清水義宏 (Yoshihiro Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センターチームディレクター

学位: 博士（工学）(2003年3月東京大学)

研究者番号: 90401231
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-3499-1394
J-GLOBAL ID: 201701020786837660
researchmap会員ID: B000273161

外部リンク: https://sites.google.com/site/labcfps/

無細胞タンパク質合成研究チーム/チームディレクター

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

理化学研究所生命機能科学研究センター無細胞タンパク質合成研究チーム, チームディレクター
2019年4月 - 2024年3月

理化学研究所生命機能科学研究センター無細胞タンパク質合成研究チーム, チームリーダー
2018年4月 - 2019年3月

理化学研究所生命機能科学研究センター, 無細胞タンパク質合成研究ユニット, ユニットリーダー
2011年4月 - 2018年3月

理化学研究所生命システム研究センター, 無細胞タンパク質合成研究ユニット, ユニットリーダー
2010年10月 - 2011年3月

理化学研究所計算生命科学研究センター設立準備室, 無細胞タンパク質合成開発ユニット, ユニットリーダー
2004年10月 - 2010年9月

東京大学大学院新領域創成科学研究科, メディカルゲノム専攻, 助手/助教/特任助教
2003年4月 - 2004年9月

株式会社ポストゲノム研究所, 主任研究員
2000年4月 - 2003年3月

日本学術振興会, 特別研究員（DC1）

学歴

1998年4月 - 2003年3月

東京大学, 大学院工学系研究科, 化学生命工学専攻
1994年4月 - 1998年3月

東京大学, 工学部, 化学生命工学科

論文

DNA Origami Assembly inside Liposomes via Nanopore-Mediated DNA Transportation

Shoji Iwabuchi, Kengo Kurematsu, Kazuya Yokoo, Yusuke Sakai, Yoshihiro Shimizu, Ryuji Kawano

2025年11月19日
Evolutionary Flexibility of Ribosome Biogenesis in Bacteria

Kazuaki Amikura, Shun′ichi Ishii, Yoshihiro Shimizu, Shino Suzuki

Molecular Biology and Evolution 2025年10月29日
SeeThrough: a rationally designed skull clearing technique for in vivo brain imaging.

Xinyi Liu, Motokazu Uchigashima, Ikumi Oomoto, Yoshihito Saito, Hitoshi Uchida, Shinya Oginezawa, Keiko Masuda, Daisuke Satoh, Manabu Abe, Kenji Sakimura …

Nature communications 16(1) 7584-7584 2025年8月26日
Simultaneous in vitro expression of minimal 21 transfer RNAs by tRNA array method

Ryota Miyachi, Keiko Masuda, Yoshihiro Shimizu, Norikazu Ichihashi

Nature Communications 16(1) 7418-7418 2025年8月26日
Meeting Report: The Japanese-German Symposium on the "Advancement and Application of Proteoform-Centric Proteomics" (Kyoto, Japan, 2024).

Nobuaki Takemori, Philipp T Kaulich, Jan Hahn, Hartmut Schlüter, Naoyuki Sugiyama, Kazuya Tsumagari, Yasushi Ishihama, Sabine Fuchs, Mio Iwasaki, Franz-Josef Müller …

Proteomics e202400394 2025年5月20日
Sustainable Regeneration of 20 Aminoacyl-tRNA Synthetases in a Reconstituted System Toward Self-Synthesizing Artificial Systems

Yoshihiro Shimizu, Norikazu Ichihashi, Katsumi Hagino, Keiko Masuda

Science Advances 11(14) eadt6269 2025年4月2日
In Vitro Selection of Collagen‐Binding Vascular Endothelial Growth Factor Containing Genetically Encoded Mussel‐Inspired Adhesive Amino Acids

Takuya Miwa, Akiko Yumoto, Seiichi Tada, Shin‐Woong Kim, Noriko Minagawa, Takayoshi Matsuda, Kazumasa Ohtake, Yoshihiro Shimizu, Kensaku Sakamoto, Toshiro Aigaki …

Chemistry – A European Journal 31(15) e202404178 2025年3月12日
DECODE enables high-throughput mapping of antibody epitopes at single amino acid resolution.

