto, Chie Kasai, Hiroshi Sugimoto, Yoshitsugu Shiro, Yoshihito Watanabe, Osami Shoji

Angewandte Chemie 132(19) 7681-7689 2020年5月4日
Crystals in Minutes: Instant On‐Site Microcrystallisation of Various Flavours of the CYP102A1 (P450BM3) Haem Domain

Joshua Kyle Stanfield, Keita Omura, Ayaka Matsumoto, Chie Kasai, Hiroshi Sugimoto, Yoshitsugu Shiro, Yoshihito Watanabe, Osami Shoji

Angewandte Chemie International Edition 59(19) 7611-7618 2020年5月4日

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MISC

117

シトクロムP450BM3による小分子の酸化反応を誘起するジカルボン酸導入デコイ分子の開発

石上恵, 有安真也, 笠井千枝, 愛場雄一郎, 杉本宏, 荘司長三

日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 104th 2024年
鉄還元機能を持つ6回膜貫通型タンパク質101F6の大腸菌での発現と機能解析

阪口智哉, 澤井仁美, 城宜嗣, 鍔木基成, 當舎武彦, 木村哲就, 杉本宏

日本生化学会大会(Web) 96th 2023年
ヘム応答性センサー蛋白質PefRにおけるヘム連結の二重機能

NISHITANI Yudai, NISHINAGA Megumi, NAGAI Seina, SUGIMOTO Hiroshi, SUGIMOTO Hiroshi, TOSHA Takehiko, TOSHA Takehiko, SHIRO Yoshitsugu, SAWAI Hitomi, SAWAI Hitomi

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 20th (Web) 2020年
ヒト腸モデル細胞システムを用いた鉄吸収に関与する膜蛋白質の機能解析

TAKAHARA Michiyo, FUJISHIRO Hitomi, KAMBE Taiho, SUGIMOTO Hiroshi, SUGIMOTO Hiroshi, SHIRO Yoshitsugu, SAWAI Hitomi, SAWAI Hitomi

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 20th (Web) 2020年
細菌ヘム応答性センサ蛋白質へのCO結合の構造的及び速度論的解析

西谷雄大, 西永惠, 長井聖奈, 杉本宏, 杉本宏, 當舎武彦, 當舎武彦, 城宣嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 93rd 2020年
病原菌の鉄獲得システムで機能するヘムセンサータンパク質の構造機能相関の解明

澤井仁美, 澤井仁美, 西永惠, 長井聖奈, 長門石暁, 長門石暁, 津本浩平, 津本浩平, 杉本宏, 杉本宏 …

日本鉄バイオサイエンス学会学術集会プログラム・抄録集 43rd 2019年
STRUCTURAL BASIS OF ASCORBATE-DEPENDENT IRON REDUCTION BY HUMAN DCYTB INVOLVED IN INTESTINAL IRON ABSORPTION

Hiroshi Sugimoto, Menega Ganasen, Hiromi Togashi, Hanae Takeda, Yoshitsugu Shiro, Grant Mauk, Hitomi Sawai

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 75 E147-E147 2019年
Bradyrhizobium japonicum由来酸素センサー蛋白質FixLの分子内シグナル伝達の構造基盤

KAMAYA Misaki, KOTEISHI Hiroyasu, TOSHA Takehiko, TOSHA Takehiko, BABA Seiki, SUGIMOTO Hiroshi, SUGIMOTO Hiroshi, SHIRO Yoshitsugu, SAWAI Hitomi, SAWAI Hitomi

生物物理(Web) 59(Supplement 1-2) 2019年
病原菌の鉄獲得システムで機能するヘムセンサー蛋白質の多機能性とその構造的機序

西永惠, 長井聖奈, 村木則文, 青野重利, 杉本宏, 杉本宏, 城宜嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
酸素センサータンパク質FixLのセンサーモジュールの構造解析

鎌屋美咲, 小手石泰康, 當舎武彦, 當舎武彦, 馬場清喜, 杉本宏, 杉本宏, 城宜嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
ヘムセンサータンパク質における転写調節の分子機構

西永惠, 長井聖奈, 村木則文, 青野重利, 杉本宏, 城宜嗣, 澤井仁美

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92nd 2019年
大腸菌PhoQセンサードメインのSDポケットの構造と機能

吉谷亘平, 石井英治, 吉谷亘平, 石井英治, 谷口勝英, 杉本宏, 杉本宏, 城宜嗣, 秋山芳展, 加藤明宣 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2019 2019年
Switchable stereoselectivity in monooxygenation of non-native substrates by P450BM3 using decoy molecules

Suzuki Kazuto, Shoji Osami, Stanfield Joshua, Sugimoto Hiroshi, Shiro Yoshitsugu, Watanabe Yoshihito

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 255 . 2018年3月18日
Reconstitution of self-sufficient cytochrome P450 with artificial metal complexes

