Kenji Mizuguchi

Profile Information

Affiliation: Director, Artificial Intelligence Center for Health and Biomedical Research, National Institutes of Biomedical Innovation,Health and Nutrition
: Professor, Institute for Protein Research, Osaka University

Degree: PhD(1995, Kyoto University)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-3021-7078
J-GLOBAL ID: 201801006061159734
researchmap Member ID: B000298855

External link: https://mizuguchilab.org

Research Interests

Research Areas

Research History

Oct, 2019 - Present

Professor, Institute for Protein Research, Osaka University
Jul, 2019 - Present

Director, Artificial Intelligence Center for Health and Biomedical Research, National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
Oct, 2006 - Present

Research Group Head, Laboratory of Bioinformatics, National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition
Oct, 2004 - Sep, 2006

Lecturer, Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics, University of Cambridge
Jun, 2000 - Sep, 2006

Research Group Head, Department of Biochemistry, University of Cambridge
Oct, 1998 - May, 2000

Postdoctoral Research Associate, Department of Biochemistry, University of Cambridge
Oct, 1996 - Sep, 1998

HFSP Long-term Fellow, Department of Biochemistry, University of Cambridge
Sep, 1995 - Sep, 1996

Visiting Scientist, Department of Crystallography, Birkbeck, University of London

Education

Apr, 1992 - Jul, 1995

Department of Chemistry, Kyoto University
Apr, 1990 - Mar, 1992

Department of Chemistry, Kyoto University
Apr, 1986 - Mar, 1990

Faculty of Science, Kyoto University

Committee Memberships

Apr, 2021 - Present

幹事、第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）大会長, 日本バイオインフォマティクス学会
Apr, 2020 - Present

R022 量子構造生物学委員会学会委員, 日本学術振興会
Apr, 2019 - Present

評議員, 日本メディカルAI学会
2017 - Present

副代表, ライフインテリジェンスコンソーシアム（LINC）
Apr, 2014 - Present

Board member, Chem-Bio Informatics Society
May, 2021 - Apr, 2022

ナショナルバイオリソースプロジェクト課題評価委員会委員, 国立遺伝学研究所ＮＢＲＰ事務局
Apr, 2017 - Mar, 2020

統合化推進プログラム研究アドバイザー, JSTバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
Apr, 2015 - Mar, 2016

分野別専門委員, 日本生物物理学会
Apr, 2007 - Mar, 2009

評議員, 日本バイオインフォマティクス学会
新学術領域研究専門委員会委員, 文部科学省
評価専門調査会「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」フォローアップ検討会委員, 内閣府総合科学技術・イノベーション会議
「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」評価検討会委員, 内閣府
課題評価委員, 日本医療研究開発機構 (AMED)
科学研究費委員会専門委員（第二段審査）, 日本学術振興会

Awards

Feb, 2020

第2回日本イノベーション大賞厚生労働大臣賞, 内閣府

ライフインテリジェンスコンソーシアム, 副代表として
Jun, 2000

Research Career Development Fellowship, Wellcome Trust
Oct, 1996

Long-Term fellowship, HFSP (Human Frontier Science Program)

Papers

185

Recent developments of sequence-based prediction of protein-protein interactions.

Yoichi Murakami, Kenji Mizuguchi

Biophysical reviews, 1-19, Dec 24, 2022
Prediction of the Contribution Ratio of a Target Metabolic Enzyme to Clearance from Chemical Structure Information

Reiko Watanabe, Toshio Kawata, Shinya Ueda, Takumi Shinbo, Mitsuo Higashimori, Yayoi Natsume-Kitatani, Kenji Mizuguchi

Molecular Pharmaceutics, Dec 20, 2022 Peer-reviewed
Identification of Human Gut Microbiome Associated with Enterolignan Production

Kento Sawane, Koji Hosomi, Jonguk Park, Kouta Ookoshi, Hinako Nanri, Takashi Nakagata, Yi-An Chen, Attayeb Mohsen, Hitoshi Kawashima, Kenji Mizuguchi, Motohiko Miyachi, Jun Kunisawa

Microorganisms, 10(11) 2169-2169, Oct 31, 2022 Peer-reviewed
Structural dynamics of the N‐terminal SH2 domain of PI3K in its free and CD28‐bound states

