津田宏治 (Koji Tsuda) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院新領域創成科学研究科教授
: 特定国立研究開発法人理化学研究所革新知能統合研究センターチームディレクター
: 国立研究開発法人物質・材料研究機構マテリアル基盤研究センター招聘研究員
: 情報・システム研究機構戦略企画本部特任研究員

研究者番号: 90357517
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-4288-1606
J-GLOBAL ID: 202001011756821154
researchmap会員ID: R000011424

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年7月 - 現在

情報・システム研究機構, 戦略企画本部, 特任研究員
2016年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, チームディレクター
2015年7月 - 現在

国立研究開発法人物質・材料研究機構, 招聘研究員
2014年4月 - 現在

東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授
2009年4月 - 2014年3月

国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 主任研究員
2001年4月 - 2009年9月

国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 研究員
2006年4月 - 2009年3月

Max Planck Institute for Biological Cybernetics, プロジェクトリーダー
2003年4月 - 2005年3月

Max Planck Institute for Biological Cybernetics, 研究員
2000年4月 - 2001年3月

GMD FIRST, 客員研究員
1998年4月 - 2001年3月

電子技術総合研究所, 研究員

学歴

1995年10月 - 1998年3月

京都大学, 大学院工学研究科, 情報工学専攻博士課程
1994年4月 - 1995年9月

京都大学, 大学院工学研究科, 情報工学専攻修士課程
1990年4月 - 1994年3月

京都大学, 工学部, 情報工学科

委員歴

2024年7月 - 現在

JST, 次世代AI人材養成プログラムアドバイザー
2024年2月 - 現在

国立研究開発法人日本医療研究開発機構, ゲノム研究を創薬等出口に繋げる研究開発プログラムプログラムオフィサー
2022年7月 - 現在

JST, CREST 革新的計測解析アドバイザー
2017年4月 - 2025年3月

JST, CREST 革新材料開発アドバイザー
2015年7月 - 2021年3月

JST, さきがけ理論・実験・計算科学とデータ科学が連携・融合した先進的マテリアルズインフォマティクスのための基盤技術の構築アドバイザー
2019年6月 - 2021年2月

文部科学省, 科学技術・学術審議会専門委員（情報委員会）

受賞

2009年1月

長尾真記念特別賞, 情報処理学会

津田宏治

論文

204

Starrydata: from published plots to shared materials data

Yukari Katsura, Masaya Kumagai, Tomoya Mato, Yu Takada, Yuki Ando, Erina Fujita, Fumikazu Hosono, Eiji Koyama, Farhan Mudasar, Ton Nu Thanh Phuong …

SCIENCE AND TECHNOLOGY OF ADVANCED MATERIALS-METHODS 5(1) 2025年12月31日
Seamless integration of legacy robotic systems into a self-driving laboratory via NIMO: a case study on liquid handler automation

Ryo Tamura, Hiromichi Taketa, Satoshi Murata, Daisuke Ryuno, Tomotaka Yokota, Koji Tsuda, Shoichi Matsuda

SCIENCE AND TECHNOLOGY OF ADVANCED MATERIALS-METHODS 5(1) 2025年12月31日
NbBench: benchmarking language models for comprehensive nanobody tasks

Yiming Zhang, Koji Tsuda

Machine Learning: Science and Technology 2025年12月30日
Predicting symmetric structures of large crystals with GPU-based Ising machines

Chen Liang, Diptesh Das, Jiang Guo, Ryo Tamura, Zetian Mao, Koji Tsuda

Communications Physics 2025年11月26日
DiffBreed: automatic differentiation enables efficient gradient-based optimization of breeding strategies

Kosuke Hamazaki, Hiroyoshi Iwata, Koji Tsuda

BIOINFORMATICS 41(11) 2025年11月
Harnessing Explainable AI to Explore Structure-Activity Relationships in Artificial Olfaction

