幸瞳 (Hitomi Yuki) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所創薬分子設計基盤ユニット技師

学位: 博士（薬学）(千葉大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-8778-8261
J-GLOBAL ID: 201801007176633320
researchmap会員ID: B000303909

経歴

2022年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 創薬分子設計基盤ユニット, 技師

論文

Data-Driven Design of PROTAC Linkers to Improve PROTAC Cell Membrane Permeability

Yuki Murakami, Shoichi Ishida, Nobuo Cho, Hitomi Yuki, Masateru Ohta, Teruki Honma, Yosuke Demizu, Kei Terayama

JACS Au 2026年2月23日
Statistical analysis of interactions among amino acid residues in apo structures using fragment molecular orbital method

Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma

Chem-Bio Informatics Journal 24 25-47 2024年6月28日
Small-molecule RAS/RAF Binding Inhibitors Allosterically Disrupt RAF Conformation and Exert Efficacy Against a Broad Spectrum of RAS-driven Cancers

Fumi Shima, Yoko Yoshikawa, Yoshiteru Makino, Hirokazu Kubota, Takashi Kawamura, Shigeyuki Matsumoto, Hitomi Yuki, Akira Shibaike, Megumi Okamura, Tomoyo Okada …

2024年1月23日
Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases

Yuya Nishida, Sachiko Yanagisawa, Rikuri Morita, Hideki Shigematsu, Kyoko Shinzawa-Itoh, Hitomi Yuki, Satoshi Ogasawara, Ken Shimuta, Takashi Iwamoto, Chisa Nakabayashi …

Nature Communications 13(1) 2022年12月8日
Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir (Xocova) Compared with Its Initial Screening Hit

Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

2022年12月2日
New antimalarials identified by a cell-based phenotypic approach: Structure-activity relationships of 2,3,4,9-tetrahydro-1H-β-carboline derivatives possessing a 2-((coumarin-5-yl)oxy)alkanoyl moiety.

Nobuo Cho, Ko Kikuzato, Yushi Futamura, Takeshi Shimizu, Hiroki Hayase, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma, Mamoru Niikura …

Bioorganic & medicinal chemistry 66 116830-116830 2022年5月14日
Combined inhibition of XIAP and BCL2 drives maximal therapeutic efficacy in genetically diverse aggressive acute myeloid leukemia

Mari Hashimoto, Yoriko Saito, Ryo Nakagawa, Ikuko Ogahara, Shinsuke Takagi, Sadaaki Takata, Hanae Amitani, Mikiko Endo, Hitomi Yuki, Jordan A. Ramilowski …

Nature Cancer 2(3) 340-356 2021年3月
FMODB: The World's First Database of Quantum Mechanical Calculations for Biomacromolecules Based on the Fragment Molecular Orbital Method.

Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi …

Journal of chemical information and modeling 61(2) 777-794 2021年1月29日
Quantitative prediction of herg inhibitory activities using support vector regression and the integrated herg dataset in amed cardiotoxicity database

Sato, T., Yuki, H., Honma, T.

Chem-Bio Informatics Journal 21 2021年
The ubiquinone synthesis pathway is a promising drug target for Chagas disease.

Takeshi Nara, Yukari Nakagawa, Keiko Tsuganezawa, Hitomi Yuki, Katsuhiko Sekimata, Hiroo Koyama, Naoko Ogawa, Teruki Honma, Mikako Shirouzu, Takehiro Fukami …

PloS one 16(2) e0243855 2021年
Design and Discovery of an Orally Efficacious Spiroindolinone-Based Tankyrase Inhibitor for the Treatment of Colon Cancer

Fumiyuki Shirai, Anna Mizutani, Yoko Yashiroda, Takeshi Tsumura, Yuko Kano, Yukiko Muramatsu, Tsubasa Chikada, Hitomi Yuki, Hideaki Niwa, Shin Sato …

JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY 63(8) 4183-4204 2020年4月査読有り
Support Vector Machine model for hERG inhibitory activities based on the integrated hERG database using descriptor selection by NSGA-II.