Yuhi Hosoe, Yohei Miyanoiri, Suyong Re, Saki Ochi, Yuya Asahina, Toru Kawakami, Masataka Kuroda, Kenji Mizuguchi, Masayuki Oda

The FEBS Journal, Oct 25, 2022 Peer-reviewed
Oral administration of Blautia wexlerae ameliorates obesity and type 2 diabetes via metabolic remodeling of the gut microbiota

Koji Hosomi, Mayu Saito, Jonguk Park, Haruka Murakami, Naoko Shibata, Masahiro Ando, Takahiro Nagatake, Kana Konishi, Harumi Ohno, Kumpei Tanisawa, Attayeb Mohsen, Yi-An Chen, Hitoshi Kawashima, Yayoi Natsume-Kitatani, Yoshimasa Oka, Hidenori Shimizu, Mari Furuta, Yoko Tojima, Kento Sawane, Azusa Saika, Saki Kondo, Yasunori Yonejima, Haruko Takeyama, Akira Matsutani, Kenji Mizuguchi, Motohiko Miyachi, Jun Kunisawa

Nature Communications, 13(1) 4477-4477, Aug 18, 2022 Peer-reviewed
TargetMine 2022: A new vision into drug target analysis.

Yi-An Chen, Rodolfo S Allendes Osorio, Kenji Mizuguchi

Bioinformatics (Oxford, England), Jul 27, 2022 Peer-reviewed
Integrative Network Modeling Highlights the Crucial Roles of Rho-GDI Signaling Pathway in the Progression of Non-Small Cell Lung Cancer.

Saransh Gupta, Haswanth Vundavilli, Rodolfo S Allendes Osorio, Mari N Itoh, Attayeb Mohsen, Aniruddha Datta, Kenji Mizuguchi, Lokesh P Tripathi

IEEE journal of biomedical and health informatics, PP, Jul 12, 2022 Peer-reviewed
Snaq: A Dynamic Snakemake Pipeline for Microbiome Data Analysis With QIIME2

Attayeb Mohsen, Yi-An Chen, Rodolfo S. Allendes Osorio, Chihiro Higuchi, Kenji Mizuguchi

Frontiers in Bioinformatics, 2, Jul 1, 2022 Peer-reviewed
Dietary Vitamin B1 Intake Influences Gut Microbial Community and the Consequent Production of Short-Chain Fatty Acids.

Jonguk Park, Koji Hosomi, Hitoshi Kawashima, Yi-An Chen, Attayeb Mohsen, Harumi Ohno, Kana Konishi, Kumpei Tanisawa, Masako Kifushi, Masato Kogawa, Haruko Takeyama, Haruka Murakami, Tetsuya Kubota, Motohiko Miyachi, Jun Kunisawa, Kenji Mizuguchi

Nutrients, 14(10), May 16, 2022 Peer-reviewed
Co-expression analysis to identify key modules and hub genes associated with COVID-19 in platelets

Ahmed B. Alarabi, Attayeb Mohsen, Kenji Mizuguchi, Fatima Z. Alshbool, Fadi T. Khasawneh

BMC Medical Genomics, 15(1), Apr, 2022 Peer-reviewed
Altered gut microbiota and its association with inflammation in patients with chronic thromboembolic pulmonary hypertension: a single-center observational study in Japan

Yumiko Ikubo, Takayuki Jujo Sanada, Koji Hosomi, Jonguk Park, Akira Naito, Hiroki Shoji, Tomoko Misawa, Rika Suda, Ayumi Sekine, Toshihiko Sugiura, Ayako Shigeta, Hinako Nanri, Seiichiro Sakao, Nobuhiro Tanabe, Kenji Mizuguchi, Jun Kunisawa, Takuji Suzuki, Koichiro Tatsumi

BMC Pulmonary Medicine, 22(1), Apr, 2022 Peer-reviewed
Data-driven patient stratification and drug target discovery by using medical information and serum proteome data of idiopathic pulmonary fibrosis patients

