山岸賢司 (Kenji YAMAGISHI) - マイポータル

基本情報

所属: 日本大学工学部生命応用化学科准教授

学位: 博士（理学）(立教大学)

研究者番号: 90460021
J-GLOBAL ID: 201101030615310924
researchmap会員ID: 6000029358

研究キーワード

研究分野

経歴

委員歴

2017年4月 - 現在

CBI（情報計算化学生物）学会, CBIジャーナル編集員
2015年12月 - 現在

CBI（情報計算化学生物）学会, 年大会プログラム委員
2013年10月 - 2014年10月

日本コンピュータ化学会, ２０１４秋季年会実行委員

論文

核酸アプタマーとターゲットの相互作用の熱力学的解析

山岸賢司, 坂本泰一

熱測定 50(3) 96-102 2023年7月査読有り筆頭著者
Phylogenetic trees of closely related bacterial species and subspecies based on frequencies of short nucleotide sequences

Yoshio Nakano, Yusaku Domon, Kenji Yamagishi

PLOS ONE 18(4) e0268847-e0268847 2023年4月20日査読有り最終著者
計算化学手法を用いた抗体に結合する RNA アプタマーの分子認識機構の解明

山岸賢司

月刊「細胞」 715 58-61 2021年12月20日招待有り筆頭著者責任著者
分子シミュレーション解析を用いた抗体に結合するRNAアプタマーの結合機構の解明

山岸賢司

アグリバイオ (67) 86-90 2021年9月22日招待有り筆頭著者
Synthesis and evaluation of (S)-5′-C-aminopropyl and (S)-5′-C-aminopropyl-2′-arabinofluoro modified DNA oligomers for novel RNase H-dependent antisense oligonucleotides

Yujun Zhou, Ryohei Kajino, Seiichiro Ishii, Kenji Yamagishi, Yoshihito Ueno

RSC Adv. 10 41901-41914 2020年11月査読有り
Binding interaction analysis of RNA aptamer-Fc region of human immunoglobulin G using fragment molecular orbital calculation

Hisae Yoshida, Koki Sato, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi

Chemical Physics Letters 738 136854-136854 2020年1月査読有り責任著者
分子動力学計算によるRNAアプタマーとヒト抗体の複合体形成におけるCa2+の役割の解析

石井清一郎, 関口真裕, 吉田尚恵, 増川恵介, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

日本コンピュータ化学会誌 18(5) 208-210 2019年12月査読有り責任著者
Synthesis and characterization of small interfering RNAs with haloalkyl groups at their 3′-dangling ends

Akash Chandela, Taeko Watanabe, Kenji Yamagishi, Yoshihito Ueno

Bioorganic & Medicinal Chemistry 27(7) 1341-1349 2019年4月1日査読有り
Synthesis and Biophysical Characterization of RNAs Containing (R)- and (S)-5′-C-Aminopropyl-2′-O-methyluridines

Ryohei Kajino, Yusuke Maeda, Hisae Yoshida, Kenji Yamagishi, Yoshihito Ueno

The Journal of Organic Chemistry 84 3388-3404 2019年2月査読有り
Synthesis of 4′-C-aminoalkyl-2′-O-methyl modified RNA and their biological properties

Kana Koizumi, Yusuke Maeda, Toshifumi Kano, Hisae Yoshida, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi, Yoshihito Ueno

Bioorganic and Medicinal Chemistry 26(12) 3521-3534 2018年7月23日査読有り
Selective release of miRNAs via extracellular vesicles is associated with house-dust mite allergen-induced airway inflammation

Y. Gon, S. Maruoka, T. Inoue, K. Kuroda, K. Yamagishi, Y. Kozu, S. Shikano, K. Soda, J. Lotvall, S. Hashimoto

CLINICAL AND EXPERIMENTAL ALLERGY 47(12) 1586-1598 2017年12月査読有り
Quantitative Determination of Glycine, Alanine, Aspartic Acid, Glutamic Acid, Phenylalanine, and Tryptophan by Raman Spectroscopy

Yasushi Numata, Maria Otsuka, Kenji Yamagishi, Hiroyuki Tanaka

ANALYTICAL LETTERS 50(4) 651-662 2017年査読有り
Gene expression analysis in airway-secreting extracellular vesicles upon house dust mite exposure

Yasuhiro Gon, Shuichiro Maruoka, Toshio Inoue, Kenji Mizumura, Kazumichi Kuroda, Yoshihito Fukano, Kenji Yamagishi, Eriko Tsuboi, Shu Hashimoto

Allergology International 65 S53-S55 2016年9月1日査読有り
Exosomal messenger RNAs in the airway are potential biomarkers for acute lung injury in mice

