清水佳奈 (Kana Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: 早稲田大学

学位: 博士（工学）(早稲田大学)

研究者番号: 60367050
J-GLOBAL ID: 200901039689790870
researchmap会員ID: 5000086021

外部リンク: https://iskana.github.io/works.html

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

2018年4月

早稲田大学, 理工学術院, 教授
2016年4月 - 2018年3月

早稲田大学, 理工学術院, 准教授
2013年3月 - 2016年3月

産業技術総合研究所, 創薬基盤研究部門/ゲノム情報研究センター/生命情報工学研究センター, 主任研究員
2013年12月 - 2015年4月

The Sloan-Kettering Institute at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Visiting Investigator
2009年4月 - 2013年2月

産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員
2006年11月 - 2009年3月

産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター/生命情報工学研究センター, 産総研特別研究員
2006年1月 - 2006年10月

産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, テクニカルスタッフ

学歴

2003年4月 - 2006年3月

早稲田大学, 理工学研究科, 情報ネットワーク専攻
2003年4月 - 2006年3月

早稲田大学, 理工学研究科, 情報ネットワーク専攻
2001年4月 - 2003年3月

早稲田大学, 理工学研究科, 情報科学専攻
2001年4月 - 2003年3月

早稲田大学, 理工学研究科, 情報科学専攻
1997年4月 - 2001年3月

早稲田大学, 理工学部, 情報学科

委員歴

2023年10月 - 現在

国立研究開発法人科学技術振興機構, 創発的研究支援事業アドバイザー
2023年4月 - 現在

日本学術振興会, 産学協力委員会 R053設計・計測・解析の協調プラットフォーム委員会
2023年1月 - 現在

国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）, 課題評価委員
2021年 - 現在

（JST）さきがけ「社会変革に向けたICT基盤強化」, 領域アドバイザ
2021年 - 現在

International Society for Computational Biology (ISCB) EDI Committee, Committee member
2020年7月 - 現在

（JST）NBDC「統合化推進プログラム」, 研究アドバイザ
2020年 - 現在

東京高等裁判所, 専門委員
2021年4月 - 2025年3月

日本バイオインフォマティクス学会, 理事
2024年 - 2025年

Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2024, 2025, Program Committee Area Chair
2024年 - 2024年

35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Program Committee
2024年 - 2024年

Asia&Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024, Technical Program Committee
2022年 - 2022年

GIW/ISCB Asia 2022, Program Committee
2019年6月 - 2021年6月

情報処理学会, 理事
2018年 - 2019年

The International Conference on Genome Informatics (GIW) 2018, 2019, Program Committee
2018年 - 2018年

Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC) 2018, Program Committee
2017年 - 2018年

日本バイオインフォマティクス学会, 監事
2016年 - 2018年

The Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) 2016, 2017, 2018, Program Committee
2011年 - 2018年

International Society for Computational Biology (ISCB), The affiliates committee
2010年 - 2011年

日本バイオインフォマティクス学会, 幹事
2010年 - 2011年

日本バイオインフォマティクス学会, 理事

受賞

論文

Accurate SPARQL Generation via In-Context Learning and Schema-based Query Construction

Hikaru Nagazumi, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Kana Shimizu

Bioinformatics 2026年4月8日
Secure Full-Text Search Using Function Secret Sharing.

Tomoki Uchiyama, Kana Shimizu

Proceedings of the 23rd Workshop on Privacy in the Electronic Society(WPES@CCS) 59-72 2024年査読有り
Efficient Privacy Preserving Range Query Using Segment Tree.

Shusuke Shirotake, Kana Shimizu

58th Annual Conference on Information Sciences and Systems(CISS) 1-6 2024年査読有り
Enhancing Privacy Protection for Human Genome Synthesis Using Gradient Clipping.

Kohei Hashimoto, Kana Shimizu

BCB 37-6 2024年査読有り
Efficient Colored de Bruijn Graph for Indexing Reads.

Nozomi Hasegawa, Kana Shimizu

J. Comput. Biol. 30(6) 648-662 2023年5月査読有り
Efficient privacy-preserving variable-length substring match for genome sequence. (Extended version)

Yoshiki Nakagawa, Satsuya Ohata, Kana Shimizu

Algorithms for molecular biology : AMB 17(1) 9-9 2022年4月26日査読有り
Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing.

