神坂紀久子 (Kikuko Kamisaka) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センター技師

学位: 理学修士(お茶の水女子大学)
理学博士(お茶の水女子大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-1215-2525
researchmap会員ID: 5000091168

研究分野

経歴

学歴

論文

FMOe: Preprocessing and visualizing package of the fragment molecular orbital method for molecular operating environment and its applications in covalent ligand and metalloprotein analyses.

Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

Journal of chemical information and modeling 64(18) 6927-6937 2024年9月23日
Statistical analysis of interactions among amino acid residues in apo structures using fragment molecular orbital method

Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma

Chem-Bio Informatics Journal 24 25-47 2024年6月28日
Structural Stability and Binding Ability of SARS-CoV-2 Main Protease with GC376: A Stereoisomeric Covalent Ligand Analysis by FMO calculation

Yuya Seki, Chiduru Watanabe, Norihiko Tani, Kikuko Kamisaka, Tatsuya Ohyama, Daisuke Takaya, Teruki Honma

Chem-Bio Informatics Journal 24 13-24 2024年5月17日
Quantum chemical interaction analysis between SARS-CoV-2 main protease and ensitrelvir compared with its initial screening hit.

Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

The journal of physical chemistry letters 14(15) 3609-3620 2023年4月20日
New antimalarials identified by a cell-based phenotypic approach: Structure-activity relationships of 2,3,4,9-tetrahydro-1H-β-carboline derivatives possessing a 2-((coumarin-5-yl)oxy)alkanoyl moiety.

Nobuo Cho, Ko Kikuzato, Yushi Futamura, Takeshi Shimizu, Hiroki Hayase, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma, Mamoru Niikura …

Bioorganic & medicinal chemistry 66 116830-116830 2022年7月15日査読有り
Special features of COVID-19 in the FMODB: Fragment molecular orbital calculations and interaction energy analysis of SARS-CoV-2-Related proteins.

Kaori Fukuzawa, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Yusuke Kawashima, Yuma Handa, Ami Yamamoto, Kazuki Watanabe, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya …

Journal of chemical information and modeling 61(9) 4594-4612 2021年査読有り
FMODB: The world's first database of quantum mechanical calculations for biomacromolecules based on the fragment molecular orbital method.

Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi …

Journal of chemical information and modeling 61(2) 777-794 2021年査読有り
High-precision atomic charge prediction for protein systems using fragment molecular orbital calculation and machine learning.

Koichiro Kato, Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Naoki Miyagawa, Hideo Mizouchi, Shumpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Kanji Oshima, Satoshi Ono, Hiroshi Ueda …

Journal of chemical information and modeling 60(7) 3361-3368 2020年査読有り
Analyzing characteristics of PC cluster consolidated with IP-SAN using data-intensive applications

Hara, Asuka, Oguchi, Masato, Kamisaka, Kikuko, Yamaguchi, Saneyasu

Proceedings of the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS2008) No.631-042 2008年査読有り
A framework for advanced data processing in a multi-hop network environment

Matsui, Aiko, Kamisaka, Kikuko, Yamaguchi, Saneyasu, Oguchi, Masato

Proceedings of the IASTED International Conference on Internet and Multimedia Systems and Applications(EuroIMSA 2008) 150-155 2008年査読有り
Implementation and Evaluation of Secure and Optimized IP-SAN Mechanism

Kikuko Kamisaka, Saneyasu Yamaguchi, Masato Oguchi

Proceeding of the 14th IEEE International Conference On Telecommunications (ICT2007) No.228 2007年査読有り
高遅延環境下におけるIP-SANを用いた暗号処理最適化手法の実装と評価

神坂紀久子

電子情報通信学会論文誌D Vol.J90-D, No.1 16-29 2007年査読有り
Performance analysis of iSCSI middleware optimized for encryption processing in a long-latency environment.

Kikuko Kamisaka, Saneyasu Yamaguchi, Masato Oguchi

Proceedings of the IEEE 20th International Conference on Advanced Information Networking and Applications (AINA 2006) 947-952 2006年査読有り
Performance evaluation of iSCSI system optimized for encryption processing in the upper layer.

