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2019/12/06

MiGD tips 任意の位置のウンシュウゲノム塩基配列の切り出し

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ミカンゲノムデータベース(Mikan Genome Database:MiGD)では、JBrowseの機能を利用して、任意の位置のウンシュウミカンゲノムの塩基配列を切り出すことができます。
詳しくは、資料公開にあるPDF「MiGDウンシュウゲノム塩基配列切出方法」をを覧ください。

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切り出し方法の簡易な説明は以下のとおりです
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  1. MiGDのトップページからJBrowse 「Citrus unshiu」を選択
  2. JBrowseで表示された画面のゲノム配列が切り出されるので、切り出したい範囲を画面で表示する
  3. 塩基番号の下の行の「Reference sequence」の右隣に表示される黒い三角を選択
  4. 表示されたポップアップから「Save track data」を選択
  5. 現れたポップ内の物理位置を確認し、「View」ボタンを選択
  6. 目的のゲノム塩基配列がポップアップで表示される。

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