Mohammad Nabil Ahmed, Kana Shimizu

ICISC 171-194 2022年査読有り
Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence.

Yoshiki Nakagawa, Satsuya Ohata, Kana Shimizu

21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics(WABI) 2-23 2021年査読有り
Discovery of cryoprotective activity in human genome-derived intrinsically disordered proteins

Naoki Matsuo, Natsuko Goda, Kana Shimizu, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota, Hidekazu Hiroaki

International Journal of Molecular Sciences 19(2) E401 2018年2月1日査読有り
An Efficient Private Evaluation of a Decision Graph.

Hiroki Sudo, Koji Nuida, Kana Shimizu

Information Security and Cryptology - ICISC 2018 - 21st International Conference(ICISC) 143-160 2018年査読有り
Efficient Two-level Homomorphic Encryption in Prime-order Bilinear Groups and A Fast Implementation in WebAssembly

Attrapadung, Nuttapong, Hanaoka, Goichiro, Mitsunari, Shigeo, Sakai, Yusuke, Shimizu, Kana, Teruya, Tadanori

Proceedings of the ACM Asia Conference on Computer and Communications Security 2018 (AsiaCCS 2018) 685-697 2018年査読有り
Secure Wavelet Matrix: Alphabet-Friendly Privacy-Preserving String Search for Bioinformatics

Sudo, Hiroki, Jimbo, Masanobu, Nuida, Koji, Shimizu, Kana

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(5) 1675-1684 2018年査読有り
Secure Division Protocol and Applications to Privacy-preserving Chi-squared Tests.

Hiraku Morita, Nuttapong Attrapadung, Satsuya Ohata, Koji Nuida, Shota Yamada 0001, Kana Shimizu, Goichiro Hanaoka, Kiyoshi Asai

International Symposium on Information Theory and Its Applications(ISITA) 530-534 2018年査読有り
Differentially private Bayesian learning on distributed data

Heikkila, Mikko, Lagerspetz, Eemil, Kaski, Samuel, Shimizu, Kana, Tarkoma, Sasu, Honkela, Antti

Advances in Neural Information Processing Systems 30: Annual Conference on Neural Information Processing Systems 2017 (NIPS 2017) 3226-3235 2017年査読有り
Efficient privacy-preserving string search and an application in genomics

Kana Shimizu, Koji Nuida, Gunnar Ratsch

BIOINFORMATICS 32(11) 1652-1661 2016年6月査読有り
Privacy-Preserving String Search for Genome Sequences with FHE bootstrapping optimization

Yu Ishimaki, Hiroki Imabavashi, Kana Shimizu, Hayato Yamana

2016 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIG DATA (BIG DATA) 3989-3991 2016年査読有り
Privacy-preserving search for chemical compound databases

Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka …

BMC BIOINFORMATICS 16(18) S6 2015年12月査読有り
A Method for Systematic Assessment of Intrinsically Disordered Protein Regions by NMR

Natsuko Goda, Kana Shimizu, Yohta Kuwahara, Takeshi Tenno, Tamotsu Noguchi, Takahisa Ikegami, Motonori Ota, Hidekazu Hiroaki

INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 16(7) 15743-15760 2015年7月査読有り
On Limitations and Alternatives of Privacy-Preserving Cryptographic Protocols for Genomic Data

Tadanori Teruya, Koji Nuida, Kana Shimizu, Goichiro Hanaoka

ADVANCES IN INFORMATION AND COMPUTER SECURITY (IWSEC 2015) 9241 242-261 2015年査読有り
Reference-free prediction of rearrangement breakpoint reads

Edward Wijaya, Kana Shimizu, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada

BIOINFORMATICS 30(18) 2559-2567 2014年9月査読有り

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MISC

アルゴリズムの頂が持つ力はいかに?-ゲノコン2021開催記録-

清水佳奈, 坂本一憲, 坂本一憲, 笠原雅弘

情報処理 63(7) 2022年
秘密分散に基づく秘匿全文検索

中川, 佳貴, 大畑, 幸矢, 清水, 佳奈

コンピュータセキュリティシンポジウム2019論文集 2019 289-296 2019年10月14日
5分で分かる ! ? 有名論文ナナメ読み：Ferragina, P. and Manzini, G. : Opportunistic Data Structures with Applications

