我々は， ヒト消化管からの分離株であるL. rhamnosus ATCC 53103 株（別名としてGG 株）のゲノムを配列決定した。ATCC 53103 株は，最もプロバイオティクス効果の研究されている菌株の1 つである。本菌株のゲノムサイズは，3.0 Mb の染色体を有し，2,836 のタンパク質をコードしていた。糖代謝・アミノ酸代謝とその輸送に関係するタンパク質の他に，注目に値する防衛機構に関する遺伝子を多く保有していた。比較のゲノム分析で，広範囲なシンテニーがL. rhamnosus ATCC 53103 株とその近縁種であるL. casei ATCC 334 株（チーズ分離株）の間でみられた。しかし，L. rhamnosus ゲノムには多数の挿入，すなわち，PTS-タイプ輸送機システム，配糖体ヒドロラーゼと転写制御因子のために遺伝子から成る遺伝子群を含み，腸環境への潜在的適合性を反映していた。ATCC 53103 株には多くの細胞表面付着タンパク質が予測された。さらに，そのゲノムは，付着性に対して機能的なSpaCBA 線毛をコード化していた。L. rhamnosus ゲノムのこれらの特徴は，消化管生存に関与して，腸の粘膜と微生物叢との相互作用に貢献していると推察された。