神谷成敏 (Narutoshi Kamiya) - マイポータル

基本情報

所属: 兵庫県立大学情報科学研究科特任教授

研究者番号: 80420462
J-GLOBAL ID: 201801005421048355
researchmap会員ID: B000309675

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

論文

Elucidating Ligand Charge Effects in MR1 Cell-Surface Translocation Using Molecular Simulations

Toshiki Fujii, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Takao Otsuka, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Hiroaki Ohno, Shinsuke Inuki, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Information and Modeling 2026年2月10日
Assessment of RNA Force Fields for Dynamic Docking of Small Molecules Using Multicanonical MD Simulations

Gert-Jan Bekker, Yoshifumi Fukunishi, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya

Journal of Chemical Theory and Computation 21(21) 11259-11270 2025年10月22日査読有り最終著者責任著者
A virtual system-coupled molecular dynamics simulation free from experimental knowledge on binding sites: Application to RNA-ligand binding free-energy landscape

Junichi Higo, Kota Kasahara, Shun Sakuraba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Takuya Takahashi, Yoshifumi Fukunishi

Biophysics and Physicobiology 22(2) n/a-n/a 2025年4月26日査読有り
Structure-activity relationship of PET-degrading cutinase regulated by weak Ca<sup>2+</sup> binding and temperature

Fumiya Kondo, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Satoshi Nagao, Nobutaka Numoto, Hiroshi Sekiguchi, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

Biophysics and Physicobiology 22(2) n/a-n/a 2025年4月24日査読有り
Structural dynamics of the Ca2+-regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity

Nobutaka Numoto, Fumiya Kondo, Gert-Jan Bekker, Zengwei Liao, Mitsuaki Yamashita, Akira Iida, Nobutoshi Ito, Narutoshi Kamiya, Masayuki Oda

International Journal of Biological Macromolecules 281 136597-136597 2024年11月査読有り責任著者
Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

Mitsugu Araki, Toru Ekimoto, Kazuhiro Takemura, Shigeyuki Matsumoto, Yunoshin Tamura, Hironori Kokubo, Gert-Jan Bekker, Tsutomu Yamane, Yuta Isaka, Yukari Sagae …

Journal of the American Chemical Society 2024年10月12日
Binding Mechanism between Platelet Glycoprotein and Cyclic Peptide Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking

Gert-Jan Bekker, Kanji Oshima, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Journal of Chemical Information and Modeling 64(10) 4158-4167 2024年5月16日査読有り最終著者責任著者
Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations

Gert-Jan Bekker, Yoshifumi Fukunishi, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya

ACS Omega 9 3412-3422 2024年1月10日査読有り最終著者責任著者
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model

Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Theory and Computation 20(1) 7-17 2023年12月26日査読有り
Binding free-energy landscapes of small molecule binder and non-binder to FMN riboswitch: All-atom molecular dynamics

Junichi Higo, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Yoshifumi Fukunishi

Biophysics and Physicobiology 20 e200047 2023年12月13日査読有り
Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02

Gert‐Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda …

Protein Science 32(10) e4775 2023年9月4日査読有り責任著者
Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL

Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Communications Biology 6(1) 349 2023年3月30日査読有り最終著者責任著者
Advancing the field of computational drug design using multicanonical molecular dynamics-based dynamic docking

Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

Biophysical Reviews 14(6) 1349-1358 2022年11月19日査読有り最終著者責任著者
Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule

Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi …

Scientific Reports 12(1) 2022年8月13日査読有り
N-Terminal-Driven Binding Mechanism of an Antigen Peptide to Human Leukocyte Antigen-A*2402 Elucidated by Multicanonical Molecular Dynamic-Based Dynamic Docking and Path Sampling Simulations

Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

The Journal of Physical Chemistry B 125(49) 13376-13384 2021年12月3日査読有り最終著者責任著者
Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking

Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

Journal of Chemical Information and Modeling 61(10) 5161-5171 2021年10月25日
Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics

Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Gert-Jan Bekker, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno

Nature Communications 12(1) 2793-2793 2021年5月14日査読有り
Flexibility and Cell Permeability of Cyclic Ras-Inhibitor Peptides Revealed by the Coupled Nosé–Hoover Equation

Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Narutoshi Kamiya, Junichi Higo, Isao Yasumatsu, Yoshifumi Fukunishi, Ikuo Fukuda

Journal of Chemical Information and Modeling 61(4) 1921-1930 2021年4月26日査読有り
Difference of binding modes among three ligands to a receptor mSin3B corresponding to their inhibitory activities

Tomonori Hayami, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Takeshi Kawabata, Jun-ichi Kurita, Yoshifumi Fukunishi, Yoshifumi Nishimura, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Scientific Reports 11(1) 6178 2021年3月17日査読有り
Cryptic-site binding mechanism of medium-sized Bcl-xL inhibiting compounds elucidated by McMD-based dynamic docking simulations

Gert-Jan Bekker, Ikuo Fukuda, Junichi Higo, Yoshifumi Fukunishi, Narutoshi Kamiya

Scientific Reports 11(1) 5046-5046 2021年3月3日査読有り

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MISC

Thermal Stability Estimation of Single Domain Antibodies Using Molecular Dynamics Simulations

Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

Computer-Aided Antibody Design 151-163 2023年
Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level

Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

Methods in Molecular Biology 187-202 2021年3月24日
Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): From identification to functional and structural characterization

Masayuki Oda, Nobutaka Numoto, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Fusako Kawai

Methods in Enzymology 159-185 2021年2月
分子動力学シミュレーションによる単一ドメイン抗体の熱安定性の評価

神谷成敏

熱測定 47(4) 2020年
内在性リガンドの結合様式からみた核内受容体PPARγの活性化機構

白木琢磨, 神谷成敏, 陣上久人

蛋白質核酸酵素 50(13) 1660-1665 2005年11月
たんぱく質の立体構造に基づく物理情報学

中村春木, 神谷成敏, 肥後順一, 木下賢吾

應用物理 71(12) 1474-1480 2002年12月10日

共同研究・競争的資金等の研究課題

クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

織田昌幸, 関口博史, 沼本修孝, 神谷成敏, 宮ノ入洋平
癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

神谷成敏, 織田昌幸, 伊藤暢聡, Bekker Gerardu
タンパク質と薬剤の複合体構造予測法と結合自由エネルギー計算法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

神谷成敏
計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年6月 - 2017年3月

中村春木, 藤井聡, 皿井明倫, 神谷成敏, 河野秀俊, 笠原浩太, 飯田緑
結合自由エネルギーを評価関数としたタンパク質複合体構造予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

神谷成敏
動的構造に基づく定量的な蛋白質間相互作用システムの計算・情報科学研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

中村春木, 金城玲, 肥後順一, 神谷成敏, 米澤康滋
タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2010年 - 2012年

神谷成敏
構造インタラクトームの計算・情報科学による研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

中村春木, 木下賢吾, 肥後順一, 神谷成敏
分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造機能相関の理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2007年

鷹野優, 中村春木, 米澤康滋, 大島勘二, 神谷成敏
分子シミュレーション支援による生体超分子複合体の構造・機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

中村春木, 米澤康滋, 中島伸介, 神谷成敏

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