東光一 (Koichi Higashi) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所情報研究系　ゲノム進化研究室助教

学位: 博士（理学）(2016年3月東京工業大学)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-8970-2652
J-GLOBAL ID: 202101003643477605
researchmap会員ID: R000030372

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / システムゲノム科学 /

経歴

2021年11月 - 現在

国立遺伝学研究所情報研究系助教
2016年4月 - 2021年10月

国立遺伝学研究所情報研究系特任研究員

受賞

2019年

若手賞日本ゲノム微生物学会
2017年

Best poster award, NIG International Symposium 2017
2015年

手島精一記念研究論文賞

共同受賞

論文

Integrated gut microbiome and metabolome analyses identified fecal biomarkers for bowel movement regulation by Bifidobacterium longum BB536 supplementation: A RCT

Yuya Nakamura, Shinya Suzuki, Shinnosuke Murakami, Yuichiro Nishimoto, Koichi Higashi, Naoki Watarai, Junpei Umetsu, Chiharu Ishii, Yutaro Ito, Yuka Mori, Mamiko Kohno, Takuji Yamada, Shinji Fukuda

Computational and Structural Biotechnology Journal 20 5847-5858 2022年
PZLAST: an ultra-fast sequence similarity search tool implemented on a MIMD processor

Hitoshi Ishikawa, Hiroshi Mori, Koichi Higashi, Yoshiaki Kato, Tomofumi Sakai, Toshikazu Ebisuzaki, Ken Kurokawa

2021 Ninth International Symposium on Computing and Networking (CANDAR) 2021年11月
Key bacterial taxa and metabolic pathways affecting gut short-chain fatty acid profiles in early life

Naoki Tsukuda, Kana Yahagi, Taeko Hara, Yohei Watanabe, Hoshitaka Matsumoto, Hiroshi Mori, Koichi Higashi, Hirokazu Tsuji, Satoshi Matsumoto, Ken Kurokawa, Takahiro Matsuki

The ISME Journal 15(9) 2574-2590 2021年9月
PZLAST: an ultra-fast amino acid sequence similarity search server against public metagenomes

Hiroshi Mori, Hitoshi Ishikawa, Koichi Higashi, Yoshiaki Kato, Toshikazu Ebisuzaki, Ken Kurokawa

Bioinformatics 2021年7月7日
Leaf Bleaching in Rice: A New Disease in Vietnam Caused by Methylobacterium indicum, Its Genomic Characterization and the Development of a Suitable Detection Technique

Khoa Lai, Ngoc Thai Nguyen, Michiko Yasuda, Khondoker M.G. Dastogeer, Atsushi Toyoda, Koichi Higashi, Ken Kurokawa, Nga Thi Thu Nguyen, Ken Komatsu, Shin Okazaki

Microbes and Environments 36(4) 2021年
Aberrant mucosal immunoreaction to tonsillar microbiota in immunoglobulin A nephropathy

Hiroki Yamaguchi, Shin Goto, Nao Takahashi, Masafumi Tsuchida, Hirofumi Watanabe, Suguru Yamamoto, Yoshikatsu Kaneko, Koichi Higashi, Hiroshi Mori, Yukio Nakamura, Arata Horii, Ken Kurokawa, Ichiei Narita

Nephrology Dialysis Transplantation 36(1) 75-86 2021年1月1日
RNA-binding motifs of hnRNP K are critical for induction of antibody diversification by activation-induced cytidine deaminase

Ziwei Yin, Maki Kobayashi, Wenjun Hu, Koichi Higashi, Nasim A. Begum, Ken Kurokawa, Tasuku Honjo

Proceedings of the National Academy of Sciences 117(21) 11624-11635 2020年5月8日
Essential cellular modules for the proliferation of the primitive cell

Koichi Higashi, Yoshikazu Kawai, Tomoya Baba, Ken Kurokawa, Taku Oshima

Geoscience Frontiers 9(4) 1155-1161 2018年7月
Latent environment allocation of microbial community data

Koichi Higashi, Shinya Suzuki, Shin Kurosawa, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Nicola Segata

PLOS Computational Biology 14(6) 2018年6月6日
The Relationship Between Microbial Community Structures and Environmental Parameters Revealed by Metagenomic Analysis of Hot Spring Water in the Kirishima Area, Japan

Eri Nishiyama, Koichi Higashi, Hiroshi Mori, Konomi Suda, Hitomi Nakamura, Soichi Omori, Shigenori Maruyama, Yuichi Hongoh, Ken Kurokawa

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology 6 2018年
Comprehensive microbiome analysis of tonsillar crypts in IgA nephropathy

Hirofumi Watanabe, Shin Goto, Hiroshi Mori, Koichi Higashi, Kazuyoshi Hosomichi, Naotaka Aizawa, Nao Takahashi, Masafumi Tsuchida, Yusuke Suzuki, Takuji Yamada, Arata Horii, Ituro Inoue, Ken Kurokawa, Ichiei Narita

