MISC

2015年3月13日

メモリ効率の良いde novoアセンブリアルゴリズム

研究報告バイオ情報学(BIO)
  • 遠藤 友基
  • ,
  • 外山 史
  • ,
  • 千葉 親文
  • ,
  • 森 博志
  • ,
  • 東海林 健二

2015
6
開始ページ
1
終了ページ
6
記述言語
日本語
掲載種別
出版者・発行元
一般社団法人情報処理学会

本論文では,次世代シーケンサから得られた大量のデータに対して,大規模なゲノムのアセンブリが可能となるように,消費メモリ量の少ない de novo アセンブリアルゴリズムを提案する.実験では,E. coli K-12 strain MG1655 及びヒトの 14 番染色体から得られたリードに対してアセンブリを行った.その結果,本手法は E. coli に対しては従来手法の約 20%,ヒト 14 番染色体に対しては他手法の約 60% の消費メモリ量で de novo アセンブリが可能であることを確認した.In this paper, we propose an algorithm for de novo assembly with lower memory. In our experiments using the E. coli K-12 strain MG 1655, the average maximum memory consumption of the proposed method was approximately 20% of that of the popular assemblers. Moreover, in the experiments using human chromosome 14, the average amount of memory of our method was approximately 60% of that of the popular assemblers.

リンク情報
CiNii Articles
http://ci.nii.ac.jp/naid/110009884011
CiNii Resolver ID
http://ci.nii.ac.jp/nrid/1000070143188

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