Kenji Mizuguchi

Profile Information

Affiliation: Professor, Institute for Protein Research, Osaka University

Degree: PhD(1995, Kyoto University)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-3021-7078
J-GLOBAL ID: 201801006061159734
researchmap Member ID: B000298855

External link: https://mizuguchilab.org

Research Interests

Research Areas

Research History

Oct, 2019 - Present

Professor, Institute for Protein Research, Osaka University
Jul, 2019 - Mar, 2024

Director, Artificial Intelligence Center for Health and Biomedical Research, National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
May, 2013 - Mar, 2024

Research Group Head, Laboratory of In silico design, National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
Oct, 2006 - Aug, 2021

Research Group Head, Laboratory of Bioinformatics, National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
Oct, 2004 - Sep, 2006

Lecturer, Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics, University of Cambridge
Jun, 2000 - Sep, 2006

Research Group Head, Department of Biochemistry, University of Cambridge
Oct, 1998 - May, 2000

Postdoctoral Research Associate, Department of Biochemistry, University of Cambridge
Oct, 1996 - Sep, 1998

HFSP Long-term Fellow, Department of Biochemistry, University of Cambridge
Sep, 1995 - Sep, 1996

Visiting Scientist, Department of Crystallography, Birkbeck, University of London

Education

Apr, 1992 - Jul, 1995

Department of Chemistry, Kyoto University
Apr, 1990 - Mar, 1992

Department of Chemistry, Kyoto University
Apr, 1986 - Mar, 1990

Faculty of Science, Kyoto University

Committee Memberships

Apr, 2021 - Present

幹事、第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）大会長, 日本バイオインフォマティクス学会
Apr, 2020 - Present

R022 量子構造生物学委員会学会委員, 日本学術振興会
Apr, 2019 - Present

評議員, 日本メディカルAI学会
2017 - Present

副代表, ライフインテリジェンスコンソーシアム（LINC）
Apr, 2014 - Present

Board member, Chem-Bio Informatics Society
Mar, 2023 - Mar, 2024

計算科学研究センターアドバイザリー・カウンシル, 国立研究開発法人理化学研究所
May, 2021 - Apr, 2022

ナショナルバイオリソースプロジェクト課題評価委員会委員, 国立遺伝学研究所ＮＢＲＰ事務局
Apr, 2017 - Mar, 2020

統合化推進プログラム研究アドバイザー, JSTバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
Apr, 2015 - Mar, 2016

分野別専門委員, 日本生物物理学会
Apr, 2007 - Mar, 2009

評議員, 日本バイオインフォマティクス学会
新学術領域研究専門委員会委員, 文部科学省
評価専門調査会「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」フォローアップ検討会委員, 内閣府総合科学技術・イノベーション会議
「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」評価検討会委員, 内閣府
課題評価委員, 日本医療研究開発機構 (AMED)
科学研究費委員会専門委員（第二段審査）, 日本学術振興会

Awards

Feb, 2020

Japan Open Innovation Prize（JOIP）
Jun, 2000

Research Career Development Fellowship, Wellcome Trust
Oct, 1996

Long-Term fellowship, HFSP (Human Frontier Science Program)

Papers

180

Galectin-10 in serum extracellular vesicles reflects asthma pathophysiology

Hanako Yoshimura, Yoshito Takeda, Yuya Shirai, Makoto Yamamoto, Daisuke Nakatsubo, Saori Amiya, Takatoshi Enomoto, Reina Hara, Yuichi Adachi, Ryuya Edahiro …

Journal of Allergy and Clinical Immunology, Mar, 2024 Peer-reviewed
Structural and accessibility studies highlight the differential binding of clemizole to TRPC5 and TRPC6

Uzma Saqib, Isaac S. Demaree, Alexander G. Obukhov, Mirza S. Baig, Mohd Shahnawaz Khan, Nojood Altwaijry, Mochammad Arfin Fardiansyah Nasution, Kenji Mizuguchi, Krishnan Hajela

Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Jan 27, 2024 Peer-reviewed
Idiopathic pulmonary fibrosis-specific Bayesian network integrating extracellular vesicle proteome and clinical information

Mei Tomoto, Yohei Mineharu, Noriaki Sato, Yoshinori Tamada, Mari Nogami-Itoh, Masataka Kuroda, Jun Adachi, Yoshito Takeda, Kenji Mizuguchi, Atsushi Kumanogoh …

