清水啓史 (Hirofumi SHIMIZU) - マイポータル

基本情報

所属: 福井大学医学系部門医学領域形態機能医科学講座統合生理学講師

学位: 博士（理学）(東京大学)

研究者番号: 50324158
J-GLOBAL ID: 200901059322608821
researchmap会員ID: 1000361244

外部リンク: http://seiri2.med.lab.u-fukui.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

学歴

- 2000年

東京大学, 理学系研究科, 生物化学
- 2000年

東京大学

委員歴

受賞

論文

1分子動態・構造解析による新しい K＋チャネルゲーティングモデルの提案

清水啓史

生理研研究会 2022年9月招待有り
X線1分子動態計測法の開発

清水啓史

第67回中部日本生理学会 2020年10月招待有り
イオンチャネル構造遷移過程のＸ線1分子動画計測

清水啓史

生理研研究会 2020年10月招待有り
Single-molecule fluctuations and conformational changes of the human transient recepror potential vanilloid 1 (TRPV1) channel recorded using diffracted X-ray tracking

Shimizu H, Kobayashi T, Iwamoto M, Kajiwara K, Kurebayashi N, Ogawa H, Murayama T

The Journal of Physiological Sciences 70(suppl) s118-s118 2020年6月査読有り
Diffracted X-ray tracking method for recording single-molecule protein motions.

Hirofumi Shimizu

Biochimica et biophysica acta. General subjects 1864(2) 129361-129361 2020年2月
Method to Record Single-Molecule Fluctuations and Conformational Changes in Proteins

Shimizu H, Iwamoto M, Kajiwara K, Hirai Y, Tabata O

The Journal of Physiological Sciences 69(Suppl) S262-S262 2019年6月査読有り
MICROFABRICATED SOLUTION CHAMBER FOR HIGH RESOLUTION DIFFRACTED X-RAY TRACKING METHOD TO OBSERVE ION-CHANNEL GATING MOTION

Ikkei Yamauchi, Tomoki Tabuchi, Yoshikazu Hirai, Masayuki Iwamoto, Toshiyuki Tsuchiya, Hirofumi Shimizu, Osamu Tabata

2019 20TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SOLID-STATE SENSORS, ACTUATORS AND MICROSYSTEMS & EUROSENSORS XXXIII (TRANSDUCERS & EUROSENSORS XXXIII) 25-28 2019年
Microchannel Fabrication Using A Photo-Patternable Adhesive Material for Recording Conformational Changes of KcsA Channel with the Diffracted X-ray Tracking Method†

Yoshikazu Hirai, Yasuaki Mori, Tomoki Tabuchi, Hirofumi Shimizu, Toshiyuki Tsuchiya and Osamu Tabata

Proceedings 2 972 2018年12月5日査読有り
Correction: Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system.

Yonekura K, Maki-Yonekura S, Matsuoka R, Yamashita Y, Shimizu H, Tanaka M, Iwabuki F

eLife 7 2018年5月査読有り
Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system.

Maki-Yonekura S, Matsuoka R, Yamashita Y, Shimizu H, Tanaka M, Iwabuki F, Yonekura K

eLife 7 2018年4月査読有り
A Landscape for Structural Stabilities during Gating Transitions in the KcsA Potassium Channel.

Shimizu, H., Iwamoto, M.

The Journal of Physiological Sciences 68 s169 2018年4月査読有り
Structural Analysis of KcsA by Cryo-EM Single Particle Analysis

Takazaki Hiroko、Shimizu Hirofumi、Yasunaga Takuo

Microscopy 67 i35 2018年4月査読有り
Temperature-Jump effects on the single molecular dynamics of the KcsA Potassium

H.Shimizu, M.Iwamoto

The Journal of Physiological Sciences 67(Suppl) S118 2017年4月
Photoresist Micro-Chamber for the Diffracted X-ray Tracking Method Recording Single-Molecule Conformational Changes

K.Tahara, Y.Hirai, H.Shimizu, T.Tsuchiya, O.Tabata

Procedia Engineering 163 1394-1397 2016年4月査読有り
Surface-enhanced IR absorption spectroscopy of the KcsA potassium channel upon application of an electric field.

Akira Yamakata, Hirofumi Shimizu, Shigetoshi Oiki

Physical chemistry chemical physics : PCCP 17(33) 21104-11 2015年9月7日査読有り
Specific interactions between alkali metal cations and the KcsA channel studied using ATR-FTIR spectroscopy.

Yuji Furutani, Hirofumi Shimizu, Yusuke Asai, Shigetoshi Oiki, Hideki Kandori

Biophysics and physicobiology 12 37-45 2015年査読有り
pH-dependent promotion of phospholipid flip-flop by the KcsA potassium channel.

