中林潤 (Jun Nakabayashi) - マイポータル

基本情報

所属: 東京医科歯科大学教養学部数学科教授

学位: 医学博士(熊本大学)
理学博士(九州大学)

J-GLOBAL ID: 201101007561923427
researchmap会員ID: B000004905

様々な生命現象を数理科学的な手法で解き明かしていきたいと思います。

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 / バイオインフォマティクス

経歴

2011年4月

東大・院情報理工・数理情報, ポスドク
2008年4月 - 2011年3月

総研大・生命共生体進化, ポスドク

論文

A RUNX–CBFβ-driven enhancer directs the Irf8 dose-dependent lineage choice between DCs and monocytes

Koichi Murakami, Haruka Sasaki, Akira Nishiyama, Daisuke Kurotaki, Wataru Kawase, Tatsuma Ban, Jun Nakabayashi, Satoko Kanzaki, Yoichi Sekita, Hideaki Nakajima …

Nature Immunology 22(3) 301-311 2021年3月
Chromatin Protein PC4 Orchestrates B Cell Differentiation by Collaborating with IKAROS and IRF4.

Kyoko Ochiai, Mari Yamaoka, Amrutha Swaminathan, Hiroki Shima, Hitoshi Hiura, Mitsuyo Matsumoto, Daisuke Kurotaki, Jun Nakabayashi, Ryo Funayama, Keiko Nakayama …

Cell reports 33(12) 108517-108517 2020年12月22日
Network-guided analysis of hippocampal proteome identifies novel proteins that colocalize with Aβ in a mice model of early-stage Alzheimer's disease.

Caleb AA, Akiyama T, Kimura A, Kimura Y, Takahashi-Jitsuki A, Nakamura H, Makihara H, Masukawa D, Nakabayashi J, Hirano H …

Neurobiology of disease 132 104603-104603 2019年9月査読有り
Epigenetic control of early dendritic cell lineage specification by the transcription factor IRF8 in mice.

Daisuke Kurotaki, Wataru Kawase, Haruka Sasaki, Jun Nakabayashi, Akira Nishiyama, Herbert C Morse 3rd, Keiko Ozato, Yutaka Suzuki, Tomohiko Tamura

Blood 133(17) 1803-1813 2019年4月25日査読有り
Proteome and behavioral alterations in phosphorylation-deficient mutant Collapsin Response Mediator Protein2 knock-in mice.

Haruko Nakamura, Aoi Takahashi-Jitsuki, Hiroko Makihara, Tetsuya Asano, Yayoi Kimura, Jun Nakabayashi, Naoya Yamashita, Yuko Kawamoto, Fumio Nakamura, Toshio Ohshima …

Neurochemistry international 119 207-217 2018年10月査読有り
Transcription Factor IRF8 Governs Enhancer Landscape Dynamics in Mononuclear Phagocyte Progenitors.

Daisuke Kurotaki, Jun Nakabayashi, Akira Nishiyama, Haruka Sasaki, Wataru Kawase, Naofumi Kaneko, Kyoko Ochiai, Kazuhiko Igarashi, Keiko Ozato, Yutaka Suzuki …

Cell reports 22(10) 2628-2641 2018年3月6日査読有り
Kmt2b conveys monovalent and bivalent H3K4me3 in spermatogonial stem cells at germline and embryonic promoters

Tomizawa S, Kobayashi Y, Shirakawa T, Watanabe K, Mizoguchi K, Hoshi I, Nakajima K, Nakabayashi J, Singh S, Dahl A …

Development 145(23) 2018年査読有り
Genome-wide DNA methylation profiling identifies primary central nervous system lymphoma as a distinct entity different from systemic diffuse large B-cell lymphoma

Taishi Nakamura, Satoshi Yamashita, Kazutaka Fukumura, Jun Nakabayashi, Kazuhiro Tanaka, Kaoru Tamura, Kensuke Tateishi, Manabu Kinoshita, Shintaro Fukushima, Hirokazu Takami …