Scientific Reports, 14(1), Jan 15, 2024 Peer-reviewed
Impact of Hydrogen Bonding on P-Glycoprotein Efflux Transport as Revealed by Evaluation of a De Novo Prediction Model

Yulong Gou, Suyong Re, Kenji Mizuguchi, Chioko Nagao

ACS Medicinal Chemistry Letters, Dec 21, 2023 Peer-reviewed
Attention network for predicting T-cell receptor–peptide binding can associate attention with interpretable protein structural properties

Kyohei Koyama, Kosuke Hashimoto, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi

Frontiers in Bioinformatics, 3, Dec 18, 2023 Peer-reviewed
Association of skeletal muscle function, quantity, and quality with gut microbiota in Japanese adults: A cross-sectional study.

Chiharu Iwasaka, Hinako Nanri, Takashi Nakagata, Harumi Ohno, Kumpei Tanisawa, Kana Konishi, Haruka Murakami, Koji Hosomi, Jonguk Park, Yosuke Yamada …

Geriatrics & gerontology international, Dec 14, 2023 Peer-reviewed
Effects of energy loads on energy and nutrient absorption rates and gut microbiome in humans: A randomized crossover trial

Eiichi Yoshimura, Yuka Hamada, Yoichi Hatamoto, Takashi Nakagata, Hinako Nanri, Yui Nakayama, Takanori Hayashi, Ippei Suzuki, Takafumi Ando, Kazuko Ishikawa‐Takata …

Obesity, Nov 5, 2023 Peer-reviewed
Changes in Fecal Gut Microbiome of Home Healthcare Patients with Disabilities through Consumption of Malted Rice Amazake

Suzumi Kageyama, Rikako Inoue, Jonguk Park, Koji Hosomi, Hitomi Yumioka, Tomo Suka, Kazuaki Teramoto, A. Yasmin Syauki, Miki Doi, Haruka Sakaue …

Physiological Genomics, Sep 11, 2023 Peer-reviewed
Ramen Consumption and Gut Microbiota Diversity in Japanese Women: Cross-Sectional Data from the NEXIS Cohort Study

Jonguk Park, Hiroto Bushita, Ayatake Nakano, Ai Hara, Hiroshi M. Ueno, Naoki Ozato, Koji Hosomi, Hitoshi Kawashima, Yi-An Chen, Attayeb Mohsen …

Microorganisms, 11(8) 1892-1892, Jul 26, 2023 Peer-reviewed
Gut microbiota alternation with training periodization and physical fitness in Japanese elite athletes

Nobuhiko Akazawa, Mariko Nakamura, Nobuhiko Eda, Haruka Murakami, Takashi Nakagata, Hinako Nanri, Jonguk Park, Koji Hosomi, Kenji Mizuguchi, Jun Kunisawa …

Frontiers in Sports and Active Living, 5, Jul 14, 2023 Peer-reviewed
DruMAP: A Novel Drug Metabolism and Pharmacokinetics Analysis Platform

Hitoshi Kawashima, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Masataka Kuroda, Chioko Nagao, Yayoi Natsume-Kitatani, Rikiya Ohashi, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Journal of Medicinal Chemistry, Jul 14, 2023 Peer-reviewed
Predicting thrombotic cardiovascular outcomes induced by waterpipe-associated chemicals using comparative toxicogenomic database: Genes, phenotypes, and pathways

Ahmed B. Alarabi, Attayab Mohsen, Ziyad Ben Taleb, Kenji Mizuguchi, Fatima Z. Alshbool, Fadi T. Khasawneh

Life Sciences, 323 121694-121694, Jun, 2023 Peer-reviewed
Evidence-Based Prediction of Cellular Toxicity for Amorphous Silica Nanoparticles

Martin, Reiko Watanabe, Kosuke Hashimoto, Kazuma Higashisaka, Yuya Haga, Yasuo Tsutsumi, Kenji Mizuguchi

ACS Nano, May 30, 2023 Peer-reviewed
Characteristic Gut Bacteria in High Barley Consuming Japanese Individuals without Hypertension

Satoko Maruyama, Tsubasa Matsuoka, Koji Hosomi, Jonguk Park, Mao Nishimura, Haruka Murakami, Kana Konishi, Motohiko Miyachi, Hitoshi Kawashima, Kenji Mizuguchi …