清水, 佳奈

情報処理 60(6) 554-556 2019年5月15日
生体情報セキュリティ

清水佳奈

生体医工学 Annual57(Abstract) S131_2-S131_2 2019年
タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム

飯野, 翼, 大上, 雅史, 秋山, 泰, 清水, 佳奈

第80回全国大会講演論文集 2018(1) 931-932 2018年3月13日
高速に類似文字列ペアを発見するビット並列フィルター

山田, 太樹, 清水, 佳奈

第80回全国大会講演論文集 2018(1) 355-356 2018年3月13日
Trend Review〈続〉改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?

山本奈津子, 川嶋実苗, 清水佳奈, 片山俊明, 荻島創一

実験医学 36(13) 2018年
ペアリングベースの効率的なレベル2準同型暗号

Nuttapong Attrapadung, 花岡悟一郎, 光成滋生, 坂井祐介, 清水佳奈, 照屋唯紀

暗号と情報セキュリティシンポジウム2018 (SCIS 2018) 1A2(4) 1-8 2018年1月
クライアント補助型秘匿計算および基本ツール

森田啓, 大畑幸矢, Nuttapong Attrapadung, 縫田光司, 山田翔太, 清水佳奈, 花岡悟一郎, 浅井潔

2018年暗号と情報セキュリティシンポジウム(SCIS2018)予稿集 2018年1月
改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?-個人識別符号・要配慮情報としてのゲノムデータ

清水佳奈, 山本奈津子, 川嶋実苗, 片山俊明, 荻島創一

実験医学 35(4) 2017年
生命情報科学におけるプライバシ保護検索(<小特集>「エネルギーシミュレーションとデータ解析」について)

清水佳奈

シミュレーション 35(1) 26-31 2016年3月15日
完全準同型暗号を用いた高速なゲノム秘匿検索

石巻優, 清水佳奈, 縫田光司, 山名早人

2016年暗号と情報セキュリティシンポジウム(SCIS2016)予稿集 2016年1月
Privacy-Preserving Search for Chemical Compound DatabasesPrivacy-Preserving Search for Chemical Compound Databases

Kana Shimizu, Koji Nuida, Hiromi Arai, Shigeo Mitsunari, Nuttapong Attrapadung, Michiaki Hamada, Koji Tsuda, Takatsugu Hirokawa, Jun Sakuma, Goichiro Hanaoka …

bioRxiv (013995) 2015年1月
ゲノムプライバシ保護を考慮した紛失通信プロトコル

照屋唯紀, 縫田光司, 清水佳奈, 花岡悟一郎

2015年暗号と情報セキュリティシンポジウム(SCIS2015)予稿集 2015年1月
範囲指定型問い合わせに対する効率的なデータベース秘匿検索プロトコル

照屋唯紀, Nuttapong Attrapadung, 稲村勝樹, 松田隆宏, 中川紗菜美, 縫田光司, 花岡悟一郎, 清水佳奈

コンピュータセキュリティシンポジウム 2014 (CSS 2014), デモセッション (ポスターセッション) (DPS-02) 2014年10月
双方向の情報を秘匿可能な効率的化合物データベース検索プロトコル

縫田光司, 照屋唯紀, 花岡悟一郎, 清水佳奈, 松田隆宏, 矢内直人, 中川紗奈美

コンピュータセキュリティシンポジウム 2013 (CSS 2013), デモンストレーション (ポスター) セッション (DPS-07) 2013年10月
トモサガ: スマホで安心「共ダチ」探し

照屋唯紀, 縫田光司, 花岡悟一郎, 清水佳奈, 松田隆宏, 矢内直人, 中川紗奈美

コンピュータセキュリティシンポジウム 2013 (CSS 2013), デモンストレーション (ポスター) セッション 2013年10月
1SBP-05 類似配列の高速な全ペア列挙に基づくNGSデータの解析手法(1SBP 進化する1分子シークエンサー,シンポジウム,日本生物物理学会第51回年会(2013年度))