Yayoi Natsume-Kitatani, Mari N Itoh, Yoshito Takeda, Masataka Kuroda, Haruhiko Hirata, Kohtaro Miyake, Takayuki Shiroyama, Yuya Shirai, Yoshimi Noda, Yuichi Adachi, Takatoshi Enomoto, Saori Amiya, Jun Adachi, Ryohei Narumi, Satoshi Muraoka, Takeshi Tomonaga, Sadao Kurohashi, Fei Cheng, Ribeka Tanaka, Shuntaro Yada, Eiji Aramaki, Shoko Wakamiya, Yi-An Chen, Chihiro Higuchi, Yosui Nojima, Takeshi Fujiwara, Chioko Nagao, Yasushi Matsumura, Kenji Mizuguchi, Atsushi Kumanogoh, Naonori Ueda

Mar 29, 2022
Classification of the Occurrence of Dyslipidemia Based on Gut Bacteria Related to Barley Intake

Satoko Maruyama, Tsubasa Matsuoka, Koji Hosomi, Jonguk Park, Mao Nishimura, Haruka Murakami, Kana Konishi, Motohiko Miyachi, Hitoshi Kawashima, Kenji Mizuguchi, Toshiki Kobayashi, Tadao Ooka, Zentaro Yamagata, Jun Kunisawa

Frontiers in Nutrition, 9, Mar 24, 2022 Peer-reviewed
α-Amino acid and peptide synthesis using catalytic cross-dehydrogenative coupling

Taro Tsuji, Kayoko Hashiguchi, Mana Yoshida, Tetsu Ikeda, Yunosuke Koga, Yusaku Honda, Tsukushi Tanaka, Suyong Re, Kenji Mizuguchi, Daisuke Takahashi, Ryo Yazaki, Takashi Ohshima

Nature Synthesis, 1(4) 304-312, Mar 14, 2022 Peer-reviewed
Temporal dynamics from phosphoproteomics using endoscopic biopsy specimens provides new therapeutic targets in stage IV gastric cancer

Hidekazu Hirano, Yuichi Abe, Yosui Nojima, Masahiko Aoki, Hirokazu Shoji, Junko Isoyama, Kazufumi Honda, Narikazu Boku, Kenji Mizuguchi, Takeshi Tomonaga, Jun Adachi

Scientific Reports, 12(1), Mar, 2022 Peer-reviewed
Relationships between barley consumption and gut microbiome characteristics in a healthy Japanese population: a cross-sectional study

Tsubasa Matsuoka, Koji Hosomi, Jonguk Park, Yuka Goto, Mao Nishimura, Satoko Maruyama, Haruka Murakami, Kana Konishi, Motohiko Miyachi, Hitoshi Kawashima, Kenji Mizuguchi, Toshiki Kobayashi, Hiroshi Yokomichi, Jun Kunisawa, Zentaro Yamagata

BMC Nutrition, 8(1) 23-23, Mar, 2022 Peer-reviewed
The Gut Microbiome as a Biomarker of Cancer Progression Among Female Never-smokers With Lung Adenocarcinoma

TAKEHIRO OTOSHI, TATSUYA NAGANO, JONGUK PARK, KOJI HOSOMI, TOMOYA YAMASHITA, MOTOKO TACHIHARA, TOKIKO TABATA, REINA SEKIYA, YUGO TANAKA, KAZUYUKI KOBAYASHI, KENJI MIZUGUCHI, TOMOO ITOH, YOSHIMASA MANIWA, JUN KUNISAWA, YOSHIHIRO NISHIMURA

Anticancer Research, 42(3) 1589-1598, Mar, 2022 Peer-reviewed
Group IIA secreted phospholipase A2 controls skin carcinogenesis and psoriasis by shaping the gut microbiota

Yoshimi Miki, Yoshitaka Taketomi, Yuh Kidoguchi, Kei Yamamoto, Kazuaki Muramatsu, Yasumasa Nishito, Jonguk Park, Koji Hosomi, Kenji Mizuguchi, Jun Kunisawa, Tomoyoshi Soga, Eric Boilard, Siddabasave Gowda B. Gowda, Kazutaka Ikeda, Makoto Arita, Makoto Murakami

JCI Insight, 7(2), Jan 25, 2022 Peer-reviewed
Selective covalent targeting of SARS-CoV-2 main protease by enantiopure chlorofluoroacetamide

