菊池誠 (Macoto Kikuchi) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学サイバーメディアセンター教授
: (兼任)大学院理学研究科教授

学位: 理学博士

連絡先: kikuchi.macoto.cmcosaka-u.ac.jp
研究者番号: 50195210
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-1582-8970
J-GLOBAL ID: 201101009449803870
researchmap会員ID: B000002689

外部リンク: http://www.cp.cmc.osaka-u.ac.jp/~kikuchi

研究キーワード

研究分野

経歴

2000年4月 - 2024年3月

大阪大学, サイバーメディアセンター, 教授
2000年1月 - 2000年3月

大阪大学, 大学院理学研究科, 教授
1996年4月 - 1999年12月

大阪大学, 大学院理学研究科, 助教授
1993年8月 - 1996年3月

大阪大学理学部, 助教授
1987年2月 - 1993年7月

大阪大学, 理学部, 助手
1991年9月 - 1993年3月

マックスプランク高分子研究所, マックスプランク研究員

受賞

2023年3月

第10回星新一賞優秀賞, 日本経済新聞社

菊池誠
2008年4月

文部科学大臣表彰・科学技術賞（理解増進部門）, 文部科学省

渡辺治, 松田裕幸, 菊池誠

論文

127

遺伝子制御ネットワークの変異に対する頑健性と双安定性の進化の定量評価:レアイベントサンプリングの手法

菊池誠

生物物理 62(6) 360-364 2022年12月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Evolution enhances mutational robustness and suppresses the emergence of a new phenotype: A new computational approach for studying evolution

Tadamune Kaneko, Macoto Kikuchi

PLOS Computational Biology 18(1) e1009796-e1009796 2022年1月19日査読有り最終著者責任著者
Emergence of cooperative bistability and robustness of gene regulatory networks

Shintaro Nagata, Macoto Kikuchi

PLOS Computational Biology 16(6) e1007969-e1007969 2020年6月29日査読有り最終著者責任著者
Scaling from Circuit Experiment to Real Traffic Based on Optimal Velocity Model

A.Nakayama, M.Kikuchi, A.Shibata, Y.Sugiyama, S.Tadaki, S.Yukawa

Traffic and Granular Flow '15 523-530 2016年9月査読有り
Characterizing and distinguishing free and jammed traffic flows from the distribution and correlation of experimental speed data

Shin-ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Akihiro Nakayama, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Satoshi Yukawa

NEW JOURNAL OF PHYSICS 18 83022 2016年8月査読有り
Quantitative explanation of circuit experiments and real traffic using the optimal velocity model

Akihiro Nakayama, Macoto Kikuchi, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Shin-Ichi Tadaki, Satoshi Yukawa

New Journal of Physics 18(4) 43040 2016年4月1日査読有り
The interplay of intrinsic disorder and macromolecular crowding on α-synuclein fibril formation

Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

The Journal of Chemical Physics 144(5) 055101-055101 2016年2月7日査読有り
The interplay of intrinsic disorder and macromolecular crowding on alpha-synuclein fibril formation

Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144(5) 55101 2016年2月査読有り最終著者
Nucleotide-dependent structural fluctuations and regulation of microtubule-binding affinity of KIF1A

Ryo Kanada, Fumiko Takagi, Macoto Kikuchi

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 83(5) 809-819 2015年5月査読有り最終著者
Numerous but Rare: An Exploration of Magic Squares

Akimasa Kitajima, Macoto Kikuchi

PLOS ONE 10(5) e0125062 2015年5月査読有り最終著者責任著者
Critical density of experimental traffic jam

Shin-Ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Minoru Fukui, Akihiro Nakayama, Katsuhiro Nishinari, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Taturu Yosida, Satoshi Yukawa

Traffic and Granular Flow, 2013 505-511 2015年査読有り
Structural flexibility of intrinsically disordered proteins induces stepwise target recognition

Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 139(22) 225103 2013年12月査読有り
Phase transition in traffic jam experiment on a circuit

