神沼英里 (Eli Kaminuma) - マイポータル

基本情報

所属: 東京医科歯科大学医療データ科学推進室特任講師

学位: 博士（工学）

J-GLOBAL ID: 201101039743396685

外部リンク: https://nrid.nii.ac.jp/nrid/1000090314559/

東京医科歯科大学医療データ科学推進室所属。国立遺伝学研究所生命情報研究センター外来研究員を兼任。ライフサイエンスAIが専門。DNA配列データ・実験計測画像データを中心とした生命科学分野での自動アノテーション研究に従事。文部科学省データ関連人材育成プログラムの講師と、大規模生命情報データを対象とした機械学習モデリングやクラウドサイエンス（クラウドソーシング応用）の研究をしています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2020年4月 - 現在

理化学研究所環境資源科学研究センター客員研究員
2018年5月 - 現在

東京医科歯科大学医療データ科学推進室特任講師
2018年5月 - 現在

国立遺伝学研究所生命情報研究センター外来研究員
2017年10月 - 2019年3月

産業技術総合研究所人工知能研究センター協力研究員
2009年4月 - 2018年4月

国立遺伝学研究所生命情報研究センター助教

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論文

DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences.

Eli Kaminuma, Yukino Baba, Masahiro Mochizuki, Hirotaka Matsumoto, Haruka Ozaki, Toshitsugu Okayama, Takuya Kato, Shinya Oki, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, Masanori Arita, Osamu Ogasawara, Hisashi Kashima, Toshihisa Takagi

Genes & genetic systems 95(1) 43 - 50 2020年4月22日査読有り
ライフサイエンス研究におけるクラウドソーシングの利用と実践

神沼英里, 藤澤貴智, 中村保一

情報処理学会デジタルプラクティス論文誌特集「クラウドソーシング／ヒューマンコンピュテーション」 9(4) 2018年10月査読有り招待有り
DNA Data Bank of Japan: 30th anniversary.

Yuichi Kodama, Jun Mashima, Takehide Kosuge, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi

Nucleic acids research 46(D1) D30-D35 2018年1月4日査読有り
Genome-wide association study and genomic prediction in citrus: Potential of genomics-assisted breeding for fruit quality traits.

Mai F Minamikawa, Keisuke Nonaka, Eli Kaminuma, Hiromi Kajiya-Kanegae, Akio Onogi, Shingo Goto, Terutaka Yoshioka, Atsushi Imai, Hiroko Hamada, Takeshi Hayashi, Satomi Matsumoto, Yuichi Katayose, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Yasukazu Nakamura, Tokurou Shimizu, Hiroyoshi Iwata

Scientific reports 7(1) 4721 - 4721 2017年7月5日査読有り
DNA Data Bank of Japan.

Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Yoshihiro Okuda, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi

Nucleic acids research 45(D1) D25-D31 - D31 2017年1月4日査読有り

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MISC

Draft Genome Sequence of Lactobacillus oryzae Strain SG293T.

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Masanori Tohno

Genome announcements 2(4) e00861 2014年8月28日
Draft Genome Sequence of Weissella oryzae SG25T, Isolated from Fermented Rice Grains.

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yutaka Suzuki, Yasukazu Nakamura, Masanori Tohno

Genome announcements 2(4) e00667 2014年7月10日

書籍等出版物

次世代シーケンサーデータの解析手法第 8 回アセンブリ後の解析

谷澤靖洋, 神沼英里, 中村保一, 遠野雅徳, 寺田朋子, 清水謙多郎, 門田幸二

2016年11月
次世代シーケンサーデータの解析手法第 7 回ロングリードアセンブリ

谷澤靖洋, 神沼英里, 中村保一, 遠野雅徳, 大崎研, 清水謙多郎, 門田幸二(担当:共著)

乳酸菌学会誌vol27,No.2 解説 2016年7月
次世代シーケンサーデータの解析手法第 6 回ゲノムアセンブリ

谷澤靖洋, 神沼英里, 中村保一, 清水謙多郎, 門田幸二

日本乳酸菌学会誌Vol.27, No.1 2016年3月
育種学研究 Vol.17 No.2 2014年第56回シンポジウム(シンポジウム・ワークショップ)報告

神沼英里, 望月孝子, 門田有希, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎(担当:共著, 範囲:遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座)

2015年7月
実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」

長崎英樹, 望月孝子, 谷沢靖洋, 神沼英里, 中村保一(担当:共著, 範囲:Ⅵ-4 DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析)

羊土社 2014年8月