Daiki Yamane, Satsuki Onitsuka, Suyong Re, Hikaru Isogai, Rui Hamada, Tadanari Hiramoto, Eiji Kawanishi, Kenji Mizuguchi, Naoya Shindo, Akio Ojida

Chemical Science, 13(10) 3027-3034, 2022 Peer-reviewed
Flavivirus recruits the valosin-containing protein (VCP)/NPL4 complex to induce stress granule disassembly for efficient viral genome replication

Masashi Arakawa, Keisuke Tabata, Kotaro Ishida, Makiko Kobayashi, Arisa Arai, Tomohiro Ishikawa, Ryosuke Suzuki, Hiroaki Takeuchi, Lokesh P. Tripathi, Kenji Mizuguchi, Eiji Morita

Journal of Biological Chemistry, 101597-101597, Jan, 2022 Peer-reviewed

Misc.

Utilizing public and private sector data to build better machine learning models for the prediction of pharmacokinetic parameters.

Masataka Kuroda, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi

Drug discovery today, 103339-103339, Aug 13, 2022
Construction of the platform to explore drug target for IPF in Public/Private R&D Investment Strategic Expansion PrograM（PRISM）

Nakamura Yoshinori, Kitamura Hideya, Ogura Takashi, Natsume-Kitatani Yayoi, Mizuguchi Kenji

MEDCHEM NEWS, 32(3) 119-123, Aug 1, 2022
Discovery of biological knowledge using TargetMine

278(6) 641-645, Aug 7, 2021
A public–private partnership to enrich the development of in silico predictive models for pharmacokinetic and cardiotoxic properties

Hiroshi Komura, Reiko Watanabe, Hitoshi Kawashima, Rikiya Ohashi, Masataka Kuroda, Tomohiro Sato, Teruki Honma, Kenji Mizuguchi

Drug Discovery Today, Jan, 2021 Peer-reviewed
The importance of data in accelerating the drug discovery process using artificial intelligence (AI)

274(9) 838-842, Aug 29, 2020
【人工知能(AI)技術のヘルスケア利活用】新薬創出を加速するAIの開発

夏目やよい, 水口賢司

Precision Medicine, 3(5) 410-413, May, 2020
【イメージング時代の構造生命科学細胞の動態、膜のないオルガネラ、分子の構造変化をトランススケールに観る】(第4章)活用可能なデータベースとプラットフォーム対象タンパク質を理解するための有用なデータベース

長尾知生子, 水口賢司

実験医学, 38(5) 897-901, Mar, 2020
コンピュータサイエンスの応用異なるデータベースの有機的統合と医療への応用

藤原大, 水口賢司

Lung Perspectives, 27(3) 205-208, Aug, 2019
創薬インフォマティクス人工知能による創薬ターゲットの同定―“新薬創出を加速する人工知能の開発”プロジェクトの現状と課題

野島陽水, 水口賢司

医学のあゆみ, 268(12) 988-991, Mar, 2019
Data Warehousing with TargetMine for Omics Data Analysis

Yi-An Chen, Lokesh P. Tripathi, Kenji Mizuguchi

Methods in Molecular Biology, 35-64, 2019
Network-Based Analysis of Host-Pathogen Interactions

Lokesh P. Tripathi, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi, Eiji Morita

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 932, 2019 Peer-reviewed
Network-Based Analysis for Biological Discovery

Lokesh P. Tripathi, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi, Yoichi Murakami

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 283, 2019 Peer-reviewed
Integrative Analysis of Multi-Omics Data

Lokesh P. Tripathi, Tsuyoshi Esaki, Mari N. Itoh, Yi-An Chen, Kenji Mizuguchi

Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology, 194, 2019 Peer-reviewed
人工知能(AI)と小児医療創薬とファーマコゲノミクス

藤原大, 水口賢司

小児内科, 51(1) 103-106, Jan, 2019
【情報システム】インタラクトームレベルのデータセットを用いたタンパク質間相互作用予測とその応用

村上洋一, 水口賢司

東京情報大学研究論集, 22(1) 63-74, Oct, 2018
プレシジョンメディシンと創薬 5 創薬における計算機の果たす役割―プレシジョンメディシンに向けて―

