上久保裕生 (Kamikubo Hironari) - マイポータル

基本情報

所属: 奈良先端科学技術大学院大学物質創成科学領域教授

学位: 博士（理学）(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 201801003867298433
researchmap会員ID: B000302577

外部リンク: http://mswebs.naist.jp/LABs/kamikubo/index.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2017年3月 - 現在

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学領域, 教授
2007年4月 - 2017年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学領域, 准教授
2001年4月 - 2007年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学領域, 助手
1998年4月 - 2001年3月

高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 助手

学歴

1993年4月 - 1998年3月

大阪大学大学院, 理学研究科, 物理学専攻
1989年4月 - 1993年3月

大阪大学, 理学部, 物理学科

論文

261

Lipid cubic phase with an organic–inorganic hybrid structure formed by organoalkoxysilane lipid

Miki Kariya, Kenichiro Omoto, Kaoru Nomura, Kento Yonezawa, Hironari Kamikubo, Toshio Nishino, Tomomi Inoie, Gwénaël Rapenne, Kazuma Yasuhara

Chemical Communications 2024年
Conformation state‐specific monobodies regulate the functions of flexible proteins through conformation trapping

Ibuki Nakamura, Hiroshi Amesaka, Mizuho Hara, Kento Yonezawa, Keisuke Okamoto, Hironari Kamikubo, Shun‐ichi Tanaka, Takashi Matsuo

Protein Science 2023年10月20日
A unique photochromic UV-A sensor protein, Rc-PYP, interacting with the PYP-binding protein

Suhyang Kim, Yusuke Nakasone, Akira Takakado, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Masahide Terazima

Physical Chemistry Chemical Physics 23(33) 17813-17825 2021年9月7日査読有り
Skeletal Structure of the Chromophore of Photoactive Yellow Protein in the Excited State Investigated by Ultraviolet Femtosecond Stimulated Raman Spectroscopy

Hikaru Kuramochi, Satoshi Takeuchi, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Tahei Tahara

The Journal of Physical Chemistry B 125(23)(23) 6154-6161 2021年6月17日査読有り
Structure elements can be predicted using the contact Volume among protein residues

Yasumichi Takase, Yoichi Yamazaki, Yugo Hayashi, Sachiko Toma-Fukai, Hironari Kamikubo

Biophysics and Physicobiology v18.006 50-59 2021年2月18日査読有り最終著者責任著者
Wavelength-Dependent Photoreaction of PYP from Rhodobacter capsulatus.

Suhyang Kim, Yusuke Nakasone, Akira Takakado, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Masahide Terazima

Biochemistry 59(51) 4810-4821 2020年12月29日査読有り
Spectroscopic and structural characteristics of a dual-light sensor protein, PYP-phytochrome related protein.

Jia-Siang Sum, Yoichi Yamazaki, Keito Yoshida, Kento Yonezawa, Yugo Hayashi, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

Biophysics and physicobiology 17 103-112 2020年査読有り最終著者責任著者
Fifth-order time-domain Raman spectroscopy of photoactive yellow protein for visualizing vibrational coupling in its excited state

Hikaru Kuramochi, Satoshi Takeuchi, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Tahei Tahara

Science Advances 5(6) eaau4490 2019年6月査読有り
Construction of a Quadrangular Tetramer and a Cage-Like Hexamer from Three-Helix Bundle-Linked Fusion Proteins.

Takaaki Miyamoto, Yugo Hayashi, Keito Yoshida, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Kento Yonezawa, Nobutaka Shimizu, Hironari Kamikubo, Shun Hirota

ACS synthetic biology 8(5) 1112-1120 2019年5月17日査読有り
Structural Basis for the Function of the β-Barrel Assembly-Enhancing Protease BepA.

Shahrizal M, Daimon Y, Tanaka Y, Hayashi Y, Nakayama S, Iwaki S, Narita S, Kamikubo H, Akiyama Y, Tsukazaki T

J. Mol. Biol. 431(3) 625-635 2019年2月査読有り
Membrane Deformation Switching of an Endocytic Protein by Membrane Electrostatic Charge and Packing

Kazuki Kida, Manabu Kitamata, Kazutaka Ikeda, Kazuhiro Takemura, Takehiko Inaba, Yugo Hayashi, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Hironari Kamikubo, Akio Kitao, Makoto Arita …

SSRN Electronic Journal 2019年
Mechanism of the light-driven proton pump of bacteriorhodopsin based on the consistency principle.

Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

Biophysics and physicobiology 16 274-279 2019年査読有り最終著者責任著者
Statistical description of the denatured structure of a single protein, staphylococcal nuclease, by FRET analysis

Mariko Yamaguchi, Emi Ohta, Takuya Muto, Takayoshi Watanabe, Takahiro Hohsaka, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka

Biophysical Reviews 10(2) 145-152 2018年4月1日査読有り
Solution scattering approaches to dynamical ordering in biomolecular systems

Pau Bernadó, Nobutaka Shimizu, Giuseppe Zaccai, Hironari Kamikubo, Masaaki Sugiyama

Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 1862(2) 253-274 2018年2月1日査読有り責任著者
Development of mu-fluidics Based Auto Sampling System Designed for Continuous Titration SAXS Experiments

Kamikubo Hironari

JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN 17(1) 57-64 2018年査読有り筆頭著者最終著者責任著者
Heat-induced native dimerization prevents amyloid formation by variable domain from immunoglobulin light-chain REI

Marina Nawata, Hirotaka Tsutsumi, Yuta Kobayashi, Satoru Unzai, Shouhei Mine, Tsutomu Nakamura, Koichi Uegaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Daizo Hamada

FEBS JOURNAL 284(18) 3114-3127 2017年9月査読有り
Visualisation of a flexible modular structure of the ER folding-sensor enzyme UGGT

Tadashi Satoh, Chihong Song, Tong Zhu, Takayasu Toshimori, Kazuyoshi Murata, Yugo Hayashi, Hironari Kamikubo, Takayuki Uchihashi, Koichi Kato

SCIENTIFIC REPORTS 7 2017年9月査読有り
Neutron crystallography of photoactive yellow protein reveals unusual protonation state of Arg52 in the crystal

Kento Yonezawa, Nobutaka Shimizu, Kazuo Kurihara, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka

SCIENTIFIC REPORTS 7 2017年8月査読有り責任著者
Probing the early stages of photoreception in photoactive yellow protein with ultrafast time-domain Raman spectroscopy

Hikaru Kuramochi, Satoshi Takeuchi, Kento Yonezawa, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Tahei Tahara

NATURE CHEMISTRY 9(7) 660-666 2017年7月査読有り
Aggregation Control by Multi-stimuli-Responsive Poly(N-vinylamide) Derivatives in Aqueous System

Ryo Kawatani, Yasuhiro Nishiyama, Hironari Kamikubo, Kiyomi Kakiuchi, Hiroharu Ajiro

NANOSCALE RESEARCH LETTERS 12 1-6 2017年7月査読有り

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MISC

TIMバレルファミリーにおける構造エレメントの分子進化学的考察

高瀬安迪, 山崎洋一, 林有吾, 米澤健人, 米澤健人, 藤間祥子, 上久保裕生, 上久保裕生

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
連続滴定小角X線散乱測定を用いたKaiCに対するKaiAの滴定挙動解析

青山理紗子, 山崎洋一, 米澤健人, 向山厚, 林有吾, 藤間祥子, 清水伸隆, 秋山修志, 上久保裕生, 上久保裕生

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 100th 2020年
連続滴定小角X線散乱測定を用いたKaiCに対するKaiAの滴定挙動解析

AOYAMA Risako, YAMAZAKI Yoichi, YONEZAWA Kento, MUKAIYAMA Atsushi, HAYASHI Yugo, TOMA-FUKAI Sachiko, SHIMIZU Nobutaka, AKIYAMA Shuji, KAMIKUBO Hironari, KAMIKUBO Hironari

生物物理(Web) 59(Supplement 1-2) 2019年
大腸菌表層ストレス応答:インプットとアウトプットに働くプロテアーゼの機能

秋山芳展, 秋山光市郎, 岩間(舛井)千草, 大門康志, 檜作洋平, 水野慎也, 宮崎亮次, 森博幸, 禾晃和, 塩田拓也 …

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications (33) 2019年
28pKP-2 トリプトファン三重項寿命を用いたStaphylococcal nucleaseの主鎖の運動性評価(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

松本昇紘, 山口真理子, 芝るみ, 上久保裕生, 山崎洋一, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 68(2) 339-339 2013年8月26日
26aXZC-4 変性剤がスタフィロコッカルヌクレアーゼの変性構造に与える影響(26aXZC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

山口真理子, 山崎洋一, 上久保裕生, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 68(1) 417-417 2013年3月26日
26aXZC-6 イエロープロテインの光反応中の構造変化を見る(26aXZC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

