笠原浩太 (KASAHARA KOTA) - マイポータル - researchmap

基本情報

学位: 博士（科学）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201601004343940512
researchmap会員ID: 7000017210

外部リンク: http://ktkshr.net

研究キーワード

1

バイオインフォマティクス、パターン認識、分子シミュレーション、分子動力学法、蛋白質、天然変性、イオンチャネル、理論的創薬、転写因子、翻訳後修飾、蛋白質デザイン

研究分野

1

ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

3

2013年1月 - 2016年3月

大阪大学蛋白質研究所・特任研究員
2010年10月 - 2012年12月

東北大学大学院情報科学研究科・特任研究員
2008年4月 - 2009年3月

日本学術振興会特別研究員

学歴

4

- 2010年9月

東京大学大学院, 大学院新領域創成科学研究科, 情報生命科学専攻
- 2007年3月

東北大学大学院, 大学院工学研究科, 応用化学専攻
- 2005年3月

東北大学, 工学部, 分子化学工学科
- 2003年3月

長岡工業高等専門学校, 物質工学科

論文

45

A virtual system-coupled molecular dynamics simulation free from experimental knowledge on binding sites: Application to RNA-ligand binding free-energy landscape

Junichi Higo, Kota Kasahara, Shun Sakuraba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Takuya Takahashi, Yoshifumi Fukunishi

Biophysics and Physicobiology 22(2) n/a-n/a 2025年
Carbon nanotube recognition by human Siglec-14 provokes inflammation.

Shin-Ichiro Yamaguchi, Qilin Xie, Fumiya Ito, Kazuki Terao, Yoshinobu Kato, Miki Kuroiwa, Satoshi Omori, Hideo Taniura, Kengo Kinoshita, Takuya Takahashi …

Nature nanotechnology 2023年4月6日
Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2

Toru Sengoku, Masaaki Shiina, Kae Suzuki, Keisuke Hamada, Ko Sato, Akiko Uchiyama, Shunsuke Kobayashi, Asako Oguni, Hayato Itaya, Kota Kasahara …

Nucleic Acids Research 50(21) 12543-12557 2022年12月1日査読有り
Sphingolipids with 2-hydroxy fatty acids aid in plasma membrane nanodomain organization and oxidative burst

Tomomi Ukawa, Fumihiko Banno, Toshiki Ishikawa, Kota Kasahara, Yuuta Nishina, Rika Inoue, Keigo Tsujii, Masatoshi Yamaguchi, Takuya Takahashi, Yoichiro Fukao …

Plant Physiology 189(2) 839-857 2022年6月1日
Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1–5’-UTR complex

Shun Sakuraba, Qilin Xie, Kota Kasahara, Junichi Iwakiri, Hidetoshi Kono

PLOS Computational Biology 18(1) e1009804-e1009804 2022年1月19日
Difference of binding modes among three ligands to a receptor mSin3B corresponding to their inhibitory activities

Tomonori Hayami, Narutoshi Kamiya, Kota Kasahara, Takeshi Kawabata, Jun-ichi Kurita, Yoshifumi Fukunishi, Yoshifumi Nishimura, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Scientific Reports 11(1) 2021年12月
All-Atom Molecular Dynamics Elucidating Molecular Mechanisms of Single-Transmembrane Model Peptide Dimerization in a Lipid Bilayer

Hayato Itaya, Kota Kasahara, Qilin Xie, Yoshiaki Yano, Katsumi Matsuzaki, Takuya Takahashi

ACS Omega 6(17) 11458-11465 2021年5月4日
Molecular Interaction Mechanism of a 14-3-3 Protein with a Phosphorylated Peptide Elucidated by Enhanced Conformational Sampling.

