山田一作 (Issaku Yamada) - マイポータル

基本情報

所属: 公益財団法人野口研究所研究部研究室長

J-GLOBAL ID: 200901097596928716
researchmap会員ID: 5000084035

外部リンク: https://www.noguchi.or.jp/

研究キーワード

研究分野

論文

GlyComb: a novel glycoconjugate data repository that bridges glycomics and proteomics.

Yushi Takahashi, Masaaki Shiota, Akihiro Fujita, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

The Journal of biological chemistry 105624-105624 2024年1月2日
BioHackJP 2023 Report R4: integration of glyco data with chemo-, geno-, lipid-omics and pathway data

Kiyoko Flora Aoki-Kinoshita, Evan Bolton, Issaku Yamada, Akihiro Fujita, Masaaki Matsubara, Jerven Bolleman, Yasunori Yamamoto

2023年7月3日
Bridging glycoinformatics and cheminformatics: integration efforts between GlyCosmos and PubChem.

Tiejun Cheng, Tamiko Ono, Masaaki Shiota, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Evan E Bolton

Glycobiology 33(6) 454-463 2023年6月21日
Meeting report on the international symposium on microbial Glycoconjugates and the GlySpace alliance: from micro- to macroglycoscience (MiGGA symposium)

Masae Hosoda, Kazuhiro Aoki, Yann Guerardel, Issaku Yamada, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

Glycobiology 32(12) 1066-1067 2022年11月22日
Meeting report on the international symposium on microbial Glycoconjugates and the GlySpace alliance: from micro- to macroglycoscience (MiGGA symposium).

Masae Hosoda, Kazuhiro Aoki, Yann Guerardel, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

Glycobiology 32(12) 1066-1067 2022年11月22日
Corrigendum to: The glycoconjugate ontology (GlycoCoO) for standardizing the annotation of glycoconjugate data and its application.

Issaku Yamada, Matthew P Campbell, Nathan Edwards, Leyla Jael Castro, Frederique Lisacek, Julien Mariethoz, Tamiko Ono, Rene Ranzinger, Daisuke Shinmachi, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

Glycobiology 32(10) 909-909 2022年9月19日
GALAXY ver3: updated web application for glycosylation profiling based on 3D HPLC map

Hirokazu Yagi, Eijiro Amagasa, Masaaki Shiota, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Koichi Kato

Glycobiology 32(8) 646-650 2022年7月13日
SugarDrawer: A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures.

Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Matsubara, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Issaku Yamada

Molecules (Basel, Switzerland) 26(23) 2021年11月25日
糖鎖科学ポータルGlyCosmosの利便性向上

細田正恵, 山田一作, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛 …

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
Enhanced validation of small-molecule ligands and carbohydrates in the Protein Data Bank

Zukang Feng, John D. Westbrook, Raul Sala, Oliver S. Smart, Gérard Bricogne, Masaaki Matsubara, Issaku Yamada, Shinichiro Tsuchiya, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Jeffrey C. Hoch …

Structure 29(4) 393-400 2021年3月
The Glycoconjugate Ontology GlycoCoO for standardizing the annotation of glycoconjugate data and its application.

Issaku Yamada, Matthew P Campbell, Nathan Edwards, Leyla Jael Castro, Frederique Lisacek, Julien Mariethoz, Tamiko Ono, Rene Ranzinger, Daisuke Shinmachi, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

Glycobiology 31(7) 741-750 2021年2月23日
The international glycan repository GlyTouCan version 3.0

Akihiro Fujita, Nobuyuki P Aoki, Daisuke Shinmachi, Masaaki Matsubara, Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Shiota, Tamiko Ono, Issaku Yamada, Kiyoko F Aoki-Kinoshita

Nucleic Acids Research 49(D1) D1529-D1533 2021年1月8日
The GlyCosmos Portal: a unified and comprehensive web resource for the glycosciences

Issaku Yamada, Masaaki Shiota, Daisuke Shinmachi, Tamiko Ono, Shinichiro Tsuchiya, Masae Hosoda, Akihiro Fujita, Nobuyuki P. Aoki, Yu Watanabe, Noriaki Fujita …

NATURE METHODS 17(7) 649-650 2020年7月査読有り
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research [version 1; peer review: 2 approved]

Rutger A. Vos, Toshiaki Katayama, Hiroyuki Mishima, Shin Kawano, Shuichi Kawashima, Jin-Dong Kim, Yuki Moriya, Toshiaki Tokimatsu, Atsuko Yamaguchi, Yasunori Yamamoto …

F1000Research 9 136-136 2020年2月24日査読有り
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services [version 1; peer review: 2 approved with reservations]

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Gos Micklem, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Simon Kocbek, Shinobu Okamoto, Yue Wang, Hongyan Wu, Atsuko Yamaguchi …

F1000Research 8 1677 2019年9月23日査読有り
Updates to the Symbol Nomenclature for Glycans guidelines

Sriram Neelamegham, Kiyoko Aoki-Kinoshita, Evan Bolton, Martin Frank, Frederique Lisacek, Thomas Luetteke, Noel O'Boyle, Nicolle H. Packer, Pamela Stanley, Philip Toukach …

GLYCOBIOLOGY 29(9) 620-624 2019年9月査読有り
IUPAC SMILES plus specification: Proposed community effort to advance interoperability of the SMILES chemical structure representation

Vincent Scalfani, Leah McEwen, Christopher Grulke, Evan Bolton, Gregory Landrum, Helen Cooke, Issaku Yamada, John Irwin, Jose Medina-Franco, Miguel Olozabal …

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 258 2019年8月査読有り
Notation for identification of glycans contained in glycoproteins, glycolipids, and other biomolecular structure data

Issaku Yamada, Nobuaki Miura, Shinichiro Tsuchiya, Kiyoko Aoki-Kinoshita

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 258 2019年8月査読有り
GlycanFormatConverter: a conversion tool for translating the complexities of glycans

Shinichiro Tsuchiya, Issaku Yamada, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita

BIOINFORMATICS 35(14) 2434-2440 2019年7月査読有り
The GlyCosmos Web Portal: glycan structures, glycogenes, glycoproteins, pathways, diseases and more!