片岡幹雄, 上久保裕生, Anfinrud Philip

日本物理学会講演概要集 68(1) 418-418 2013年3月26日
カーボンナノチューブ表面へのポリジアルキルシランのラッピング挙動の時間分解観察

CHUNG Woojung, 信澤和行, 上久保裕生, 片岡幹雄, 藤木道也, 内藤昌信, 内藤昌信, 内藤昌信

日本化学会講演予稿集 93rd(4) 1150 2013年3月8日
中性子散乱で観測したStaphylococcal Nucleaseの動的静的構造因子

遠藤仁, 富永大輝, 高田慎一, 松本淳, 岩瀬裕希, 上久保裕生, 片岡幹雄

日本中性子科学会年会講演概要集 12th 79 2012年12月7日
The crystal structure of Arf6-MKLP1 (Mitotic kinesin-like protein 1) complex

H. Makyio, T. Takei, H. Ohgi, S. Takahashi, H. Takatsu, T. Ueda, Y. Kanaho, Y. Xie, H.W. Shin, H. Kamikubo …

2012年5月査読有り
27aPS-22 水溶液中のStaphylococcal Nucleaseの構造とダイナミクス(27aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

遠藤仁, 松本淳, 上久保裕生, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 67(1) 428-428 2012年3月5日
2SJ-03 ドメインスワッピングによるシトクロムcポリマー化(2SJ タンパク質複合体研究の新展開:分子から超分子、凝集体まで,日本生物物理学会第49回年会(2011年度))

長尾聡, Kataoka Mikio, Higuchi Yoshiki, Hirota Shun, Hattori Yoko, Ueda Mariko, Taketa Midori, Osuka Hisao, Komori Hirofumi, Kamikubo Hironari …

生物物理 51 S22-S23 2011年
シトクロムc二量体と三量体の構造および熱力学的性質

服部洋子, 長尾聡, 竹田翠, 上久保裕生, 根木滋, 杉浦幸雄, 片岡幹雄, 樋口芳樹, 廣田俊

日本化学会講演予稿集 90th(3) 2010年
酸化型ウマシトクロムcの多量体構造とポリマー化機構

廣田俊, 服部洋子, 長尾聡, 竹田翠, 小森博文, 上久保裕生, 根木滋, 杉浦幸雄, 片岡幹雄, 樋口芳樹

生体分子科学討論会講演要旨集 37th 2010年
3P023 C末端ヘリックスの連続ドメインスワッピングによるシトクロムcポリマー化(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)

Hirota Shun, Sugiura Yukio, Kataoka Mikio, Higuchi Yoshiki, Hattori Yoko, Nagao Satoshi, Taketa Midori, Komori Hirofumi, Kamikubo Hironari, Wang Zhonghua …

生物物理 50(2) S149 2010年
シトクロムc多量体の構造および熱力学的性質

服部洋子, 長尾聡, 竹田翠, 上久保裕生, 根木滋, 杉浦幸雄, 片岡幹雄, 樋口芳樹, 廣田俊

日本化学会バイオテクノロジー部会シンポジウム講演要旨集 12th 2009年
19pTC-1 Photoactive Yellow Proteinを用いた中性子回折実験及び高分解能X線結晶構造解析(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

山口繁生, 上久保裕生, 清水伸隆, 山崎洋一, 今元泰, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 62(1) 341-341 2007年2月28日
27aTH-6 中性子結晶構造解析に用いるPYP結晶の調製(27aTH 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

山口繁生, 上久保裕生, 清水伸隆, 山崎洋一, 今元泰, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 61(1) 347-347 2006年3月4日
3P063 非干渉性弾性中性子散乱実験に見られる非ガウス性からの蛋白質ダイナミクス情報抽出の試み(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))

徳久淳師, 城地保昌, 上久保裕生, 中川洋, 北尾彰朗, 片岡幹雄

生物物理 45 S219 2005年
生体高分子の大きさ,形態,局所構造,物性,リガンド相互作用の測定装置中性子散乱 (バイオ高性能機器・新技術利用マニュアル) -- (各種解析装置の原理と使用例)

片岡幹雄, 上久保裕生

蛋白質核酸酵素 49(11) 1681-1686 2004年8月

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講演・口頭発表等

Artificial reconstitution of the multi-hierarchical structure in spider silk from fibroin proteins

上久保裕生, 佐藤健大

第57回日本生物物理学会年会 2019年9月26日招待有り
マルチドメイン蛋白質をプラットフォームとした蛋白質複合系の相互作用・構造解析

上久保裕生

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月29日招待有り
連続滴定SAXS測定を利用した多成分混合溶液中のタンパク質の構造解析

