林哲太郎 (Tetsutaro Hayashi) - マイポータル

基本情報

学位: 理学(兵庫県立大)

J-GLOBAL ID: 201801016259542652
researchmap会員ID: B000304495

経歴

2025年4月 - 現在

理化学研究所最先端研究プラットフォーム連携（TRIP）事業本部科学研究基盤モデル開発プログラム, オミクス計算モデル開発チーム
2019年4月 - 2025年3月

理化学研究所, 生命機能科学研究センターバイオインフォマティクス研究開発チーム
2018年4月 - 2019年3月

理化学研究所生命機能科学研究センター, バイオインフォマティクス研究開発ユニット
2014年1月 - 2018年3月

理化学研究所情報基盤センター, バイオインフォマティクス研究開発ユニット
2012年4月 - 2013年12月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センター, 非対称細胞分裂研究グループ
2005年4月 - 2012年3月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センター, ゲノム資源解析ユニット
2000年7月 - 2005年3月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センター, 進化再生研究グループ

論文

Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation

Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima

2024年2月11日
Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis

Hitomi Takada, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Kaori Tanaka, Yoshimi Iwayama, Tetsutaro Hayashi, Ayako Isomura-Matoba, Itoshi Nikaido, Akira Kurisaki

Nature Communications 2023年6月29日査読有り
A centrifugation-based method for high-throughput biomaterial separation using magnetic microbeads

Hiroki Sugishita, Kazunori Hojo, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Yukiko Gotoh

2023年4月26日
Maternal epigenetic factors in embryonic and postnatal development.

Hiromi Nishimura, Yayoi Ikawa, Eriko Kajikawa, Natsumi Shimizu-Mizuno, Sylvain Hiver, Namine Tabata-Okamoto, Masashi Mori, Tomoya Kitajima, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura …

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 2023年3月12日
Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers.

Johannes N Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada

PLoS genetics 18(6) e1010235 2022年6月1日
Loss of plac8 expression rapidly leads pluripotent stem cells to enter active state during planarian regeneration.

Hayoung Lee, Kanon Hikasa, Yoshihiko Umesono, Tetsutaro Hayashi, Kiyokazu Agata, Norito Shibata

Development (Cambridge, England) 149(3) 2022年2月1日査読有り
Erratum: Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome.

Yamada A, Hirasawa T, Nishimura K, Shimura C, Kogo N, Fukuda K, Kato M, Yokomori M, Hayashi T, Umeda M …

iScience 2021年10月
Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome.

Ayumi Yamada, Takae Hirasawa, Kayako Nishimura, Chikako Shimura, Naomi Kogo, Kei Fukuda, Madoka Kato, Masaki Yokomori, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda …

iScience 24(7) 102741-102741 2021年7月23日査読有り
Imaging and single cell sequencing analyses of super-enhancer activation mediated by NF-κ B in B cells

Johannes Nicolaus Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada

2021年7月13日
Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction.

Tappei Mishina, Namine Tabata, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mana Umeda, Masashi Mori, Yayoi Ikawa, Hiroshi Hamada, Itoshi Nikaido, Tomoya S Kitajima

Aging cell e13428 2021年7月10日査読有り
Tracing the origin of hair follicle stem cells.

Ritsuko Morita, Noriko Sanzen, Hiroko Sasaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Takaya Abe, Hiroshi Kiyonari …

Nature 594(7864) 547-552 2021年6月査読有り
The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression.

Hiroki Michida, Hiroaki Imoto, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Masahide Seki, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Takeya Kasukawa, Yutaka Suzuki …

Cell reports 31(9) 107724-107724 2020年6月2日査読有り
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells.

Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Zhe Liu, Takashi Yamamoto …

Science advances 6(25) eaaz6699 2020年6月査読有り
Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects

Elisabetta Mereu, Atefeh Lafzi, Catia Moutinho, Christoph Ziegenhain, Davis J. McCarthy, Adrián Álvarez-Varela, Eduard Batlle, Sagar, Dominic Grün, Julia K. Lau …

Nature Biotechnology 2020年4月6日査読有り
The pharyngeal nervous system orchestrates feeding behavior in planarians

Mai Miyamoto, Miki Hattori, Kazutaka Hosoda, Mika Sawamoto, Minako Motoishi, Tetsutaro Hayashi, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono

Science Advances 2020年4月査読有り
Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets

Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Itoshi Nikaido

BMC Genomics 21(1) 2020年3月査読有り
Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration.

Okumura A, Hayashi T, Ebisawa M, Yoshimura M, Sasagawa Y, Nikaido I, Umesono Y, Mochii M

Development, growth & differentiation 61(9) 447-456 2019年12月査読有り
A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq

Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido

NAR Genomics and Bioinformatics 2(1) lqz020 2019年12月査読有り
Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs

Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno, Itoshi Nikaido

Nature Communications 9(1) 2018年12月1日査読有り
Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas.

Kobayashi H, Nagahama T, Arai W, Sasagawa Y, Umeda M, Hayashi T, Nikaido I, Watanabe H, Oguri K, Kitazato H …

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 82(7) 1123-1133 2018年4月査読有り

もっとみる

MISC

1細胞RNA解析で世界最高成績－国際的な性能比較研究で証明－

笹川洋平, 田中かおり, 林哲太郎, 二階堂愛

2020年4月7日
生化学・分子生物学 1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割

林哲太郎, 二階堂愛

医学のあゆみ 270(3) 258-260 2019年7月
Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods

Yohei Sasagawa, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido

Advances in Experimental Medicine and Biology 1129 1-17 2019年4月招待有り
JAPANESE AUTHOR シングルセル解析の新たな計測技術を開発

二階堂愛, 林哲太郎, 尾崎遼, 梅田茉奈

Natureダイジェスト 15(5) 22-25 2018年5月
「フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際

林哲太郎, 二階堂愛

実験医学別冊「新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる！」 275-283 2016年招待有り
１細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術-１細胞遺伝子発現解析の観点から

林哲太郎, 二階堂愛

実験医学別冊「新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる！」 267-274 2016年招待有り
Plabrain DB

阿形清和, 西村周泰, 西村理, 林哲太郎, 樽井寛

文部科学省委託研究開発事業統合データベースプロジェクト「生命科学系データベースアーカイブ」 2010年
CULTURE AND CELLULAR CHARACTERIZATION OF PLANARIAN STEM CELL(Developmental Biology)(Proceedings of the Seventy-Third Annual Meeting of the Zoological Society of Japan) :

Asami Maki, Hayashi Tetsutaro, Agata Kiyokazu

Zoological science 19(12) 1455-1455 2002年
幹細胞研究の最前線と再生医療への応用発生・分化メカニズムの解明,そして臨床へ第2章再生医学・再生医療の現状と可能性 1 モデル生物 3 プラナリアにおける再生研究プラナリア幹細胞に迫る

浅見真紀, 中塚剛史, 林哲太郎, 阿形清和

実験医学 19(15) 2001年

書籍等出版物

実験デザインからわかるシングルセル研究実践テキスト

林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:プレート型scRNA-Seqの特徴と実践)

羊土社 2024年4月 (ISBN: 9784758122702)
新世代フローサイトメトリー活用スタンダード : 生物学・医学・創薬研究で定量・多色解析を活かす! : 基本原理の理解と実践プロトコール

芳村美佳, 林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:機械学習を用いたFCMデータ解析〜次元圧縮手法の原理と事例)

羊土社 2021年12月 (ISBN: 9784758122542)
フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! : マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない!

林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際)

羊土社 2016年9月 (ISBN: 9784758101967)
フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! : マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない!