Masaaki Shiota, Shinichiro Tsuchiya, Tamiko Ono, Thukaa Kuoka, Nobuaki Miura, Aiko Hiraki, Issaku Yamada, Daisuke Shinmachi, Nobuyuki P. Aoki, Jin-Dong Kim …

GLYCOBIOLOGY 28(12) 1070-1071 2018年12月査読有り

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MISC

糖鎖科学ポータルGlyCosmos2021

山田一作, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵 …

日本糖質学会年会要旨集 40th 2021年
糖鎖とオミクスデータを統合化したGlyCosmos糖鎖科学ポータル

木下聖子, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
The GlyCosmos portal as a partner in the GlySpace Alliance to provide access to integrated glycan-related data resources

Issaku Yamada, Masaaki Shiota, Daisuke Shimachi, Tamiko Ono, Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Matsubara, Masae Hosoda, Akihiro Fujita, Nobuyuki P. Aoki, Yu Watanabe …

GLYCOBIOLOGY 30(12) 1023-1023 2020年12月
糖鎖とプロテオミクスの融合を目指すGlyCosmos Portal

山田一作, 塩田正明, 藤田晶大, 松原正陽, 土屋伸一郎, 小野多美子, 細田正恵, 李宣明, 渡辺由, 奥田修二郎 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年
研究データの公開・利用条件指定ガイドラインの策定

熊崎由衣, 南山泰之, 池内有為, 上島邦彦, 岡山将也, 山田一作

情報プロフェッショナルシンポジウム予稿集 2020 59-64 2020年
WURCS形式を標準化するための変換ツールGlycanFormatConverter

土屋伸一郎, 山田一作, 木下聖子, 木下聖子

日本糖質学会年会要旨集 38th 2019年
炭水化物誘導体の化学構造基盤構築

山田一作

日本化学会情報化学部会誌 37(3) 63-63 2019年
GlycoNAVI:蛋白質の糖鎖修飾・結合部位

山田一作, 木下聖子

日本細胞生物学会大会(Web) 71st ROMBUNNO.2P‐067 (WEB ONLY) 2019年
糖鎖科学ポータルGlyCosmosを通した国際的なライフサイエンスデータベースの統合化を目指して

木下聖子, 塩田正明, 小野多美子, 山田一作

日本糖質学会年会要旨集 37th 98 2018年8月20日
糖鎖科学ポータル‐糖鎖化学構造によるライフサイエンスデータベースの統合化

山田一作, 三浦信明, 木下聖子

日本糖質学会年会要旨集 37th 99 2018年8月20日
シアル酸ファミリーの多様性を基にした曖昧構造のWURCS表記法に関する研究

三浦信明, 木下聖子, 山田一作

日本糖質学会年会要旨集 37th 159 2018年8月20日
糖鎖科学ポータルの開発

LEE Sunmyoung, KUOKA Thukaa, 山田一作, 木下聖子

日本糖質学会年会要旨集 37th 158 2018年8月20日
国際会議報告

山田一作

野口研究所時報 = Annual report of the Noguchi Institute (61) 74-76 2018年
Total Glycome Database:オミックスという視点による糖鎖データベース

三浦信明, 古川潤一, 花松久寿, 朴錦花, 岡田和恵, 篠原康郎, 木下聖子, 山田一作

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1P‐0102 (WEB ONLY) 2018年
糖鎖関連生命情報を統合化するGlyCosmos Portalの構築

塩田正明, 土屋伸一郎, 小野多美子, 李宣明, KUOKA Thukaa, 三浦信明, 平木愛子, 山田一作, 新町大輔, 青木ポール信行 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1PW2‐09‐2 (WEB ONLY) 2018年
Total Glycome Databaseの構築

三浦信明, 古川潤一, 花松久寿, 朴錦花, 岡田和恵, 篠原康郎, 木下聖子, 山田一作

日本生化学会大会(Web) 91st ROMBUNNO.3P‐391 (WEB ONLY) 2018年
GlycoNAVI:GlycoBioデータベース

山田一作, 松田昭生, 水野真盛

日本糖質学会年会要旨集 36th 159 2017年7月10日
糖鎖科学ポータルの基盤となる糖鎖表記法の開発とデータベース連携

山田一作, 木下聖子

ケモインフォマティクス討論会予稿集(Web) 40th ROMBUNNO.O2(J‐STAGE) 2017年
糖鎖科学ポータルサイトGlyCosmosにおける糖鎖立体構造

山田一作, 木下聖子

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.1P‐0098 (WEB ONLY) 2017年
Beilstein Glyco-Bioinformatics Symposium 2017参加報告

山田一作

野口研究所時報 = Annual report of the Noguchi Institute (60) 49-51 2017年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

桝屋啓志, 古崎晃司, 小林紀郎, 山田一作
学際領域の発展を推進し支援する化合物表現法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

山田一作
糖鎖合成経路探索システム開発

共同研究 2006年
キラルな超分子構造による効率的不斉誘導系の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 1998年 - 1999年

山田一作
糖質研究サポートシステムの開発
糖質関連データベースシステム開発
carbohydrate synthesis

山田一作

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