Katsuhiko Matsumoto, Shoko Y Harada, Shota Y Yoshida, Ryohei Narumi, Tomoki T Mitani, Saori Yada, Aya Sato, Eiichi Morii, Yoshihiro Shimizu, Hiroki R Ueda

PLoS biology 23(1) e3002707 2025年1月
Fibrinopeptide A-induced blood-feeding arrest in the yellow fever mosquito Aedes aegypti.

Chisako Sakuma, Takeo Iwamoto, Keiko Masuda, Yoshihiro Shimizu, Fumiaki Obata, Hirotaka Kanuka

Cell reports 43(7) 114354-114354 2024年7月23日
Programmable Computational RNA Droplets Assembled via Kissing-Loop Interaction.

Udono H, Fan M, Saito Y, Ohno H, Nomura SM, Shimizu Y, Hirohide Saito, Masahiro Takinoue (瀧ノ上正浩)

ACS nano 18(24) 15477-15486 2024年6月3日
Development of PCR primers enabling the design of flexible sticky ends for efficient concatenation of long DNA fragments.

Nomura K, Onda K, Hirotaka Murase, Hashiya F, Ono Y, Terai G, Natsuhisa Oka, Asai K, Suzuki D, Takahashi N …

RSC chemical biology 5(4) 360-371 2024年2月26日
Ebola virus–like particles reprogram cellular metabolism

Huaqi Tang, Yasmine Abouleila, Anno Saris, Yoshihiro Shimizu, Tom H. M. Ottenhoff, Alireza Mashaghi

Journal of Molecular Medicine 101(5) 557-568 2023年5月査読有り
ePURE_JSBML: A Tool for Constructing a Deterministic Model of a Reconstituted Escherichia coli Protein Translation System with a User‐Specified Nucleic Acid Sequence

Yoshihiro Shimizu, Naoki Tanimura, Tomoaki Matsuura

Advanced Biology 7(3) e2200177 2023年3月査読有り筆頭著者責任著者
A large‐scale targeted proteomics of plasma extracellular vesicles shows utility for prognosis prediction subtyping in colorectal cancer

Keiko Kasahara, Ryohei Narumi, Satoshi Nagayama, Keiko Masuda, Tsuyoshi Esaki, Kazutaka Obama, Takeshi Tomonaga, Yoshiharu Sakai, Yoshihiro Shimizu, Jun Adachi

Cancer Medicine 12(6) 7616-7626 2022年11月16日査読有り責任著者
A red light–responsive photoswitch for deep tissue optogenetics

Yuto Kuwasaki, Kazushi Suzuki, Gaigai Yu, Shota Yamamoto, Takahiro Otabe, Yuki Kakihara, Michiru Nishiwaki, Keita Miyake, Keiji Fushimi, Ramsey Bekdash …

Nature Biotechnology 40(11) 1672-1679 2022年11月査読有り
Transfer RNA Synthesis-Coupled Translation and DNA Replication in a Reconstituted Transcription/Translation System

Ryota Miyachi, Yoshihiro Shimizu, Norikazu Ichihashi

ACS Synthetic Biology 11(8) 2791-2799 2022年8月19日査読有り
Tracking metabolites at single-cell resolution reveals metabolic dynamics during plant mitosis.

Emiko Okubo-Kurihara, Ahmed Ali, Mika Hiramoto, Yukio Kurihara, Yasmine Abouleila, Eman Muhammad Abdelazem, Takayuki Kawai, Yuko Makita, Mika Kawashima, Tsuyoshi Esaki …

Plant physiology 189(2) 459-464 2022年3月18日査読有り
Cell-Free Synthesis of Human Endothelin Receptors and Its Application to Ribosome Display.