林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:１細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術１細胞遺伝子発現解析の観点から)

羊土社 2016年9月 (ISBN: 9784758101967)

講演・口頭発表等

Shin-RamDA-seq: High-sensitivity stranded total RNA sequencing for identifying genomic breakpoints at single-base and single-cell resolution

Tetsutaro Hayashi

ACC International Symposium 2025 2025年1月24日
プレート型1細胞RNA-seq法のやや自動化と反応液量の微量化

林哲太郎

Laboratory Automation月例勉強会 / 2025.01 2025年1月10日招待有り
Shin-RamDA-seq: 1細胞解像度で転写とゲノム構造変異をマルチモーダルに検出する技術

林哲太郎, 久世真理子, 尾崎遼, 芳村美佳, 佐藤天平, 谷上賢瑞, 秋光信佳, 二階堂愛

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月27日
1 細胞解像度を有したプラナリア全RNA アトラスの創出へ

林哲太郎

Looking back of studies on planarian regeneration and future directions 2024年8月20日招待有り
バイオ｢実験｣DXで挑む1細胞オミクス技術開発２０２４

林哲太郎

JASIS 2024 2024年9月5日招待有り
新規１細胞 total RNAシーケンス法を用いたプラナリアの全RNAアトラス構築への挑戦と展望

林哲太郎

第56回日本発生生物学会 2023年7月22日招待有り
１細胞中の全ての転写産物を漏れなく全長シーケンスする技術への挑戦

林哲太郎

第45回日本分子生物学会年会 2022年11月30日招待有り
１細胞から様々な転写ダイナミクスを読み解く技術の開発

林哲太郎

第45回日本分子生物学会年会 2022年11月30日
バイオ｢実験｣DXで挑む1細胞オミクス技術開発

林哲太郎

NGS EXPO 2022 2022年10月19日招待有り
なければ作ろうNGSガジェット

林哲太郎

Laboratory Automation月例勉強会 / 2022.06 2022年6月24日
新規1細胞トータルRNAシーケンス法を用いたプラナリア全RNAアトラス計画

林哲太郎, 久世真理子, 二階堂愛

第92回日本動物学会オンライン米子大会 2021年9月3日招待有り
1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発現場から - プラナリアからヒトまで -

林哲太郎

第18回日本再生医療学会総会 2019年3月22日招待有り
RamDA-seqがもたらす1細胞RNAシーケンス法の新たな展望

林哲太郎

第41回日本分子生物学会年会 2018年11月29日
1 細胞トータルRNA シーケンス法は、発生生物学の「ゆらぎ」解析にパラダイムシフトをもたらすのか？

林哲太郎

生命科学系学会合同年次大会（ConBio2017） 2017年12月8日招待有り
1 細胞Quartz-Seq のハイスループット化と新しい逆転写法による検出遺伝子数改善

林哲太郎

NGS 現場の会第四回研究会 2015年7月1日招待有り

共同研究・競争的資金等の研究課題

１細胞解像度を有したプラナリア全RNAアトラスの創出

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 挑戦的研究(開拓) 2019年6月 - 2024年3月

林哲太郎

産業財産権

特許JP7178700 宿主生殖腺への生着能を有する生殖細胞識別マーカー

林誠, 岩崎佳子, 林哲太郎, 海老澤昌史, 笹川洋平, 芳村美佳, 二階堂愛, 市田健介, 吉崎悟朗
特許6583796 核酸の増幅方法

林哲太郎, 笹川洋平, 二階堂愛

その他

Nature ダイジェスト

2018年5月 - 2018年5月

｢シングルセル解析の新たな計測技術を開発｣ Nature ダイジェスト Vol. 15 No. 5 | doi : 10.1038/ndigest.2018.180522
理化学研究所 / 日本医療研究開発機構プレスリリース

2018年2月 - 2018年2月

｢1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測｣－1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発に成功－ http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/
理化学研究所神戸研究所プレスリリース

2012年2月 - 2012年2月

プラナリアの尾の再生に重要な働きをする遺伝子を発見 http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/12/120209_planaria.html

林哲太郎

基本情報

経歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

その他

メニュー

共著者の一覧