Microorganisms, 11(5), May 9, 2023 Peer-reviewed
Integration of pharmacoproteomic and computational approaches reveals the cellular signal transduction pathways affected by apatinib in gastric cancer cell lines

Yosui Nojima, Masahiko Aoki, Suyong Re, Hidekazu Hirano, Yuichi Abe, Ryohei Narumi, Satoshi Muraoka, Hirokazu Shoji, Kazufumi Honda, Takeshi Tomonaga …

Computational and Structural Biotechnology Journal, Mar, 2023 Peer-reviewed
RDFization of Interview Forms for Effective Use of Pharmaceutical Documents

Nagao Chioko, Kamada Mayumi, Nakatsui Masahiko, Fukagawa Akiko, Katayama Toshiaki, Kawashima Shuichi, Mizuguchi Kenji, Abe Rika

Japanese Journal of Drug Informatics, 24(4) 187-195, Feb 28, 2023 Peer-reviewed
DLiP-PPI library: An integrated chemical database of small-to-medium-sized molecules targeting protein–protein interactions

Kazuyoshi Ikeda, Yuta Maezawa, Tomoki Yonezawa, Yugo Shimizu, Toshiyuki Tashiro, Satoru Kanai, Nobuyoshi Sugaya, Yoshiaki Masuda, Naoko Inoue, Tatsuya Niimi …

Frontiers in Chemistry, 10, Jan 9, 2023 Peer-reviewed
Prediction of the Contribution Ratio of a Target Metabolic Enzyme to Clearance from Chemical Structure Information

Reiko Watanabe, Toshio Kawata, Shinya Ueda, Takumi Shinbo, Mitsuo Higashimori, Yayoi Natsume-Kitatani, Kenji Mizuguchi

Molecular Pharmaceutics, Dec 20, 2022 Peer-reviewed
Identification of Human Gut Microbiome Associated with Enterolignan Production

Kento Sawane, Koji Hosomi, Jonguk Park, Kouta Ookoshi, Hinako Nanri, Takashi Nakagata, Yi-An Chen, Attayeb Mohsen, Hitoshi Kawashima, Kenji Mizuguchi …

Microorganisms, 10(11) 2169-2169, Oct 31, 2022 Peer-reviewed
Structural dynamics of the N‐terminal SH2 domain of PI3K in its free and CD28‐bound states

Yuhi Hosoe, Yohei Miyanoiri, Suyong Re, Saki Ochi, Yuya Asahina, Toru Kawakami, Masataka Kuroda, Kenji Mizuguchi, Masayuki Oda

The FEBS Journal, 290(9) 2366-2378, Oct 25, 2022 Peer-reviewed

Misc.

The Trends and Future Prospective of In Silico Models from the Viewpoint of ADME Evaluation in Drug Discovery

Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Kenji Mizuguchi

Pharmaceutics, 15(11) 2619-2619, Nov 12, 2023 Peer-reviewedInvited
ナノ粒子をより安全に設計するための新手法 ──ナノ粒子の安全性に革命を： AI が拓く未来

MARTIN, 渡邉怜子, 水口賢司

化学, 78(11) 27-30, Nov, 2023 Invited
「新薬創出を加速する人工知能の開発」 IPF患者臨床データから創薬標的への知識処理

伊藤眞里, 武田吉人, 黒田正孝, 荒牧英治, 黒橋禎夫, 武田理宏, 梁川雅弘, 富山憲幸, 松村泰志, 足立淳 …

日本呼吸器学会誌, 12(増刊) 293-293, Mar, 2023
Recent developments of sequence-based prediction of protein-protein interactions.

Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi

Biophysical reviews, 1-19, Dec 24, 2022 Peer-reviewedInvited
「新薬創出を加速する人工知能の開発」特発性肺線維症臨床情報収集と創薬標的探索手法の構築

伊藤眞里, 黒田正孝, 夏目やよい, 武田吉人, 武田理宏, 松村泰志, 黒橋禎夫, 荒牧英治, 北村英也, 小倉高志 …

医療情報学連合大会論文集, 42回 1067-1069, Nov, 2022
臨床データの匿名加工情報作成に向けた検討新薬創出を加速する人工知能の開発におけるデータ利用促進に向けて

黒田正孝, 伊藤眞里, 夏目やよい, 鎌田英世, 深川明子, 武田吉人, 武田理宏, 松村泰志, 北村英也, 丹羽崇 …

医療情報学連合大会論文集, 42回 1070-1072, Nov, 2022
AIサイエンスによるがん研究の臨床応用と創薬にむけて新薬創出を加速させるAIの開発(Developing AI to accelerate drug target discovery)

夏目やよい, 伊藤眞里, 武田吉人, 足立淳, 黒橋禎夫, 荒牧英治, 武田理宏, 水口賢司, 熊ノ郷淳, 上田修功

日本癌学会総会記事, 81回 S1-2, Sep, 2022
Utilizing public and private sector data to build better machine learning models for the prediction of pharmacokinetic parameters.

Masataka Kuroda, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Drug discovery today, 103339-103339, Aug 13, 2022 Peer-reviewed
Construction of the platform to explore drug target for IPF in Public/Private R&D Investment Strategic Expansion PrograM（PRISM）

Nakamura Yoshinori, Kitamura Hideya, Ogura Takashi, Natsume-Kitatani Yayoi, Mizuguchi Kenji

MEDCHEM NEWS, 32(3) 119-123, Aug 1, 2022
Discovery of biological knowledge using TargetMine

278(6) 641-645, Aug 7, 2021
A public–private partnership to enrich the development of in silico predictive models for pharmacokinetic and cardiotoxic properties

Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Masataka Kuroda, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Kenji Mizuguchi

Drug Discovery Today, Jan, 2021 Peer-reviewed
The importance of data in accelerating the drug discovery process using artificial intelligence (AI)

274(9) 838-842, Aug 29, 2020
【人工知能(AI)技術のヘルスケア利活用】新薬創出を加速するAIの開発

夏目やよい, 水口賢司

Precision Medicine, 3(5) 410-413, May, 2020
【イメージング時代の構造生命科学細胞の動態、膜のないオルガネラ、分子の構造変化をトランススケールに観る】(第4章)活用可能なデータベースとプラットフォーム対象タンパク質を理解するための有用なデータベース

長尾知生子, 水口賢司

実験医学, 38(5) 897-901, Mar, 2020
コンピュータサイエンスの応用異なるデータベースの有機的統合と医療への応用

藤原大, 水口賢司

Lung Perspectives, 27(3) 205-208, Aug, 2019
創薬インフォマティクス人工知能による創薬ターゲットの同定―“新薬創出を加速する人工知能の開発”プロジェクトの現状と課題

野島陽水, 水口賢司

医学のあゆみ, 268(12) 988-991, Mar, 2019
Data Warehousing with TargetMine for Omics Data Analysis

Yi-An Chen, Lokesh P. Tripathi, Kenji Mizuguchi

Methods in Molecular Biology, 35-64, 2019
Network-Based Analysis of Host-Pathogen Interactions

Lokesh P. Tripathi, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi, Eiji Morita

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 932, 2019 Peer-reviewed
Network-Based Analysis for Biological Discovery

Lokesh P. Tripathi, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi, Yoichi Murakami

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 283, 2019 Peer-reviewed
Integrative Analysis of Multi-Omics Data

Lokesh P. Tripathi, Tsuyoshi Esaki, Mari N. Itoh, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 194, 2019 Peer-reviewed

Books and Other Publications

健康と疾患を制御する精密栄養学 : 「何を、いつ、どう食べるか?」に、食品機能の解析と個人差を生む分子メカニズムの解明から迫る

陳怡安, 朴鐘旭, 水口賢司 (Role: Contributor, マイクロバイオーム統合データベース構築支援ツールMANTAの開発と応用)

羊土社, Jun 5, 2023 (ISBN: 9784758104111)
ケモインフォマティクスにおけるデータ収集の最適化と解析手法

村上洋一, 長尾知生子, 水口賢司 (Role: Contributor, 創薬研究に有用なデータベースとその活用のポイント)

技術情報協会, Apr, 2023 (ISBN: 9784861049446)
革新的AI創薬 : 医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像

夏目やよい, 水口賢司 (Role: Contributor, 生命情報科学からのAI創薬)