Nakai H, Isshiki K, Hattori M, Maehira H, Yamaguchi T, Masuda K, Shimizu Y, Watanabe T, Hohsaka T, Shihoya W …

Analytical chemistry 2022年2月21日査読有り
In vitro reconstitution of the Escherichia coli 70S ribosome with a full set of recombinant ribosomal proteins

Ryo Aoyama, Keiko Masuda, Masaru Shimojo, Takashi Kanamori, Takuya Ueda, Yoshihiro Shimizu

Journal of Biochemistry 171(2) 227-237 2022年2月1日査読有り責任著者
Capillary microsampling-based single-cell metabolomics by mass spectrometry and its applications in medicine and drug discovery.

Abouleila Y, Ahmed Ali, Masuda K, Mashaghi A, Shimizu Y

Cancer biomarkers : section A of Disease markers 2022年1月1日査読有り責任著者

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MISC

絶対定量的質量分析法を用いたアミロイドーシス30症例の検討

堂本裕加子, 小川真喜子, 永島良樹, 大出晃士, 清水義宏, 上田泰己, 深山正久

日本病理学会会誌 108(1) 430-430 2019年4月
タンパク質合成と数理モデル

清水義宏, 松浦友亮

生物工学会誌 97 492-495 2019年
一細胞質量分析によるメタボローム解析

清水義宏, Yasmine Abouleila, Ahmed Ali, 鬼谷薫, 渡邉朋信, Arno Germond, 本田一文

日本プロテオーム学会誌 2(2) 1-7 2019年査読有り招待有り筆頭著者
質量分析によるアミロイドーシス診断系の開発

永島良樹, 永島良樹, 小川真貴子, 大出晃士, 堂本裕加子, 清水義宏, 深山正久, 上田泰己, 上田泰己

日本血管生物医学会学術集会プログラム・抄録集 26th 117 2018年
無細胞合成ペプチドを利用したタンパク質絶対定量

鳴海良平, 清水義宏, 上田泰己

日本プロテオーム学会誌 2(2) 75-82 2017年
質量分析を用いた新規絶対タンパク定量法による時計タンパクの定量

鳴海良平, 清水義宏, 鵜飼磨貴, 大出晃士, 神田元紀, 篠原雄太, 佐藤文, 松本桂彦, 上田泰己

日本プロテオーム学会大会要旨集 2017 167-167 2017年
再構成型無細胞タンパク質合成システムを利用した新規タンパク質定量法「MS‐QBiC」による体内時刻の測定

清水義宏, 鳴海良平, 上田泰己

日本生物工学会大会講演要旨集 68th 277 2016年8月25日
無細胞タンパク質合成システム

清水義宏, 木賀大介

生物工学会誌 93(10) 603-606 2015年
生命の部分再構成としてのPURE system

清水義宏

生体の科学 65(5) 498-499 2014年
The PURE system for protein production

Yoshihiro Shimizu, Yutetsu Kuruma, Takashi Kanamori, Takuya Ueda

Methods in Molecular Biology 1118 275-284 2014年
自己複製可能な無細胞翻訳系の構築に向けて

清水義宏

実験医学 29 1078-1083 2011年
大腸菌翻訳開始複合体形成における翻訳エンハンサー配列の効果

秋山裕也, 高橋俊太郎, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 12th 158 2010年7月27日
水晶発振子を用いた一連の大腸菌翻訳反応のリアルタイム測定

高橋俊太郎, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 12th 42 2010年7月27日
PURE technology

Shimizu, Y., Ueda, T.