長尾知生子, 夏目やよい, 水口賢司

月刊Precision Medicine, 1(1) 28-31, Oct, 2018
人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション 1.序文～LINCの設立とAI創薬～

奥野恭史, 水口賢司, 本間光貴

医薬ジャーナル, 54(9) 2015-2017, Sep, 2018
産学連携コンソーシアムLINC(Life Intelligence Consortium)

Honma T, Mizuguchi K

faruaw, 54(9) 870-874, 2018
Generating Hypotheses for Biological Mechanisms Using Molecular Dynamics Simulations Can Promote Interdisciplinary Studies

Tsuchiya Y, Mizuguchi K

Journal of the Japan Society for Simulation Technology, 36(3) 139-144, Sep, 2017
Network analysis and in silico prediction of protein-protein interactions with applications in drug discovery

Yoichi Murakami, Lokesh P. Tripathi, Philip Prathipati, Kenji Mizuguchi

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY, 44 134-142, Jun, 2017 Peer-reviewed

Books and Other Publications

革新的AI創薬 : 医療ビッグデータ、人工知能がもたらす創薬研究の未来像

夏目やよい, 水口賢司 (Role: Contributor, 生命情報科学からのAI創薬)

エヌ・ティー・エス, Jul, 2022 (ISBN: 9784860437886)
創薬研究のための相互作用解析パーフェクト : 低中分子・抗体創薬におけるスクリーニング戦略と実例、in silico解析、一歩進んだ分析技術まで

長尾知生子, 李秀栄, 水口賢司 (Role: Contributor, 創薬分野におけるAIの活用)

羊土社, Dec, 2021 (ISBN: 9784758122566)
Protein Interactions: Computational Methods, Analysis and Applications

Arina Afanasyeva, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi (Role: Contributor, Chapter 10: Docking algorithms and scoring functions)

World Scientific, Mar, 2020
人と共生するAI革命 : 活用事例からみる生活・産業・社会の未来展望

江崎剛史, 渡邉怜子, 夏目やよい, 伊藤眞里, 長尾知生子, 川島和, 水口賢司 (Role: Contributor, AI活用による薬物動態予測システムの開発)

エヌ・ティー・エス, Jun, 2019 (ISBN: 9784860436087)
IT・ビッグデータと薬学 : 創薬・医薬品適正使用への活用

(Role: Contributor)

日本学術協力財団, 2019
マテリアルズ・インフォマティクスによる材料開発と活用集

渡邉怜子, 江崎剛史, 夏目やよい, 佐藤朋広, 長尾知生子, 川島和, 水口賢司 (Role: Contributor, 薬物動態・毒性予測のためのデータベースと創薬)

技術情報協会, Jan, 2019 (ISBN: 9784861047329)
iｎｓｉｌｉｃｏ創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

村上洋一, 水口賢司 (Role: Contributor, in silico を用いたタンパク質間相互作用(PPI)の網羅的解析と創薬応用)

技術情報協会, Jan, 2018 (ISBN: 9784861046889)
次世代アジュバント開発のためのメカニズム解明と安全性評価

夏目やよい, 水口賢司 (Role: Contributor, アジュバントデータベースとバイオマーカー)

シーエムシー出版, Mar, 2017 (ISBN: 9784781312385)
生命科学から創薬へのイノベーション

水口賢司 (Role: Contributor, 計算生物学によるシステムの理解から創薬へ)

南山堂, Oct, 2014 (ISBN: 9784525134518)
Pharmaceutical data mining : approaches and applications for drug discovery

Munazah Andrabi, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi, Shandar Ahmad (Role: Contributor, Bioinformatics Approaches for Analysis of Protein-Ligand Interactions)

Wiley, Dec, 2009 (ISBN: 9780470196083)
コンピューターで薬を創ろう

水口賢司 (Role: Contributor, 創薬バリューチェーンのとりくみ)

ケイ・ディー・ネオブック, 化学同人 (発売), Jun, 2009 (ISBN: 9784759803471)
Computational biology : new research

Shirai, H, Mizuguchi, K, Kuroda, D, Nakamaura, H, Soga, S, Kobori, M. Hirayama, N (Role: Contributor, Protein bioinformatics for drug discovery =concavity druggability and antibody druggability=)

