共同研究・競争的資金等の研究課題

2018年4月 - 2022年3月

ゲノムワイドエンハンサー解析を用いたTWIST1の変形性関節症寄与メカニズム解明

日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

課題番号
18K09065
体系的課題番号
JP18K09065
配分額
(総額)
4,290,000円
(直接経費)
3,300,000円
(間接経費)
990,000円

不死化ヒト軟骨細胞株(TC28)においてTWIST1を強制発現させ、LC-MSでTWIST1と結合するタンパク質を網羅的に測定した。また、TC28にAd-TWIST1-IRES-GFPを用いてTWIST1を高発現させたのち、FACS ariaでGFP発現のある細胞だけをソートし、TWIST1高発現細胞株を集めてRNA抽出を行った。このサンプルを分担施設である理研-HMC臨床オミックス特別ユニットへ送付し、共同研究の形で、CAGE法によりゲノムワイドにエンハンサー領域の検出を行った。この結果は既にデータとして受け取っており、現在は近畿大学と共同でCAGEデータの解析と、インフォマティクス解析によりTWIST1関連エンハンサー領域候補の解析を行っている。また並行して、TC28にMycタグを付加したTWIST1を強制発現したサンプルを用いて、Myc抗体でクロマチンIPを行い、バリデーション作業を行っている。また、確認の為には、2つのguideRNAを用いてCRISPR-deletionにより特異的にエンハンサーの除去を行い、転写に変化が起きるか観察する事が必要である。エンハンサーを抜き取る形でゲノム編集する必要があり、きれいに抜けた細胞のみを選択し解析する工程に多くの時間を要している。現在も実験を継続中である。

リンク情報
KAKEN
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18K09065
ID情報
  • 課題番号 : 18K09065
  • 体系的課題番号 : JP18K09065