ラミロフスキージョーダン (Jordan A. RAMILOWSKI) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学先端医科学研究センター教授・センター長
: 理化学研究所横浜キャンパス統合生命医科学研究センター

学位: PhD Physical Chemistry(2010年8月 Utah State University )
MSc Eng(2002年11月 Silesian University of Technology)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-3156-6416
J-GLOBAL ID: 202001002147679300
researchmap会員ID: R000006892

外部リンク: https://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~bioinfo/hp

研究キーワード

研究分野

主要な経歴

2025年4月 - 現在

横浜市立大学, 先端医科学研究センターバイオインフォマティクス解析センター, 教授・センター長
2024年4月 - 2025年3月

横浜市立大学, 先端医科学研究センターバイオインフォマティクス解析センター, 教授・センター副長
2020年8月 - 2024年3月

横浜市立大学, 先端医科学研究センターバイオインフォマティクス解析センター, 准教授
2016年2月 - 2020年7月

特定国立研究開発法人理化学研究所
2011年11月 - 2016年1月

特定国立研究開発法人理化学研究所

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学歴

2004年9月 - 2010年8月

Utah State University, US, Department of Chemistry and Biochemistry, PhD (Physical Chemistry)
1997年10月 - 2002年11月

Silesian University of Technology, Poland, MSc Eng (Organic Chemistry, 5-year curriculum)

主要な受賞

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主要な論文

connectomeDB2025: a rigorously curated, multi-species resource of experimentally supported ligand–receptor interactions

Peiwen Liu, Sakura Eri B Maezono, Weitao Lin, Yen Yeow, Ya-Yu Liu, Yasmin Hisham, Rui Hou, Jordan A Ramilowski, Alistair R R Forrest

Nucleic Acids Research 2025年10月31日査読有り責任著者
ZENBU-Reports: a graphical web-portal builder for interactive visualization and dissemination of genome-scale data.

Jessica Severin, Saumya Agrawal, Jordan A Ramilowski, Ruslan Deviatiiarov, Jay W Shin, Piero Carninci, Michiel de Hoon

NAR genomics and bioinformatics 5(3) lqad075 2023年9月査読有り
Antisense-oligonucleotide-mediated perturbation of long non-coding RNA reveals functional features in stem cells and across cell types

Yip, C.W., Hon, C.-C., Yasuzawa, K., Sivaraman, D.M., Ramilowski, J.A., Shibayama, Y., Agrawal, S., Prabhu, A.V., Parr, C., Severin, J. …

Cell Reports 41(13) 111893-111893 2022年2月18日査読有り
Combined inhibition of XIAP and BCL2 drives maximal therapeutic efficacy in genetically diverse aggressive acute myeloid leukemia

Mari Hashimoto, Yoriko Saito, Ryo Nakagawa, Ikuko Ogahara, Shinsuke Takagi, Sadaaki Takata, Hanae Amitani, Mikiko Endo, Hitomi Yuki, Jordan A. Ramilowski …

Nature Cancer 2(3) 340-356 2021年3月査読有り
Predicting cell-to-cell communication networks using NATMI

Hou, R., Denisenko, E., Ong, H.T., Ramilowski, J.A., Forrest, A.R.R.

Nature Communications 11(1) 2020年10月6日査読有り
Low Quantity single strand CAGE (LQ-ssCAGE) maps regulatory enhancers and promoters

Hazuki Takahashi, Hiromi Nishiyori-Sueki, Jordan A. Ramilowski, Masayoshi Itoh, Piero Carninci

Methods in Molecular Biology/Enhancers and Promoters 67-90 2020年8月5日査読有り招待有り責任著者
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping.

Jordan A Ramilowski, Chi Wai Yip, Saumya Agrawal, Jen-Chien Chang, Yari Ciani, Ivan V Kulakovskiy, Mickaël Mendez, Jasmine Li Ching Ooi, John F Ouyang, Nick Parkinson …

Genome research 30(7) 1060-1072 2020年7月査読有り筆頭著者
An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends.