ACTA NEUROPATHOLOGICA 133(2) 321-324 2017年2月査読有り
The intracellular dynamics of hepatitis B virus (HBV) replication with reproduced virion "re-cycling"

Jun Nakabayashi

JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 396(396) 154-162 2016年5月査読有り筆頭著者
N-Myristoylation of the Rpt2 subunit of the yeast 26S proteasome is implicated in the subcellular compartment-specific protein quality control system

Ayuko Kimura, Yoichi Kurata, Jun Nakabayashi, Hiroyuki Kagawa, Hisashi Hirano

JOURNAL OF PROTEOMICS 130(33) 33-41 2016年1月査読有り
The transcription factor IRF8 counteracts BCR-ABL to rescue dendritic cell development in chronic myelogenous leukemia

Watanabe T, Hotta C, Koizumi S, Miyashita K, Nakabayashi J, Kurotaki D, Sato GR, Yamamoto M, Nakazawa M, Fujita H …

Cancer Research 73(22) 6642-53 2013年11月15日査読有り
Essential role of the IRF8-KLF4 transcription factor cascade in murine monocyte differentiation

Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Akira Nishiyama, Michio Yamamoto, Tatsuma Ban, Hideaki Sato, Jun Nakabayashi, Marina Umehara, Noriko Miyake, Naomichi Matsumoto …

BLOOD 121(10) 1839-1849 2013年3月査読有り
In Vivo Imaging of Hierarchical Spatiotemporal Activation of Caspase-8 during Apoptosis

Katsuya Kominami, Takeharu Nagai, Tatsuya Sawasaki, Yuki Tsujimura, Kenta Yashima, Yasuhiro Sunaga, Masateru Tsuchimochi, Jun Nishimura, Kumiko Chiba, Jun Nakabayashi …

PLOS ONE 7(11) e50218 2012年11月査読有り
The molecular mechanism of apoptosis upon caspase-8 activation: Quantitative experimental validation of a mathematical model

Katsuya Kominami, Jun Nakabayashi, Takeharu Nagai, Yuki Tsujimura, Kumiko Chiba, Haruna Kimura, Atsushi Miyawaki, Tatsuya Sawasaki, Hideo Yokota, Noboru Manabe …

BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR CELL RESEARCH 1823(10) 1825-1840 2012年10月査読有り
Optimal ratio of scaffold complex to free Fus3 to maximise the accumulation of phosphorylated Fus3 in yeast pheromone signalling pathway

J. Nakabayashi

IET Systems Biology 6(1) 9-21 2012年2月査読有り
A mathematical model of the intracellular replication and within host evolution of hepatitis type B virus: Understanding the long time course of chronic hepatitis

Jun Nakabayashi, Akira Sasaki

JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 269(1) 318-329 2011年1月査読有り
The function of temporally ordered viral gene expression in the intracellular replication of herpes simplex virus type 1 (HSV-1)

Jun Nakabayashi, Akira Sasaki

JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 261(1) 156-164 2009年11月査読有り
A mathematical model of the stoichiometric control of Smad complex formation in TGF-beta signal transduction pathway

Jun Nakabayashi, Akira Sasaki

JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 259(2) 389-403 2009年7月査読有り
A mathematical model for apoptosome assembly: The optimal cytochrome c/Apaf-1 ratio

Jun Nakabayashi, Akira Sasaki

JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 242(2) 280-287 2006年9月査読有り
Optimal phosphorylation step number of intracellular signal-transduction pathway

J Nakabayashi, A Sasaki

JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 233(3) 413-421 2005年4月査読有り

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MISC

Transcription factor IRF8 governs enhancer landscape dynamics during mononuclear phagocyte development

Daisuke Kurotaki, Jun Nakabayashi, Akira Nishiyama, Haruka Sasaki, Naofumi Kaneko, Wataru Kawase, Keiko Ozato, Yutaka Suzuki, Tomohiko Tamura