エヌ・ティー・エス, Jul, 2022 (ISBN: 9784860437886)
創薬研究のための相互作用解析パーフェクト : 低中分子・抗体創薬におけるスクリーニング戦略と実例、in silico解析、一歩進んだ分析技術まで

長尾知生子, 李秀栄, 水口賢司 (Role: Contributor, 創薬分野におけるAIの活用)

羊土社, Dec, 2021 (ISBN: 9784758122566)
Protein Interactions: Computational Methods, Analysis and Applications

Arina Afanasyeva, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi (Role: Contributor, Chapter 10: Docking algorithms and scoring functions)

World Scientific, Mar, 2020
人と共生するAI革命 : 活用事例からみる生活・産業・社会の未来展望

江崎剛史, 渡邉怜子, 夏目やよい, 伊藤眞里, 長尾知生子, 川島和, 水口賢司 (Role: Contributor, AI活用による薬物動態予測システムの開発)

エヌ・ティー・エス, Jun, 2019 (ISBN: 9784860436087)
IT・ビッグデータと薬学 : 創薬・医薬品適正使用への活用

(Role: Contributor)

日本学術協力財団, 2019
マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集

渡邉怜子, 江崎剛史, 夏目やよい, 佐藤朋広, 長尾知生子, 川島和, 水口賢司 (Role: Contributor, 薬物動態・毒性予測のためのデータベースと創薬)

技術情報協会, Jan, 2019 (ISBN: 9784861047329)
iｎｓｉｌｉｃｏ創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

村上洋一, 水口賢司 (Role: Contributor, in silico を用いたタンパク質間相互作用(PPI)の網羅的解析と創薬応用)

技術情報協会, Jan, 2018 (ISBN: 9784861046889)
次世代アジュバント開発のためのメカニズム解明と安全性評価

夏目やよい, 水口賢司 (Role: Contributor, アジュバントデータベースとバイオマーカー)

シーエムシー出版, Mar, 2017 (ISBN: 9784781312385)
生命科学から創薬へのイノベーション

水口賢司 (Role: Contributor, 計算生物学によるシステムの理解から創薬へ)

南山堂, Oct, 2014 (ISBN: 9784525134518)
Pharmaceutical data mining : approaches and applications for drug discovery

Munazah Andrabi, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi, Shandar Ahmad (Role: Contributor, Bioinformatics Approaches for Analysis of Protein-Ligand Interactions)

Wiley, Dec, 2009 (ISBN: 9780470196083)
コンピューターで薬を創ろう

水口賢司 (Role: Contributor, 創薬バリューチェーンのとりくみ)

ケイ・ディー・ネオブック, 化学同人 (発売), Jun, 2009 (ISBN: 9784759803471)
Computational biology : new research

Shirai, H, Mizuguchi, K, Kuroda, D, Nakamaura, H, Soga, S, Kobori, M. Hirayama, N (Role: Contributor, Protein bioinformatics for drug discovery =concavity druggability and antibody druggability=)

Nova Science Publishers, 2009 (ISBN: 9781606920404)
タンパク質結晶の新展開 : 新しい育成技術から構造解析・応用研究へ

水口賢司, 長尾知生子 (Role: Contributor, タンパク質立体構造のモデリング)

シーエムシー出版, May, 2008 (ISBN: 9784781300245)
Encyclopedia of genetics, genomics, proteomics and bioinformatics

MIZUGUCHI Kenji (Role: Contributor, Modelling by homology)

J. Wiley, 2005 (ISBN: 9780470849743)
Protein structure prediction : bioinformatic approach

Miguel R.N, Shi J, Mizuguchi K (Role: Contributor, Protein fold recognition and comparative modelling using HOMSTRAD, JOY and FUUGE)

International University Line, 2002 (ISBN: 096368177X)

Presentations

116

ナノ粒子の安全性予測

The 144th Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan, Mar 30, 2024 Invited
Data integration and curation as a basis for Artificial Intelligence-based drug discovery

Kenji Mizuguchi

23rd Annual Conference of the Life Science Association of Chinese in Japan, Jan 20, 2024, Life Science Association of Chinese in Japan Invited
AI創薬の基礎としてのデータベースと多面的モデリング

水口賢司

令和5年度第2回産学官連携情報交流セミナー, Dec 18, 2023, 大阪府・PMKイニシアティブ Invited
データ統合と多面的モデリングによるAI創薬

