三浦尚 (Hisashi Miura) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センター発生エピジェネティクス研究チーム上級研究員

研究者番号: 10639082
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-1270-776X
J-GLOBAL ID: 202301009108221556
researchmap会員ID: R000059701

論文

Embryonic genome instability upon DNA replication timing program emergence.

Saori Takahashi, Hirohisa Kyogoku, Takuya Hayakawa, Hisashi Miura, Asami Oji, Yoshiko Kondo, Shin-Ichiro Takebayashi, Tomoya S Kitajima, Ichiro Hiratani

Nature 2024年8月28日
Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome.

Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado, Ichiro Hiratani

Nature structural & molecular biology 30(8) 1224-1237 2023年8月
Epigenetic plasticity safeguards heterochromatin configuration in mammals.

Kei Fukuda, Takeshi Shimi, Chikako Shimura, Takao Ono, Takehiro Suzuki, Kenta Onoue, Satoko Okayama, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Kazuho Ikeda …

Nucleic acids research 51(12) 6190-6207 2023年7月7日
Cell cycle dynamics and developmental dynamics of the 3D genome: toward linking the two timescales.

Hisashi Miura, Ichiro Hiratani

Current opinion in genetics & development 73 101898-101898 2022年4月
SAF-A promotes origin licensing and replication fork progression to ensure robust DNA replication.

Caitlin Connolly, Saori Takahashi, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Nick Gilbert, Anne D Donaldson, Shin-Ichiro Hiraga

Journal of cell science 135(2) 2022年1月15日
Highly rigid H3.1/H3.2-H3K9me3 domains set a barrier for cell fate reprogramming in trophoblast stem cells.

Masashi Hada, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Shogo Matoba, Kimiko Inoue, Narumi Ogonuki, Michiko Hirose, Naomi Watanabe, Ryuichiro Nakato, Katsunori Fujiki …

Genes & development 36(1-2) 84-102 2022年1月1日
Regulation of mammalian 3D genome organization and histone H3K9 dimethylation by H3K9 methyltransferases.

Kei Fukuda, Chikako Shimura, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Ichiro Hiratani, Yoichi Shinkai

Communications biology 4(1) 571-571 2021年5月13日
Mapping replication timing domains genome wide in single mammalian cells with single-cell DNA replication sequencing.

Hisashi Miura, Saori Takahashi, Takahiro Shibata, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Katsuzumi Okumura, Masato Ogata, Ichiro Hiratani, Shin-Ichiro Takebayashi

Nature protocols 15(12) 4058-4100 2020年12月
Microrheology for Hi-C Data Reveals the Spectrum of the Dynamic 3D Genome Organization.

Soya Shinkai, Takeshi Sugawara, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Shuichi Onami

Biophysical journal 118(9) 2220-2228 2020年5月5日
Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?

Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Hisashi Miura, Kaori Tanaka, Ichiro Hiratani, Shigehiro Kuraku

GigaScience 9(1) 2020年1月1日
Single-cell DNA replication profiling identifies spatiotemporal developmental dynamics of chromosome organization.

Hisashi Miura, Saori Takahashi, Rawin Poonperm, Akie Tanigawa, Shin-Ichiro Takebayashi, Ichiro Hiratani

Nature genetics 51(9) 1356-1368 2019年9月
The Eleanor ncRNAs activate the topological domain of the ESR1 locus to balance against apoptosis.

Mohamed Osama Ali Abdalla, Tatsuro Yamamoto, Kazumitsu Maehara, Jumpei Nogami, Yasuyuki Ohkawa, Hisashi Miura, Rawin Poonperm, Ichiro Hiratani, Hideki Nakayama, Mitsuyoshi Nakao …

Nature communications 10(1) 3778-3778 2019年8月22日
iconHi-C Protocol (ver. 1.0) v1 (protocols.io.4mjgu4n)

Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Hisashi Miura, Kaori Tanaka, Ichiro Hiratani, Shigehiro Kuraku

protocols.io 2019年6月23日
Genome-wide stability of the DNA replication program in single mammalian cells.

Saori Takahashi, Hisashi Miura, Takahiro Shibata, Koji Nagao, Katsuzumi Okumura, Masato Ogata, Chikashi Obuse, Shin-Ichiro Takebayashi, Ichiro Hiratani

Nature genetics 51(3) 529-540 2019年3月
Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs.

Takashi Ikeda, Takafusa Hikichi, Hisashi Miura, Hirofumi Shibata, Kanae Mitsunaga, Yosuke Yamada, Knut Woltjen, Kei Miyamoto, Ichiro Hiratani, Yasuhiro Yamada …

Nature communications 9(1) 1387-1387 2018年4月11日
Practical Analysis of Hi-C Data: Generating A/B Compartment Profiles.

Hisashi Miura, Rawin Poonperm, Saori Takahashi, Ichiro Hiratani

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1861 221-245 2018年
乳がん細胞のエレノアクロマチンドメインはシス作用性非コードRNA群とクロマチン相互作用により制御される

山本達郎, 藤原沙織, 前原一満, 大川恭行, 三浦尚, 平谷伊智朗, 斉藤典子, 中尾光善

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [3PT18-0554)] 2017年12月査読有り
Classifying leukemia types with chromatin conformation data.

Mathieu Rousseau, Maria A Ferraiuolo, Jennifer L Crutchley, Xue Qing Wang, Hisashi Miura, Mathieu Blanchette, Josée Dostie

Genome biology 15(4) R60 2014年4月30日
Hox in motion: tracking HoxA cluster conformation during differentiation.

Mathieu Rousseau, Jennifer L Crutchley, Hisashi Miura, Matthew Suderman, Mathieu Blanchette, Josée Dostie

Nucleic acids research 42(3) 1524-40 2014年2月
Protospacer adjacent motif (PAM)-distal sequences engage CRISPR Cas9 DNA target cleavage.

Regina Cencic, Hisashi Miura, Abba Malina, Francis Robert, Sylvain Ethier, T Martin Schmeing, Josée Dostie, Jerry Pelletier

PloS one 9(10) e109213 2014年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

エピゲノム継承への分子・細胞スケールブリッジアプローチの推進

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2024年4月 - 2027年3月

寺川剛, 日詰光治, 三浦尚, 角南智子
オミックス計測技術から比較する、細胞内と人工環境のヒストンリサイクリング動態

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2024年4月 - 2027年3月

三浦尚, 大野雅恵

三浦尚

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