JOURNAL OF IMMUNOLOGY 198(1) 2017年5月
C/EBPβ mediates the repression of Irf8 expression and dendritic cell development by BCR-ABL

The 78th Annual Meeting of the Japanese Society of Hematology 2016年10月
Hierarchical regulation of enhancer establishment and gene expression by transcription factors during mononuclear phagocyte development

D. Kurotaki, J. Nakabayashi, A. Nishiyama, H. Sasaki, N. Kaneko, K. Ozato, Y. Suzuki, T. Tamura

EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY 46 6-6 2016年8月
Enhancer Landscape Dynamics and the Role of IRF8 in Mononuclear Phagocyte Development

Daisuke Kurotaki, Jun Nakabayashi, Akira Nishiyama, Haruka Sasaki, Naofumi Kaneko, Shin-ichi Koizumi, Keiko Ozato, Yutaka Suzuki, Tomohiko Tamura

BLOOD 126(23) 2015年12月
ENHANCER LANDSCAPE DYNAMICS DURING MONOCYTE AND DENDRITIC CELL DEVELOPMENT AND THE ROLE OF THE TRANSCRIPTION FACTOR IRF8

Daisuke Kurotaki, Jun Nakabayashi, Akira Nishiyama, Haruka Sasaki, Naofumi Kaneko, Shin-ichi Koizumi, Keiko Ozato, Yutaka Suzuki, Tomohiko Tamura

EXPERIMENTAL HEMATOLOGY 43(9) S98-S98 2015年9月
The IRF8-KLF4 transcription factor cascade is essential for the development of monocytes

Daisuke Kurotaki, Naoki Osato, Akira Nishiyama, Michio Yamamoto, Tatsuma Ban, Hideaki Sato, Jun Nakabayashi, Marina Umehara, Masatoshi Nakazawa, Noriko Miyake …

CYTOKINE 63(3) 279-279 2013年9月
The transcription factor IRF8 overrides BCR-ABL to rescue dendritic cell development in chronic myeloid leukemia

Tomoya Watanabe, Chie Hotta, Shin-ichi Koizumi, Kazuho Miyashita, Jun Nakabayashi, Daisuke Kurotaki, Go R. Sato, Michio Yamamoto, Akira Nishiyama, Michiko Aihara …

CYTOKINE 63(3) 308-308 2013年9月
Dual-FRET-based imaging of both initiator and effector caspase activation in the single cells

K. Kominami, T. Nagai, T. Sawasaki, N. Oshima, M. Tsuchimochi, G. Takata, J. Nakabayashi, N. Manabe, Y. Endo, A. Miyawaki …

The 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology 2006年6月

共同研究・競争的資金等の研究課題

感染微小環境の統合的理解に基づいたHIV再活性化と細胞間伝播機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

梁明秀, 中林潤
造血早期運命決定の分子メカニズムと生物学的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

黒滝大翼, 中林潤
がん微小環境における免疫抑制性細胞分化制御ネットワークのregulome解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

中林潤
ゲノム上の距離が確率に変換される細胞系譜決定機構の存在を検証する

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2018年6月 - 2020年3月

田村智彦, 西山晃, 中林潤
単核貪食細胞系の分化における遺伝子発現制御機構の包括的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

田村智彦, 中林潤, 黒滝大翼, 西山晃
Ｐｏｌ２の転写伸長・終結・リサイクル過程におけるチェックポイント制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年6月 - 2017年3月

山口雄輝, 田村智彦, 高橋秀尚, 川内潤也, 西山晃, 中林潤, 磯部智康, 山本淳一, 加藤淳子, 鈴木秀文, 曹青福, 柴田紘孝, 舘野峻平, 長谷川冴妃子, 新垣貴之, 瑞慶覧安里, 黒滝大翼, 藩龍馬, 伏見健太郎

中林潤

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