Omura Keita, Aiba Yuichiro, Ariyasu Shinya, Shoji Osami, Sugimoto Hiroshi, Shiro Yoshitsugu, Watanabe Yoshihito

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 255 . 2018年3月18日
ヒト十二指腸における食事性非ヘム鉄吸収への構造洞察

GANASEN Menega, ASAKURA Honami, TOSHA Takehiko, YUAN Xiaojing, HAMZA Iqbal, MAUK Grant A., SHIRO Yoshitsugu, SUGIMOTO Hiroshi, SAWAI Hitomi

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
原子レベルでの食事性鉄吸収機構の理解

GANASEN Menega, ASAKURA Honami, TOSHA Takehiko, URANO Takeshi, YUAN Xiaojing, HAMZA Iqbal, MAUK Grant A., SHIRO Yoshitsugu, SUGIMOTO Hiroshi, SAWAI Hitomi

日本生化学会大会(Web) 91st 2018年
ヘムセンサータンパク質PefRにおける転写調節の分子メカニズム

西永惠, 杉本宏, 杉本宏, 村木則文, 青野重利, 城宜嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
酸素センサータンパク質FixLにおける分子内シグナル伝達機構の解析

鎌屋美咲, 杉本宏, 杉本宏, 城宜嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
ヒトの鉄吸収に関わる膜貫通型鉄還元酵素の立体構造に基づく生きた細胞での機能解析

GANASEN Menega, 藤代瞳, YUAN Xiaojing, HAMZA Iqbal, 杉本宏, 杉本宏, 姫野誠一郎, 城宜嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
ヒトの鉄イオン吸収に関わる膜タンパク質の立体構造を基盤とした機能と構造の相互解析

GANASEN Menega, 藤代瞳, YUAN Xiaojing, HAMZA Iqbal, 姫野誠一郎, 杉本宏, 城宜嗣, 澤井仁美, 澤井仁美

日本鉄バイオサイエンス学会学術集会プログラム・抄録集 42nd 2018年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

新しい動的構造解析法の開発とABCトランスポーターへの応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2027年3月

杉本宏, 木村哲就
EPR・X線による深海および南極海微生物由来酵素の高活性・高安定性機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

堀谷正樹, 大久保晋, 杉本宏
病原菌ヘムトランスポーターの構造変化の追跡と基質輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

杉本宏, 木村哲就
細胞内生命金属動態を制御するタンパク質メタレーション

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

神戸大朋, 宗兼将之, 杉本宏
ヘム酵素が生成する酸化活性種の精密構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

杉本宏
XFELとマイクロ流体技術の融合によるモノオキシゲナーゼの新しい構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

杉本宏, 真栄城正寿
生体金属イオンの輸送システムで機能する膜タンパク質の構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

杉本宏, 澤井仁美
生体触媒の誤作動状態を利用するメタンの直接的メタノール変換

科学技術振興機構(JST) CREST 2015年9月 - 2021年3月

荘司長三, 杉本宏, 久保稔
ヘムトランスポーターの動的結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年4月 - 2019年3月

杉本宏
新規時間分解計測法の開発とABCトランスポーターの分子機構解析への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2015年4月 - 2018年3月

木村哲就, 鍔木基成, 杉本宏, 城宜嗣, 林沙英, 大西萌, 下中美怜, 藤井宏一, 武田英恵
ヘムトランスポーターの動的結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年4月 - 2017年3月

杉本宏
ヒトの鉄イオン輸送システムの作動原理と生体内鉄動態の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2012年4月 - 2016年3月

杉本宏, 冨樫ひろ美, 浦野健, 八島奈美, 武田英恵
病原微生物におけるヘム獲得システムの構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年4月 - 2015年3月

杉本宏
病原微生物におけるヘム獲得システムの構造基盤

文部科学省科学研究費補助金（新学術領域研究） 2013年4月 - 2015年3月

杉本宏
病原微生物におけるヘムシグナリング複合体の構造学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

杉本宏
呼吸酵素における、酸素還元と一酸化窒素還元の機能変換と分子進化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2009年 - 2012年

城宜嗣, 杉本宏, 菊地晶裕, 永野真吾, 當舎武彦
ビタミンD水酸化酵素の立体構造に基づく機能改変と阻害剤の設計

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2009年 - 2011年

榊利之, 杉本宏, 橘高敦史, 生城真一
時間分割共鳴ラマン分光法による二原子酸素添加酵素の構造ダイナミクス

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2008年 - 2009年

城宜嗣, 杉本宏
ヘム型二原子酸素添加酵素の反応中間体解析による酸素活性化の化学原理の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2007年 - 2008年

杉本宏
金属蛋白質・金属酵素による物質変換と情報変換の化学

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2004年 - 2007年

城宜嗣, 杉本宏, 永野真吾, 山田斉爾, 日野智也, 汲田英之

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