Shin-ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Minoru Fukui, Akihiro Nakayama, Katsuhiro Nishinari, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Taturu Yosida, Satoshi Yukawa

NEW JOURNAL OF PHYSICS 15 103034 2013年10月査読有り
Short Polypeptide with Metastable Structures (準安定状態を持つ短いポリペプチド)

松下勝義, 菊池誠

Interdisciplinary Information Sciences 19(1) 29-34 2013年8月査読有り
Characterizing and distinguishing free and jammed traffic flows from the distribution and correlation of experimental speed data

Shin-ichi Tadaki, Macoto Kikuchi, Akihiro Nakayama, Akihiro Shibata, Yuki Sugiyama, Satoshi Yukawa

New Journal of Physics 18 083022 2013年7月査読有り
Robustness leads close to the edge of chaos in coupled map networks: toward the understanding of biological networks

Nen Saito, Macoto Kikuchi

NEW JOURNAL OF PHYSICS 15 53037 2013年5月査読有り最終著者
Frustration-induced protein intrinsic disorder （競合誘起のタンパク質天然変性）

Katsuyoshi Matsushita, Macoto Kikuchi

J. Chem. Phys. 138(10) 105101 2013年3月査読有り最終著者
Multicanonical simulation of coupled folding and binding of intrinsically disordered protein using an Ising-like protein model

Katsuyoshi Matsushita, Macoto Kikuchi

24TH IUPAP CONFERENCE ON COMPUTATIONAL PHYSICS (IUPAP-CCP 2012) 454 12034 2013年査読有り
Multicanonical simulation of the Domb-Joyce model and the Go model: new enumeration methods for self-avoiding walks

Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

24TH IUPAP CONFERENCE ON COMPUTATIONAL PHYSICS (IUPAP-CCP 2012) 454 12039 2013年査読有り
How to Estimate the Number of Self-Avoiding Walks over 10100? Use Random Walks

Nobu C. SHIRAI, Macoto KIKUCHI

Interdisciplinary Information Sciences 19(1) 79-83 2013年

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MISC

157

スーパーコンピューティングコンテスト2021

菊池誠

数学セミナー 61(1) 43-47 2022年1月招待有り筆頭著者
Funnel GAS Model for Protein Many-Body Systems under the Crowded Environment

Macoto Kikuchi, Yoshikatsu Tada, Nobu C. Shirai

BIOPHYSICAL JOURNAL 114(3) 200A-200A 2018年2月
The Interplay of Intrinsic Disorder and Macromolecular Crowding on alpha-Synuclein Fibril Formation

Nobu C. Shirai, Macoto Kikuchi

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 552A-552A 2016年2月
Allosterically Regulated Structural Fluctuation and Microtubule-Binding Affinity of KiF1A-A Simulation Study of Coarse-Grained Model -

Macoto Kikuchi, Ryo Kanada, Fumiko Takagi

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 459A-459A 2016年2月
30aPS-107 結合と折りたたみの共起におけるエネルギー地形のファネル化の検証(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

松下勝義, 杉原秀理, 菊池誠, 能川知昭, 佐々木志剛

日本物理学会講演概要集 69(1) 425-425 2014年3月5日
27aAB-6 α-シヌクレイン繊維形成に対する分子混雑の影響(27aAB 細胞質シンポ関連・溶液・液体等,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

白井伸宙, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 69(1) 388-388 2014年3月5日
28aPS-103 Wang-Landau法によるタンパク質折り畳み経路のサンプリング(領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

松下勝義, 杉原秀理, 菊池誠, 能川知昭, 佐々木志剛

日本物理学会講演概要集 68(2) 330-330 2013年8月26日
28aPS-108 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程II(領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

白井伸宙, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 68(2) 332-332 2013年8月26日
28aPS-59 Wang-Landau法による非平衡系の物理量の計算(領域11ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

