小島要 (Kaname Kojima) - マイポータル

基本情報

所属: 東北大学東北メディカル・メガバンク機構ゲノム解析部門講師

学位: 博士（情報理工学）(2011年3月東京大学)

研究者番号: 10646988
J-GLOBAL ID: 201901002680664429
researchmap会員ID: B000379491

研究分野

学歴

- 2011年3月

東京大学, 大学院情報理工学系研究科, コンピュータ科学専攻博士課程修了
- 2008年3月

東京大学, 大学院情報理工学系研究科, コンピュータ科学専攻修士課程修了
- 2005年9月

東京工業大学, 工学部, 情報工学科卒業

主要な論文

Ehlers-Danlos syndrome type IV with a novel COL3A1 exon 14 skipping variation confirmed by Tohoku Medical Megabank Organization genomic database.

Kosuke Shido, Kaname Kojima, Saaya Yoshida-Akai, Katsuko Kikuchi, Atsushi Hatamochi, Setsuya Aiba, Kenshi Yamasaki

The Journal of dermatology 48(12) 1918-1922 2021年12月査読有り
Genetic loci for lung function in Japanese adults with adjustment for exhaled nitric oxide levels as airway inflammation indicator.

Mitsuhiro Yamada, Ikuko N Motoike, Kaname Kojima, Nobuo Fuse, Atsushi Hozawa, Shinichi Kuriyama, Fumiki Katsuoka, Shu Tadaka, Matsuyuki Shirota, Miyuki Sakurai …

Communications biology 4(1) 1288-1288 2021年11月15日査読有り
GWAS Identified IL4R and the Major Histocompatibility Complex Region as the Associated Loci of Total Serum IgE Levels in 9,260 Japanese Individuals.

Kosuke Shido, Kaname Kojima, Matsuyuki Shirota, Kenshi Yamasaki, Ikuko N Motoike, Atsushi Hozawa, Soichi Ogishima, Naoko Minegishi, Kozo Tanno, Fumiki Katsuoka …

The Journal of investigative dermatology 141(11) 2749-2752 2021年11月査読有り
Facial UV photo imaging for skin pigmentation assessment using conditional generative adversarial networks.

Kaname Kojima, Kosuke Shido, Gen Tamiya, Kenshi Yamasaki, Kengo Kinoshita, Setsuya Aiba

Scientific reports 11(1) 1213-1213 2021年1月13日査読有り筆頭著者
A genotype imputation method for de-identified haplotype reference information by using recurrent neural network.

Kaname Kojima, Shu Tadaka, Fumiki Katsuoka, Gen Tamiya, Masayuki Yamamoto, Kengo Kinoshita

PLoS Computational Biology 16(10) e1008207 2020年10月査読有り筆頭著者
Susceptibility Loci for Tanning Ability in the Japanese Population Identified by a Genome-Wide Association Study from the Tohoku Medical Megabank Project Cohort Study.

Kosuke Shido, Kaname Kojima, Kenshi Yamasaki, Atsushi Hozawa, Gen Tamiya, Soichi Ogishima, Naoko Minegishi, Yosuke Kawai, Kozo Tanno, Yoichi Suzuki …

The Journal of investigative dermatology 139(7) 1605-1608 2019年7月査読有り
Genome-wide association studies identify PRKCB as a novel genetic susceptibility locus for primary biliary cholangitis in the Japanese population.

Minae Kawashima, Yuki Hitomi, Yoshihiro Aiba, Nao Nishida, Kaname Kojima, Yosuke Kawai, Hitomi Nakamura, Atsushi Tanaka, Mikio Zeniya, Etsuko Hashimoto …

Human molecular genetics 26(3) 650-659 2017年2月1日査読有り
STR-realigner: a realignment method for short tandem repeat regions.

Kaname Kojima, Yosuke Kawai, Kazuharu Misawa, Takahiro Mimori, Masao Nagasaki

BMC genomics 17(1) 991-991 2016年12月3日査読有り筆頭著者
Short tandem repeat number estimation from paired-end reads for multiple individuals by considering coalescent tree.

Kaname Kojima, Yosuke Kawai, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Takanori Hasegawa, Masao Nagasaki

BMC Genomics 17 Suppl 5 494-494 2016年8月31日査読有り筆頭著者
Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals.

Masao Nagasaki, Jun Yasuda, Fumiki Katsuoka, Naoki Nariai, Kaname Kojima, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Junji Yokozawa, Inaho Danjoh, Sakae Saito …

Nature Communications 6 8018-8018 2015年8月21日査読有り
A statistical variant calling approach from pedigree information and local haplotyping with phase informative reads.

Kaname Kojima, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Mamoru Takahashi, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yukuto Sato, Masao Nagasaki

Bioinformatics 29(22) 2835-43 2013年11月15日査読有り筆頭著者
Identifying regulational alterations in gene regulatory networks by state space representation of vector autoregressive models and variational annealing.

Kaname Kojima, Seiya Imoto, Rui Yamaguchi, André Fujita, Mai Yamauchi, Noriko Gotoh, Satoru Miyano

BMC Genomics 13 Suppl 1 S6 2012年査読有り筆頭著者
An efficient biological pathway layout algorithm combining grid-layout and spring embedder for complicated cellular location information.

