柳澤渓甫 (Keisuke Yanagisawa) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学情報理工学院助教

研究者番号: 40866646
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-0224-0035
J-GLOBAL ID: 202101018621155610
researchmap会員ID: R000028727

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 情報理工学院情報工学系, 助教
2020年9月 - 現在

Tokyo Tech Innovation, 非常勤講師
2020年4月 - 2024年9月

東京工業大学, 情報理工学院情報工学系, 助教
2019年11月 - 2020年3月

東京工業大学, 非常勤講師
2019年4月 - 2020年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科生物情報工学研究室, 学振特別研究員

学歴

2016年4月 - 2019年3月

東京工業大学, 情報理工学院, 情報工学系
2014年4月 - 2016年3月

東京工業大学, 大学院情報理工学研究科, 計算工学専攻
2010年4月 - 2014年3月

東京工業大学, 工学部, 情報工学科
2007年4月 - 2010年3月

東京都立青山高等学校

受賞

2021年3月

令和元年度東工大教育賞（優秀賞）, 大学院を対象とするデータサイエンス・AI全学教育プログラム, 東京工業大学

三宅美博, 岡崎直観, 金森敬文, 村田剛志, 西崎真也, 首藤一幸, 吉瀬謙二, 下坂正倫, 関嶋政和, 柳澤渓甫, 久世正弘, 三平満司, 山中一郎, 伊藤武彦, 竹内徹, 山口猛央, 阪口啓
2020年2月

令和元年度手島精一記念研究賞（博士論文賞）, Fast structure-based virtual screening with commonality of compound substructure, 東京工業大学

柳澤渓甫
2017年5月

第4回IT創薬コンテスト「コンピュータで薬のタネを創る4」グランプリ（Schrödinger K.K.賞）, ストラクチャーベース手法とリガンドベース手法の融合による化合物ヴァーチャルスクリーニング, 並列生物情報処理イニシアティブ

松山祐輔, 林孝紀, 伊井良太, 種部俊孝, 多治見隆志, 佐藤倫, 池田光, 柳澤渓甫
2015年7月

第2回IPABコンテスト「コンピュータで薬のタネを創る2」学生奨励賞, 深層学習を用いたヒト c-Yes キナーゼ阻害化合物の予測 DEDENNE: Druggability Estimator by Deep Neural Network, 並列生物情報処理イニシアティブ

鈴木翔吾, 柳澤渓甫
2015年6月

2014年SIGBIO学生奨励賞, Drug clearance pathway prediction based on semi-supervised learning, 情報処理学会バイオ情報学研究会 (SIGBIO)

柳澤渓甫, 石田貴士, 秋山泰
2014年7月

IPABコンテスト「コンピュータで薬のタネを創る」審査員特別賞学生奨励賞, 拘束付きDockingによる化合物探索, 並列生物情報処理イニシアティブ

安尾信明, 吉野龍ノ介, 柳澤渓甫, 伴兼弘
2014年3月

優秀学生賞, 東京工業大学

柳澤渓甫
2009年9月

全国高校化学グランプリ2009 銅賞, 日本化学会

柳澤渓甫

主要な論文

QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking

Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama

Entropy 26(5) 397-397 2024年4月30日査読有り筆頭著者責任著者
AAp-MSMD: Amino Acid Preference Mapping on Protein–Protein Interaction Surfaces Using Mixed-Solvent Molecular Dynamics

Genki Kudo, Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa

Journal of Chemical Information and Modeling 63(24) 7768-7777 2023年12月12日査読有り筆頭著者
Effective Protein–Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation

Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

ACS Omega 7(34) 30265-30274 2022年8月19日査読有り筆頭著者

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MISC

生成AI時代における教育が導く未来 -東京科学大学データサイエンス・AI全学教育機構シンポジウム2025-

柳澤,渓甫

情報処理 66(9) 426-427 2025年8月15日筆頭著者最終著者責任著者
立体構造類似性に着目したフラグメントベースドバーチャルスクリーニングのための化合物代表フラグメント集合の決定

米山慧, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2025-BIO-82 2025年6月14日
共溶媒分子動力学シミュレーションで得られるプローブ原子分布を活用したドッキング計算のスコアリングの改良

