大田達郎 (Tazro Ohta) - マイポータル

基本情報

所属: 千葉大学国際高等研究基幹准教授
: 特定国立研究開発法人理化学研究所情報統合本部客員研究員
: 国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター特命准教授
: (兼任)データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター客員准教授

学位: 博士（理学）(2019年3月総合研究大学院大学)

研究者番号: 20625355
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-3777-5945
J-GLOBAL ID: 202101013476683597
researchmap会員ID: R000031083

主要な経歴

2023年5月 - 現在

国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 特命准教授
2023年4月 - 現在

千葉大学, 国際高等研究基幹, 准教授
2023年4月 - 現在

情報・システム研究機構, データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター, 客員准教授
2019年5月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 情報統合本部, 客員研究員
2019年8月 - 2023年3月

情報・システム研究機構, データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター, 特任助教
2015年4月 - 2019年7月

情報・システム研究機構, データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター, 特任研究員

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学歴

2009年4月 - 2011年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 生産・環境生物学専攻
2005年4月 - 2009年3月

神戸大学, 農学部, 生物環境制御学科

主要な論文

A workflow reproducibility scale for automatic validation of biological interpretation results

Hirotaka Suetake, Tsukasa Fukusato, Takeo Igarashi, Tazro Ohta

GigaScience 12 2023年5月8日
Workflow sharing with automated metadata validation and test execution to improve the reusability of published workflows

Hirotaka Suetake, Tsukasa Fukusato, Takeo Igarashi, Tazro Ohta

GigaScience 2023年2月22日
ChIP-Atlas 2021 update: a data-mining suite for exploring epigenomic landscapes by fully integrating ChIP-seq, ATAC-seq and Bisulfite-seq data.

Zhaonan Zou, Tazro Ohta, Fumihito Miura, Shinya Oki

Nucleic acids research 2022年3月24日
Ch IP ‐Atlas: a data‐mining suite powered by full integration of public Ch IP ‐seq data

Shinya Oki, Tazro Ohta, Go Shioi, Hideki Hatanaka, Osamu Ogasawara, Yoshihiro Okuda, Hideya Kawaji, Ryo Nakaki, Jun Sese, Chikara Meno

EMBO reports 19(12) 2018年12月9日
Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago

Tazro Ohta, Takeshi Kawashima, Natsuko O. Shinozaki, Akito Dobashi, Satoshi Hiraoka, Tatsuhiko Hoshino, Keiichi Kanno, Takafumi Kataoka, Shuichi Kawashima, Motomu Matsui …

Journal of Plant Research 131(4) 709-717 2018年7月19日

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書籍等出版物

Nanopore sequencing : methods and protocols

Arakawa, Kazuharu (担当:分担執筆)

Humana Press 2023年 (ISBN: 9781071629956)
バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤

小野, 浩雅 (担当:分担執筆)

羊土社 2022年11月 (ISBN: 9784758104067)
ロングリードWET&DRY解析ガイド : シークエンスをもっと自由に! : リピート配列から構造変異、ダイレクトRNA、de novoアセンブリまで、研究の可能性をグンと広げる応用自在な最新技術 : どこでも、誰でも、今日から使える!

荒川, 和晴, 宮本, 真理 (担当:分担執筆)

羊土社 2021年10月 (ISBN: 9784758122535)
Practical guide to life science databases

Abugessaisa, Imad, Kasukawa, Takeya (担当:分担執筆)

Springer 2021年 (ISBN: 9789811658112)
次世代シークエンサーDRY解析教本

清水, 厚志, 坊農, 秀雅 (担当:分担執筆)

学研メディカル秀潤社,学研プラス (発売) 2019年12月 (ISBN: 9784780909838)
実験医学 2019年10月 Vol.37 No.16 AIとがん研究その妥当性、有効性〜ゲノム・エピゲノムから細胞・医用画像まで

浜本, 隆二 (担当:分担執筆)

羊土社 2019年9月23日 (ISBN: 4758125244)
THE LUNG perspectives Vol.27 No.3(201 特集:コンピュータサイエンスの応用

「THE LUNG perspectives」編集委員会 (担当:分担執筆)

メディカルレビュー社 2019年9月5日 (ISBN: 4779223059)
生命科学で使えるはじめての数理モデルとシミュレーション

鈴木, 貴, 久保田, 浩行 (担当:分担執筆)

羊土社 2017年3月 (ISBN: 9784758103619)
次世代シークエンサーDRY解析教本

清水, 厚志, 坊農, 秀雅 (担当:分担執筆)

学研メディカル秀潤社,学研プラス (発売) 2015年10月 (ISBN: 9784780909203)
今日から使える!データベース・ウェブツール : 達人になるための実践ガイド100

内藤, 雄樹 (担当:分担執筆)

羊土社 2014年12月 (ISBN: 9784758103435)

講演・口頭発表等

Tonkaz: A workflow reproducibility scale for automatic validation of biological interpretation results

Tazro Ohta, Hirotaka Suetake

The 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology 2023年7月25日
Sapporo: A GA4GH WES implementation for multiple workflow languages

Tazro Ohta

GA4GH CONNECT 2023 2023年4月19日
Demonstration: Common Workflow Language

大田達郎

2022年度日本バイオインフォマティクス学会年会第11回生命医薬情報学連合大会 2022年9月13日
Yevis: System to support building a workflow registry with automated quality control

Tazro Ohta, Hirotaka Suetake

The 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 2022年7月14日
Sapporo: an implementation of the GA4GH Workflow Execution Service standard

Tazro Ohta

Basel Computational Biology Conference 2021年9月13日
Sapporo: an implementation of GA4GH Workflow Execution Service standard to bridge the different workflow language communities

Tazro Ohta, Hirotaka Suetake, Manabu Ishii, Tomoya Tanjo

29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology 2021年7月30日
Sapporo: An Implementation Of Workflow Execution Service

Tazro Ohta

2021 Common Workflow Language Virtual Conference 2021年2月9日
Standardization of biological sample information database

Tazro Ohta

Global Collaboration on Data beyond Disciplines 2020年9月5日
ワークフロー言語でデータ解析ワークフローを記述する

大田達郎

希少疾患インフォマティクス研究会2 2020年2月17日
Collecting runtime metrics of genome analysis workflows by CWL-metrics

Tazro Ohta, Tomoya Tanjo, Osamu Ogasawara

The 27th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 18th European Conference on Computational Biology 2019年7月25日
SAPPORO: workflow management system that supports continuous testing of workflows

Hirotaka Suetake, Tazro Ohta

The 27th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 18th European Conference on Computational Biology 2019年7月25日
次世代シーケンサーによるメタゲノム解析：桜の花びらに付着した環境DNAを分析する

大田達郎

JSTグローバルサイエンスキャンパス講演会 2018年12月26日招待有り
Workflows that run everywhere and where to run them

Tazro Ohta

CWL Workshop Tokyo 2018 2018年12月8日
Improve portability of bioinformatics software across HPC and cloud infrastructures

Tazro Ohta

The 6th International IBM Cloud Academy Conference 2018 2018年5月25日
DBCLSでのクラウド・コンテナ活用事例

大田達郎

第一回 HPC OPS 研究会 2018年3月13日招待有り
クラウドを活用したゲノム情報解析の現状

大田達郎

情報処理学会連続セミナー2016 2016年7月22日招待有り

大田達郎

基本情報

主要な経歴

学歴

主要な論文

書籍等出版物

講演・口頭発表等

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