清水佳奈

生物物理 53(supplement1-2) S87 2013年
加法準同型暗号を用いた化合物データベースの秘匿検索プロトコル

縫田光司, 清水佳奈, 荒井ひろみ, 浜田道昭, 津田宏治, 広川貴次, 花岡悟一郎, 佐久間淳, 浅井潔

コンピュータセキュリティシンポジウム2012(CSS2012)予稿集 2012(3) 2012年10月
検索行動におけるプライバシ保護—Privacy preservation in information retrieval—人工知能学会全国大会(第26回)文化,科学技術と未来 ; オーガナイズドセッション「OS-20 プライバシー保護データマイニング」

荒井ひろみ, 清水佳奈, 浜田道昭

人工知能学会全国大会論文集 26 1-4 2012年

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書籍等出版物

「個人ゲノム情報の活用とプライバシー保護」, プレシジョン・メディシン～ビッグデータの構築・分析から臨床応用・課題まで～

清水佳奈 (担当:分担執筆)

エヌ・ティー・エス 2018年 (ISBN: 9784860435806)
"POODLE: tools predicting intrinsically disordered regions of amino acid sequence", Protein Structure Prediction 3rd Edition

Kana Shimizu (担当:分担執筆)

Springer 2014年 (ISBN: 9781493903665)

講演・口頭発表等

Privacy-aware computational genomics

Kana Shimizu

SPIEZ Convergence 2018 2018年9月13日招待有り
Privacy-preserving genome sequence search

Kana Shimizu

2016 International Workshop on Spatial and Temporal Modeling from Statistical, Machine Learning and Engineering perspectives (STM2016) 2016年7月23日招待有り
Efficient Privacy-Preserving String Search and an Application in Genomics

Kana Shimizu

High Throughput Sequencing Algorithms & Applications (HitSeq 2015), A SIG of ISMB/ECCB 2015 2015年7月11日
Privacy Preserving Similarity Search in Biomedical Data by Homomorphic encryption

Kana Shimizu

Biological Data Science 2014年11月8日
Next generation sequencing data analyses by using ultra-fast all pairs similarity search

Kana Shimizu

International Symposium on Single Biomolecule Analysis 2013 2013年11月招待有り
Privacy-preserving search for a chemical compound database

Kana Shimizu

ISMB/ECCB 2013 Oral Poster Presentations Track 2013年7月21日招待有り
Privacy-preserving search for a chemical compound database

Kana Shimizu

ISCB-Asia/SCCG 2012 2012年12月18日
SlideSort: Fast and exact algorithm for Next Generation Sequencing data analysis

Kana Shimizu

ISMB/ECCB 2011 Highlights Track 2011年7月18日

共同研究・競争的資金等の研究課題

精密で安全な参照ゲノムの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

清水佳奈
圧縮秘匿計算による大規模データ処理

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2021年7月 - 2026年3月

定兼邦彦, 坂本比呂志, 清水佳奈, 渋谷哲朗, 申吉浩
圧縮秘匿計算による大規模データ処理

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2021年4月 - 2025年3月

定兼邦彦, 坂本比呂志, 清水佳奈, 渋谷哲朗, 申吉浩
プライバシ保護ゲノム情報解析技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

清水佳奈
グラフを用いた精密な癌ゲノム配列解析法の研究

栢森情報科学振興財団栢森情報科学振興財団研究助成 2021年 - 2022年
医療情報解析を促進するプライバシ保護技術の開発

公益財団法人大川情報通信基金公益財団法人大川情報通信基金 2017年度(第31回)研究助成公益財団法人大川情報通信基金 2017年度(第31回)研究助成 2018年3月 - 2019年3月
個別化医療を実現するプライバシ保護ゲノム情報解析

科学技術振興機構/日本医療研究開発機構戦略的国際科学技術協力推進事業（SICP）日-フィンランド（Tekes/AF）研究交流 2014年5月 - 2017年3月
類似ゲノムの差異を逃さないDe novoゲノム解析技術の開発

日本学術振興会科研費・挑戦的萌芽研究科研費・挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

清水佳奈
プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

浜田道昭, 清水佳奈, 花岡悟一郎, 津田宏治, フリスマーティン, 浅井潔
基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発

2011年4月 - 2014年3月
ギガシークエンスデータの高速解析技術の開発

日本学術振興会科研費・若手研究（B）科研費・若手研究（B） 2010年4月 - 2012年3月

清水佳奈

清水佳奈

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論文

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