赤木果歩, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2025-BIO-82 43 2025年6月14日
フラグメントに基づくタンパク質化合物ドッキングへのイジングモデルの適用

中野諒也, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2025-BIO-82 2025年6月14日
REUS MDのレプリカ設定最適化手法の開発と環状ペプチド膜透過性予測への応用

清水正浩, 杉田昌岳, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2025-BIO-82 45 2025年6月14日
フラグメントの類似性を考慮した化合物立体配座検索システムの構築

齋藤那哉, 清水正義, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2025-BIO-81 12 2025年2月27日
共溶媒分子動力学法による化合物ドッキング向けのバイアス情報の取得

赤木果歩, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2024-BIO-78 37 2024年6月13日
有望なフラグメント空間配置対に基づく化合物プレスクリーニング手法の開発

清水正義, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2024-BIO-78 38 2024年6月13日
分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測

能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2024-BIO-77 16 2024年2月29日
CycPeptMP:マルチレベルの分子特徴とデータ拡張による環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発

李佳男, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2024-BIO-77 15 2024年2月29日
フラグメントに基づくバーチャルスクリーニングへの利用などを目指したフラグメント集合の選定

布部絢子, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2024-BIO-77 31 2024年2月29日
標的RNAの高次構造予測に基づく低活性ASO候補配列の推測

渡辺銀河, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2023-BIO-74 36 2023年6月22日
フラグメント対の相対位置から検索可能な化合物立体配座データベースの構築

齋藤那哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2023-BIO-74 37 2023年6月22日
分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出

能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2022-BIO-70 2022年6月20日
新たなデータセットによる長距離フラグメントリンキング手法の再評価

津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2022-BIO-69 16 2022年3月3日
Gapmer型ASOにおけるオフターゲット効果のリスク評価手法の提案

玉野史結, 伊澤和輝, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2022-BIO-69 7 2022年3月3日
結合エネルギーを考慮したゲノムワイドな高速短鎖核酸配列検索手法の開発

山崎眞拓, 伊澤和輝, 平田稜, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2022-BIO-69 8 2022年3月3日
フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築

稲垣雅也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2022-BIO-69 15 2022年
タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発

津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2021-BIO-67 1 2021年9月23日
標的配列との結合・開放エネルギー推定に基づくアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究

井澤和也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告 2021-BIO-65 7 2021年3月4日

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書籍等出版物

インシリコ創薬 : 計算創薬の基礎から実例まで

田中, 成典, 広川, 貴次, 池口, 満徳

森北出版 2025年3月 (ISBN: 9784627261914)
データサイエンスと機械学習 : 理論からPythonによる実装まで

Kroese, Dirk P., Botev, Zdravko I., Taimre, Thomas, Vaisman, Radislav, 金森, 敬文

東京化学同人 2022年12月 (ISBN: 9784807920297)

講演・口頭発表等

CrypTothML: Cryptic Site Prediction using Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning

Chie Motono, Keisuke Yanagisawa, Jun Koseki, Kenichiro Imai

The international Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem) 2025 2025年12月15日 Pacific Basin Chemical Societies
Analysis of membrane permeation processes of cyclic peptides on multiple reaction coordinates based on the Markov state model

杉田昌岳, 寺倉慶, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
Quantitative Estimation of Protein-Ligand Substructure Interaction with Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation

柳澤渓甫, 吉野龍ノ介, 工藤玄己, 広川貴次

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
COFFEE-PRESC: a fast pre-screening method using chemical compound retrieval by fragment pose pairs

清水正義, 柳澤渓甫, 秋山泰

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
Construction of representative fragment sets based on mutual 3D structural similarity and docking feasibility for fragment-based virtual screening

米山慧, 柳澤渓甫, 秋山泰

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
Enhancing virtual screening accuracy by refining docking calculation scoring with mixed-solvent molecular dynamics

赤木果歩, 柳澤渓甫, 秋山泰

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
Improvement of fragment-based protein–ligand docking using the Quantum Annealer

中野諒也, 柳澤渓甫, 秋山泰

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
Development of an automatic parameter adjustment method for REST/REUS MD and its application to predicting the membrane permeability of cyclic peptides

清水正浩, 杉田昌岳, 柳澤渓甫, 秋山泰

CBI学会2025年大会 2025年10月27日情報計算化学生物学会(CBI学会)
Markov state Model に基づいた環状ペプチド膜透過過程の多次元の反応座標における速度論的な解析