Yota Fukui, Kosuke Minami, Genki Yoshikawa, Koji Tsuda, Ryo Tamura

ACS APPLIED MATERIALS & INTERFACES 17(37) 52728-52737 2025年9月17日
Molecule Graph Networks with Many-Body Equivariant Interactions

Zetian Mao, Chuan-Shen Hu, Jiawen Li, Chen Liang, Diptesh Das, Masato Sumita, Kelin Xia, Koji Tsuda

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 21(16) 7954-7966 2025年8月26日
GPepT: A Foundation Language Model for Peptidomimetics Incorporating Noncanonical Amino Acids

Yuna Oikawa, Takanori Uzawa, Francois Berenger, Noriko Minagawa, Akiko Yumoto, Hideaki Takaku, Ryo Tamura, Yoshihiro Ito, Koji Tsuda

ACS MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS 16(8) 1670-1675 2025年8月14日
Discovery and affinity maturation of antibody fragments from an unfavorably enriched phage display selection by deep sequencing and machine learning

Sakiya Kawada, Yoichi Kurumida, Tomoyuki Ito, Thuy Duong Nguyen, Hafumi Nishi, Hikaru Nakazawa, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 140(2) 51-58 2025年8月
HDXRank: A Deep Learning Framework for Ranking Protein Complex Predictions with Hydrogen-Deuterium Exchange Data

Liyao Wang, Andrejs Tucs, Songting Ding, Koji Tsuda, Adnan Sljoka

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 21(14) 7173-7187 2025年7月22日
Trajectory analysis reveals an uncommitted neuroblastic state in MYCN-driven neuroblastoma development

Shoma Tsubota, Daniel R. Carter, Janith A. Seneviratne, Haruka Hirose, Teppei Shimamura, Yukie Kashima, Yutaka Suzuki, Koji Tsuda, Glenn M. Marshall, Kenji Kadomatsu

NEURO-ONCOLOGY 2025年6月24日
Self-driving laboratories in Japan

Naruki Yoshikawa, Yuki Asano, Don N. Futaba, Kanako Harada, Taro Hitosugi, Genki N. Kanda, Shoichi Matsuda, Yuuya Nagata, Keisuke Nagato, Masanobu Naito …

DIGITAL DISCOVERY 4(6) 2025年6月11日
Human-AI collaboration for modeling heat conduction in nanostructures

Wenyang Ding, Jiang Guo, Meng An, Koji Tsuda, Junichiro Shiomi

NPJ COMPUTATIONAL MATERIALS 11(1) 2025年5月28日
Determination of Stable Proton Configurations by Black-Box Optimization Using an Ising Machine

Jianbo Lin, Tomofumi Tada, Ai Koizumi, Masato Sumita, Koji Tsuda, Ryo Tamura

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C 129(5) 2332-2340 2025年1月28日
Qcforever2: Advanced Automation of Quantum Chemistry Computations

Masato Sumita, Kei Terayama, Shoichi Ishida, Kensuke Suga, Shohei Saito, Koji Tsuda

Journal of Computational Chemistry 46(3) 2025年1月25日
De novo generation of dual-target compounds using artificial intelligence

Kasumi Yasuda, Francois Berenger, Kazuma Amaike, Ayaka Ueda, Tomoya Nakagomi, Genki Hamasaki, Chen Li, Noriko Yuyama Otani, Kazuma Kaitoh, Koji Tsuda …

ISCIENCE 28(1) 2025年1月17日
An ANI-2 enabled open-source protocol to estimate ligand strain after docking

Francois Berenger, Koji Tsuda

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 46(1) 2025年1月5日
Experiment-in-loop interactive optimization of polymer composites for “5G-and-beyond” communication technologies

Bin Xu, Touchy Abeda Sultana, Koki Kitai, Jiang Guo, Toyomitsu Seki, Ryo Tamura, Koji Tsuda, Junichiro Shiomi

Materials Horizons 2025年
Boltzmann sampling with quantum annealers via fast Stein correction

Ryosuke Shibukawa, Ryo Tamura, Koji Tsuda

Physical Review Research 6(4) 2024年10月21日
Balancing G protein selectivity and efficacy in the adenosine A2A receptor.

