粕川雄也 (Takeya Kasukawa) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人理化学研究所生命医科学研究センターチームディレクター
: 横浜市立大学大学院　生命医科学研究科大学院客員教授
: 広島大学ゲノム編集イノベーションセンター客員教授

学位: 博士(情報科学)(2005年3月大阪大学)

J-GLOBAL ID: 201301049355449068
researchmap会員ID: B000234429

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームディレクター
2025年4月 - 現在

広島大学, ゲノム編集イノベーションセンター, 客員教授
2022年11月 - 現在

筑波大学, グローバル教育院
2022年4月 - 現在

横浜市立大学, 大学院生命医科学研究科, 大学院客員教授
2019年10月 - 2025年3月

理化学研究所, 生命医科学研究センター, チームリーダー
2018年10月 - 2025年3月

大阪大学, 蛋白質研究所, 客員教授
2018年4月 - 2019年9月

理化学研究所, 生命医科学研究センター, ユニットリーダー
2013年4月 - 2018年3月

理化学研究所, ライフサイエンス技術基盤研究センター, ユニットリーダー
2005年4月 - 2013年3月

理化学研究所, 発生・再生科学総合研究センター, 研究員
2000年4月 - 2005年3月

NTTソフトウェア株式会社
1998年4月 - 2000年3月

大阪大学大学院, 基礎工学研究科, 助手

論文

101

Update of the FANTOM web resource: enhancement for studying noncoding genomes.

Tomoe Nobusada, Chi Wai Yip, Saumya Agrawal, Jessica Severin, Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa, Chung Chau Hon, Satoru Ide, Masaru Koido, Atsushi Kondo …

Nucleic acids research 2024年11月27日
Widespread 3′UTR capped RNAs derive from G-rich regions in proximity to AGO2 binding sites

Nejc Haberman, Holly Digby, Rupert Faraway, Rebecca Cheung, Anob M. Chakrabarti, Andrew M. Jobbins, Callum Parr, Kayoko Yasuzawa, Takeya Kasukawa, Chi Wai Yip …

BMC Biology 22(1) 2024年11月7日
CFC-seq: identification of full-length capped RNAs unveil enhancer-derived transcription

Chi Wai Yip, Callum Parr, Hazuki Takahashi, Kayoko Yasuzawa, Matthew Valentine, Hiromi Nishiyori-Sueki, Camilla Ugolini, Valeria Ranzani, Mitsuyoshi Murata, Masaki Kato …

2024年10月31日
Annotation of nuclear lncRNAs based on chromatin interactions

Saumya Agrawal, Andrey Buyan, Jessica Severin, Masaru Koido, Tanvir Alam, Imad Abugessaisa, Howard Y. Chang, Josée Dostie, Masayoshi Itoh, Juha Kere …

PLOS ONE 19(5) e0295971-e0295971 2024年5月6日
OVCH1 Antisense RNA 1 is differentially expressed between non-frail and frail old adults.

Imad Abugessaisa, Ri-Ichiroh Manabe, Tsugumi Kawashima, Michihira Tagami, Chitose Takahashi, Yasushi Okazaki, Stefania Bandinelli, Takeya Kasukawa, Luigi Ferrucci

GeroScience 46(2) 2063-2081 2024年4月
ROR2 expression predicts human induced pluripotent stem cell differentiation into neural stem/progenitor cells and GABAergic neurons.

Takuya Kuroda, Satoshi Yasuda, Satoko Matsuyama, Takumi Miura, Rumi Sawada, Akifumi Matsuyama, Yumiko Yamamoto, Masaki Suimye Morioka, Hideya Kawaji, Takeya Kasukawa …

Scientific reports 14(1) 690-690 2024年1月6日
A single-cell atlas of transcribedcis-regulatory elements in the human genome

Jonathan Moody, Tsukasa Kouno, Miki Kojima, Ikuko Koya, Julio Leon, Akari Suzuki, Akira Hasegawa, Taishin Akiyama, Nobuko Akiyama, Masayuki Amagai …

2023年11月14日
Single-Cell RNA-Seq Reveals LRRC75A-Expressing Cell Population Involved in VEGF Secretion of Multipotent Mesenchymal Stromal/Stem Cells Under Ischemia

Takumi Miura, Tsukasa Kouno, Megumi Takano, Takuya Kuroda, Yumiko Yamamoto, Shinji Kusakawa, Masaki Suimye Morioka, Tohru Sugawara, Takamasa Hirai, Satoshi Yasuda …

Stem Cells Translational Medicine 12(6) 379-390 2023年6月1日
Computational approach to evaluate scRNA-seq data quality and gene body coverage with SkewC.

Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa, Shintaro Katayama, Juha Kere, Takeya Kasukawa

STAR protocols 4(1) 102038-102038 2023年3月17日
Antisense-oligonucleotide-mediated perturbation of long non-coding RNA reveals functional features in stem cells and across cell types

Chi Wai Yip, Chung-Chau Hon, Kayoko Yasuzawa, Divya M. Sivaraman, Jordan A. Ramilowski, Youtaro Shibayama, Saumya Agrawal, Anika V. Prabhu, Callum Parr, Jessica Severin …

Cell Reports 41(13) 111893-111893 2022年12月
Systematic Functional Annotation Workflow for Insects.

Hidemasa Bono, Takuma Sakamoto, Takeya Kasukawa, Hiroko Tabunoki

Insects 13(7) 2022年6月27日
SkewC: Identifying cells with skewed gene body coverage in single-cell RNA sequencing data.

Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa, Shuhei Noguchi, Melissa Cardon, Kazuhide Watanabe, Masataka Takahashi, Harukazu Suzuki, Shintaro Katayama, Juha Kere, Takeya Kasukawa

iScience 25(2) 103777-103777 2022年2月18日
Prediction of transcription factors associated with DNA demethylation during human cellular development.

Yurina Miyajima, Shuhei Noguchi, Yuki Tanaka, Jing-Ru Li, Hajime Nishimura, Mami Kishima, Joanne Lim, Erina Furuhata, Takahiro Suzuki, Takeya Kasukawa …

Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology 2022年2月10日
Inducing human retinal pigment epithelium-like cells from somatic tissue.

Ivo Ngundu Woogeng, Bogumil Kaczkowski, Imad Abugessaisa, Haiming Hu, Akihiro Tachibana, Yoshiki Sahara, Chung-Chau Hon, Akira Hasegawa, Noriko Sakai, Mitsuhiro Nishida …

Stem cell reports 17(2) 289-306 2022年2月8日
IκBα is required for full transcriptional induction of some NFκB-regulated genes in response to TNF in MCF-7 cells.

Minami Ando, Shigeyuki Magi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Takeya Kasukawa, Diane Lefaudeux, Alexander Hoffmann, Mariko Okada

NPJ systems biology and applications 7(1) 42-42 2021年12月1日
The choice of negative control antisense oligonucleotides dramatically impacts downstream analysis depending on the cellular background

Luca Ducoli, Saumya Agrawal, Chung-Chau Hon, Jordan A. Ramilowski, Eliane Sibler, Michihira Tagami, Masayoshi Itoh, Naoto Kondo, Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa …

BMC Genomic Data 22(1) 2021年12月
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

Mathys Grapotte, Manu Saraswat, Chloé Bessière, Christophe Menichelli, Jordan A. Ramilowski, Jessica Severin, Yoshihide Hayashizaki, Masayoshi Itoh, Michihira Tagami, Mitsuyoshi Murata …

Nature Communications 12(1) 2021年12月
Automatic identification of small molecules that promote cell conversion and reprogramming.

Francesco Napolitano, Trisevgeni Rapakoulia, Patrizia Annunziata, Akira Hasegawa, Melissa Cardon, Sara Napolitano, Lorenzo Vaccaro, Antonella Iuliano, Luca Giorgio Wanderlingh, Takeya Kasukawa …

Stem cell reports 2021年4月10日
Functional annotation of human long noncoding RNAs using chromatin conformation data

Saumya Agrawal, Tanvir Alam, Masaru Koido, Ivan V. Kulakovskiy, Jessica Severin, Imad Abugessaisa, Andrey Buyan, Josee Dostie, Masayoshi Itoh, Naoto Kondo …

2021年1月14日
FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs.