杉原秀理, 松下勝義, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 68(2) 285-285 2013年8月26日
26aXR-5 拡張アンサンブル法を用いたself-avoiding walkの数の推定(26aXR 確率過程・確率モデル1,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

白井伸宙, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 68(1) 321-321 2013年3月26日
29aPS-42 競合が誘起する天然変性の連想記憶模型による表現(29aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

松下勝義, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 68(1) 456-456 2013年3月26日
交通渋滞形成実験

只木進一, 菊池誠, 福井稔, 中山章宏, 西成活裕, 柴田章博, 杉山雄規, 吉田立, 湯川諭

交通流のシミュレーションシンポジウム論文集 19th 2013年
Probability flow on the protein folding energy landscape

Katsuyoshi Matsushita, Hidetoshi Sugihara, Macoto Kikuchi, Tomoaki Nogawa, Munetaka Sasaki

第19回交通流のシミュレーションシンポジウム論文集 19 61-64 2013年
ニセ科学と科学者の社会への関わり方

菊池誠

應用物理 81(10) 841-844 2012年10月10日
20pAB-7 天然変性タンパク質の構造ゆらぎを生かした密度変化誘起型シグナル伝達過程(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

白井伸宙, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 67(2) 338-338 2012年8月24日
タンパク質の天然変性を生み出す競合的相互作用のデザイン

松下勝義, 松下勝義, 菊池誠, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 67(2) 349-349 2012年8月24日
27aPS-33 格子ガスモデルを用いたタンパク質結合プロセスの熱力学的解析II(27aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

白井伸宙, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 67(1) 431-431 2012年3月5日
天然変性タンパク質結合によるターゲットタンパク質の構造安定化

松下勝義, 松下勝義, 菊池誠, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 67(1) 431-431 2012年3月5日
24aPS-25 格子モデルを用いたIntrinsically Disordered Proteinの熱力学的解析II(24aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

白井伸宙, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 66(2) 344-344 2011年8月24日
23aGN-9 タンパク質2量体形成シミュレーション : 単量体構造の安定性と2量体形成能(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

高城史子, 菊池誠, 伊藤伸泰

日本物理学会講演概要集 66(2) 324-324 2011年8月24日

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書籍等出版物

福島の甲状腺検査と過剰診断 : 子どもたちのために何ができるか

高野, 徹, 緑川, 早苗, 大津留, 晶, 菊池, 誠, 児玉, 一八 (担当:共著, 範囲:第6章)

あけび書房 2021年7月 (ISBN: 9784871541909)
子どもを守るために知っておきたいこと : 各分野の専門家が伝える

宋, 美玄, 姜, 昌勲, NATROM, 森戸, やすみ, 堀, 成美, Dr.Koala, 猪熊, 弘子, 成田, 崇信, 松本, 俊彦, 内田, 良, 原田, 実, 菊池, 誠 (担当:共著)

星海社,講談社 (発売) 2019年3月 (ISBN: 9784065151617)
信じちゃいけない身のまわりのカガク : あなたはそれで、本当に健康になれますか?

渋谷研究所, 菊池, 誠 (担当:共著)

立東舎,リットーミュージック (発売) 2017年2月 (ISBN: 9784845629978)
いちから聞きたい放射線のほんとう : いま知っておきたい22の話

菊池, 誠, 小峰, 公子, おかざき, 真里 (担当:共著)

筑摩書房 2014年3月 (ISBN: 9784480860798)
もうダマされないための「科学」講義

菊池, 誠, 松永, 和紀, 伊勢田, 哲治, 平川, 秀幸, 飯田, 泰之, SYNODOS (担当:共著)

光文社 2011年9月 (ISBN: 9784334036447)
科学と神秘のあいだ

菊池, 誠

筑摩書房 2010年3月 (ISBN: 9784480860729)
おかしな科学 : みんながはまる、いい話コワい話

渋谷研究所, 菊池, 誠 (担当:共著)