Louis-Philippe Picard, Alexander Orazietti, Duy Phuoc Tran, Andrejs Tucs, Sari Hagimoto, Zhenzhou Qi, Shuya Kate Huang, Koji Tsuda, Akio Kitao, Adnan Sljoka …

Nature chemical biology 2024年7月31日

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MISC

機械学習支援によるタンパク質進化工学検証:GFPからYFPへ

及川未早来, 齋藤裕, 亀田倫史, 中澤光, 二井手哲平, 津田宏治, 梅津光央

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 84th 2019年
AIが導くタンパク質の進化:指向性が強い変異体は必要か?

及川未早来, 齋藤裕, 齋藤裕, 亀田倫史, 亀田倫史, 中澤光, 二井手哲平, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央 …

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
Machine learning predictions of factors affecting the activity of heterogeneous metal catalysts

Ichigaku Takigawa, Ken-ichi Shimizu, Koji Tsuda, Satoru Takakusagi

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 255 2018年3月
AIを利用したスマートホットライブラリーデザイン:AIはGFPをYFP化できるか?

及川未早来, 中澤光, 二井手哲平, 亀田倫史, 齋藤裕, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
AIはタンパク質進化を導くか?:機械学習支援によるGFPのYFP化検証

及川未早来, 齋藤裕, 亀田倫史, 中澤光, 二井手哲平, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央, 梅津光央

日本生物工学会大会講演要旨集 70th 2018年
Krawczyk-Hansenによる精度保証つき大域的最適化法の局所解を用いた高速化

高田浩彰, 美添一樹, 石井大輔, 津田宏治

電子情報通信学会技術研究報告 117(475(IBISML2017 90-104)) 2018年
順序構造上の情報幾何的な統計解析 (特集「SAT技術の理論,実装,応用」および一般)

杉山麿人, 中原裕之, 津田宏治

人工知能基本問題研究会 103 51-56 2017年3月13日
系列パターンマイニングによる予測モデリングのためのセーフプルーニングルールとバイオロギングデータ分析への応用 (情報論的学習理論と機械学習)

岸本薫, 烏山昌幸, 中川和也, 木村幸太郎, 依田憲, 梅津佑太, 梶岡慎輔, 津田宏治, 竹内一郎

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 116(500) 41-48 2017年3月6日
繰り返し飽和変異法の確実性を高める迅速な変異体群の作製と機能評価プロセスの開発

及川未早来, 中澤光, 二井手哲平, 亀田倫史, 齋藤裕, 津田宏治, 津田宏治, 梅津光央, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
時系列データの変化点検出におけるSelective Inference (パターン認識・メディア理解)

梅津佑太, 中川和也, 井上茂乗, 津田宏治, 杉山麿人, 前川卓也, 玉木徹, 依田憲, 竹内一郎

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 116(208) 89-94 2016年9月5日
生命科学データからの組合せ発見問題 (特集データを読み解く技術 : ビッグデータ,e-サイエンス,潜在的ダイナミクス) -- (ビッグデータを読み解く機械学習技術)

津田宏治, 寺田愛花, 瀬々潤

電子情報通信学会誌 = The journal of the Institute of Electronics, Information and Communication Engineers 97(5) 359-363 2014年5月
DAGによる文字列集合の圧縮表現に対する効率的な索引アルゴリズム (特集「機械学習とその周辺情報分野における離散問題と高速アルゴリズム」および一般)

伝住周平, 津田宏治, 有村博紀

人工知能基本問題研究会 92 79-84 2014年1月30日
Compact and Fast Indices Based on Zero-Suppressed Binary Decision Diagrams (コンピュテーション)