Hiroyuki Nakao, Keisuke Ikeda, Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Shigetoshi Oiki, Yasushi Ishihama, Minoru Nakano

Biochimica et biophysica acta 1848(1 Pt A) 145-50 2015年1月
3P021 KcsA カリウムチャネルの開構造への構造変化前における分子揺らぎの増大(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Shimizu Hirofumi, Iwamoto Masayuki, Oota Yumiko, Oiki Shigetoshi

生物物理 54(1) S252 2014年
Proton permeation and pH-dependent gating of polytheonamide B

Matsuki Yuka, Mita Kenichiro, Sumikama Takashi, Iwamoto Masayuki, Shimizu Hirofumi, Oiki Shigetoshi

The Journal of Physiological Sciences 63 S246 2013年3月査読有り
3P030 高時間分解能で蛋白質の分子揺らぎと構造変化を計測するためのX線1分子動態計測法の開発(01B.蛋白質:構造機能相関,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Shimizu Hirofumi, Iwamoto Masayuki, Oiki Shigetoshi

生物物理 53(1) S216 2013年

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MISC

Single-Molecule Twisting Motions During Gating of the Human TRPV1 Channel Recorded with Sub-Millisecond Time Resolution

Hirofumi Shimizu, Takuya Kobayashi, Masayuki Iwamoto, Kentaro Kajiwara, Nagomi Kurebayashi, Haruo Ogawa, Takashi Murayama

BIOPHYSICAL JOURNAL 118(3) 22A-22A 2020年2月
低X線散乱ノイズ観測チャンバー開発による蛋白質1分子構造変化計測

清水啓史, 田渕友樹, 田原樹生, 岩本真幸, 平井義和, 土屋智由, 田畑修

「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム論文集電気学会センサ・マイクロマシン部門 [編] 34 1-4 2017年10月31日
PH-dependent promotion of phospholipid flip-flop by the KcsA potassium channel

Hiroyuki Nakao, Keisuke Ikeda, Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Shigetoshi Oiki, Yasushi Ishihama, Minoru Nakano

Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 1848(1) 145-150 2015年
The diffracted X-ray tracking method for recording the single-molecule conformational changes of the KcsA potassium channel in a sub-millisecond time resolution

H. Shimizu, M. Iwamoto, Y. Oota, Yoshikazu Hirai, Osamu Tabata, S. Oiki

The 45th Natl Inst Physiol Sci (NIPS) International Symposium 22 2014年11月
カリウムチャネルKcsAのpH依存的なリン脂質flip‐flop誘起能

中尾裕之, 若林真樹, 池田恵介, 石濱泰, 岩本真幸, 清水啓史, 老木成稔, 中野実

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 134th(2) ROMBUNNO.28Q-AM03S-260 2014年3月
カリウムチャネルKcsAのリン脂質フリップフロップ誘起能におけるN末ヘリックスの効果

中尾裕之, 若林真樹, 池田恵介, 石濱泰, 岩本真幸, 清水啓史, 老木成稔, 中野実

生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集 35th 76-77 2013年11月21日
リン脂質のフリップフロップに対するカリウムチャネルKcsAのN末ヘリックスの影響

中尾裕之, 若林真樹, 池田恵介, 石濱泰, 岩本真幸, 清水啓史, 老木成稔, 中野実

膜シンポジウム (25) 166-167 2013年10月25日
Structural changes of the KcsA potassium channel upon application of the electrode potential studied by surface-enhanced IR absorption spectroscopy

Akira Yamakata, Hirofumi Shimizu, Masatoshi Osawa, Shigetoshi Oiki

CHEMICAL PHYSICS 419 224-228 2013年6月
カリウムチャネルKcsAのリン脂質フリップフロップ誘起能の変化

中尾裕之, 若林真樹, 池田恵介, 石濱泰, 岩本真幸, 清水啓史, 老木成稔, 中野実

日本膜学会年会講演要旨集 35th 118 2013年5月1日
26pXC-4 イオンチャネル開閉構造変化のX線1分子動画計測 : 分子揺らぎと構造変化の相関の解明を目指して(26pXC 領域12,領域11合同シンポジウム:タンパク質の動きを解き明かす一分子計測の最前線,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

清水啓史

日本物理学会講演概要集 68(1) 421-421 2013年3月26日
リン脂質のフリップフロップに対するカリウムチャネルKcsAの効果

中尾裕之, 若林真樹, 池田恵介, 石濱泰, 清水啓史, 中野実

生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集 34th 84-85 2012年11月15日
20pAB-9 全反射赤外分光法によるカリウムイオンチャネルKcsAのイオン選択フィルター構造の解析(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

