平谷伊智朗 (Ichiro Hiratani) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センター発生エピジェネティクス研究チームチームリーダー

研究者番号: 40583753
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-3710-3540
J-GLOBAL ID: 202001016355706540
researchmap会員ID: R000007111

研究キーワード

論文

scRepli-RamDA-seq: a multi-omics technology enabling the analysis of gene expression dynamics during S-phase.

Rawin Poonperm, Taiki Yoneda, Taito Imada, Saori Takahashi, Takako Ichinose, Hisashi Miura, Tetsutaro Hayashi, Mariko Kuse, Mika Yoshimura, Koji Nagao …

Nature communications 16(1) 10902-10902 2025年12月15日
CWL-Based Analysis Pipeline for Hi-C Data: From FASTQ Files to Matrices.

Hisashi Miura, Rory T Cerbus, Izumi Noda, Ichiro Hiratani

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2856 79-117 2025年
Embryonic genome instability upon DNA replication timing program emergence.

Saori Takahashi, Hirohisa Kyogoku, Takuya Hayakawa, Hisashi Miura, Asami Oji, Yoshiko Kondo, Shin-Ichiro Takebayashi, Tomoya S Kitajima, Ichiro Hiratani

Nature 2024年8月28日
Homeotic and non-homeotic patterns in the tetrapod vertebral formula

Rory T. Cerbus, Ichiro Hiratani, Kyogo Kawaguchi

2024年3月26日
Replication dynamics identifies the folding principles of the inactive X chromosome

Rawin Poonperm, Saya Ichihara, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Takashi Sado, Ichiro Hiratani

Nature Structural & Molecular Biology 30(8) 1224-1237 2023年8月10日査読有り
Epigenetic plasticity safeguards heterochromatin configuration in mammals

Kei Fukuda, Takeshi Shimi, Chikako Shimura, Takao Ono, Takehiro Suzuki, Kenta Onoue, Satoko Okayama, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Kazuho Ikeda …

Nucleic Acids Research 2023年5月13日
Large-Scale Chromatin Rearrangements in Cancer.

Kosuke Yamaguchi, Xiaoying Chen, Asami Oji, Ichiro Hiratani, Pierre-Antoine Defossez

Cancers 14(10) 2022年5月12日
Cell cycle dynamics and developmental dynamics of the 3D genome: toward linking the two timescales.

Hisashi Miura, Ichiro Hiratani

Current opinion in genetics & development 73 101898-101898 2022年4月
SAF-A promotes origin licensing and replication fork progression to ensure robust DNA replication.

Caitlin Connolly, Saori Takahashi, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Nick Gilbert, Anne D Donaldson, Shin-Ichiro Hiraga

Journal of cell science 135(2) 2022年1月15日
Regulation of mammalian 3D genome organization and histone H3K9 dimethylation by H3K9 methyltransferases.

Kei Fukuda, Chikako Shimura, Hisashi Miura, Akie Tanigawa, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Ichiro Hiratani, Yoichi Shinkai

Communications biology 4(1) 571-571 2021年5月13日
The Temporal Order of DNA Replication Shaped by Mammalian DNA Methyltransferases.

Shin-Ichiro Takebayashi, Tyrone Ryba, Kelsey Wimbish, Takuya Hayakawa, Morito Sakaue, Kenji Kuriya, Saori Takahashi, Shin Ogata, Ichiro Hiratani, Katsuzumi Okumura …

Cells 10(2) 2021年1月29日
Mapping replication timing domains genome wide in single mammalian cells with single-cell DNA replication sequencing.

Hisashi Miura, Saori Takahashi, Takahiro Shibata, Koji Nagao, Chikashi Obuse, Katsuzumi Okumura, Masato Ogata, Ichiro Hiratani, Shin-Ichiro Takebayashi

Nature protocols 15(12) 4058-4100 2020年12月
Microrheology for Hi-C Data Reveals the Spectrum of the Dynamic 3D Genome Organization.

Soya Shinkai, Takeshi Sugawara, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Shuichi Onami

Biophysical journal 118(9) 2220-2228 2020年5月5日査読有り
Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?

Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Hisashi Miura, Kaori Tanaka, Ichiro Hiratani, Shigehiro Kuraku

GigaScience 9(1) 2020年1月1日査読有り
Single-cell DNA replication profiling identifies spatiotemporal developmental dynamics of chromosome organization.