伝住周平, 川原純, 津田宏治, 有村博紀, 湊真一, 定兼邦彦

電子情報通信学会技術研究報告 : 信学技報 112(498) 23-30 2013年3月18日
検索行動におけるプライバシ保護

荒井ひろみ, 清水佳奈, 浜田道昭, 津田宏治, 広川貴次, 佐久間淳, 浅井潔, 浅井潔

人工知能学会全国大会論文集(CD-ROM) 26th 2012年
加法準同型暗号を用いた化合物データベースの秘匿検索プロトコル

縫田光司, 清水佳奈, 荒井ひろみ, 浜田道昭, 津田宏治, 広川貴次, 花岡悟一郎, 佐久間淳, 浅井潔

情報処理学会シンポジウムシリーズ(CD-ROM) 2012(3) 2012年
複数生物種ネットワークの同時予測：半教師つき学習によるアプローチ

鹿島久嗣, 山西芳裕, 加藤毅, 杉山将, 津田宏治

研究報告バイオ情報学（BIO） 2010(19) 1-8 2010年6月11日
複数生物種ネットワークの同時予測:半教師つき学習によるアプローチ

鹿島久嗣, 山西芳裕, 加藤毅, 杉山将, 津田宏治

電子情報通信学会技術研究報告 110(83(NC2010 1-28)) 2010年
リンク伝播法:リンク予測のための半教師付き学習法

鹿島久嗣, 加藤毅, 山西芳裕, 杉山将, 津田宏治

人工知能学会人工知能基本問題研究会資料 73rd 2009年
HMMによる系列の向き及び位置の変分推定法と蛋白質の構造比較への応用

加藤毅, 津田宏治, 富井健太郎, 浅井潔

電子情報通信学会技術研究報告. PRMU, パターン認識・メディア理解 103(150) 29-34 2003年6月26日
モデル選択基準SICのスパース回帰分析への適用

津田宏治, 杉山将, ミュラークラウスロバート

電子情報通信学会論文誌. D-II, 情報・システム, II-パターン処理 = The transactions of the Institute of Electronics, Information and Communication Engineers. D-II 85(5) 766-775 2002年5月1日

講演・口頭発表等

Exploring the property space of materials with self-driving labs

Koji Tsuda

Pacifichem 2025 2025年12月19日招待有り
Exploring the property space of materials with self-driving labs

Koji Tsuda

1st International Conference on AI Scientists 2025年11月23日招待有り
Exploring the property space of materials with self-driving labs

Koji Tsuda

ACS Fall 2025年8月20日招待有り
How to explore the property space of materials

Koji Tsuda

AAAI 2024 workshop AI to Accelerate Science and Engineering 2024年2月26日招待有り
Entropic sampling and its use in automatic materials design

Koji Tsuda

MRS Fall Meeting & Exhibit 2023年11月26日招待有り
De novo molecule generators: current status and new directions

Koji Tsuda

6th ICReDD International Symposium 2023年9月10日招待有り
Entropic Population Annealing for Interpretable Materials Design

Koji Tsuda

15th Aslla Symposium on Accelerated Chemical Science with AI 2022年9月25日招待有り
Automatic Design of Functional Molecules: Black-Box Optimization and Curiosity-Based Sampling

Koji Tsuda

Gordon Research Conference: Energetic Materials 2022年6月26日招待有り
Automatic design of functional molecules: Black-box optimization and curiosity-based sampling

Koji Tsuda

LANL Workshop: Machine learning in chemical and materials sciences 2022年5月25日招待有り
Automatic design of functional molecules: black-box optimization and curiosity-based sampling

Koji Tsuda

Pacifichem 2021 2021年12月20日招待有り
Data Integration for Accelerated Materials Design via Preference Learning

Koji Tsuda

2021 MRS Fall Meeting 2021年11月29日招待有り
Autonomous Materials Discovery with Boundless Objective-Free Exploration

Koji Tsuda

2020 MRS Virtual Spring/Fall Meeting 2020年11月27日招待有り
Machine Learning for Manufacturing

Koji Tsuda

11th Asian Conference on Machine Learning 2019年11月19日招待有り
Expanding the horizon of automated materials discovery via quantum annealing

