清田泰臣 (KIYOTA YASUOMI) - マイポータル

基本情報

所属: 北里大学薬学部薬学科・生命創薬科学科生物分子設計学助教

研究者番号: 50631644
J-GLOBAL ID: 202001015119373917
researchmap会員ID: R000007411

受賞

2015年9月

構造活性相関シンポジウム優秀発表賞, 日本薬学会構造活性相関部会

清田泰臣

論文

Water position sampling on protein structures based on a 3D distribution function using a weighted Monte Carlo method

Shinpei Kobayashi, Yasuomi Kiyota, Mayuko Takeda-Shitaka

Bulletin of the Chemical Society of Japan 97(6) 2024年6月3日査読有り筆頭著者
Impact of AlphaFold on structure prediction of protein complexes: The CASP15‐CAPRI experiment

Marc F. Lensink, Guillaume Brysbaert, Nessim Raouraoua, Paul A. Bates, Marco Giulini, Rodrigo V. Honorato, Charlotte van Noort, Joao M. C. Teixeira, Alexandre M. J. J. Bonvin, Ren Kong …

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 2023年10月31日査読有り
Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment

Andriy Kryshtafovych, John Moult, Wendy M. Billings, Dennis Della Corte, Krzysztof Fidelis, Sohee Kwon, Kliment Olechnovič, Chaok Seok, Česlovas Venclovas, Jonghun Won …

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 89(12) 1987-1996 2021年12月
Prediction of protein assemblies, the next frontier: The CASP14‐CAPRI experiment

Marc F. Lensink, Guillaume Brysbaert, Théo Mauri, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphael A. G. Chaleil, Tereza Clarence, Paul A. Bates, Ren Kong, Bin Liu …

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 89(12) 1800-1823 2021年12月
Molecular Recognition Study on the Binding of Calcium to Calbindin D9k, Based on 3D Reference Interaction Site Model Theory

Kiyota Y, Takeda-Shitaka M

J Phys Checm B 118(39) 11496-11503 2014年9月24日査読有り

MISC

AlphaFold-Multimer による立体構造予測

清田泰臣, 宮川祐太, 竹田-志鷹真由子

月刊「細胞」 56(4) 99-101 2024年4月筆頭著者

講演・口頭発表等

水和構造評価も可能なタンパク質立体構造評価のための新規構造スコアの開発

清田泰臣, 竹田-志鷹真由子

日本薬学会第139回年会 2019年3月22日
水和構造評価も可能なタンパク質立体構造評価のための新規評価指標の開発

清田泰臣, 竹田-志鷹真由子

第41回白金シンポジウム 2018年12月18日
タンパク質複合体立体構造予測の国際コンテストにみる予測精度の評価と現状

清田泰臣, 山本裕大, 内藤克哉, 竹田-志鷹真由子

日本薬学会第138回年会 2018年3月27日
タンパク質複合体立体構造予測の評価と現状：CASP12/CAPRI Round 37に参加して

清田泰臣, 山本裕大, 内藤克哉, 竹田-志鷹真由子

第39回白金シンポジウム 2017年12月19日
CASP12/CAPRI Round 37にみるタンパク質複合体立体構造予測の評価と現状

清田泰臣, 山本裕大, 内藤克哉, 竹田-志鷹真由子

第45回構造活性相関シンポジウム 2017年11月29日
水和情報に基づいたタンパク質複合体立体構造予測：CAPRI Round 34への応用

清田泰臣, 山本裕大, 竹田-志鷹真由子

第37回白金シンポジウム 2016年12月20日
水和情報に基づいたタンパク質複合体立体構造予測－CAPRI Round 34に参加して－

清田泰臣

第27回白金セミナー 2016年11月24日招待有り
Prediction of protein complex structures and interfacial water positions by template-based modeling in CAPRI round 34

Kiyota Y, Yamamoto Y, Takeda-Shitaka M

第44回構造活性相関シンポジウム 2016年11月16日 The 31th Assembly for Pesticide Design Research
タンパク質複合体の既知構造情報に着目した立体構造予測

山本裕大, 清田泰臣, 竹田-志鷹真由子

第60回日本薬学会関東支部大会 2016年9月17日
液体の統計力学的手法を基にしたタンパク質水和構造予測法の開発

清田泰臣, 千葉峻介, 竹田-志鷹真由子

第35回白金シンポジウム 2015年12月22日
Development of hydration structure prediction method around the protein with 3D-RISM Method

Chiba S, Kiyota Y, Takeda-Shitaka M

CBI学会2015年大会 2015年10月27日
Binding Affinity Prediction of Protein-Protein Complexes Based on MM/3D-RISM Method

Sai N, Kiyota Y, Takeda-Shitaka M

CBI学会2015年大会 2015年10月27日
A method of annotation chemical feature around protein toward ligand-binding-site prediction, based on 3-dimentional distribution function

Kiyota Y, Takeda-Shitaka M

第43回構造活性相関シンポジウム 2015年9月29日 The 10th Japan-China Joint Symposium on Drug Discovery and Development
Development of structural sampling for hydration structure around the protein, based on 3-dimensional distribution function

Chiba S, Kiyota Y, Takeda-Shitaka M

第43回構造活性相関シンポジウム第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム合同シンポジウム 2015年9月29日
重み付きモンテカルロ法を用いたタンパク質の水和構造予測法の開発

千葉峻介, 清田泰臣, 竹田-志鷹真由子

第59回日本薬学会関東支部大会 2015年9月12日
3D-RISM理論に基づいたタンパク質複合体の結合能評価

崔成美, 清田泰臣, 竹田-志鷹真由子

第59回日本薬学会関東支部大会 2015年9月12日
MM/3D-RISM法に基づいたタンパク質‐タンパク質複合体の結合能評価

清田泰臣, 崔成美, 竹田-志鷹真由子

第15回日本蛋白質科学会年会 2015年6月24日
物理化学的手法に基づいたタンパク質間相互作用解析法の開発；バルナーゼ‐バルスターの結合能評価

清田泰臣, 崔成美, 竹田-志鷹真由子

第33回白金シンポジウム 2014年12月16日
3次元RISM理論に基づいたバルナーゼ-バルスター複合体の結合能評価

清田泰臣, 崔成美, 竹田-志鷹真由子

第42回構造活性相関シンポジウム 2014年11月13日
Analysis of Barnase-Barstar Interactions with Interfacial Mutaions, based on 3D-RISM Method

Kiyota Y, Sai N, Takeda-Shitaka M

CBI学会2014年大会 2014年10月28日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

水和構造評価も可能なタンパク質立体構造評価のための新規評価指標の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

清田泰臣
3次元RISM理論による嗅覚受容体における分子認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2010年 - 2011年

清田泰臣