Keiji Ogura, Tomohiro Sato, Hitomi Yuki, Teruki Honma

Scientific reports 9(1) 12220-12220 2019年8月21日
Discovery of Novel Spiroindoline Derivatives as Selective Tankyrase Inhibitors

Fumiyuki Shirai, Takeshi Tsumura, Yoko Yashiroda, Hitomi Yuki, Hideaki Niwa, Shin Sato, Tsubasa Chikada, Yasuko Koda, Kenichi Washizuka, Nobuko Yoshimoto …

JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY 62(7) 3407-3427 2019年4月査読有り
Construction of an integrated database for hERG blocking small molecules

Tomohiro Sato, Hitomi Yuki, Keiji Ogura, Teruki Honma

PLOS ONE 13(7) 2018年7月査読有り
Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone-Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson–Boltzmann Surface Area (FMO+MM-PBSA) Approach

Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Lorien J. Parker, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Shigeyuki Yokoyama, Hirofumi Nakano, Shigenori Tanaka, Teruki Honma

Journal of Chemical Information and Modeling 57(12) 2996-3010 2017年12月査読有り
Identification of pyrrolo[2,3-d]pyrimidines as potent HCK and FLT3-ITD dual inhibitors

Yasuko Koda, Ko Kikuzato, Junko Mikuni, Akiko Tanaka, Hitomi Yuki, Teruki Honma, Yuri Tomabechi, Mutsuko Kukimoto-Niino, Mikako Shirouzu, Fumiyuki Shirai …

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS 27(22) 4994-4998 2017年11月査読有り
Activity cliff for 7-substituted pyrrolo-pyrimidine inhibitors of HCK explained in terms of predicted basicity of the amine nitrogen

Hitomi Yuki, Ko Kikuzat, Yasuko Koda, Junko Mikuni, Yuri Tomabechi, Mutsuko Kukimoto-Niino, Akiko Tanaka, Fumiyuki Shirai, Mikako Shirouzu, Hiroo Koyama …

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY 25(16) 4259-4264 2017年8月査読有り筆頭著者
Prediction of the site of CYP3A4 metabolism of tolterodine by molecular dynamics simulation from multiple initial structures of the CYP3A4-tolterodine complex

Atsuko Sato, Hitomi Yuki, Chiduru Watanabe, Jun-ichi Saito, Akihiko Konagaya, Teruki Honma

CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL 17 38-52 2017年
A Pyrrolo-Pyrimidine Derivative Targets Human Primary AML Stem Cells in Vivo

Yoriko Saito, Hitomi Yuki, Mitsuo Kuratani, Yoshinobu Hashizume, Shinsuke Takagi, Teruki Honma, Akiko Tanaka, Mikako Shirouzu, Junko Mikuni, Noriko Handa …

SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE 5(181) 2013年4月査読有り
Prediction of Ligand-Induced Structural Polymorphism of Receptor Interaction Sites Using Machine Learning

Daisuke Takaya, Tomohiro Sato, Hitomi Yuki, Shunta Sasaki, Akiko Tanaka, Shigeyuki Yokoyama, Teruki Honma

JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 53(3) 704-716 2013年3月査読有り

もっとみる

書籍等出版物

創薬研究のためのスクリーニング学実践テキスト : アッセイ系の選択・構築から、ヒット・リード化合物の同定、自動化まで

スクリーニング学研究会

羊土社 2022年7月 (ISBN: 9784758122580)
実験医学増刊 Vol.32 No.10 構造生命科学で何がわかるのか,何ができるのか〜最先端のタンパク質解析技術から構造情報の活用事例,創薬展開まで (実験医学増刊 Vol. 32-10)

田中啓二, 若槻壮市 (担当:分担執筆, 範囲:第1章構造解析のための先端技術の高度化 6.分子動力学シミュレーションの医薬品設計への応用)

羊土社 2014年6月 (ISBN: 4758103399)

産業財産権

特許第6327713号急性骨髄性白血病の治療又は再発抑制剤

石川文彦, 斉藤頼子, 橋爪良信, 甲田泰子, 幸瞳
特開2016-149940 新規なヌクレオチド類縁体及びオリゴヌクレオチド類縁体

新井浩一郎, 跡部公和, 田中英一, 本間光貴, 幸瞳, 渡辺博文
特許第5874989号抗がん剤

長野哲雄, 岡部隆義, 小島宏建, 齊藤奈英, 中野浩史, 阿部昌尚, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之, 津金沢恵子, 幸瞳
特開2015-063540 抗がん剤

長野哲雄, 岡部隆義, 小島宏建, 齊藤奈英, 中野浩史, 阿部昌尚, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之, 津金沢恵子, 幸瞳
特許第5656233号抗がん剤

長野哲雄, 岡部隆義, 小島宏建, 齊藤奈英, 中野浩史, 阿部昌尚, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之, 津金沢恵子, 幸瞳
WO2014-017659 急性骨髄性白血病の治療又は再発抑制剤

石川文彦, 斉藤頼子, 橋爪良信, 甲田泰子, 幸瞳
WO2011-136319 抗がん剤

長野哲雄, 岡部隆義, 小島宏建, 齊藤奈英, 中野浩史, 阿部昌尚, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之, 津金沢恵子, 幸瞳