Nova Science Publishers, 2009 (ISBN: 9781606920404)
タンパク質結晶の新展開 : 新しい育成技術から構造解析・応用研究へ

水口賢司, 長尾知生子 (Role: Contributor, タンパク質立体構造のモデリング)

シーエムシー出版, May, 2008 (ISBN: 9784781300245)
Encyclopedia of genetics, genomics, proteomics and bioinformatics

MIZUGUCHI Kenji (Role: Contributor, Modelling by homology)

J. Wiley, 2005 (ISBN: 9780470849743)
Protein structure prediction : bioinformatic approach

Miguel R.N, Shi J, Mizuguchi K (Role: Contributor, Protein fold recognition and comparative modelling using HOMSTRAD, JOY and FUUGE)

International University Line, 2002 (ISBN: 096368177X)

Presentations

107

Towards new modalities in drug discovery with AI-based modeling

Kenji Mizuguchi

IPR Seminar: Frontier of Dynamic Structural Biology, Oct 18, 2022 Invited
AI platform development at ArCHER

Jul 7, 2022 Invited
AI創薬の基盤とデータ統合

水口賢司

構造活性フォーラム2022, Jun 3, 2022, 日本薬学会構造活性相関部会 Invited
DruMAP: a novel drug metabolism and pharmacokinetics analysis platform

Accelerate Vigyan Sponsored High End Workshop on Artificial Intelligence in Drug Discovery: Quickening the Pace from Bench to Bedside, May 25, 2022 Invited
計算生物学からAI創薬へ

水口賢司

第１回ADS研究報告会, Mar 10, 2022 Invited
計算生物学の創薬応用

水口賢司

R022 量子構造生物学委員会第4回研究会, Dec 23, 2021
コンピュータ、AIと創薬

水口賢司

日本薬学会関西支部市民公開講座Web配信 Invited
バイオ・ケモインフォマティクスの応用：コンピュータ創薬を例として

水口賢司

ライフサイエンス技術部会材料分科会勉強会, Nov 26, 2021 Invited
薬物動態統合解析プラットフォームDruMAP

Nov 12, 2021 Invited
Towards better explanation and generalization in computational drug discovery

Aug 31, 2021
AI創薬に向けたデータ統合

水口賢司

創薬懇話会 2021 in 京都, Jun 25, 2021 Invited
AI-driven drug discovery

Kenji Mizuguchi

Jun 23, 2021 Invited
Data integration and AI-driven drug discovery

Kenji Mizuguchi

「Pharmaceutical Sciences in a Pandemic World」, Jun 3, 2021 Invited
AI創薬に向けた多角的アプローチ

水口賢司

第17回日本臨床プロテオゲノミクス研究会, May 29, 2021 Invited
ヘルスケア分野におけるデータ活用と診断への応用

水口賢司

バイオグリッド研究会2021 パネルディスカッション, May 22, 2021 Invited
AI創薬におけるデータベースの役割

水口賢司

第23回IPSN講演会, Mar 31, 2021 Invited
コンピュータ、AIと創薬

水口賢司

第13回ケムステVシンポジウム, Dec 18, 2020 Invited
ライフインテリジェンスコンソーシアム（LINC）における創薬医療 AI の開発－創薬テーマ創出から臨床への橋渡しと知識ベース－イントロダクション

水口賢司

CBI学会2020年大会, Oct 28, 2020 Invited
バイオサイエンスデータベース、10年の軌跡とこれから

水口賢司

トーゴーの日シンポジウム2020, Oct 5, 2020 Invited
創薬支援のための統合データベース

水口賢司

2020年日本バイオインフォマティクス学会年会第９回生命医薬情報学連合大会IIBMP2020, Sep 3, 2020 Invited

Teaching Experience

Apr, 2021 - Present

Bio/Chemoinformatics (Osaka University, Graduate School of Science)
2016 - Present

医薬基盤科学特別講義 (大阪大学大学院薬学研究科)
2015 - Present

バイオインフォマティクス理論 (京都大学大学院薬学研究科)
2014 - Present

生化学 (徳島大学医学部)
2021

蛋白質構造化学 (大阪大学大学院生命機能研究科)
2020

Special Lectures on Protein Informatics B (Osaka University, Institute for Protein Research)
2007

