3つのWxタンパク質と3つのSSIIaタンパク質を欠く甘昧種コムギおよびその育成過程で分離してくる姉妹系統は、新たな食品素材として期待されており、早期の品種育成が望まれている。そのため、DNAマーカーを用いた効率的な連続戻し交雑により国内各地域に適するそれらの実用品種の迅速な育成を進めている。短期間で品種育成を進めるために、DNAマーカーを用いた連続戻し交雑の効率性について検討した。その結果、変異型GBSSI,SSIIaそれぞれ3遺伝子ずつを導入し、それぞれの準同質遺伝子系統同士を交雑する方法が、交配および選抜の作業効率が良いと考えられた。また、播性の高い系統を反復親とした場合、未熟胚を発芽させることで1回の戻し交雑期間を短縮させ、年3回の交雑が可能になった。さらに、DNAマーカー選抜の効率化に資するマルチプレックスPCR用のマーカーを開発した。