Sotaro Shikano, Toshio Inoue, Shuichiro Maruoka, Yasuhiro Gon, Kazumichi Kuroda, Kenji Yamagishi, Kaori Soda, Eriko Tsuboi, Ikuko Takeshita, Shu Hashimoto

European Respipatory Journal 2015.PA3873 2015年9月査読有り
創薬を視野に入れた呼吸器疾患の病態解明 -細胞外顆粒内RNA情報の臨床応用-

権寧博, 丸岡秀一郎, 黒田和道, 山岸賢司, 橋本修

呼吸と循環 63(6) 541-546 2015年6月査読有り招待有り
Protein stabilization utilizing a redefined codon

Kazumasa Ohtake, Atsushi Yamaguchi, Takahito Mukai, Hiroki Kashimura, Nobutaka Hirano, Mitsuru Haruki, Sosuke Kohashi, Kenji Yamagishi, Kazutaka Murayama, Yuri Tomabechi …

SCIENTIFIC REPORTS 5 9762 2015年5月査読有り
RNA-Sequence Analysis by Next-Generation Sequencer for the Early Diagnosis of Respiratory Disease

Yoshihito FUKANO, Yuki MIYAZAWA, Taiju MIKOSHI, Toshio INOUE, Shuuichirou MARUOKA, Kazumichi KURODA, Yasuhiro GON, Shu HASHIMOTO, Kenji YAMAGISHI

J. Comput. Chem. Jpn 13(6) 332 2015年1月査読有り招待有り責任著者
Establishment of Next-Generation Sequencer Data Analysis Methods and Exploration of Novel Gene Candidates

Yuki Miyazawa, Yoshihito Fukano, Taiju Mikoshi, Toshio Inoue, Syuichirou Maruoka, Kazumichi Kuroda, Gon Yasuhiro, Shu Hashimoto, Kenji Yamagishi

JCCJ 13(6) 310 2014年12月30日査読有り責任著者
Structural Stability of Halogenated Protein: Fragment Molecular Orbital Study

Jumpei Takanohashi, Sousuke Kohashi, Takeshi Ishikawa, Kensaku Sakamoto, Kenji Yamagishi

J. Comput. Chem. Jpn 13(6) 308 2014年12月査読有り招待有り責任著者
RNA-seqに対するNGSデータ解析プログラムの開発

見越大樹, 深野義人, 宮澤由妃, 山岸賢司

日本コンピュータ化学会誌 13(6) 299 2014年12月査読有り責任著者

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MISC

Phylogenetic trees of closely related bacterial species and subspecies based on frequencies of short nucleotide sequences

Yoshio Nakano, Yusaku Domon, Kenji Yamagishi

BioRxiv 2022年5月
計算化学によるRNAアプタマーと標的タンパク質との分子間相互作用解析

山岸賢司

アグリバイオ 48 58-62 2020年5月29日査読有り招待有り筆頭著者
RNAアプタマーの分子認識メカニズムの解明

山岸賢司

月刊「細胞」 692 45-47 2020年4月23日査読有り招待有り筆頭著者
計算化学を用いたRNAアプタマーの分子設計手法の確立に向けて

山岸賢司・吉田尚恵

SAR News 38 9-17 2020年4月1日査読有り招待有り筆頭著者
ヒト免疫グロブリンに対するRNAアプタマーの構造および動力学に関する理論的研究

吉田尚恵, 吉田尚恵, 関口真裕, 秋田一雅, 猪股恵美礼, 石川岳志, 坂本泰一, 山岸賢司

化学系学協会東北大会プログラムおよび講演予稿集 2017 2017年
気道分泌型エクソソーム

権寧博, 丸岡秀一郎, 黒田和道, 深野義人, 山岸賢司, 橋本修

臨床免疫・アレルギー科 64(5) 495-500 2015年
ラット好塩基球様細胞株RBL-2H3の脱顆粒に及ぼすミルク由来ペプチドの影響

岡本威明, 田中守, 山岸賢司, 菅原卓也

一般社団法人日本家政学会研究発表要旨集 64 2012年
トリプトファン誘導体のIDO転写調節に及ぼすインドール環上の電荷密度の影響

岡本威明, 山岸賢司, 麻生琴未, 山倉文幸, 常盤広明, 刀祢重信, 日高和夫

川崎医学会誌一般教養篇 (35) 1-9 2010年1月30日
Development and its Application of in silico Drug Design Based on Ab initio Docking Method