Methods Mol Biol 607 11-21 2010年
水晶発振子と無細胞翻訳系を組み合わせて可能にしたタンパク質生合成のその場観察

高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会バイオテクノロジー部会シンポジウム講演要旨集 12th 50 2009年9月13日
水晶発振子と無細胞合成系を組み合わせた翻訳反応のリアルタイム解析

黒田大介, 高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 11th 121 2009年7月27日
水晶発振子上で観察した翻訳開始複合体からの翻訳開始因子の解離過程

高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 11th 90 2009年7月27日
タンパク質合成の実時間観察によるmRNA配列依存的翻訳効率の評価

高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会講演予稿集 89th(2) 1425 2009年3月13日
翻訳開始複合体を固定化した水晶発振子上での伸長過程の観察

本田智子, 高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会講演予稿集 89th(2) 1311 2009年3月13日
水晶発振子上での無細胞翻訳系タンパク質合成のその場観察

飯田匡章, 高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会バイオテクノロジー部会シンポジウム講演要旨集 11th 197 2008年9月8日

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書籍等出版物

人工細胞の創製とその応用

安達仁朗, 清水義宏 (担当:共著, 範囲:第一章2節人工細胞と無細胞タンパク質合成システム)

シーエムシー出版 2017年
タンパク質結晶の最前線

清水義宏 (担当:共著, 範囲:第一章2節無細胞タンパク質合成)

シーエムシー出版 2013年
生命システム工学

清水義宏, 上田卓也 (担当:共著, 範囲:4章タンパク質合成システムの再構成)

化学同人 2012年
RNA実験ノート上巻

清水義宏, 上田卓也 (担当:共著, 範囲:大腸菌由来酵素, 因子群を用いた翻訳)

羊土社 2008年
やさしい原理からはいるタンパク質科学実験法 1 タンパク質をつくる

清水義宏, 上田卓也 (担当:共著, 範囲:再構築型無細胞タンパク質合成系)

化学同人 2008年
Cell-Free Expression

Ying, B. W, Shimizu, Y, Ueda, T (担当:共著, 範囲:The PURE system: a minimal cell-free translation system)

Eurekah Bioscience Collection 2007年
Encyclopedia of Molecular Cell Biology and Molecular Medicine

Ueda, T, Inoue, A, Shimizu, Y (担当:共著, 範囲:Cell-free translation systems)

Wiley-VCH Verlag GmbH & Co, KGaA, Weinhelm 2004年
タンパク質実験ノート

清水義宏, 上田卓也 (担当:共著, 範囲:無細胞タンパク質合成系)

羊土社 2004年
Cell-free translation systems

Ueda, T, Inoue, A, Kaida, M, Baba, R, Shimizu, Y (担当:共著, 範囲:PURE system - New cell-free translation system reconstituted with purfied components)

Springer Verlag, Heiderberg 2002年

共同研究・競争的資金等の研究課題

がん転移巣に対する細胞集合効果の影響の検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2028年3月

上田善文, 石渡俊行, 清水義宏
生物班：CO環境で成立する生物圏の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

鈴木志野, 石井俊一, 加藤創一郎, 網蔵和晃, 福山宥斗, 清水義宏
プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2020年8月 - 2025年3月

野村慎一郎, 瀧ノ上正浩, 清水義宏, 大野博久
血清オミックス解析による脳梗塞部位同定技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2022年6月 - 2024年3月

清水義宏, 砂川玄志郎
プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2020年4月 - 2021年3月

野村慎一郎, 齊藤博英, 大野博久, 瀧ノ上正浩, 清水義宏
高感度ナノESI式１細胞質量分析による薬理薬効評価法の創出と革新的新薬の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

安永正浩, 清水義宏, 柳田敏雄
翻訳鋳型核酸の部位特異的大規模解析によるセントラルドグマが持つ高次性の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年4月 - 2019年3月

清水義宏
タンパク質量の均一化による微量タンパク質の網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2017年3月

松本桂彦, 上田泰己, 鳴海良平, 清水義宏
無細胞タンパク質合成システムの自己複製

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 2014年4月 - 2017年3月

清水義宏
リボソームプロファイリングを用いた無細胞タンパク質合成システムの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

清水義宏
人工細胞モデル構築のための基盤技術としての無細胞タンパク質合成システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2008年 - 2009年

清水義宏
トランス翻訳特異的な蛋白質SmpBが引き起こすリボソームの動態解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2007年 - 2008年

清水義宏
翻訳と共役した無細胞蛋白質成熟システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2006年 - 2008年

上田卓也, 清水義宏