本研究の目的は近世と近代の架橋である。多くの研究者がこの転換期を取り扱い、豊かな成果を挙げてきた。だがその多くは政治史的関心に基づいており、思想・宗教史的関心を持つものは少ない。事実、何人かの歴史学者が本研究題目に「護法」の語を見たとき、その意味を問うている。彼らは「法」を「仏法」ではなく「法律」だと考えたのである。
本研究組織は、19世紀日本に関する一般的な叙述に政治史への傾斜を看取した若い研究者たちによって組織され、思想・宗教の視点からの歴史叙述を目指すものであった。特に彼らは護法論や排耶論として知られる仏教者の活動に注意を向けた。それは、幕末日本における文化空間を描き出す試みであった。