Sayaka Motoyoshi, Kenji Yamagishi, Sachiko Yamada, Hiroaki Tokiwa

YAKUGAKU ZASSHI 128(3) 207-208-208 2008年8月
Quantitative Structure-Activity Relationship Analysis for HIV-1 PR Inhibitors including Dynamical Conformation Change

Misato Kawawada, Kenji Yamagishi, Hiroyuki Teramae, Hiroshi Chuman, Hiroaki Tokiwa

YAKUGAKU ZASSHI 124(3) 227-228 2004年11月

書籍等出版物

タンパク質の構造解析手法と In silicoスクリーニングへの応用事例

山岸賢司, 石川岳志 (担当:共著, 範囲:第8節生体分子シミュレーションによる核酸医薬品開発への展開)

技術情報協会 2023年7月 (ISBN: 9784861049712)
mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンへの活用

山岸賢司, 坂本泰一 (担当:共著, 範囲:第6節 RNAの立体構造と計算化学－)

技術情報協会 2023年2月 (ISBN: 9784861049378)
ホットトピックス,「分子シミュレーション解析を用いた機能性核酸分子の設計」

(原著:山岸賢司)

CBI学会 2020年9月1日
化学と工業,「東北支部」郡山地区の化学普及活動

日本化学会 2019年12月
化学現象から学ぶ化学の数学 -基礎から応用まで-

内野智裕, 小林以弦, 沼田靖, 根本修克, 山岸賢司 (担当:共著) (原著:内野智裕,小林以弦,沼田靖,根本修克,山岸賢司)

オーム社 2018年8月 (ISBN: 9784274221927)
「in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術」

山岸賢司, 坂本泰一 (担当:共著, 範囲:第１章３節「In-silicoを用いたタンパク質―アプタマーの相互作用解析と分子設計」) (原著:山岸賢司,坂本泰一)

技術情報協会 2018年1月31日 (ISBN: 9784861046889)
IR分析テクニック事例集～２６０分析事例を解説！～

監修奥村治樹, 分担執筆, 沼田靖, 山岸賢司, 田中裕之 (担当:共著, 範囲:第2部11章10節から12節) (原著:監修奥村治樹, 分担執筆沼田靖、山岸賢司、田中裕之)

技術情報協会 2013年10月21日
国立環境研究所スーパーコンピューター利用研究年報・平成21年度

常盤広明, 青木康展, 山田幸子, 山岸賢司 (担当:共著, 範囲:117-123) (原著:常盤広明, 青木康展, 山田幸子, 山岸賢司)

国立環境研究所 2010年6月

講演・口頭発表等

190

Improvement of binding activity of an aptamer that binds to IgG1 by chemical modification and in silico analysis of dynamics of the aptamer

Akari Endo, Masahiro Sekiguchi, Takeshi Ishikawa, Kenji Yamagishi, Taiichi Sakamoto

XXV International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids（IRT2024）
AML1タンパク質に結合するアプタマーの構造活性相関の研究

隈谷龍成, 田中淳, 坂本泰一, 山岸賢司

日本蛋白質科学会年会
【依頼公演】バイオインフォマティクス手法によるライフサイエンス研究

山岸賢司

第20回RNA工学セミナー（千葉工業大学）
IgG1に対するRNA aptamerとChimera aptamerの構造特性の比較

長谷川拓矢, 阪本智樹, 関口真裕, 石川岳志, 片平正人, 永田崇, 山岸賢司, 坂本泰一

第46回日本分子生物学会
抗体に結合するaptamerの改変体の結合能の解析

遠藤朱梨,関口真裕,阪本智樹,堀内正隆,石川岳志,片平正人,永田崇,山岸賢司,坂本泰一

第46回日本分子生物学会
Conformational behavior, dynamics, and affinity of A18-modified aptamers toward human Immunoglobulin G

Ozora Kudo, Akari Endo, Masahiro Sekiguchi, Azumi ito, Takeshi Ishikawa, Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagishi

CBI学会2023年大会
肝臓免疫細胞におけるVDR依存性の機能発現の解析

槙島誠,梅田香織,山口凉香,山岸賢司

第377回脂溶性ビタミン総合研究委員会 2023年9月15日
Akari Endo, Azumi Ito, Masahiro Sekiguchi, Tomoki Sakamoto, Masato Katahira, Takashi Nagata, Takeshi Ishikawa, Kenji Yamagishi, Taiichi Sakamoto

Effect of modification on, he, amer, ha, IgG, International, Symposium of, Advanced Energy Science

The 14th International Symposium of Advanced Energy Science
抗体に結合するaptamerの改変体の結合能の解析

