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2019/10/25

MiGD tips ミカンゲノムデータベースで遺伝子名をテキスト検索する方法

Tweet ThisSend to Facebook | by handle0007160
ミカンゲノムデータベース(MiGD: Mikan Genome Database)でウンシュウミカンなどの遺伝子名などをテキスト検索する方法をお知らせします.

1 トップページ(https://mikan.dna.affrc.go.jp)のウンシュウミカンのゲノム構造を示すJBrowseの「Citrus unshiu」ボタンをクリック
2 メイン画面の上から3段目(矢印ボタンや虫眼鏡ボタンがある段)の右端にある「Go」ボタンの左隣のフィールド(「C_unshiu_00117:38044..40842 (2.8 Kb)」などと表示されている)の表示を消して,空欄にしたフィールドに,検索したい遺伝子名(例えば「phytoene syntase」など)を記入(データが存在する場合,遺伝子名が補完される)
3 右端の「Go」ボタンをクリック
4 検索結果のリストがポップアップで表示される
5 別ウインドウのリスト内から対象遺伝子を選択して右端の「Go」ボタンをクリック
6 メイン画面の最上部に選択した遺伝子のイメージが表示される.その下には,アノテーションされた他の生物の遺伝子が表示される.
7 6の遺伝子のイメージをクリックすると詳しいアノテーションがテキストで表示される.
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