講演・口頭発表等

2019年3月7日

Eupolypods IIシダ類のシーケンスキャプチャー: 深い系統関係と近縁種群の系統解析

日本植物分類学会第18回大会
  • 新田ジョエル
  • ,
  • 海老原淳

開催年月日
2019年3月6日 - 2019年3月9日
記述言語
日本語
会議種別
口頭発表(一般)
開催地
八王子
国・地域
日本

シダ植物の系統はこの25年でrbcLを始め葉緑体遺伝子によるサンガーシーケンスによってその大きな概要が描かれてきた。より詳細にシダ植物の進化を調べるのには、多数核遺伝子を含む大きなデータセットが必要であるが、ゲノムサイズが大きなため次世代シーケンサー(NGS)を用いたシダ植物の研究は被子植物よりも大幅に遅れている。昨年シダ植物での初の全ゲノムが発表され、全ゲノムを使った研究がようやく可能になった。本研究では、断片化したDNAから目的としている遺伝子を大量に読むシーケンスキャプチャーと呼ばれるNGS法を用いて、現生シダ類約4分の1を含むEupolypods IIクレードの進化史を解析した。194のシングルコピー遺伝子に基づいてbait sequencesを作成し、MiSeqで46サンプルの塩基配列を決定した。本研究の方法は、未サンプリングの重要な種の標本からDNA解析が可能であり、Eupolypods IIの系統解析に使えたと同時に、2から6倍体まで含むハシゴシダ近縁種群の系統解析にも応用できた。
presentation_id: A3

リンク情報
URL
https://joelnitta.github.io/jsps-2019