安田一希 (Ikki Yasuda) - マイポータル

基本情報

所属: 慶應義塾大学　理工学研究科後期博士課程

連絡先: ikki.yasuda.01gmail.com
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-6183-862X
J-GLOBAL ID: 202401012501484346
researchmap会員ID: R000074349

研究キーワード

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

経歴

2023年4月 - 現在

独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員DC1
2025年5月 - 2025年7月

コペンハーゲン大学, 生物学科, 訪問博士学生
2024年9月 - 2024年12月

コペンハーゲン大学, 生物学科, 訪問博士学生
2023年9月 - 2024年2月

コペンハーゲン大学, 生物学科, 訪問博士学生

学歴

2023年4月 - 現在

慶應義塾大学, 理工学研究科, 開放環境科学専攻
2021年4月 - 2023年3月

慶應義塾大学, 理工学研究科, 開放環境科学専攻
2017年4月 - 2021年4月

慶應義塾大学, 理工学部, 機械工学科

受賞

2025年5月

Travel award for "Biomolecular condensates: From fundamental principles to applications in health and biotech", Labbot

Ikki Yasuda
2023年8月

European Physical Society Poster Prize, Analysis of lithium-ion diffusion for all-solid-state battery using unsupervised machine learning of molecular dynamics simulation, 34th IUPAP Conference on Computational Physics

Ikki Yasuda
2023年3月

三浦賞, 日本機械学会

安田一希

論文

Coarse-Grained Model of Disordered RNA for Simulations of Biomolecular Condensates

Ikki Yasuda, Sören von Bülow, Giulio Tesei, Eiji Yamamoto, Kenji Yasuoka, Kresten Lindorff-Larsen

Journal of Chemical Theory and Computation 2025年3月11日
In-layer inhomogeneity of molecular dynamics in quasi-liquid layers of ice

Ikki Yasuda, Katsuhiro Endo, Noriyoshi Arai, Kenji Yasuoka

Communications Chemistry 2024年5月29日
Graph-Neural-Network-Based Unsupervised Learning of the Temporal Similarity of Structural Features Observed in Molecular Dynamics Simulations

Satoki Ishiai, Ikki Yasuda, Katsuhiro Endo, Kenji Yasuoka

Journal of Chemical Theory and Computation 2024年1月23日
Unsupervised deep learning for molecular dynamics simulations: a novel analysis of protein–ligand interactions in SARS-CoV-2 M^pro

Jessica Mustali, Ikki Yasuda, Yoshinori Hirano, Kenji Yasuoka, Alfonso Gautieri, Noriyoshi Arai

RSC Advances 2023年11月22日
Combining molecular dynamics and machine learning to analyze shear thinning for alkane and globular lubricants in the low shear regime

Ikki Yasuda, Yusei Kobayashi, Katsuhiro Endo, Yoshihiro Hayakawa, Kazuhiko Fujiwara, Kuniaki Yajima, Noriyoshi Arai, Kenji Yasuoka

ACS Applied Materials & Interfaces 15(6) 8567-8578 2023年1月30日
Differences in ligand-induced protein dynamics extracted from an unsupervised deep learning approach correlate with protein–ligand binding affinities

Ikki Yasuda, Katsuhiro Endo, Eiji Yamamoto, Yoshinori Hirano, Kenji Yasuoka

Communications Biology 5(1) 2022年5月19日

MISC

Enhanced premelting at the ice-rubber interface using all-atom molecular dynamics simulation

Takumi Kojima, Ikki Yasuda, Takumi Sato, Noriyoshi Arai, Kenji Yasuoka

2025年8月28日
非平衡分子動力学法と機械学習を組み合わせた潤滑油の有効粘度予測

安田一希, 泰岡顕治

日本トライボロジー学会トライボロジスト 2025年8月招待有り筆頭著者
TDP-43 multidomains and RNA modulate interactions and viscoelasticity in biomolecular condensates

Yui Matsushita, Ikki Yasuda, Fuga Watanabe, Eiji Yamamoto

2025年4月28日
Molecular Dynamics Investigation of Static and Dynamic Interfacial Properties in Ice-Polymer Premelting Layers

Takumi Sato, Ikki Yasuda, Noriyoshi Arai, Kenji Yasuoka

2025年4月28日
Software package for simulations using the coarse-grained CALVADOS model

Sören von Bülow, Ikki Yasuda, Fan Cao, Thea K. Schulze, Anna Ida Trolle, Arriën Symon Rauh, Ramon Crehuet, Kresten Lindorff-Larsen, Giulio Tesei

2025年4月14日
University of Copenhagen滞在記

安田一希

分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 2025年4月招待有り筆頭著者責任著者
化学における情報・AIの活用（ＣＳＪカレントレビュー：50）

泰岡顕治, 安田一希

化学における情報・AIの活用: 解析と合成を駆動する情報科学（ＣＳＪカレントレビュー: 50） 2024年6月招待有り

講演・口頭発表等

Molecular Understanding of Ice Interfacial Premelting: From Simple Hydrophilic and Hydrophobic Polymer Interfaces to the Ice–Rubber Interface

Ikki Yasuda

Malmö University, Water Science Lab. Seminar 2025年9月30日招待有り
A coarse-grained model of disordered RNA for simulations of biomolecular condensates

Ikki Yasuda

RIKEN iTHEMS Biology Seminar 2025年2月6日招待有り

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

天然変性領域の多成分相分離を予測する統合的計算手法の開発

日本科学技術振興会 ACT-X 2025年1月 - 2027年3月
天然変性タンパク質の構造ゆらぎに注目した機械学習による液-液相分離特性の予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2023年4月 - 2026年3月

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MISC

講演・口頭発表等

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