古谷祐詞, 清水啓史, 浅井祐介, 福田哲也, 老木成稔, 神取秀樹

日本物理学会講演概要集 67(2) 338-338 2012年8月24日
Laser-Triggered Single Molecular Gating Motions of the KcsA Potassium Channels Recorded in a Sub-Millisecond Time Resolution

Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Takashi Konno, Antoine Royant, Stetten Von David, Guerin Laurent, Michael Wulff, Shigetoshi Oiki

BIOPHYSICAL JOURNAL 102(3) 37A-37A 2012年1月
A cytotoxic peptide from a marine sponge exhibits ion channel activity through vectorial-insertion into the membrane

Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Ikunobu Muramatsu, Shigetoshi Oiki

FEBS LETTERS 584(18) 3995-3999 2010年9月
pH-dependent gating of KcsA potassium channel using an inactivation-free mutant, E71A

Yuka Matsuki, Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Shigetoshi Oiki

JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES 60 S117-S117 2010年
Properties for ion conduction and membrane insertion of a cytotoxic peptide from a marine sponge, polytheonamide B

Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Ikunobu Muramatsu, Shigeki Matsunaga, Shigetoshi Oiki

JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES 60 S121-S121 2010年
A Cytotoxic Peptide from a Marine Sponge, Polytheonamide B: I. Channel Activity and Vectorial-Insertion Into the Membrane

Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Ikunobu Muramatsu, Shigeki Matsunaga, Shigetoshi Oiki

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 110A-110A 2010年1月
A Cytotoxic Peptide from a Marine Sponge, Polytheonamide B; II. Properties for Ion Conduction and Voltage Dependent Gating

Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Ikunobu Muramatsu, Shigeki Matsunaga, Shigetoshi Oiki

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 109A-109A 2010年1月
pH-Dependent Gating of KcsA Potassium Channel

Matsuki Yuka, Masayuki Iwamoto, Hirofumi Shimizu, Shigetoshi Oiki

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 314A-314A 2010年1月
Normal Mode Analysis of Polytheonamide B (Retraction of vol 76, 094801, 2007)

Takaharu Mori, Hironori Kokubo, Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Shigetoshi Oiki, Yuko Okamoto

JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 78(6) 2009年6月

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講演・口頭発表等

Microfluidic-based Diffracted X-ray Tracking Method for Real-Time Observation of Ion Channel Twist Motion Under Sequential Chemical Stimuli

Kentaro Kotoya, Ikkei Yamauchi, Hirofumi Shimizu, Yoshikazu Hirai

The 22nd International Conference on Solid-State Sensors Actuators and Microsystems (Transducers 2023) 2023年6月25日
pH変化に対するKcsAイオンチャネルの運動応答を解析するためのＸ線１分子動態計測用流体デバイス

浅越雄介, 清水啓史, 平井義和

化学とマイクロ・ナノシステム学会第47回研究会 2023年5月13日
A new gating model of K+ channel based on cryo-EM structures and single-molecule dynamics measurements using X-ray

Hirofumi Shimizu, Hiroko Takazaki, Yoshikazu Hirai, Takuo Yasunaga

日本生理学会第100回記念大会 2023年3月14日
Structural Basis for pH-gating of the K+ channel KcsA

Hiroko Takazaki, Hirofumi Shimizu, Takuo Yasunaga

日本顕微鏡学会シンポジウム 2022年10月
ナノディスクに挿入したカリウムチャネルKcsAの構造

髙﨑寛子、清水啓史、安永卓夫

第60回日本生物物理学会 2022年9月29日
1分子動態・構造解析による新しい K＋チャネルゲーティングモデルの提案

清水啓史

生理研研究会 2022年9月6日生理研研究会招待有り
X線1分子動態計測法の開発

清水啓史

第67回中部生理学会
イオンチャネル構造遷移過程のＸ線1分子動画計測

清水啓史

生理研研究会「イオンチャネルと生体膜のダイナミクス：構造生物学の先にあるもの」
X線1分子動態計測法を用いて記録したヒトTRPV1チャネルの分子揺らぎと構造変化

第97回日本生理学会大会
Single-Molecule Twisting Motions during Gating of the Human TRPV1 Channel Recorded with Sub-Millisecond Time Resolution.