Junichi Higo, Takeshi Kawabata, Ayumi Kusaka, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Kentaro Mori, Yutaka Hata, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura

Journal of chemical information and modeling 60(10) 4867-4880 2020年10月26日
New Protocol for Predicting the Ligand-Binding Site and Mode Based on the 3D-RISM/KH Theory

Masatake Sugita, Masataka Hamano, Kota Kasahara, Takeshi Kikuchi, Fumio Hirata

Journal of Chemical Theory and Computation 16(4) 2864-2876 2020年4月14日
GA-guided mD-VcMD: A genetic-algorithm-guided method for multi-dimensional virtual-system coupled molecular dynamics

Junichi Higo, Ayumi Kusaka, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Itaya Hayato, Xie Qilin, Takuya Takahashi, Ikuo Fukuda, Kentaro Mori, Yutaka Hata …

Biophysics and Physicobiology 17 161-176 2020年
Free-energy landscape of molecular interactions between endothelin 1 and human endothelin type B receptor: Fly-casting mechanism

J Higo, K Kasahara, M Wada, B Dasgupta, N Kamiya, T Hayami, I Fukuda, Y Fukunishi, H Nakamura

Protein Eng Des Sel, In press 32(7) 297-308 2019年
Effects of ion–water Lennard-Jones potentials on the hydration dynamics around a monovalent atomic ion in molecular dynamics simulations

K Kasahara, Y Takimoto, R Ashida, T Takahashi

Molecular simulation 2019年
Effects of number of parallel runs and frequency of bias-strength replacement in generalized ensemble molecular dynamics simulations

T Shimato, †K Kasahara, J Higo, T Takahashi

PeerJ Physical Chemistry 1:e4 2019年
Multidimensional virtual-system coupled canonical molecular dynamics to compute free-energy landscapes of peptide multimer assembly

T Hayami, J Higo, H Nakamura

Journal of Computational Chemistry 40(28) 2453-2463-2463 2019年
Studies on molecular dynamics of intrinsically disordered proteins and their fuzzy complexes: A mini-review

K Kasahara, H Terazawa, T Takahashi, J Higo

Computational and Structural Biotechnology Journal 17 712-720 2019年
Multimodal Structural Distribution of the p53 C-Terminal Domain upon Binding to S100B via a Generalized Ensemble Method: From Disorder to Extradisorder

S Iida, T Kawabata, K Kasahara, H Nakamura

Journal of Chemical Theory and Computation 15(4) 2597-2607 2019年
Characteristics of interactions at protein segments without non-local intramolecular contacts in the Protein Data Bank

Kota Kasahara, Shintaro Minami, Yasunori Aizawa

PLoS ONE 13(12) e0205052. 2018年12月
蛋白質の天然変性領域の化学修飾による特異的構造誘起と活性制御機構

笠原浩太, 椎名政昭, 肥後順一, 緒方一博, 中村春木

分子シミュレーション研究会誌"アンサンブル" 20(4) 253-259 2018年10月
Influence of various parameters in the replica-exchange molecular dynamics method: Number of replicas, replica-exchange frequency, and thermostat coupling time constant

†Ryosuke Iwai, †Kota Kasahara, Takuya Takahashi

Biophysics and Physicobiology 15 165-172-172 2018年6月
Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation

Kota Kasahara, Shun Sakuraba, Ikuo Fukuda

Journal of Physical Chemistry B 122(9) 2495-2503 2018年3月8日

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MISC

5

Development and application of novel non-Ewald methods for calculating electrostatic interactions in molecular simulations

Ikuo Fukuda, Narutoshi Kamiya, Han Wang, Kota Kasahara, Haruki Nakamura

PROTEIN SCIENCE 24 290-290 2015年10月
Exploring the proton permeation pathway by using homology modeling and molecular dynamics simulation of the Hv1 proton channel

Matsuyuki Shirota, Susumu Chiba, Kota Kasahara, Kengo Kinoshita

JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES 63 S55-S55 2013年
K⁺チャネルにおける溶液イオン濃度依存なイオン透過機構スイッチングに関する分子動力学的解析