The 51st Annual Meeting of the Japanese Society of Clinical Immunology, Oct 6, 2023 Invited
DruMAP : a Novel Drug Metabolism and Pharmacokinetics Analysis Platform

Kenji Mizuguchi

2023 International Joint Meeting of the 23rd International Conference on Cytochrome P450 and the 38th Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics [2023 ICCP450/JSSX], Sep 29, 2023, The Japanese Society for the Study of Xenobiotics (JSSX) Invited
データ駆動型と原理ベース型モデリングの融合によるAI 創薬

Jun 1, 2023 Invited
AlphaFold時代のライフサイエンス

Digital Health Seminar, Mar 20, 2023 Invited
Data integration for drug discovery

IPR x RIKEN (BDR) Symposium 2023 Dive into Data of Life, Feb 21, 2023 Invited
AI 創薬におけるデータ統合

Kenji Mizuguchi

Feb 4, 2023 Invited
Towards new modalities in drug discovery with AI-based modeling

Kenji Mizuguchi

IPR Seminar: Frontier of Dynamic Structural Biology, Oct 18, 2022 Invited
AI platform development at ArCHER

Jul 7, 2022 Invited
AI創薬の基盤とデータ統合

水口賢司

構造活性フォーラム2022, Jun 3, 2022, 日本薬学会構造活性相関部会 Invited
DruMAP: a novel drug metabolism and pharmacokinetics analysis platform

Accelerate Vigyan Sponsored High End Workshop on Artificial Intelligence in Drug Discovery: Quickening the Pace from Bench to Bedside, May 25, 2022 Invited
計算生物学からAI創薬へ

水口賢司

第１回ADS研究報告会, Mar 10, 2022, 東京情報大学先端データ科学研究センター Invited
計算生物学の創薬応用

水口賢司

R022 量子構造生物学委員会第4回研究会, Dec 23, 2021 Invited
コンピュータ、AIと創薬

水口賢司

日本薬学会関西支部市民公開講座Web配信 Invited
バイオ・ケモインフォマティクスの応用：コンピュータ創薬を例として

水口賢司

ライフサイエンス技術部会材料分科会勉強会, Nov 26, 2021 Invited
薬物動態統合解析プラットフォームDruMAP

Nov 12, 2021 Invited
Towards better explanation and generalization in computational drug discovery

Aug 31, 2021
AI創薬に向けたデータ統合

水口賢司

創薬懇話会 2021 in 京都, Jun 25, 2021 Invited

Teaching Experience

2023 - Present

A Door to Academia (Osaka University)
2022 - Present

基盤物理化学特論I (京都大学大学院薬学研究科)
Apr, 2021 - Present

Bio/Chemoinformatics (Osaka University, Graduate School of Science)
2021 - Present

生物科学特論F3 (大阪大学大学院理学研究科)
2021 - Present

蛋白質構造化学 (大阪大学大学院生命機能研究科)
2014 - Present

Biochemistry (Faculty of Medicine, The University of Tokushima)
2016 - 2023

医薬基盤科学特別講義 (大阪大学大学院薬学研究科)
2015 - 2021

バイオインフォマティクス理論 (Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Kyoto University)
2020

Special Lectures on Protein Informatics B (Osaka University, Institute for Protein Research)
2007

農学生命情報科学特論I (東京大学大学院農学生命科学研究科)
2004 - 2006

Master’s programme in Computational Biology (Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics, University of Cambridge)
2002 - 2006

Postgraduate methodology course (Molecular biology and biochemistry in the post-genomic research era): "Bioinformatics modeling and computational biochemistry" (Department of Biochemistry, University of Cambridge)
2000 - 2006

The Natural Sciences Tripos (undergraduate), Part II (third year) Biochemistry core course lectures: "bioinformatics" (Department of Biochemistry, University of Cambridge)
2003 - 2005

MSc in Bioinformatics (module “Protein, Structure, Prediction and Modelling”). Lecture and practical (March 2003, March 2004, March 2005) (School of Information Systems and School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich)
2004 - 2004

MRC Rosalind Franklin Centre for Genomics Research Protein Structure Prediction course, Cambridge (Dec 2004)
2003 - 2003

Inter-University Master’s course in Bioinformatics. Lecture and practical (Nov 2003, Jan 2003) (Université Libre de Bruxelles)
2000 - 2000

