日誌

Rメモ >> 記事詳細

2015/08/05

再検査(再テスト)信頼性のための級内相関係数(ICC)(3):Rで算出

Tweet ThisSend to Facebook | by mtsuchi
仮想データとして,11項目4件法(1~4点)のストレス症状尺度を,同じ対象者が
間をあけて2回回答する状況をイメージしてみます。
最初の測定がst1,2回目の測定がst2としたサンプルデータを作成します。

st1では平均=21,SD=7の分布になるようにデータを20件作成します。
st2では,st1に範囲-5~10の一様分布の乱数を加えて少しばらつくように
します。それぞれ,set.seedを設定して,繰り返しても同じ乱数が得られる
ようにしています。多少得点高めに系統的にずれる感じを演出。

set.seed(123);st1 <- round(rnorm(20, mean=21, sd=7))
set.seed(123);st2<-round(st1 + runif(20, min=-5,max=10))


st1とst2をデータフレームにまとめます。

stdat<-data.frame(st1=st1,st2=st2)
head(stdat)


  st1 st2
1  17  16
2  19  26
3  32  33
4  21  29
5  22  31
6  33  29

まず相関係数をみてみます。

cor(st1,st2)

[1] 0.855905

図はこんな感じ

plot(st1,st2)


それでは級内相関係数を出してみます。
代表的なパッケージが2つあるのでそれぞれで。

■パッケージirrのicc関数

library(irr)
icc(stdat, "twoway", "agreement")

#またはデータセットを使わない場合は
#icc(cbind(st1,st2), "twoway", "agreement")

 Single Score Intraclass Correlation

   Model: twoway
   Type : agreement

   Subjects = 20
     Raters = 2
   ICC(A,1) = 0.775

 F-Test, H0: r0 = 0 ; H1: r0 > 0
 F(19,7.78) = 11.2 , p = 0.000947

 95%-Confidence Interval for ICC Population Values:
  0.368 < ICC < 0.916


ICC(A,1)=ICC(2,1)ですので,ICC 0.775 95%CI(0.368,0.916)という
結果です。


■パッケージpsychのICC関数

library(psych)
ICC(stdat)


Call: ICC(x = stdat)

Intraclass correlation coefficients
                         type  ICC    F df1 df2       p lower bound upper bound
Single_raters_absolute   ICC1 0.77  7.6  19  20 1.7e-05        0.51        0.90
Single_random_raters     ICC2 0.78 11.2  19  19 1.2e-06        0.37        0.92
Single_fixed_raters      ICC3 0.84 11.2  19  19 1.2e-06        0.63        0.93
Average_raters_absolute ICC1k 0.87  7.6  19  20 1.7e-05        0.67        0.95
Average_random_raters   ICC2k 0.87 11.2  19  19 1.2e-06        0.54        0.96
Average_fixed_raters    ICC3k 0.91 11.2  19  19 1.2e-06        0.77        0.96

 Number of subjects = 20     Number of Judges =  2


すべての結果が出てきますが,ICC(2,1)は
Single_random_ratersの欄になります。したがって,
ICC 0.78 95%CI(0.37,0.92)という結果です。

ピアソンの積率相関の結果とは結構違うことがわかります。

関連記事として
再検査(再テスト)信頼性のための級内相関係数(ICC)
再検査(再テスト)信頼性のための級内相関係数(ICC)(2):Stataで算出
も参照ください。
22:05 | 投票する | 投票数(0) | コメント(0)