MISC

2006年6月26日

可変長ワイルドカード領域を持つ極小な頻出配列パターンの抽出

情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS)
  • 加藤 智之
  • ,
  • 北上 始
  • ,
  • 高木 允
  • ,
  • 田村 慶一
  • ,
  • 黒木 進
  • ,
  • 森 康真

2006
68
開始ページ
9
終了ページ
14
記述言語
英語
掲載種別
出版者・発行元
一般社団法人情報処理学会

著者らは、アミノ酸配列データベースからモチーフの候補である頻出パターンを抽出するために、極小な可変長ワイルドカード領域を持つ頻出パターンを導き出す方法を提案する。この方法では、k-頻出パターン(長さkの頻出パターン)から(k+1)-頻出パターンを生成するパターン成長アプローチを拡張し、k-頻出パターンごとにスコープデータベースを作成する。スコープデータベースの有効性を示すために、PROSITEからLeucine Zipperモチーフを含むデータセットを取り出し、可変長の頻出パターンを抽出する能力の評価を行ったので、その結果について報告する。We propose a method for extracting frequent sequential patterns with minimum variable-wildcard regions, in order to extract candidates of a motif from amino acid sequence databases. A scope database defined by each frequent k-length pattern is constructed by the extension of Projected Database that generate frequent (k+1)-length patterns from a frequent k-length pattern in pattern growth approach. Moreover, we report experimental results that our extended method was evaluated using a dataset that includes the Leucine Zipper motif.

リンク情報
CiNii Articles
http://ci.nii.ac.jp/naid/110004849763
CiNii Books
http://ci.nii.ac.jp/ncid/AN10505667
URL
http://id.ndl.go.jp/bib/7971951
URL
http://id.nii.ac.jp/1001/00033121/
ID情報
  • ISSN : 0919-6072
  • CiNii Articles ID : 110004849763
  • CiNii Books ID : AN10505667

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