Lecture “Fold recognition and comparative modeling” (Oct 2000) (BBSRC Bioinformatics Summer School, Hinxton, Genome Campus)

Professional Memberships

Research Projects

静的局所環境の学習によるタンパク質動的構造情報の抽出

科学研究費助成事業基盤研究(B), 基盤研究(B), 日本学術振興会, Apr, 2022 - Mar, 2025

水口賢司, 織田昌幸, 李秀栄
International research project on nucleic acid aptamers and their exosome-based application to therapeutics for synucleinopathy

Grants-in-Aid for Scientific Research Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B)), Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B)), Japan Society for the Promotion of Science, Oct, 2020 - Mar, 2023
Improved identification of drug targets by data warehousing and simulations of signal transduction pathways

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2017 - Mar, 2020

Mizuguchi Kenji
Drug discovery in breast cancer utilizing reactivation of tumor suppressors

Grants-in-Aid for Scientific Research Challenging Research (Exploratory), Challenging Research (Exploratory), Japan Society for the Promotion of Science, Jun, 2017 - Mar, 2019

KATAGIRI Toyomasa, YOSHIMARU Tetsuro, MATSUSHITA Yosuke, ONO Masaya, MUZUGUCHI Kenji, OTAKA Akira
Clarification of novel pathophysiological roles of BIG3 in breast cancer cells

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2016 - Mar, 2019

KATAGIRI Toyomasa, YOSHIMARU Tetsuro, MATSUSHITA Yosuke, ONO Masaya, MUZUGUCHI Kenji, OTAKA Akira
Examination of regulatory network profiles for gene expression of intestinal epithelial barrier dysfunction in aging

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2016 - Mar, 2019

PARK Eun Jeong, KIYONO Hiroshi, MIZUGUCHI Kenji
多階層データの統合モデリングによる薬物動態予測システムの構築

創薬支援推進事業, 日本医療研究開発機構, 2015 - 2019

水口賢司
革新的技術に裏打ちされた有効かつ安全な次世代アジュバント開発

創薬基盤推進研究事業, 日本医療研究開発機構, 2017 - 2018

米田悦啓 , 石井健
創薬を指向したタンパク質の結合部位予測アルゴリズムの開発

国際交流事業二国間交流事業（スロベニアとの共同研究）, 日本学術振興会, 2016 - 2018

水口賢司
食‐腸‐医をつなぐ生活習慣病の新規メカニズムの解明と腸内細菌叢やその代謝物に着目した病態制御法の開発

循環器疾患・糖尿病等生活習慣病対策実用化研究事業, 日本医療研究開発機構, 2016 - 2018

村上晴香
生活習慣病やアレルギー疾患の新しい予防法確立に資する健康な日本人の腸管免疫と腸内細菌データベースの構築に関する疫学研究

科学研究費補助金, 疾病・障害対策研究分野循環器疾患・糖尿病等生活習慣病対策総合研究, 厚生労働省, 2015 - 2018

宮地元彦
アジュバント安全性評価データベースの構築研究

創薬基盤推進研究事業, 創薬基盤推進研究事業, 2012 - 2017

米田悦啓
Drug development and biological function study of novel estrogen receptor activity modulator BIG3 protein

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2013 - Mar, 2016

KATAGIRI Toyomasa, MIZUGUCHI Kenji, YOSHIMARU Tetsuro, MIYOSHI Yasuo
Development of a target discovery platform by integrating data warehousing and protein function prediction

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2013 - Mar, 2016

Mizuguchi Kenji, MURAKAMI Yoichi
創薬支援のためのバイオリソースデータベースのネットワーク整備と政策・倫理課題に関する研究

科学研究費補助金, 厚生科学基盤研究分野創薬基盤推進研究, 厚生労働省, 2013 - 2016

増井徹
化粧品等のＱＳＡＲ／ｉｎｓｉｌｉｃｏ／インフォマテクス技術等の安全性評価応用に関する調査研究

科学研究費補助金, 行政政策研究分野地球規模保健課題推進研究（地球規模保健課題推進研究）, 厚生労働省, 2013 - 2014

石田誠一
ヒトES/iPS細胞の実用化における幹細胞バンクの基盤整備についての研究

科学研究費補助金, 厚生科学基盤研究分野再生医療実用化研究, 厚生労働省, 2011 - 2014

古江美保
疾患関連タンパク質における機能決定アミノ酸残基の予測

科学研究費助成事業特別研究員奨励費, 特別研究員奨励費, 日本学術振興会, 2011 - 2013

水口賢司, DESSAILLY Benoit Hugues, DESSAILLY BenoitHugues
疾患研究のための生物資源の所在情報データベース等の構築と維持と関連する政策・倫理課題の研究

