JMTRは、さまざまな利用者に応えるため、1968年の初臨界から38年の間、165サイクルもの運転を行ってきた。原子力機構は、長期運転に対応するためJMTRを改修することを決定した。JMTRは、改修のため、2006年8月から長期の停止期間に入り、2012年に再稼働する予定である。JMTRの運転性能を向上するため、更新すべき機器は、高経年化に伴う損傷や劣化等に関する評価に基づいて選定された。原子炉供用期間中の安全管理については、設備及び機器等の健全性,信頼性を維持することを目的として、施設定期自主検査及び日常点検を実施して、設備,機器等の性能が維持されていることを確認している。原子炉更新期間中の安全管理についてもまた、原子炉供用期間中と同様に行っている。ただし、更新中の機器の検査のあり方については、原子炉供用期間中とは異なる。このように、適切に原子炉施設の検査を継続的に行うこと、及び、適切な更新作業を行うことによりJMTRの長期安全運転を行うことができる。現在は2011年東北地方太平洋沖地震における施設の健全性調査を実施している。