Kaname Kojima, Masao Nagasaki, Satoru Miyano

BMC Bioinformatics 11 335-335 2010年6月18日査読有り筆頭著者
Optimal search on clustered structural constraint for learning bayesian network structure

Kaname Kojima, Eric Perrier, Seiya Imoto, Satoru Miyano

Journal of Machine Learning Research 11 285-310 2010年2月査読有り筆頭著者
A state space representation of VAR models with sparse learning for dynamic gene networks.

Kaname Kojima, Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Mai Yamauchi, Masao Nagasaki, Ryo Yoshida, Teppei Shimamura, Kazuko Ueno, Tomoyuki Higuchi, Noriko Gotoh …

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 22 56-68 2010年1月
Gene regulatory network clustering for graph layout based on microarray gene expression data.

Kaname Kojima, Seiya Imoto, Masao Nagasaki, Satoru Miyano

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 24 84-95 2010年
Fast grid layout algorithm for biological networks with sweep calculation.

Kaname Kojima, Masao Nagasaki, Satoru Miyano

Bioinformatics 24(12) 1433-41 2008年6月15日査読有り筆頭著者
Estimation of nonlinear gene regulatory networks via L1 regularized NVAR from time series gene expression data.

Kaname Kojima, André Fujita, Teppei Shimamura, Seiya Imoto, Satoru Miyano

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics 20 37-51 2008年
An efficient grid layout algorithm for biological networks utilizing various biological attributes.

Kaname Kojima, Masao Nagasaki, Euna Jeong, Mitsuru Kato, Satoru Miyano

BMC Bioinformatics 8 76-76 2007年3月6日査読有り筆頭著者

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MISC

GWAS and RNA Expression Analysis for Gestational Hypertension using Time-Series Home Blood Pressure Data in Maternity Log Study.

Yoshiki Tsunemoto, Takafumi Yamauchi, Daisuke Ochi, Satsuki Kumatani, Takahiro Mimori, Kaname Kojima, Riu Yamashita, Maiko Wagata, Fumiki Katsuoka, Osamu Tanabe …

REPRODUCTIVE SCIENCES 26 184A-184A 2019年3月
Estimating frequency of pathogenic variants in a Japanese population by using the whole-genome reference panel of ToMMo

Yumi Yamaguchi-Kabata, Jun Yasuda, Osamu Tanabe, Yoichi Suzuki, Hiroshi Kawame, Nobuo Fuse, Masao Nagasaki, Yosuke Kawai, Kaname Kojima, Fumiki Katsuoka …

HUMAN GENOMICS 12 2018年3月
Inference of negative selection on human genome from whole genome sequences of 1070 individuals

Yosuke Kawai, Naoki Nariai, Kaname Kojima, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yukuto Sato, Takahiro Mimori, Masaco Nagasaki

GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 379-379 2015年12月
Estimation of allele frequency of pathological variants based on whole-genome sequencing of 1070 Japanese individuals

Yumi Yamaguchi-Kabata, Yosuke Kawai, Kaname Kojima, Naoki Nariai, Takahiro Mimori, Yukuto Sato, Fumiki Katsuoka, Jun Yasuda, Masayuki Yamamoto, Masao Nagasaki

GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 379-379 2015年12月
SUGAR: graphical user interface-based high-resolution data cleaning tool for high-throughput sequencing data

Yukuto Sato, Kaname Kojima, Naoki Nariai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Yosuke Kawai, Masao Nagasaki

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 329-329 2014年12月
Nonparametric inference of population demography from SNP data

Yosuke Kawai, Yukuto Sato, Yumi Yamaguchi, Naoki Nariai, Sachiyo Sugimoto, Takahiro Mimori, Kaname Kojima, Masao Nagasaki

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 314-314 2014年12月
眼疾患と遺伝子緑内障のゲノム解析次世代医療・個別化医療に向けて

布施昇男, 清水愛, 木村雅恵, 高野良真, 石棟, 宮澤晃子, 国松志保, 劉孟林, 渡邉亮, 安田正幸 …

日本眼科学会雑誌 118(3) 216-240 2014年3月

共同研究・競争的資金等の研究課題

紫外線感受性核酸多型に基づく尋常性白斑発症予測プログラムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

山崎研志, 小島要, 元池育子
網膜層厚と遺伝環境因子による孤発性晩期発症型アルツハイマー病前臨床期診断法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

平良摩紀子, 布施昇男, 川崎良, 三木篤也, 小島要, 田高周
深層学習及び深層状態空間モデルによる紫外線からの肌ダメージ経時変化予測基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

小島要, 山崎研志
原発性胆汁性胆管炎の発症と重症化機構解明のためのGWASを基盤とした統合解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

中村稔, 川嶋実苗, 人見祐基, 下田慎治, 安波道郎, 小島要
ゲノム情報からのマイクロサテライト統合解析基盤構築による網羅的な疾患関連因子同定

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

小島要
エピゲノム及び遺伝子による細胞内制御ネットワークモデリングと細胞分化機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2013年4月 - 2015年3月

小島要
大規模遺伝子ネットワークに適した階層型グリッドレイアウトアルゴリズムの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2008年 - 2010年

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