楽工社 2009年7月 (ISBN: 9784903063331)
真空ダイヤグラム

Baxter, Stephen (担当:共訳)

早川書房 2003年1月 (ISBN: 4150114307)
プランク・ゼロ

Baxter, Stephen (担当:共訳)

早川書房 2002年12月 (ISBN: 4150114277)
ラッカー奇想博覧会

(担当:共訳) (原著:Rudy Rucker)

1995年7月
メアリと巨人

Dick, Philip K, 菊池, 誠, 細美, 遙子 (担当:共訳)

筑摩書房 1992年12月 (ISBN: 4480831339)
ニックとグリマング

Dick, Philip K, 菊池, 誠 (担当:単訳)

筑摩書房 1991年8月 (ISBN: 4480831177)

講演・口頭発表等

Phenotype Selection due to Mutational Robustness in a Model of Gene Regulatory Networks

菊池誠

2023年8月18日
Non-equilibrity of evolution revealed by multicanonical ensemble method: Phenotype selection due to mutational robustness in gene regulatory networks

菊池誠

2023年8月11日
Genotypic entropy and bias in evolution of gene regulatory networks

菊池誠

2023年8月4日
Phenotype Selection Due To Mutational Robustness: A Computational Study

菊池誠

2023年2月22日
Use of Multicanonical Monte Carlo Method for Exploring Mutational Robustness of Gene Regulatory Network

菊池誠

2022年8月2日

担当経験のある科目(授業)

2019年4月 - 現在

統計力学1 (大阪大学理学研究科物理学専攻)

主要な所属学協会

- 現在

日本物理学会

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共同研究・競争的資金等の研究課題

ファネル気体モデルによる細胞内混み合い環境下でのタンパク質複合体形成

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2019年3月

菊池誠, 白井伸宙, 多田吉克
計算科学による核内タンパク質天然変性状態の構造多型解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年7月 - 2014年3月

肥後順一, 高野光則, 菊池誠
交通流および自己駆動粒子系の流動機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

杉山雄規, 只木進一, 菊池誠, 中山章宏, 湯川諭, 柴田章博
進化的に獲得された相空間ランドスケープについての理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2005年 - 2006年

菊池誠, 時田恵一郎, 茶碗谷毅, 高城史子
交通流の動的性質-実測データ解析とシミュレーション-

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2003年 - 2005年

只木進一, 菊池誠
生態系及び蛋白質モデルにおける進化的に獲得された相空間構造の特徴づけとその意味

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2001年 - 2002年

菊池誠, 時田恵一郎, 茶碗谷毅
生態系および蛋白質モデルにおける進化の力学と論理

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1999年 - 2000年

菊池誠, 茶碗谷毅, 時田恵一郎
量子ラチェットの基礎的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽的研究 1998年 - 1998年

菊池誠, 多々良源, 松川宏
メタダイナミクスを取り入れた自律的発展系における創発的進化の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1996年 - 1996年

時田恵一郎, 菊池誠
混合高分子溶融体系の秩序構造

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1996年 - 1996年

菊地誠
非線形動力学の立場から見た交通流とカオス

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 1995年 - 1995年

菊池誠
混合高分子溶融体系の秩序構造

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1995年 - 1995年

菊池誠
統計的依存時間の方法による臨界緩和スペクトラム

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 1994年 - 1994年

菊地誠
相転移のモンテカルロシミュレーションへのベイズ推定の応用

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 1993年 - 1993年

菊池誠
遷移元素ー非金属元素系の電子構造と多体効果

日本学術振興会科学研究費助成事業一般研究(C) 1989年 - 1990年

金森順次郎, 赤井久純, 菊池誠, 五十嵐潤一
遷移元素酸化物の電子状態と超伝導のモデル

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1989年 - 1989年

金森順次郎, 赤井久純, 菊池誠, 五十嵐潤一

菊池誠

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経歴

受賞

論文

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

主要な所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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