Nephrology Dialysis Transplantation 2016年9月
H-NS Facilitates Sequence Diversification of Horizontally Transferred DNAs during Their Integration in Host Chromosomes

Koichi Higashi, Toru Tobe, Akinori Kanai, Ebru Uyar, Shu Ishikawa, Yutaka Suzuki, Naotake Ogasawara, Ken Kurokawa, Taku Oshima, Meriem El Karoui

PLOS Genetics 12(1) e1005796 2016年1月
Klebsormidium flaccidum genome reveals primary factors for plant terrestrial adaptation

Koichi Hori, Fumito Maruyama, Takatomo Fujisawa, Tomoaki Togashi, Nozomi Yamamoto, Mitsunori Seo, Syusei Sato, Takuji Yamada, Hiroshi Mori, Naoyuki Tajima, Takashi Moriyama, Masahiko Ikeuchi, Mai Watanabe, Hajime Wada, Koichi Kobayashi, Masakazu Saito, Tatsuru Masuda, Yuko Sasaki-Sekimoto, Kiyoshi Mashiguchi, Koichiro Awai, Mie Shimojima, Shinji Masuda, Masako Iwai, Takashi Nobusawa, Takafumi Narise, Satoshi Kondo, Hikaru Saito, Ryoichi Sato, Masato Murakawa, Yuta Ihara, Yui Oshima-Yamada, Kinuka Ohtaka, Masanori Satoh, Kohei Sonobe, Midori Ishii, Ryosuke Ohtani, Miyu Kanamori-Sato, Rina Honoki, Daichi Miyazaki, Hitoshi Mochizuki, Jumpei Umetsu, Kouichi Higashi, Daisuke Shibata, Yuji Kamiya, Naoki Sato, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata, Shigeru Ida, Ken Kurokawa, Hiroyuki Ohta

Nature Communications 5(1) 2014年5月

MISC

MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築

藤澤貴智, 平川英樹, 守屋勇樹, 信定知江, 金谷重彦, 有田正規, 田畑哲之, 磯部祥子, 東光一, 中村保一, 松井求, 山田拓司, 内山郁夫, 黒川顕, 森宙史

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
メタゲノム解析と食品開発への応用について

東光一, 黒川顕

明日の食品産業 2017(7/8) 2017年

書籍等出版物

独習Pythonバイオ情報解析 : Jupyter、NumPy、pandas、Matplotlibを理解し、実装して学ぶシングルセル、RNA-Seqデータ解析

東光一 (担当:分担執筆, 範囲:第10章「シングルセル解析① 〜テーブルデータの前処理」, 第11章「シングルセル解析② 〜次元削減」, 第12章「シングルセル解析③ 〜クラスタリング」, 付録A「NumPy 入門」, 付録B「Scanpy を使ったシングルセル解析」)

羊土社 2021年4月 (ISBN: 9784758122498)
よくわかるバイオインフォマティクス入門

黒川顕, 森宙史, 東光一 (担当:分担執筆, 範囲:９章メタゲノム解析)

講談社 2018年11月 (ISBN: 9784065138212)
NGSアプリケーション : 今すぐ始める!メタゲノム解析実験プロトコール : ヒト常在細菌叢から環境メタゲノムまでサンプル調製と解析のコツ

東光一, 森宙史, 黒川顕 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノムデータの情報解析のオーバービュー)

羊土社 2016年12月 (ISBN: 9784758101974)
難培養微生物研究の最新技術Ⅲ ―微生物の生き様に迫り課題解決へ―

森宙史, 東光一, 山田拓司, 黒川顕 (担当:分担執筆, 範囲:微生物統合データベースによる微生物と環境の研究への貢献)

シーエムシー出版 2015年8月 (ISBN: 9784781310817)

講演・口頭発表等

「Numpy」「Pythonを用いたシングルセルRNA-seq解析」

東光一

2022年度PAGS・DDBJ合同中級者情報解析講習会, 2022年12月15日
「多変量解析１教師なし機械学習」「多変量解析２教師あり機械学習」

東光一

「先進ゲノム支援」情報解析講習会 2019年10月10日
若手賞受賞講演「微生物ゲノムと微生物群集構造の多様性に関する研究」

東光一

第13回日本ゲノム微生物学会年会 2019年3月7日
LEA: a web tool to explore the microbiome universe

Koichi Higashi

The international symposium organized by “Platform for Advanced Genome Science” FRONTIERS OF GENOME SCIENCE 2019年1月10日招待有り
多変量解析① 次元削減とクラスタリング

東光一

「先進ゲノム支援」情報解析講習会 2018年11月21日
Hi-C解析

東光一

NGSハンズオン講習会 2017年9月1日招待有り

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

産業財産権

特許第7008979号情報処理システム、情報処理方法、及びプログラム

黒川顕, 東光一, 森宙史

東光一

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

産業財産権

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