笠原浩太, 城田松之, 木下賢吾, 木下賢吾

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 12th 2012年
VSOPのNa⁺チャネルを用いたモデリングと分子シミュレーション

千葉奏, 城田松之, 笠原浩太, 木下賢吾

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 12th 2012年
K₊チャネルにおける溶液イオン濃度依存なイオン透過機構スイッチングに関する分子動力学的解析

笠原浩太, 城田松之, 木下賢吾, 木下賢吾

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 12th 2012年

書籍等出版物

3

iｎｓｉｌｉｃｏ創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

技術情報協会編

技術情報協会 2018年1月 (ISBN: 4861046882)
見て分かる構造生命科学

中村春木

化学同人 2014年
岩波講座計算科学4 計算と生命

柳田敏雄, 木下賢吾, 木寺詔紀, 林重彦, 江口至洋, 高木周

岩波書店 2012年

講演・口頭発表等

39

タンパク質間相互作用メカニズムの解明に向けたアミノ酸N-gram 統計解析

第16回日本蛋白質科学会年会 2018年6月27日
ポリグルタミン酸のへリックスコイル転移における末端の安定性に関する分子動力学法による検討

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月21日
レプリカ交換分子動力学シミュレーションによる酸性条件下でのポリグルタミン酸の最安定構造

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月21日
機械学習を用いたタンパク質と薬のドッキング予測

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月21日
拡張アンサンブル分子動力学法のサンプリング効率向上のための最適条件の探索

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月21日
Virtual system coupled canonical molecular dynamics simulation to enhance sampling along a reaction coordinate

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月21日
マルチカノニカル分子動力学法を用いた転写因子天然変性領域によるDNA結合制御メカニズムの検討

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
ミトコンドリア凝集に伴う表面ｐHの変化の計算

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
Oct4の2つのDNA結合サブドメインを結ぶlinker領域の構造多様性

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
蛋白質の二次構造と水和ダイナミクスの相関に関する分子動力学的研究

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
イオン周囲の水分子の運動性を再現する新規Lennard-Jonesパラメータの検討

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
レプリカ交換分子動力学シミュレーションによる酸性条件下でのポリグルタミン酸の最安定構造

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
Statistical analysis of correlation between amino acid sequence and protein function based on using Protein Data Bank

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
Non-Ewald method for accurately and efficiently calculating electrostatic interactions in molecular simulations

Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations 2017年8月25日
Phosphorylation on intrinsic disordered region of Ets1 yields a specific interaction among many fuzzy interactions

The 5th APPA symposium 2017年7月11日
分子シミュレーションによる転写因子機能制御メカニズムの解明：天然変性、翻訳後修飾、協調的結合

第2 回生物資源セミナー「構造生物学が拓く生命科学研究」 2017年7月1日
Oct4の2つのDNA結合サブドメインを結ぶlinker領域の構造多様性

蛋白質科学会第17回年会 2017年6月21日
天然変性領域であるp53C末端ドメインの、分子認識メカニズムの解明

蛋白質科学会第17回年会 2017年6月21日
"分子動力学法を用いた蛋白質水和ダイナミクスの検討：蛋白質二次構造による影響

蛋白質科学会第17回年会 2017年6月21日
天然変性領域による転写制御の分子機構

第５回関西四私大生命科学シンポジウム 2017年3月7日

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担当経験のある科目(授業)

12

所属学協会

3

共同研究・競争的資金等の研究課題

4

膜蛋白質 GPCR と薬剤化合物ボセンタンの結合自由エネルギー地形

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

肥後順一, 笠原浩太
転写因子の天然変性領域におけるリン酸化ラッチ機構の普遍性の検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2022年3月

笠原浩太, 仙石徹
弱い相互作用を持つたんぱく質の新規デザイン

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

笠原浩太, 鎌形清人, 丹羽達也
計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年6月 - 2017年3月

中村春木, 藤井聡, 皿井明倫, 神谷成敏, 河野秀俊, 笠原浩太, 飯田緑