Imad Abugessaisa, Jordan A Ramilowski, Marina Lizio, Jesicca Severin, Akira Hasegawa, Jayson Harshbarger, Atsushi Kondo, Shuhei Noguchi, Chi Wai Yip, Jasmine Li Ching Ooi …

Nucleic acids research 49(D1) D892-D898 2021年1月8日

もっとみる

MISC

シングルセル解析によるヒト間葉系間質/幹細胞の特性指標探索の試み

三浦巧, 河野掌, 高野慈美, 黒田拓也, 山本由美子, 草川森士, 森岡勝樹, 菅原亨, 澤田留美, 松山さと子 …

日本再生医療学会総会(Web) 23rd 2024年
公共データベースからのcis-regulatory elements情報の統合

信定知江, 長谷川哲, WALKER Scott, THALHATH Nishad, 川路英哉, 粕川雄也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
fanta.bioシスエレメントの機能アノテーションデータベース

粕川雄也, SCOTT Walker, 長谷川哲, NISHAD Thalhath, 信定知江, 高田豊行, 桝屋啓志, 川路英哉

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
ヒトiPS細胞における神経分化予測マーカーによる神経分化調節機構の解明

黒田拓也, 安田智, 安田智, 松山さと子, 松山さと子, 三浦巧, 澤田留美, 松山晃文, 森岡勝樹, 粕川雄也 …

日本再生医療学会総会(Web) 22nd 2023年
単一細胞遺伝子発現解析による間葉系幹細胞の血管新生能予測バイオマーカーの探索

三浦巧, 河野掌, 高野慈美, 黒田拓也, 山本由美子, 草川森士, 森岡勝樹, 菅原亨, 平井孝昌, 安田智 …

日本再生医療学会総会(Web) 22nd 2023年
転写制御理解のためのゲノムワイドなシスエレメントデータベースfanta.bio

粕川雄也, SCOTT Walker, 長谷川哲, NISHAD Thalhath, 高田豊行, 桝屋啓志, 川路英哉

日本生化学会大会(Web) 96th [2S07e-04] 2023年
シングルセルRNA-Seq解析によるヒト間葉系幹細胞の特性解析

三浦巧, 河野掌, 高野慈美, 黒田拓也, 山本由美子, 草川森士, 森岡勝樹, 菅原亨, 安田智, 澤田留美 …

日本再生医療学会総会(Web) 21st 2022年
転写制御理解のためのゲノムワイドなシスエレメントデータリソースの構築

粕川雄也, 川路英哉, 桝屋啓志

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
転写開始点リファレンスデータセットの構築

ABUGESSAISA Imad, 野口修平, 長谷川哲, 近藤敦, 川路英哉, 川路英哉, CARNINCI Piero, 粕川雄也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
The FANTOM web resourceの概要と活用

野口修平, LIZIO Marina, ABUGESSAISA Imad, HON Chung Chau, 長谷川哲, DE HOON Michiel, 川路英哉, 川路英哉, 粕川雄也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年
統合的転写開始点リファレンス(refTSS)の開発

野口修平, ABUGESSAISA Imad, 長谷川哲, 川路英哉, 粕川雄也

日本生化学会大会(Web) 90th 2017年
The FANTOM5 Computation Ecosystem: Genomic Information Hub for Promoters and Active Enhancers.

Abugessaisa I, Noguchi S, Carninci P, Kasukawa T

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1611 199-217 2017年査読有り
FANTOM5 web resource for the large-scale genome-wide transcription start site activity profiles of wide-range of mammalian cells

T. Kasukawa, M. Lizio, J. Harshbarger, S. Hisashi, J. Severin, A. Imad, S. Sahin, T. C. Freeman, K. Baillie, A. Sandelin …

HUMAN GENOMICS 10 2016年5月
統合的転写開始点リファレンス(refTSS)の開発

野口修平, ABUGESSAISA Imad, 長谷川哲, 川路英哉, 粕川雄也

第15回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会要旨集,2016 2016年
CAGEのマッピング手法の評価

野口修平, 川路英哉, 粕川雄也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016年
長鎖非コードRNA転写研究のためのデータベース基盤の構築

粕川雄也, IMAD Abugessaisa, 長谷川哲, 野口修平, 川路英哉, 川路英哉, 川路英哉

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年
FANTOM5で得られた広範な哺乳類細胞の転写開始活性プロファイルを提供するための統合ウェブリソース

粕川雄也, LIZIO Marina, HARSHBARGER Jayson, 下地寿, 下地寿, SAHIN Serkan, SEVERIN Jessica, ABUGESSAISA Imad, FREEMAN Tom, BAILLIE Kenneth …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2014年
生命科学データベース,プロジェクトの動向 4.FANTOM5-ヒト・マウスの広範な細胞を対象とした転写開始活性の網羅的・定量的プロファイル