杉田昌岳, 寺倉慶, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

第63回日本生物物理学会年会 2025年9月25日日本生物物理学会
Protocol for Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Combining Molecular Dynamics Simulations and Machine Learning

Masatake Sugita, Yudai Noso, Jianan Li, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama

Asia Hub for e-Drug Discovery 2025 (AHeDD2025) 2025年9月24日 Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD)
Quantitative Evaluation of Protein-Ligand Substructure Interaction with Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulation

Keisuke Yanagisawa, Ryunosuke Yoshino, Genki Kudo, Takatsugu Hirokawa

Asia Hub for e-Drug Discovery 2025 (AHeDD2025) 2025年9月24日 Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD)
An Automatic Iterative Refinement Protocol for Restraint Parameters in REUS Molecular Dynamics

Masahiro Shimizu, Masatake Sugita, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama

Asia Hub for e-Drug Discovery 2025 (AHeDD2025) 2025年9月24日 Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD)
Enhancing virtual screening accuracy by refining docking calculation scoring with mixed-solvent molecular dynamics

Kaho Akaki, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama

Asia Hub for e-Drug Discovery 2025 (AHeDD2025) 2025年9月24日 Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD)
Development of a fast pre-screening method using compound retrieval by fragment pose pairs

Masayoshi Shimizu, Satoshi Yoneyama, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama

Asia Hub for e-Drug Discovery 2025 (AHeDD2025) 2025年9月24日 Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD)
FraSCO-VS: Fragment-based drug virtual screening by combinatorial optimization with quantum annealer

Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama

Asia Hub for e-Drug Discovery 2025 (AHeDD2025) 2025年9月24日 Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) 招待有り
CrypTothML: 共溶媒分子動力学計算と機械学習を組み合わせたクリプティックサイト予測手法

本野千恵, 柳澤渓甫, 小関準, 今井賢一郎

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月18日日本蛋白質科学会
分子動力学シミュレーションと機械学習を組み合わせた環状ペプチド膜透過性の予測法の開発

杉田昌岳, 能祖雄大, 李佳男, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月18日日本蛋白質科学会
共溶媒分子動力学法におけるプローブ原子分布を活用したドッキング計算のスコアリングの改良

赤木果歩, 柳澤渓甫, 秋山泰

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月18日日本蛋白質科学会
環状ペプチドの膜透過過程のMarkov state Modelに基づいた速度論的な解析

寺倉慶, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月18日日本蛋白質科学会
REUS MDのレプリカパラメータ最適化手法の開発と環状ペプチド膜透過性予測への応用

清水正浩, 杉田昌岳, 柳澤渓甫, 秋山泰

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月18日日本蛋白質科学会

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担当経験のある科目(授業)

2019年11月 - 現在

基盤人工知能演習 (東京科学大学)
2019年11月 - 現在

基盤データサイエンス演習 (東京科学大学)

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

代表フラグメントに基づく縮約化合物ライブラリを用いたバーチャルスクリーニング手法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2030年3月

秋山泰, 柳澤渓甫
共溶媒分子動力学計算を用いた薬剤標的タンパク質の選抜と環状ペプチド設計の同時実行

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

柳澤渓甫, 吉野龍ノ介, 和久井直樹
量子・AIハイブリッドによる創薬向け大規模 Virtual Screening 法の開発

国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構量子・古典ハイブリッド技術のサイバー・フィジカル開発事業量子・古典アプリケーション開発・実証 2023年 - 2026年3月

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産業財産権

特許第7626466号情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧
特開2023-126047 予測方法、予測装置、及び予測プログラム

秋山泰, 柳澤渓甫, 杉田昌岳, 藤江拓哉
特開2022-137148 情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧
特開2022-135688 予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧, 李佳男
特開2022-131959 予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 杉山聡, 村田翔太朗
特許第7125575号情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧
特開2022-078924 情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧
特許第7057004号予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧, 李佳男
特許第7057003号予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 杉山聡, 村田翔太朗
特願2020-189856 情報処理装置、情報処理方法、情報処理プログラム、及び情報処理システム

秋山泰, 大上雅史, 柳澤渓甫, 吉川寧

柳澤渓甫

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

主要な論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

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