2022年8月5日
The Open Fern Tree of Life: 常に最新の状態を保つ全シダ植物系統樹に向けて
日本進化学会第24回大会
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- 開催年月日
- 2022年8月4日 - 2022年8月7日
- 記述言語
- 日本語
- 会議種別
- 口頭発表(一般)
- 開催地
- 沼津
- 国・地域
- 日本
約1万2千の種を含むシダ植物は種子植物に次いで二番目に大きな維管束植物のクレードであり、その多様性獲得の全体像については未だ不明な点が多い。活発な系統解析研究が進められてきており、種の数に対する系統解析の研究者数も、例えば被子植物(約36万種)のそれと比べて多いと言える。本発表では、地球規模でのシダ植物の研究に向けて、全シダ植物種のデータを網羅し、常に最新の状態を保つ系統樹作成システムを紹介する。先述のように本分野ではGenBankに頻繁に新しいデータが加えられているため、系統樹を一度作っても、すぐに古いものになってしまうという問題がある。したがって本研究では、GenBankのデータを自動的にダウンロードし、常に最新の系統樹を作成するシステムを構築した。さらに、先行研究の倍くらいの化石の較正点の51点によって分岐年代推定を行い、シダ植物の多様化のタイムラインを大幅に見直した。本研究のコードとデータを公開し、系統樹を取得可能なウェブサイトも提供している(https://fernphy.github.io)。今後は本システムによって、シダ植物の多様性獲得のプロセスを明らかにするという大きな目的に寄与したい。
- リンク情報
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- 共同研究・競争的資金等の研究課題
- Evolutionary origins of endemic ferns on an island biodiversity hotspot
- URL
- https://joelnitta.github.io/shinka_2022 本文へのリンクあり