粕川雄也, 川路英哉, 川路英哉, 川路英哉

実験医学 32(20) 2014年
睡眠基礎研究の萌芽的シンポジウムヒト血液代謝産物を用いた2時点の血液サンプルによる体内時刻測定法

粕川雄也, 杉本昌弘, 肥田昌子, 南陽一, 森雅代, 本間さと, 本間研一, 三島和夫, 曽我朋義, 上田泰己

日本睡眠学会定期学術集会プログラム・抄録集 38回 111-111 2013年6月
FANTOM5プロジェクトにおける1000種類を超える哺乳類細胞のプロモータレベル発現データを提供するためのウェブリソース

粕川雄也, LIZIO Marina, HARSHBARGER Jayson, 下地寿, 下地寿, SAHIN Serkan, SEVERIN Jessica, FREEMAN Tom, BAILLIE Kenneth, SANDELIN Albin …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年

もっとみる

書籍等出版物

生命科学データ解析を支える情報技術

坊農, 秀雅, 粕川, 雄也, 山本, 泰智, 久保, 竜一, 大石, 直哉

技術評論社 2019年2月 (ISBN: 9784297103194)
生物時計の生態学 : リズムを刻む生物の世界

種生物学会, 新田, 梢, 陶山, 佳久, 山本, 誉士, 佐藤, 綾 (動物生態学), 渕側, 太郎, 原野, 智広, 佐竹, 暁子, 沼田, 真也, 谷, 尚樹, 市栄, 智明, 福田, 弘和, 井澤, 毅, 工藤, 洋, 永野, 惇, 山本, 哲史, 松本, 知高, 工藤, 岳, 角(本田), 恵理, 伊藤, 浩史, 粕川, 雄也

文一総合出版 2015年12月 (ISBN: 9784829962060)
時間薬理学による最新の治療戦略

大戸茂弘

医薬ジャーナル社 2013年4月 (ISBN: 4753226042)
体内時計の科学と産業応用 (バイオテクノロジーシリーズ)

柴田重信

シーエムシー出版 2011年5月 (ISBN: 4781303404)
改訂第2版バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 ― 遺伝子の配列・機能解析、タンパク質解析、プロテオミクス、文献検索、検索エンジン…etc.真に役立つサイトを使い倒す！

中村保一, 石川淳, 礒合敦, 平川美夏, 坊農秀雅

羊土社 2007年10月1日 (ISBN: 4758108110)
RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス

R. ジェントルマン, V.J. カリー, W. フーバー, R.A. イリザリー, S. ドュドイト, 荒川和晴, 粕川雄也, 川路英哉, 河野信, 神田将和, 鈴木治夫, 田中伸也, 中尾光輝, 長嶋剛史, 二階堂愛, 宮本真理 (担当:共訳) (原著:R.ジェントルマン)

シュプリンガー・ジャパン株式会社 2007年7月9日 (ISBN: 4431734643)
バイオインフォマティクスゲノム配列から機能解析へ第2版

マウントデービッド W, 岡崎康司, 坊農秀雅

メディカル・サイエンス・インターナショナル 2005年12月15日 (ISBN: 4895924262)
ゲノム情報はこう活かせ!―比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する方法がわかる

岡崎康司, 坊農秀雅

羊土社 2005年8月 (ISBN: 4897064856)
バイオインフォマティクスゲノム配列から機能解析へ

岡崎康司, 坊農秀雅, David W. Mount

メディカル・サイエンス・インターナショナル 2002年5月25日 (ISBN: 489592307X)

講演・口頭発表等

通信量を考慮したデータウェアハウスの更新反映処理

粕川雄也, 中西通雄, 橋本昭洋

情報処理学会研究報告. データベース・システム研究会報告 1997年1月21日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

多系統萎縮症家族例のマルチオミクス解析によるリスク因子の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

尾崎心, 粕川雄也
転写ユニティー機構を構築する多因子間相互作用の時空間的かつ定量的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 2021年8月 - 2024年3月

二村圭祐, 粕川雄也
データ駆動型ゲノム育種を実現するデータ解析基盤技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2023年3月

坊農秀雅, 粕川雄也

産業財産権

特開2018-126078 RNAの分析方法

伊藤昌可, 末木広美, 野間将平, 田上道平, 長谷川哲, 野口修平, 粕川雄也, フォレストアリスター, カルニンチピエロ
特開2010-261764 哺乳類の体内時刻の新規なインジケーター、及びその利用

上田泰己, 南陽一, 粕川雄也, 曽我朋義, 嘉数勇二

粕川雄也

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

メニュー

共著者の一覧