講演・口頭発表等

忌避構造の深刻度と各創薬段階における忌避構造の出現傾向の比較

幸瞳, 本間光貴

日本薬学会第142年会 2022年3月27日
各創薬段階における忌避構造および部分構造の出現傾向解析

幸瞳, 本間光貴

日本薬学会第141年会 2021年3月27日
各創薬段階における忌避構造出現傾向の解析

幸瞳, 保田真友子, 本間光貴

第47回構造活性相関シンポジウム 2019年12月12日
Development of an informatics system for predicting cardiotoxicity: 7. hERG prediction model based on docking simulation and interaction descriptors with hERG residues

CBI学会2019年大会 2019年10月22日
Development of an informatics system for predicting cardiotoxicity: 4. Update of integrated cardiotoxicity database

CBI学会2018年大会 2018年10月9日
Cathepsinとの選択性向上を狙ったCalpain阻害剤の設計

幸瞳, 橋爪良信, 津吹聡, 西道隆臣, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2018年
ドッキングシミュレーションと部位特異的変異導入結果を用いたhERG阻害剤結合に関与するアミノ酸残基の解析

幸瞳, 佐藤朋広, 小倉圭司, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2017年11月
Development of an informatics system for predicting cardiotoxicity: 1. Exploring binding modes of hERG inhibitors based on docking simulation and the validation with site-directed mutagenesis data

CBI学会2017年大会 2017年10月3日
分子動力学計算と量子化学計算を用いた化合物の代謝部位予測

幸瞳, 本間光貴

第18回創薬インフォマティクス研究会 2014年12月17日招待有り
ChEMBLを用いた3D重ね合わせデータベース構築と構造変換への応用

橋本憲明, 幸瞳, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2014年10月
創薬化学者のための構造変換データベースCUES:Convert it Unique and Elegant Substructureの開発と応用

熊澤啓子, 佐々木俊太, 幸瞳, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2014年10月
公共データベース情報を活用したMatched Molecular Pair解析による構造活性相関の可視化と置換基変換候補の提案

熊澤啓子, 佐々木俊太, 幸瞳, 本間光貴

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 2013年11月1日
in silicoスクリーニングの効率を検証するためのクラスタリング方法の開発

幸瞳, 佐藤朋広, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2013年10月21日
ATP・基質結合部位阻害を目的とした新規Pim‐1阻害剤探索

幸瞳, 津金沢恵子, PARKER Lorien, 田仲昭子, 横山茂之, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2012年11月12日
機械学習を用いたinduced fit部位の予測とkinase DFG loopなどへの応用

高谷大輔, 佐藤朋広, 幸瞳, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 2012年11月12日
置換基変換データベースの開発と応用

佐々木俊太, 幸瞳, 本間光貴

第16回創薬インフォマティクス研究会 2012年11月2日招待有り
クルーズトリパノソーマ由来アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼと阻害剤との複合体構造

的場一晃, 藤田康介, 奈良武司, 青木孝, 幸瞳, 本間光貴, 田仲昭子, 松高祥子, 松岡茂, 井上将行, 志波智生, 稲岡ダニエル健, 北潔, 原田繁春

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 2011年5月27日
π-π相互作用を加味した計算プログラムの開発

幸瞳, 畑晶之, 石川英典, 根矢三郎, 星野忠次

日本薬学会年会要旨集 2004年
CYP3A4によるカルバマゼピン酸化機構

畑晶之, 田中良和, 京田直子, 刑部泰輔, 幸瞳, 石井伊都子, 北田光一, 星野忠次, 根矢三郎

情報化学討論会講演要旨集 2003年11月5日
CYP3A4における基質酸化部位特異性について

畑晶之, 田中良和, 京田直子, 刑部泰輔, 幸瞳, 石井伊都子, 北田光一, 星野忠次, 根矢三郎

日本化学会西日本大会講演予稿集 2003年10月25日

もっとみる

委員歴

2014年4月 - 現在

日本薬学会構造活性相関部会, SAR News編集委員
2025年6月 - 2025年6月

日本薬学会構造活性相関部会, 構造活性フォーラム2025実行委員
2024年12月 - 2024年12月

日本薬学会構造活性相関部会, 第52回構造活性相関シンポジウム実行委員
2020年4月 - 2024年3月

日本薬学会構造活性相関部会, SAR News編集委員長
2020年12月 - 2020年12月

日本薬学会構造活性相関部会, 第48回構造活性相関シンポジウム実行委員
2013年6月 - 2013年6月

日本薬学会構造活性相関部会, 構造活性フォーラム2013実行委員

所属学協会

MISC

フラグメント分子軌道法を活用したm-Glu5新規阻害剤の検討

小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり …

日本薬学会年会要旨集(Web) 144th 2024年
フラグメント分子軌道法を活用した代謝型グルタミン酸受容体5阻害剤の分子設計

小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり …

構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM) 51st 2023年
FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明

渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 50th (CD-ROM) 2022年
FMO法に基づく相互作用記述子を用いたp38MAPキナーゼの阻害剤活性予測

神坂紀久子, 渡邉千鶴, 高谷大輔, 原田俊幸, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 48th (CD-ROM) 2020年
タンキラーゼ阻害剤の創薬研究(3):新規ジヒドロキナゾリノン誘導体の創出

鷲塚健一, 白井文幸, 八代田陽子, 幸瞳, 丹羽英明, 佐藤心, 安倍昌子, 大貫哲男, 眞崎唯, 平間千津子 …

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 37th 2019年
タンキラーゼ阻害剤の創薬研究(1):細胞増殖阻害活性改善を指向した誘導体合成

甲田泰子, 白井文幸, 水谷アンナ, 八代田陽子, 津村武史, 狩野ゆうこ, 近田翼, 村松由起子, 幸瞳, 丹羽英明 …

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 37th 2019年
タンキラーゼ阻害剤の創薬研究(2):経口投与で抗腫瘍効果を示すスピロインドリノン誘導体RK582の創製

白井文幸, 水谷アンナ, 八代田陽子, 津村武史, 狩野ゆうこ, 近田翼, 村松由起子, 幸瞳, 丹羽英明, 佐藤心 …

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 37th 2019年
創薬化学者のための構造変換データベースCUES:Convert it Unique and Elegant Substructureの開発と応用

熊澤啓子, 佐々木俊太, 幸瞳, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 42nd 2014年
ChEMBLを用いた3D重ね合わせデータベース構築と構造変換への応用

橋本憲明, 幸瞳, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 42nd 2014年
Prediction of activity cliff among Pim1 inhibitors using FMO and MM-PBSA calculations

WATANABE Chiduru, WATANABE Hirofumi, FUKUZAWA Kaori, OKIYAMA Yoshio, MOCHIZUKI Yuji, PARKER Lorien J, YUKI Hitomi, HONMA Teruki

CBI学会大会 2014 24 2014年
公共データベース情報を活用したMatched Molecular Pair解析による構造活性相関の可視化と置換基変換候補の提案

熊澤啓子, 佐々木俊太, 幸瞳, 本間光貴

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 31st 2013年
機械学習を用いたinduced fit部位の予測とkinase DFG loopなどへの応用

高谷大輔, 佐藤朋広, 幸瞳, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 40th 64-67 2012年
クルーズトリパノソーマ由来アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼと阻害剤との複合体構造

的場一晃, 藤田康介, 奈良武司, 青木孝, 幸瞳, 本間光貴, 田仲昭子, 松高祥子, 松岡茂, 井上将行 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 11th 2011年
レドックス調節パスウェイ酵素群の立体構造解析と創薬(3)

的場一晃, 奈良武司, 青木孝, 幸瞳, 本間光貴, 田仲昭子, 松高祥子, 松岡茂, 井上将行, 志波智生 …

PFシンポジウム要旨集 28th 2011年
抗トリパノソーマ薬ターゲットDHOD阻害剤の立体構造に基づいた探索と設計

本間光貴, 佐藤朋広, 幸瞳

生化学 2011年
クルーズトリパノソーマ由来アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼと阻害剤複合体のX線結晶解析

藤田康介, 的場一晃, 奈良武司, 青木孝, 幸瞳, 本間光貴, 田仲昭子, 松高祥子, 松岡茂, 井上将行 …

生化学 2011年
knowledge-based in silico screeningによるEGFR薬剤低感受性変異体の新規阻害剤の発見

佐藤朋広, 佐藤朋広, 渡辺寿美, 津金沢恵子, 幸瞳, 森真澄, 小川直子, 吉川征子, 新野睦子, 白水美香子 …

日本薬学会年会要旨集 130th(2) 2010年
Pim-1キナーゼ阻害剤の論理的探索と特性解析

渡辺寿美, 幸瞳, 津金沢恵子, 樽谷篤尚, 中川ゆかり, 森真澄, 小川直子, 本間光貴, 横山茂之, 横山茂之 …

日本薬学会年会要旨集 130th(2) 2010年
CLK-1阻害剤の探索

宇多田玲, 津金沢恵子, 中川ゆかり, 幸瞳, 本間光貴, 森真澄, 小川直子, 横山茂之, 横山茂之, 小島宏建 …

生化学 2010年
機械学習による薬物のヒト肝ミクロゾーム安定性の予測

嵜山陽二郎, 幸瞳, 本間光貴

CBI学会和文誌(Web) 2 2009年

もっとみる

共同研究・競争的資金等の研究課題

アラート構造回避を目指した化合物デザイン技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2019年4月 - 2021年3月

幸瞳