農学生命情報科学特論I (東京大学大学院農学生命科学研究科)
2004 - 2005

Master’s programme in Computational Biology (Department of Applied Mathematics and Theoretical Physics, University of Cambridge)
2002 - 2005

Postgraduate methodology course (Molecular biology and biochemistry in the post-genomic research era): "Bioinformatics modeling and computational biochemistry" (Department of Biochemistry, University of Cambridge)
2000 - 2005

The Natural Sciences Tripos (undergraduate), Part II (third year) Biochemistry core course lectures: "bioinformatics" (Department of Biochemistry, University of Cambridge)

Professional Memberships

Research Projects

International research project on nucleic acid aptamers and their exosome-based application to therapeutics for synucleinopathy

Grants-in-Aid for Scientific Research Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B)), Japan Society for the Promotion of Science, Oct, 2020 - Mar, 2023
Improved identification of drug targets by data warehousing and simulations of signal transduction pathways

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2017 - Mar, 2020
Drug discovery in breast cancer utilizing reactivation of tumor suppressors

Grants-in-Aid for Scientific Research Challenging Research (Exploratory), Japan Society for the Promotion of Science, Jun, 2017 - Mar, 2019

KATAGIRI Toyomasa, YOSHIMARU Tetsuro, MATSUSHITA Yosuke, ONO Masaya, MUZUGUCHI Kenji, OTAKA Akira
Clarification of novel pathophysiological roles of BIG3 in breast cancer cells

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2016 - Mar, 2019

KATAGIRI Toyomasa, YOSHIMARU Tetsuro, MATSUSHITA Yosuke, ONO Masaya, MUZUGUCHI Kenji, OTAKA Akira
Examination of regulatory network profiles for gene expression of intestinal epithelial barrier dysfunction in aging

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2016 - Mar, 2019

PARK Eun Jeong, KIYONO Hiroshi, MIZUGUCHI Kenji
多階層データの統合モデリングによる薬物動態予測システムの構築

創薬支援推進事業, 日本医療研究開発機構, 2015 - 2019

水口賢司
革新的技術に裏打ちされた有効かつ安全な次世代アジュバント開発

創薬基盤推進研究事業, 日本医療研究開発機構, 2017 - 2018

米田悦啓 , 石井健
創薬を指向したタンパク質の結合部位予測アルゴリズムの開発

国際交流事業二国間交流事業（スロベニアとの共同研究）, 日本学術振興会, 2016 - 2018

水口賢司
食‐腸‐医をつなぐ生活習慣病の新規メカニズムの解明と腸内細菌叢やその代謝物に着目した病態制御法の開発

循環器疾患・糖尿病等生活習慣病対策実用化研究事業, 日本医療研究開発機構, 2016 - 2018

村上晴香
生活習慣病やアレルギー疾患の新しい予防法確立に資する健康な日本人の腸管免疫と腸内細菌データベースの構築に関する疫学研究

科学研究費補助金, 厚生労働省, 2015 - 2018

宮地元彦
アジュバント安全性評価データベースの構築研究

創薬基盤推進研究事業, 創薬基盤推進研究事業, 2012 - 2017

米田悦啓
Drug development and biological function study of novel estrogen receptor activity modulator BIG3 protein

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2013 - Mar, 2016

KATAGIRI Toyomasa, MIZUGUCHI Kenji, YOSHIMARU Tetsuro, MIYOSHI Yasuo
Development of a target discovery platform by integrating data warehousing and protein function prediction

Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2013 - Mar, 2016

Mizuguchi Kenji, MURAKAMI Yoichi
創薬支援のためのバイオリソースデータベースのネットワーク整備と政策・倫理課題に関する研究

科学研究費補助金, 厚生労働省, 2013 - 2016

増井徹
化粧品等のＱＳＡＲ／ｉｎｓｉｌｉｃｏ／インフォマテクス技術等の安全性評価応用に関する調査研究

科学研究費補助金, 厚生労働省, 2013 - 2014

石田誠一
ヒトES/iPS細胞の実用化における幹細胞バンクの基盤整備についての研究

科学研究費補助金, 厚生労働省, 2011 - 2014

古江美保
疾患関連タンパク質における機能決定アミノ酸残基の予測

科学研究費助成事業特別研究員奨励費, 日本学術振興会, 2011 - 2013

水口賢司, DESSAILLY Benoit Hugues, DESSAILLY BenoitHugues
疾患研究のための生物資源の所在情報データベース等の構築と維持と関連する政策・倫理課題の研究