遠藤朱梨, 伊藤愛純, 関口真裕, 阪本智樹, 片平正人, 永田崇, 石川岳志, 山岸賢司, 坂本泰一

2023年度日本生化学会関東支部例会 2023年6月10日
【依頼講演】計算化学を用いたアプタマーの革新的デザイン技術

山岸賢司

ｲﾉﾍﾞｰｼｮﾝｼﾞｬﾊﾟﾝ／JST事業採択課題展示特別枠 2022年10月招待有り
Conformational behavior and dynamics of G7A mutant IgG-aptamer

Seiichiro Ishii, Ryoji Yamazaki, Oozora Kudo, Taiichi Sakamoto, Takeshi Ishikawa, Kenji Yamagishi

CBI学会2022年大会 2022年10月
Effect of chemical modification on the aptamer that binds to IgG

Azumi Ito, Yuuki Yatabe, Hisae Yoshida, Masahiro Sekiguchi, Kazumasa Akita, Yoshikazu Nakamura, Yusuke Nomura, Takeshi Ishikawa, Kenji Yamagishi, Taiichi Sakamoto

第60回日本生物物理学会年会 2022年9月28日
In silico approach for identification of the thermodynamic profiles of aptamer–IgG binding

Ryoji Yamagzaki,Azumi Ito,Tomoki Sakamoto,Masaki Komine,Takeshi Ishikawa,Masato Katahira,Takashi Nagata,Taiichi Sakamoto, Kenji Yamagihi

第60回日本生物物理学会年会 2022年9月28日
Effect of chemical modification on the aptamer that binds to IgG，Improvement of binding activity by introducing chemical modification to the aptamer that binds to IgG

Azumi Ito, Yuuki Yatabe, Hisae Yoshida, Masahiro Sekiguchi, Kazumasa Akita, Yoshikazu Nakamura, Yusuke Nomura, Takeshi, Ishikawa, Kenji Yamagishi, Taiichi Sakamoto

The 13th International Symposium of Advanced Energy Science 2022年9月
生体分子シミュレーション,ー核酸医薬品開発への展開ー

山岸賢司

第4回ファーマラボEXPO「アカデミックフォーラム」 2022年7月14日
【依頼講演】核酸・タンパク質などの生体高分子の分子シミュレーション

山岸賢司

福島地区・高分子学会東北支部講演会 2022年3月7日招待有り
【依頼講演】RNAの立体構造および相互作用の計算化学

山岸賢司

mRNAターゲット創薬研究機構「2021年度第2回講演会」 2022年2月25日招待有り
RNAアプタマーのDNA置換の物理化学的解析

坂本泰一, 山岸賢司

第44回日本分子生物学会年会「ワークショップ：アプタマー研究の最前線」 2021年12月1日
分子動力学計算による抗体に結合するRNAアプタマーの立体構造解析

山崎凌司,山岸賢司

日本コンピュータ化学会2021年秋季年会 2021年11月3日
【依頼講演】,計算化学を基盤としたアプタマーの論理的な設計指針の確立を目指して

山岸賢司

化学系学協会東北大会 2021年10月2日

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所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

分子シミュレーションによる新規RNAアプタマー設計の基盤技術の構築

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月
計算化学的手法による抗体と糖鎖の相互作用解析

2022年4月 - 2023年3月
計算化学を基盤としたアプタマーの革新的デザイン技術の開発

科学技術振興機構研究成果最適展開支援プログラム（A-step）トライアウトタイプ 2021年5月 - 2022年3月
計算化学手法を用いた新規RNAアプタマー設計手法の開発と応用

日本大学日本大学学術研究助成金 2019年4月 - 2021年3月
RNAアプタマーの分子認識メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月
分子シミュレーション解析によるRNAアプタマーの標的分子認識メカニズムの解明

日本大学日本大学工学部長指定研究費 2018年4月 - 2019年3月
計算化学手法による革新的な抗体精製用RNAアプタマーの開発

科学技術振興機構研究成果展開事業地域産学バリュープログラム 2017年12月 - 2018年11月
計算化学手法を用いた新規RNA アプタマーの設計手法の開発

日本大学日本大学工学部長指定研究費 2017年4月 - 2018年3月
ハロゲン原子の導入によるタンパク質の構造安定化メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(B) 若手研究(B) 2016年4月 - 2018年3月
計算化学手法を用いた新規RNA アプタマーの設計手法の開発

科学技術振興機構研究成果展開事業マッチングプランナープログラム第1回探索試験 2015年10月 - 2016年9月

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産業財産権

特願2015-192288 新規転写産物抽出装置、及び新規転写産物抽出プログラム

山岸賢司、見越大樹、権寧博、橋本修