Hisashi Miura, Saori Takahashi, Rawin Poonperm, Akie Tanigawa, Shin-Ichiro Takebayashi, Ichiro Hiratani

Nature genetics 51(9) 1356-1368 2019年9月査読有り
The Eleanor ncRNAs activate the topological domain of the ESR1 locus to balance against apoptosis.

Mohamed Osama Ali Abdalla, Tatsuro Yamamoto, Kazumitsu Maehara, Jumpei Nogami, Yasuyuki Ohkawa, Hisashi Miura, Rawin Poonperm, Ichiro Hiratani, Hideki Nakayama, Mitsuyoshi Nakao …

Nature communications 10(1) 3778-3778 2019年8月22日査読有り
iconHi-C Protocol (ver. 1.0) v1 (protocols.io.4mjgu4n)

Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Hisashi Miura, Kaori Tanaka, Ichiro Hiratani, Shigehiro Kuraku

protocols.io 2019年6月23日
DNA Replication Timing Enters the Single-Cell Era.

Ichiro Hiratani, Saori Takahashi

Genes 10(3) 2019年3月15日査読有り
Genome-wide stability of the DNA replication program in single mammalian cells.

Saori Takahashi, Hisashi Miura, Takahiro Shibata, Koji Nagao, Katsuzumi Okumura, Masato Ogata, Chikashi Obuse, Shin-Ichiro Takebayashi, Ichiro Hiratani

Nature genetics 51(3) 529-540 2019年3月査読有り
Srf destabilizes cellular identity by suppressing cell-type-specific gene expression programs.

Takashi Ikeda, Takafusa Hikichi, Hisashi Miura, Hirofumi Shibata, Kanae Mitsunaga, Yosuke Yamada, Knut Woltjen, Kei Miyamoto, Ichiro Hiratani, Yasuhiro Yamada …

Nature communications 9(1) 1387-1387 2018年4月11日査読有り

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MISC

マウスの初期胚特異的なDNA複製制御機構はゲノム不安定性に関与する

高橋沙央里, 京極博久, 京極博久, 早川琢也, 三浦尚, 大字亜沙美, 近藤淑子, 竹林慎一郎, 北島智也, 平谷伊智朗

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
Formation of a multi-layered 3-dimensional structure of the heterochromatin compartment during early mammalian development

Rawin Poonperm, Ichiro Hiratani

Development Growth and Differentiation 63(1) 5-17 2021年1月1日
1細胞全ゲノムDNA複製タイミング解析手法とマウス初期胚解析への応用に向けて

高橋沙央里, 三浦尚, 柴田隆豊, 長尾恒治, 小布施力史, 竹林慎一郎, 平谷伊智朗

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
マウスES細胞分化および初期胚発生過程における1細胞全ゲノムDNA複製タイミング解析

高橋沙央里, 三浦尚, 柴田隆豊, 長尾恒治, 小布施力史, 竹林慎一郎, 平谷伊智朗

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年

共同研究・競争的資金等の研究課題

1細胞全ゲノム解析の第二世代化と多次元化への挑戦

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 挑戦的研究(開拓) 2020年7月 - 2026年3月

平谷伊智朗
シングルセル解析による有棘細胞がんの腫瘍内不均一性の起源の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

佐伯秀久, 長田真一, 平谷伊智朗
細胞分化にともなうクロマチンポテンシャルの変化とその分子基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

眞貝洋一, 平谷伊智朗
In vivo単一細胞解析から明らかにする染色体機能ドメインの可塑性とその意義

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

竹林慎一郎, 平谷伊智朗
哺乳類減数分裂における相同染色体間の結合を確立する仕組み

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2022年3月

李智博, 平谷伊智朗
ES細胞およびマウスにおけるAID技術の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

鐘巻将人, 平谷伊智朗
マウス初期胚発生に伴うヘテロクロマチン形成の分子基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2011年 - 2012年

平谷伊智朗
マウス胚性幹細胞分化に伴うゲノムの核内高次折り畳み構造変化の分子基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援研究活動スタート支援 2010年 - 2011年

平谷伊智朗
オーガナイザー特異的ホメオドメイン蛋白質Xlim-1の活性制御機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2002年 - 2003年

平谷伊智朗