科学研究費補助金, 厚生労働省, 2010 - 2013

増井徹
国際バリューチェインによる創薬ターゲットタンパク質の阻害剤開発プログラム

知的クラスター創生事業（第Ⅱ期）, 文部科学省, 2007 - 2012

水口賢司
タンパク質のネットワーク分子機能予測による創薬ターゲット同定手法の開発

産業技術研究助成事業, NEDO, 2007 - 2011

水口賢司

Industrial Property Rights

WO2018-092907 エピトープ均質化抗体パネル、ならびにその作製方法および利用

近藤裕郷, 鎌田春彦, 永田諭志, 水口賢司, 村上洋一, 津本浩平, 秋葉宏樹
特許第5930266号遺伝子絞り込み装置、遺伝子絞り込み方法、及びコンピュータプログラム

水口賢司, 陳怡安, ロケシュ・パティ・テリパチ
特開2012-069104 遺伝子絞り込み装置、遺伝子絞り込み方法、及びコンピュータプログラム

水口賢司, 陳怡安, ロケシュ・パティ・テリパチ

Media Coverage

α-アミノ酸合成法開発中分子ペプチド薬の創出へ九大などグループ

薬事日報, 8面, Apr 13, 2022 Newspaper, magazine
「創薬標的候補の探索成功臨床情報DBをAIで解析 PRISM研究チーム」

薬事日報 8面, Jul 30, 2021
「創薬AIオープン基盤医薬健栄研・理研年度末に運用間質性肺炎薬で成果」

日刊工業新聞, Jul 20, 2021 Newspaper, magazine
「AI×iPS＝新薬候補時間大幅短縮・ALS 治療に期待」

読売新聞, Nov, 2020 Newspaper, magazine
「創薬 AI が実用化段階に、製薬企業の利用促進へ基盤研など、来年度からオープンプラットフォーム運用開始」

日刊薬業, Sep, 2020 Newspaper, magazine
「創薬標的探索へ大規模 DB 特発性肺線維症の層別化も」

薬事日報, Jul, 2020 Newspaper, magazine
「LINC に厚労大臣賞新薬開発過程を AI 化オープンイノベ大賞」

薬事日報, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「データの統合・整備と人材育成を推進 AI 健康・医薬研究センター」

日刊薬業, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「基盤研の AI 研究センター創薬プロセスでプロジェクト進行」

リスファクス, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「公知データ統合に注力 AI センター発足でシンポ」

薬事日報, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「創薬ターゲット探索に AI で挑む第 2 回日本メディカル AI 学会の話題から」

週刊医学会新聞, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「運動・睡眠に続け、AI と量子コンピューターで挑む「人に寄り添う」新領域」

日経 TECH 記者の眼, Feb, 2020 Newspaper, magazine
「腸内細菌データベースを拡大へ、健康増進・予防に期待、栄養研」

共同通信, Jan, 2020 Newspaper, magazine
「腸内細菌の情報収集拡大、健康増進・病気予防に期待栄養研」

メディファクス, Jan, 2020 Newspaper, magazine
「腸内細菌情報収集拡大へ」

日本経済新聞, Jan, 2020 Newspaper, magazine
「ライフインテリジェンスコンソーシアム（LINC）AIを組み合わせて創薬のコスト削減と開発期間短縮をめざす」

最新医療経営PHASE3, Nov, 2019 Newspaper, magazine
「AI創薬コスト半減」

日本経済新聞, Oct, 2019 Newspaper, magazine
「100社で挑む創薬AI、初の商用化事例を披露するも課題は山積み」

日経TECHニュース解説, Oct, 2019 Newspaper, magazine
「AI創薬の異業種連携進む‐十分なデータ確保に課題ライフインテリジェンスコンソーシアム」

薬事日報, Oct, 2019 Newspaper, magazine
「基盤研や富士通九州の創薬支援システム、明薬も参画」

リスファクス, Oct, 2019 Newspaper, magazine

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