科学研究費補助金, 厚生科学基盤研究分野創薬基盤推進研究（創薬総合推進研究）, 厚生労働省, 2010 - 2013

増井徹
国際バリューチェインによる創薬ターゲットタンパク質の阻害剤開発プログラム

知的クラスター創生事業（第Ⅱ期）, 広域化プログラム, 文部科学省, 2007 - 2012

水口賢司

Industrial Property Rights

WO2018-092907 エピトープ均質化抗体パネル、ならびにその作製方法および利用

近藤裕郷, 鎌田春彦, 永田諭志, 水口賢司, 村上洋一, 津本浩平, 秋葉宏樹
特許第5930266号遺伝子絞り込み装置、遺伝子絞り込み方法、及びコンピュータプログラム

水口賢司, 陳怡安, ロケシュ・パティ・テリパチ
特開2012-069104 遺伝子絞り込み装置、遺伝子絞り込み方法、及びコンピュータプログラム

水口賢司, 陳怡安, ロケシュ・パティ・テリパチ

Media Coverage

α-アミノ酸合成法開発中分子ペプチド薬の創出へ九大などグループ

薬事日報, 8面, Apr 13, 2022 Newspaper, magazine
「創薬標的候補の探索成功臨床情報DBをAIで解析 PRISM研究チーム」

薬事日報 8面, Jul 30, 2021
「創薬AIオープン基盤医薬健栄研・理研年度末に運用間質性肺炎薬で成果」

日刊工業新聞, Jul 20, 2021 Newspaper, magazine
「AI×iPS＝新薬候補時間大幅短縮・ALS 治療に期待」

読売新聞, Nov, 2020 Newspaper, magazine
「創薬 AI が実用化段階に、製薬企業の利用促進へ基盤研など、来年度からオープンプラットフォーム運用開始」

日刊薬業, Sep, 2020 Newspaper, magazine
「創薬標的探索へ大規模 DB 特発性肺線維症の層別化も」

薬事日報, Jul, 2020 Newspaper, magazine
「LINC に厚労大臣賞新薬開発過程を AI 化オープンイノベ大賞」

薬事日報, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「データの統合・整備と人材育成を推進 AI 健康・医薬研究センター」

日刊薬業, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「基盤研の AI 研究センター創薬プロセスでプロジェクト進行」

リスファクス, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「公知データ統合に注力 AI センター発足でシンポ」

薬事日報, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「創薬ターゲット探索に AI で挑む第 2 回日本メディカル AI 学会の話題から」

週刊医学会新聞, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「運動・睡眠に続け、AI と量子コンピューターで挑む「人に寄り添う」新領域」

日経 TECH 記者の眼, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「腸内細菌データベースを拡大へ、健康増進・予防に期待、栄養研」

共同通信, Jan, 2020 Newspaper, magazine
「腸内細菌の情報収集拡大、健康増進・病気予防に期待栄養研」

メディファクス, Jan, 2020 Newspaper, magazine
「腸内細菌情報収集拡大へ」

日本経済新聞, Jan, 2020 Newspaper, magazine
「ライフインテリジェンスコンソーシアム（LINC）AIを組み合わせて創薬のコスト削減と開発期間短縮をめざす」

最新医療経営PHASE3, Nov, 2019 Newspaper, magazine
「AI創薬コスト半減」

日本経済新聞, Oct, 2019 Newspaper, magazine
「100社で挑む創薬AI、初の商用化事例を披露するも課題は山積み」

日経TECHニュース解説, Oct, 2019 Newspaper, magazine
「AI創薬の異業種連携進む‐十分なデータ確保に課題ライフインテリジェンスコンソーシアム」

薬事日報, Oct, 2019 Newspaper, magazine
「基盤研や富士通九州の創薬支援システム、明薬も参画」

リスファクス, Oct, 2019 Newspaper, magazine

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