Kikuko Kamisaka, Masato Oguchi, Saneyasu Yamaguchi

Proceedings of the International Special Workshop on Databases For Next Generation Researchers (SWOD2005) in conjunction with ICDE2005 204-207 2005年査読有り
Performance improvement of an iSCSI-based secure storage access

Kamisaka, Kikuko, Oguchi, Masato, Yamaguchi, Saneyasu

Proceedings of the IASTED International Conference on Pararellel and Distributed Computing and Systems (PDCS 2004) 522-527 2004年査読有り
IP-SANを利用したセキュアなストレージアクセスにおける性能向上手法の提案と検討

神坂紀久子, 山口実靖, 小口正人

情報科学技術レターズ Vol. 3, LD-003, 2004年9月 FIT2004 59-62 2004年査読有り

MISC

Recent Developments of FMODB in 2024: Efforts Towards Utilization of FMO data

Kikuko Kamisaka, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Teruki Honma

CBI学会大会（poster） 2024年10月
Recent developments of FMODB: The latest data accumulation status and enhancement of search functionality

Kikuko Kamisaka, Chiduru Watanabe, Norihiko Tani, Daisuke Takaya, Teruki Honma

CBI学会大会（poster） 2023年10月
FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明

渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 50th (CD-ROM) 2022年11月
Recent developments of FMODB: enhancement of the IFIE/PIEDA interface for analyzing the related FMO calculation data of bio-macromolecules

Kikuko Kamisaka, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Teruki Honma

CBI学会大会（poster） 2022年10月
FMODBの紹介, 動的平均FMOリガンド-タンパク質間相互作用解析

神坂紀久子

CBI学会大会（tutorial） 2022年10月
Development of FMODB and Auto-FMO protocol through 2022

Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Kikuko Kamisaka, Teruki Honma

CBI学会大会 2022年10月
FMODBデータ収集:高分解能X線結晶構造データに対する量子化学計算

渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 今井恭平, 滝本大地, 斎藤涼祐, 栗田典之, 岡山友樹, 宮嶋起徳, 吉本耀 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年6月
ホスホフルクトキナーゼ-1阻害剤トリプトリナミドの立体異性体の合成と構造活性相関

懸樋涼, 小林大貴, 小林大貴, 西村はる菜, 吉田稔, 吉田稔, 矢島辰雄, 神坂紀久子, 長岡康夫, 住吉孝明

メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集 39th (CD-ROM) 2022年
VISCANAによるSARS-CoV-2main proteaseとリガンドの網羅的相互作用解析

大山達也, 渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 49th (CD-ROM) 2021年11月
新型コロナウイルスによるパンデミックに対するFMODBの取り組み

渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 大山達也, 高谷大輔, 加藤幸一郎, 川嶋裕介, 半田佑磨, 山本亜美, 渡邉一樹 …

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 48th (CD-ROM) 2020年12月
FMO法に基づく相互作用記述子を用いたp38MAPキナーゼの阻害剤活性予測

神坂紀久子, 渡邉千鶴, 高谷大輔, 原田俊幸, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 48th (CD-ROM) 2020年12月
COVID-19関連タンパク質の量子化学計算のFMODBへの登録

山本亜美, 半田佑磨, 川嶋裕介, 渡邉一樹, 加藤幸一郎, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 大山達也, 神坂紀久子, 高谷大輔 …

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 64th 2020年9月
FMODBの開発と相互作用データの適用に関する研究

高谷大輔, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 47th (CD-ROM) 2019年12月
フラグメント分子軌道法と機械学習を用いたAuroraキナーゼ阻害剤の活性予測モデル構築

原田俊幸, 原田俊幸, 渡邉千鶴, 森脇寛智, 神坂紀久子, 原田祐希, 佐藤朋広, 高谷大輔, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 47th (CD-ROM) 2019年12月
Analysis of FMO-based intramolecular interaction energies for structural stability of apo structures

Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma

CBI学会大会（poster） 2019年10月
シロイヌナズナオミックスに関する統合データベースの開発

土井考爾, 原田えりみ, 神坂紀久子, 吉田有子, 豊田哲郎

文部科学省統合データベースプロジェクトシンポジウム 2009年6月
並列データ処理アプリケーション実行時のIP-SAN統合型PCクラスタの動作解析

原明日香, 神坂紀久子, 山口実靖, 小口正人

データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM2009) 2009年3月
IP-SAN統合型PCクラスタにおける並列データ処理アプリケーション実行時の特性解析

原明日香, 神坂紀久子, 山口実靖, 小口正人

電子情報通信学会技術研究報告 108(361(CPSY2008 43-52)) 19-24 2008年12月
並列データマイニング実行時のIP-SAN統合型PCクラスタのネットワーク特性解析

原明日香, 神坂紀久子, 山口実靖, 小口正人

マルチメディア，分散，協調とモバイル(DICOMO2008)シンポジウム 2008(1) 705-714 2008年7月
iSCSI遠隔ストレージアクセス時のスループットとTCPパラメータの振舞に関する考察

比嘉玲華, 神坂紀久子, 山口実靖, 小口正人

電子情報通信学会東京支部学生会研究発表会 242 2008年3月

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共同研究・競争的資金等の研究課題

IP-SANにおける安全かつ高性能なストレージアクセス方式の提案と性能評価

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2006年 - 2007年

神坂紀久子

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論文

MISC

共同研究・競争的資金等の研究課題

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