Koji Tsuda

ICMS 2019 2019年11月3日招待有り
Significant Pattern Mining

Koji Tsuda

3rd International Workshop on Enumeration Problems & Applications 2019年10月31日招待有り
Expanding the horizon of automated metamaterials discovery via quantum annealing

Koji Tsuda

ISTCP 2019 2019年7月12日招待有り
Machine Learning Algorithms for Designing Metamaterials

Koji Tsuda

Lowdin Lectures 2018年11月16日招待有り
Designing complex materials with machine learning: organic compounds, metamaterials and proteins

Koji Tsuda

Telluride workshop Machine Learning and Informatics for Chemistry and Materials 2018年10月1日招待有り
Monte Carlo tree search for designing novel molecules and materials

255th ACS National Meeting and Exposition 2018年3月18日招待有り
ChemTS: an efficient python library for de novo molecular generation

Koji Tsuda

NIPS Workshop: Machine Learning on Molecules and Materials 2017年12月8日招待有り

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共同研究・競争的資金等の研究課題

探索的分析によるデータ駆動型仮説の信頼性評価法の確立と生命科学分野における実証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2020年4月 - 2025年3月

竹内一郎, 花田博幸, 寺田吉壱, 稲津佑, 本谷秀堅, 津田宏治
機械学習が道先案内する進化分子工学：がん治療抗体のスマート成熟プロセス提案

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2020年4月 - 2024年3月

梅津光央, 亀田倫史, 齋藤裕, 津田宏治
離散構造処理系の基盤アルゴリズムの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2015年5月 - 2020年3月

湊真一, 有村博紀, 瀧川一学, 宇野毅明, 堀山貴史, 津田宏治, 鷲尾隆
離散構造統計学の創出と癌科学への展開

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2015年 - 2020年

津田宏治
材料インフォマティクスに適した機械学習法の開拓

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

津田宏治, 志賀元紀, 鹿島久嗣, 竹内一郎
ナノ構造情報のフロンティア開拓－材料科学の新展開（国際活動支援）

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2018年3月

田中功, 柴田直哉, 太田裕道, 松永克志, 武藤俊介, 谷口尚, 北岡諭, 菅野了次, 高草木達, 津田宏治
ナノ構造情報のフロンティア開拓－材料科学の新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

田中功, 松永克志, 柴田直哉, 武藤俊介, 谷口尚, 太田裕道, 北岡諭, 菅野了次, 高草木達, 津田宏治, 足立裕彦, 佐久間健人, 髙野幹夫, 森博太郎, 樋口知之
ナノ構造情報に基づいた機能探索

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

田中功, 吉矢真人, 大場史康, 津田宏治, 世古敦人, 林博之
学習理論からの計算限界解明へのアプローチ

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年6月 - 2017年3月

瀧本英二, 篠原歩, 正代隆義, 畑埜晃平, 吉仲亮, 内沢啓, 津田宏治
プライバシー保護バイオインフォマティクス基盤技術の開発と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

浜田道昭, 清水佳奈, 花岡悟一郎, 津田宏治, フリスマーティン, 浅井潔
多様な半構造化データからのデータ構造推定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2012年4月 - 2016年3月

馬見塚拓, 瀧川一学, ハンコックティモシー, 志賀元紀, 津田宏治, 茅野光範, グェンカンハオ
基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2011年4月 - 2015年3月

富井健太郎, 津田宏治, 清水佳奈, 伊東純一
時系列遺伝子発現データからの遺伝子制御ネットワークの推定

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2012年 - 2013年

津田宏治, DUVERLE David
量子力学的ラベリングにより拡張されたデータマイニング理論の創出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

田中和之, 井上純一, 津田宏治
In-silico 創薬のための機械学習を用いた生理活性配座予測

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 若手研究(A) 2009年 - 2012年

津田宏治

産業財産権

特許7778303 部分構造選択ステップを含む設計データの生成方法、機能性分子の設計データの生成方法、機能性分子の設計プログラム及び機能性分子

内藤昌信, 藤田健弘, 中村泰之, 田村亮, 津田宏治, 隅田真人, 寺山慧

津田宏治

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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