Chung-Chau Hon, Jordan A Ramilowski, Jayson Harshbarger, Nicolas Bertin, Owen J L Rackham, Julian Gough, Elena Denisenko, Sebastian Schmeier, Thomas M Poulsen, Jessica Severin …

Nature 543(7644) 199-204 2017年3月9日査読有り
A draft network of ligand-receptor-mediated multicellular signalling in human.

Jordan A Ramilowski, Tatyana Goldberg, Jayson Harshbarger, Edda Kloppmann, Marina Lizio, Venkata P Satagopam, Masayoshi Itoh, Hideya Kawaji, Piero Carninci, Burkhard Rost …

Nature communications 6 7866-7866 2015年7月22日査読有り筆頭著者責任著者
A promoter-level mammalian expression atlas.

Alistair R R Forrest, Hideya Kawaji, Michael Rehli, J Kenneth Baillie, Michiel J L de Hoon, Vanja Haberle, Timo Lassmann, Ivan V Kulakovskiy, Marina Lizio, Masayoshi Itoh …

Nature 507(7493) 462-70 2014年3月27日査読有り
Glycyrrhiza uralensis transcriptome landscape and study of phytochemicals.

Jordan A Ramilowski, Satoru Sawai, Hikaru Seki, Keiichi Mochida, Takuhiro Yoshida, Tetsuya Sakurai, Toshiya Muranaka, Kazuki Saito, Carsten O Daub

Plant & cell physiology 54(5) 697-710 2013年5月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Fixed node diffusion Monte Carlo using a genetic algorithm: a study of the CO-(4)He(N) complex, N = 1…10.

Jordan A Ramilowski, David Farrelly

Physical chemistry chemical physics : PCCP 14(22) 8123-36 2012年6月14日査読有り筆頭著者
Computation of nodal surfaces in fixed-node diffusion Monte Carlo calculations using a genetic algorithm.

Jordan A Ramilowski, David Farrelly

Physical chemistry chemical physics : PCCP 12(39) 12450-6 2010年10月21日査読有り筆頭著者責任著者
Fractal Weyl law behavior in an open Hamiltonian system.

Jordan A Ramilowski, S D Prado, F Borondo, David Farrelly

Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics 80(5 Pt 2) 055201-055201 2009年11月査読有り筆頭著者
Rotational structure of small 4He clusters seeded with HF, HCl, and HBr molecules.

Jordan A Ramilowski, Aleksandra A Mikosz, David Farrelly, José Luis Cagide Fajín, Berta Fernandez

The journal of physical chemistry. A 111(49) 12275-88 2007年12月13日査読有り筆頭著者

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講演・口頭発表等

Understanding Long Non-Coding RNA Function: Current Knowledge and Challenges Ahead

Okinawa Institute of Technology Internal Seminar 2024年10月22日招待有り
Nuts and bolts of basic programming in R

Karolinska Institutet – RIKEN Joint International Doctoral Course 2024/Invited JPSP Lecture 2024年9月30日招待有り
Exploring Regulatory Roles of Long Non-Coding RNAs: what we have learned so far and what is still lacking

Harry Perkins Internal Seminar 2024年8月2日招待有り
Regulation of myelopoiesis by transcribed enhancers long-noncoding RNAs (e-lncRNAs)

46th Molecular Biology Society Meeting 2023年12月7日
tidyverse: one-stop solution for data mingling in R

Karolinska Institutet – RIKEN Joint International Doctoral Course 2023 2023年10月13日招待有り
Coordinated expression of long noncoding-RNA regulates lineage commitment of classical dendritic cells

The NUS-Kanagawa Cancer Symposium 2023年9月4日招待有り
Genomics for Beginners Seminar: Uncovering Cell-Cell Communication with Network Analysis Tools

Hiroshima University 2021年12月招待有り
From RIKEN to a University in Japan: How to smoothly make the transition and what to expect

RIKEN Career Development Seminar 2021年2月招待有り
How human cells talk to each other?