上久保裕生

第56回日本生物物理学会年会 2018年9月16日招待有り
光による蛋白質分子複合系の自由エネルギーランドスケープの変調

上久保裕生

日本化学会第98回春季年会 2018年3月20日招待有り
連続滴定溶液散乱測定による蛋白質分子複合系の多成分平衡状態の解析

上久保裕生

第40回溶液化学シンポジウム 2017年10月9日招待有り
Structural Exploring Multicomponent Equilibrium in Biological Systems

上久保裕生

The 24th Congress & General Assembly of the International Union of Crystallography 2017年8月24日招待有り
Multi-component equilibrium in biological systems explored by using continuous titration SAXS

上久保裕生

Frontier Bioorganization Forum 2017 Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular systems 2017年4月25日招待有り
Dynamical characterization of a denaturant denatured state by using the lifetime measurement of Trp-triplet state

上久保裕生

The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences 2016年11月16日招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

概日時計の複雑多様性の単純化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2022年4月 - 2027年3月

秋山修志, 成田哲博, 近藤孝男, 上久保裕生, 藤原悟, 古池美彦, 向山厚
Kaiシステムの自律振動過程で生じるKaiC-KaiA/KaiB結合モードの時間依存的変調

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

上久保裕生, 秋山修志, 山崎洋一, 米澤健人
Kaiシステムの自律振動過程で生じるKaiC-KaiA/KaiB結合モードの時間依存的変調

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

上久保裕生, 秋山修志, 山崎洋一, 米澤健人
統合的多階層アプローチによるシアノバクテリア生物時計システムの新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2017年5月 - 2022年3月

秋山修志, 藤原悟, 上久保裕生, 古池美彦, 近藤孝男, 片岡幹雄
生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究推進のための国際活動支援

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2019年3月

加藤晃一, 佐藤啓文, 平岡秀一, 上久保裕生, 寺嶋正秀, 芳坂貴弘, 佐藤宗太, 岡本祐幸, 稲垣直之
機能を生み出す単位生体分子集団（機能モジュール）の動的秩序の探査

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

上久保裕生, 片岡幹雄
生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究に関する総括

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

加藤晃一, 寺嶋正秀, 平岡秀一, 稲垣直之, 上久保裕生, 芳坂貴弘, 佐藤宗太, 岡本祐幸, 佐藤啓文
光受容蛋白質の初期分子ダイナミクス可視化をめざしたフェムト秒構造化学研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2013年4月 - 2016年3月

竹内佐年, 上久保裕生
イェロープロテインの構造と光反応：一般性と多様性

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2012年4月 - 2016年3月

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一
イオン液体とグラフェン電界効果トランジスタを用いたバイオセンサーの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2015年3月

黄晋二, 山下一郎, 上久保裕生
蛋白質の構造機能要素の抽出と応用の為の基盤整備

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年11月 - 2014年3月

上久保裕生, 片岡幹雄, 山崎洋一
ＰＡＳドメインタンパク質の相互作用多様化機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年 - 2013年

山崎洋一, 上久保裕生
天然変性蛋白質のモデル系開発と揺らぎと構造形成相関の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2008年 - 2012年

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一, 山口真理子, 芝るみ, 遠藤仁
蛋白質中に存在する低障壁水素結合の特性解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2010年 - 2011年

上久保裕生
階層縦断的な蛋白質ネットワーク解析技術の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2009年 - 2010年

上久保裕生
蛋白質機能を支えるダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一, 中川洋
蛋白質内水素結合ネットワークの直接観測

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2008年

片岡幹雄, 上久保裕生
クラスリン小胞輸送に関与する蛋白質群の蛋白質-蛋白質相互作用の構造学的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2006年 - 2007年

上久保裕生
蛋白質の構造と機能を司る弱い相互作用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2005年 - 2006年

今元泰, 片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一
二成分情報伝達系におけるセンサー型ヒスチジンキナーゼの分子スイッチ機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2004年 - 2005年

上久保裕生

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産業財産権

特許2019-100615 タンパク質微小体及びその製造方法

上久保裕生, 林有吾, 佐藤健大
特許2019-100616 ナノファイバーの製造方法

上久保裕生, 林有吾, 佐藤健大
特許2019-016486 ポリペプチド(PAIR配列そのもの)

上久保裕生, 林有吾, 佐藤健大, 中村浩之
特許2019-016485 ポリペプチド(PAIR配列算出のアルゴリズム)

上久保裕生, 林有吾, 佐藤健大, 中村浩之
特許2019-100617 タンパク質構造体の製造方法

上久保裕生, 林有吾, 佐藤健大

上久保裕生

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MISC

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