Hirofumi Shimizu, Takuya Kobayashi, Masayuki Iwamoto, Kentaro Kajiwara, Nagomi Kurebayashi, Haruo Ogawa, Takashi Murayama

64th Biophysical meeting
X 線1 分⼦動態計測法を適⽤する新たなターゲット分⼦の探索

清水啓史

第4回イオンチャネル研究会
Microfabricated Solution Chamber for High Resolution Diffracted X-ray Tracking Method to Observe Ion Channel Gating Motion

Ikkei Yamauchi, Tomoki Tabuchi, Yoshikazu Hirai, Masayuki Iwamoto, Toshiyuki Tsuchiya, Hirofumi Shimizu, Osamu Tabata

Transducers 2019
イオンチャネルの開閉機構観察のための高解像度X 線一分子動態計測用溶液チャンバの開発

山内一慶, 田渕友樹, 平井義和, 岩本真幸, 土屋智由, 清水啓史, 田畑修
Method to Record Single-Molecule Fluctuations and Conformational Changes in Proteins

Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto, Kentaro Kajiwara, Yoshikazu Hirai, Osamu Tabata

9th FAOPS congress
Structural Analysis of KcsA by Cryo-EM Single Particle Analysis

Hiroko Takazaki, Hirofumi Shimizu, Kaoru Mitsuoka, Takuo Yasunaga

第56回日本生物物理学会年会 2018年9月5日
A Landscape for Structural Stabilities during Gating Transitions in KcsA Potassium Channels

Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto

第95回日本生理学会大会 2018年3月28日
低X線散乱ノイズ観測チャンバー開発による蛋白質1分子構造変化計測

清水啓史, 田渕友樹, 田原樹生, 岩本真幸, 平井義和, 土屋智由, 田畑修

第34回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム 2017年10月31日
An Approach to Structural Analysis of a Small Membrane Protein KcsA by Cryo-electron Microscopy

Hiroko Takazaki, Hirofumi Shimizu, Naoko Kajimura, Kaoru Mistuoka, Takuo Yasunaga

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
Structural Stabilities during Gating Transitions in KcsA Potassium Channel Revealed by Single-Molecule Dynamics Recordings

Hirofumi Shimizu, Masayuki Iwamoto

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
Single -Molecule Recordings of Gating Motions of KcsA Potassium Channels at Sub-millisecond Time Resolution

Hirofumi Shimizu

Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations., Biophysical Society thematic meeting. 2017年8月25日

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所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

X線1分子動態計測による膜蛋白質マルチセンシング機構の動的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2026年3月

清水啓史, 小川治夫, 平井義和
X線1分子動態計測による膜蛋白質マルチセンシング機構の動的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月
蛋白質の立体構造にタイムスタンプを付し構造遷移過程の全容を解明する手法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究（開拓） 2022年6月 - 2025年3月
カリウムチャネルKcsAの脂質内高分解能構造解析によるゲーティング機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

高崎寛子, 清水啓史, 安永卓生
蛋白質の立体構造にタイムスタンプを付し構造遷移過程を解明する手法開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

清水啓史, 安永卓生
熱エネルギーを電気エネルギーに変換する分子機構の動的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

清水啓史
膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の１分子同時計測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

清水啓史, 岩本真幸, 平井義和
X線1分子動態計測による温度依存性イオンチャネル開閉制御機構の動的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

清水啓史
in vitro とin cellの蛋白質動態をつなぐX線１分子動態計測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年4月 - 2019年3月

清水啓史
膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の１分子同時計測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

清水啓史, 岩本真幸, 平井義和, 田畑修
in vitro とin cellの蛋白質動態をつなぐX線１分子動態計測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年4月 - 2017年3月

清水啓史
蛋白質の1分子動態計測法に最適化した半導体X線検出器の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2017年3月

清水啓史, 新井康夫
半導体ナノ加工技術を利用したX線1分子動態計測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2015年3月

清水啓史, 平井義和, 田畑修
膜電位存在下におけるイオンチャネルの機能と構造変化の１分子同時計測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2012年4月 - 2015年3月

清水啓史, 岩本真幸
ＫｃｓＡカリウムチャネルｐＨ依存性ゲーティングダイナミクスの一分子構造機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

老木成稔, 清水啓史, 岩本真幸
エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2010年 - 2011年

清水啓史
エックス線1分子計測によるイオンチャネル準安定状態の観測

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年 - 2011年

清水啓史
電場と動態：膜電位存在下でのイオンチャネルの機能と構造変化の１分子同時計測

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(S) 若手研究(S) 2008年 - 2011年

清水啓史
イオンチャネルの構造-機能ダイナミクス:ゲーティング構造変化の単一分子解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2008年 - 2010年

老木成稔, 岩本真幸, 清水啓史, 今野卓
エックス線1分子計測によるイオンチャネル開閉ダイナミクスの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2008年 - 2009年

清水啓史

もっとみる

清水啓史

基本情報

研究キーワード

研究分野

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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