中前和恭 (Kazuki Nakamae) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 広島大学ゲノム編集イノベーションセンター共同研究講座助教
: プラチナバイオ株式会社研究開発部主任研究員

研究者番号: 00882995
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-4469-664X
J-GLOBAL ID: 202001005862920480
researchmap会員ID: R000012121

研究キーワード

7

研究分野

2

経歴

3

2022年4月 - 現在

広島大学, ゲノム編集イノベーションセンター, 共同研究講座助教
2020年4月 - 現在

プラチナバイオ株式会社, 主任研究員
2020年4月 - 2022年3月

広島大学, ゲノム編集イノベーションセンター, 研究員

学歴

1

2017年4月 - 2020年3月

広島大学, 大学院理学研究科, 数理分子生命理学専攻

委員歴

1

2022年7月 - 現在

（社）日本ゲノム編集学会, 教育実習委員会委員

受賞

1

2023年6月

ポスター賞研究員・ポスドクの部, DANGER Analysis：表現型への影響を評価する新規オフターゲット解析ツール, 日本ゲノム編集学会第8回大会

主要な論文

4

DANGER analysis: risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome

Kazuki Nakamae, Hidemasa Bono

Bioinformatics Advances 3(1) vbad114 2023年8月23日査読有り筆頭著者責任著者
Biased genome editing using the local accumulation of DSB repair molecules system.

Shota Nakade, Keiji Mochida, Atsushi Kunii, Kazuki Nakamae, Tomomi Aida, Kohichi Tanaka, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto

Nature communications 9(1) 3270-3270 2018年8月16日査読有り
Establishment of expanded and streamlined pipeline of PITCh knock-in - a web-based design tool for MMEJ-mediated gene knock-in, PITCh designer, and the variations of PITCh, PITCh-TG and PITCh-KIKO.

Kazuki Nakamae, Yuki Nishimura, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Hiroshi Ide, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto

Bioengineered 8(3) 302-308 2017年5月4日査読有り筆頭著者

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MISC

3

Machine learning of transcriptome data treated with DNA base editor

Kazuki Nakamae, Taro Kakuzaki, Kentaro Yamamoto

BioHackrXiv 2023年7月12日筆頭著者責任著者
Frame Editors for Precise, Template-Free Frameshifting

Shota Nakade, Kazuki Nakamae, Tzu-Chieh Tang, Dou Yu, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Timothy K. Lu

bioRxiv 2022年12月5日
Detailed profiling with MaChIAto reveals various genomic and epigenomic features affecting the efficacy of knock-out, short homology-based knock-in and Prime Editing.

Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Takashi Yamamoto, Tetsushi Sakuma

bioRxiv 2022年6月30日筆頭著者責任著者

主要な書籍等出版物

3

バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤

中前和恭 (担当:分担執筆, 範囲:第4章ゲノム編集実験を支援する)

羊土社 2022年11月 (ISBN: 9784758104067)
みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう

(担当:共著, 範囲:［コラム］ゲノム編集のドライ系ツール)

羊土社 2021年11月19日
ゲノム編集実験スタンダード : 完全版 : CRISPR-Cas9の設計・作製と各生物種でのプロトコールを徹底解説

山本, 卓(理学), 佐久間, 哲史, 中前和恭

羊土社 2019年12月 (ISBN: 9784758122443)

主要な講演・口頭発表等

18

Computational Resources for Industrial Application of Genome Editing

Kazuki Nakamae

JAACT2023 2023年11月30日招待有り
Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair

Kazuki Nakamae, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto

PAG30 2023年1月17日
適切なガイド RNA 選択のための in slico 解析リソース

中前和恭

日本ゲノム編集学会第7回大会 2022年6月6日日本ゲノム編集学会招待有り
Analysis of genomic and epigenomic features affecting the efficacy of MMEJ-assisted knock-in using machiato

中前和恭

Frontiers in Genome Engineering 2019 2019年11月26日

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所属学協会

2

2020年9月 - 現在

日本分子生物学会
2017年5月 - 現在

日本ゲノム編集学会

主要なWorks(作品等)

4

DANGER analysis

中前和恭

2023年8月23日 - 現在コンピュータソフト
Genome Editing Software Guide

中前和恭

2022年11月8日 - 現在データベース
MaChIAto

中前和恭

2022年6月30日 - 現在コンピュータソフト
PITCh designer

中前和恭

2017年4月28日 - 現在コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

3

パーソナルゲノム治療にむけたPrime Editingゲノム編集データベース構築

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2021年4月 - 2023年3月

中前和恭
ROIS-DS-JOINT 2023：Joint Research Program／一般共同研究

ROIS-DS-JOINT 2023 公共遺伝子発現データに基づいたCRISPR-Cas9におけるRNAオフターゲット予測ソフトウェアの開発（継続） 2023年 - 2023年
ROIS-DS-JOINT 2022：Joint Research Program／一般共同研究

ROIS-DS-JOINT 2022 公共遺伝子発現データに基づいたCRISPR-Cas9におけるRNAオフターゲット予測ソフトウェアの開発 2022年 - 2022年

学術貢献活動

1

バイオDXによるデータ駆動型ゲノム育種に向けて

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

坊農秀雅, 中前和恭 2023年12月6日 - 2023年12月6日

メディア報道

2

【研究成果】ゲノム編集のための簡易的安全性評価ソフトウェアを新規開発〜バイオDXによる安全な品種改良やゲノム医療へ期待〜

広島大学プレスリリース https://www.hiroshima-u.ac.jp/news/79088 2023年9月インターネットメディア
【研究成果】凸版印刷と、広島大学、プラチナバイオゲノム編集支援オープンプラットフォームを開発～AI活用でゲノム編集の研究開発をサポートし、新たなバイオビジネスを実現～

広島大学広島大学 2021年3月5日インターネットメディア