Karolinska Institutet – RIKEN Joint International Doctoral Course 2020 2020年2月招待有り
Large Scale Screening of lncRNA Functions and Structures (oral)

The 24th Annual Meeting of the RNA Society, 2019, Krakow, Poland 2019年6月
An atlas and functional evidence of human long non-coding RNAs with accurate 5'ends (oral)

The 43rd Naito Conference: Noncoding RNA Biology, Chemistry & Diseases, 2017, Sapporo, Japan 2017年6月
Functional characterizations of long non-coding RNAs: turning ‘junk’ into a treasure trove (special lecture)

Science Club of International Institute of Molecular and Cell Biology & Career Advice, Warsaw, Poland 2017年6月招待有り
A draft network of ligand-receptor mediated multicellular signaling in human (oral)

Molecular Biology Society of Japan, Kobe, Japan 2015年12月
Towards a better understanding of the body integrated functioning: a draft network of ligand-receptor mediated multicellular signaling in human (oral)

RIKEN Center for Life Science and Technologies: Educational Program, Yokohama, Japan 2015年3月招待有り
Uncovering cell-cell interaction networks (oral)

RIKEN Center for Life Science Technologies: Science Exchange Workshop (hot topics), Yokohama, Japan 2014年12月招待有り

担当経験のある科目(授業)

2025年5月 - 2025年10月

バイオインフォマティクス実践 (横浜市立大学)
2025年1月 - 2025年2月

Special Practical Bioinformatics: Single-Cell & Tissue Insights from Public Cancer RNA-seq Data (横浜市立大学)
2024年10月 - 2024年12月

バイオインフォマティクス特講 (横浜市立大学)
2024年9月 - 2024年10月

RIKEN - Karolinska Institutet Joint International Doctoral Course (Stockholm, KI Institute, Sweden) (RIKEN Yokohama Institute, Japan)
2024年5月 - 2024年10月

バイオインフォマティクス実践 (横浜市立大学)
2024年1月 - 2024年2月

Special Practical Bioinformatics: Single-Cell & Tissue Insights from Public Cancer RNA-seq Data (横浜市立大学)
2023年10月 - 2023年12月

バイオインフォマティクス特講 (横浜市立大学)
2023年9月 - 2023年10月

RIKEN-Karolinska Institutet Joint International Doctoral Course (RIKEN Yokohama Institute, Japan)
2023年5月 - 2023年10月

バイオインフォマティクス実践
2023年1月 - 2023年2月

Special Practical Bioinformatics: scRNA-seq Data Analysis (横浜市立大学)
2022年10月 - 2022年12月

バイオインフォマティクス特講 (横浜市立大学)
2022年5月 - 2022年10月

バイオインフォマティクス実践 (横浜市立大学)
2022年1月 - 2022年2月

Advanced Bioinformatics: scRNA-seq Data Analysis (横浜市立大学)
2021年10月 - 2021年12月

バイオインフォマティクス特講 (横浜市立大学)
2021年5月 - 2021年10月

バイオインフォマティクス実践 (横浜市立大学)
2020年12月 - 2021年2月

バイオインフォマティクス (横浜市立大学)
2020年3月 - 2020年3月

Karolinska Institutet - RIKEN Joint International Doctoral Course (Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden)
2006年 - 2010年

General Chemistry II - Recitation Class (Spring Semester 2006/2007/2010) (Utah State University, USA)
2005年 - 2006年

General Chemistry I - Recitation Class (Fall Semester 2005/2006) (Utah State University, USA)
2005年 - 2005年

General Chemistry Laboratory II (Spring Semester 2005, Summer Semester 2005) (Utah State University, USA)

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主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

生体内樹状細胞分化におけるlncRNAのゲノム規模同定とその生物学的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2027年3月

ラミロフスキージョーダン, 黒滝大翼, 韓鍾疇, 西山晃, Maezono Sakura・Eri・Bautista

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