林哲太郎 (Tetsutaro Hayashi) - マイポータル

基本情報

学位: 理学(兵庫県立大)

J-GLOBAL ID: 201801016259542652
researchmap会員ID: B000304495

経歴

2019年4月 - 現在

理化学研究所生命機能科学研究センターバイオインフォマティクス研究開発チーム
2018年4月 - 2019年3月

理化学研究所生命機能科学研究センターバイオインフォマティクス研究開発ユニット
2014年1月 - 2018年3月

理化学研究所情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニット
2012年4月 - 2013年12月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センター非対称細胞分裂研究グループ
2005年4月 - 2012年3月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センターゲノム資源解析ユニット
2000年7月 - 2005年3月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センター進化再生研究グループ

論文

Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers.

Johannes N Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada

PLoS genetics 18(6) e1010235 2022年6月1日
Loss of plac8 expression rapidly leads pluripotent stem cells to enter active state during planarian regeneration.

Hayoung Lee, Kanon Hikasa, Yoshihiko Umesono, Tetsutaro Hayashi, Kiyokazu Agata, Norito Shibata

Development (Cambridge, England) 149(3) 2022年2月1日査読有り
Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra syndrome.

Ayumi Yamada, Takae Hirasawa, Kayako Nishimura, Chikako Shimura, Naomi Kogo, Kei Fukuda, Madoka Kato, Masaki Yokomori, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Yoichiro Iwakura, Itoshi Nikaido, Shigeyoshi Itohara, Yoichi Shinkai

iScience 24(7) 102741-102741 2021年7月23日査読有り
Imaging and single cell sequencing analyses of super-enhancer activation mediated by NF-κ B in B cells

Johannes Nicolaus Wibisana, Takehiko Inaba, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Masashi Ebisawa, Itoshi Nikaido, Yasushi Sako, Mariko Okada

2021年7月13日
Single-oocyte transcriptome analysis reveals aging-associated effects influenced by life stage and calorie restriction.

Tappei Mishina, Namine Tabata, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mana Umeda, Masashi Mori, Yayoi Ikawa, Hiroshi Hamada, Itoshi Nikaido, Tomoya S Kitajima

Aging cell e13428 2021年7月10日査読有り
Tracing the origin of hair follicle stem cells.

Ritsuko Morita, Noriko Sanzen, Hiroko Sasaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Takaya Abe, Hiroshi Kiyonari, Yasuhide Furuta, Itoshi Nikaido, Hironobu Fujiwara

Nature 594(7864) 547-552 2021年6月査読有り
The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression.

Hiroki Michida, Hiroaki Imoto, Hisaaki Shinohara, Noriko Yumoto, Masahide Seki, Mana Umeda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido, Takeya Kasukawa, Yutaka Suzuki, Mariko Okada-Hatakeyama

Cell reports 31(9) 107724-107724 2020年6月2日査読有り
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells.

Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Zhe Liu, Takashi Yamamoto, Tadashi Okamura, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura, Itoshi Nikaido

Science advances 6(25) eaaz6699 2020年6月査読有り
Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects

Elisabetta Mereu, Atefeh Lafzi, Catia Moutinho, Christoph Ziegenhain, Davis J. McCarthy, Adrián Álvarez-Varela, Eduard Batlle, Sagar, Dominic Grün, Julia K. Lau, Stéphane C. Boutet, Chad Sanada, Aik Ooi, Robert C. Jones, Kelly Kaihara, Chris Brampton, Yasha Talaga, Yohei Sasagawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Caroline Braeuning, Cornelius Fischer, Sascha Sauer, Timo Trefzer, Christian Conrad, Xian Adiconis, Lan T. Nguyen, Aviv Regev, Joshua Z. Levin, Swati Parekh, Aleksandar Janjic, Lucas E. Wange, Johannes W. Bagnoli, Wolfgang Enard, Marta Gut, Rickard Sandberg, Itoshi Nikaido, Ivo Gut, Oliver Stegle, Holger Heyn

Nature Biotechnology 2020年4月6日査読有り
The pharyngeal nervous system orchestrates feeding behavior in planarians

Mai Miyamoto, Miki Hattori, Kazutaka Hosoda, Mika Sawamoto, Minako Motoishi, Tetsutaro Hayashi, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono

Science Advances 2020年4月査読有り
Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets

Haruka Ozaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Itoshi Nikaido

BMC Genomics 21(1) 2020年3月査読有り
Cell type-specific transcriptome analysis unveils secreted signaling molecule genes expressed in apical epithelial cap during appendage regeneration.

Okumura A, Hayashi T, Ebisawa M, Yoshimura M, Sasagawa Y, Nikaido I, Umesono Y, Mochii M

Development, growth & differentiation 61(9) 447-456 2019年12月査読有り
A NMF based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq

Hirotaka Matsumoto, Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Koki Tsuyuzaki, Mana Umeda, Tsuyoshi Iida, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano, Itoshi Nikaido

NAR Genomics and Bioinformatics 2(1) lqz020 2019年12月査読有り
Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs

Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno, Itoshi Nikaido

Nature Communications 9(1) 2018年12月1日査読有り
Polysaccharide hydrolase of the hadal zone amphipods Hirondellea gigas.

Kobayashi H, Nagahama T, Arai W, Sasagawa Y, Umeda M, Hayashi T, Nikaido I, Watanabe H, Oguri K, Kitazato H, Fujioka K, Kido Y, Takami H

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 82(7) 1123-1133 2018年4月査読有り
Quartz-Seq2: A high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads

Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki, Itoshi Nikaido

Genome Biology 19(1) 2018年3月9日査読有り
Chromatin remodeler CHD7 regulates the stem cell identity of human neural progenitors

Muhchyi Chai, Tsukasa Sanosaka, Hironobu Okuno, Zhi Zhou, Ikuko Koya, Satoe Banno, Tomoko Andoh-Noda, Yoshikuni Tabata, Rieko Shimamura, Tetsutaro Hayashi, Masashi Ebisawa, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Hideyuki Okano, Jun Kohyama

Genes and Development 32(2) 165-180 2018年1月15日査読有り
SCODE: an efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation

Hirotaka Matsumoto, Hisanori Kiryu, Chikara Furusawa, Minoru S. H. Ko, Shigeru B. H. Ko, Norio Gouda, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido

BIOINFORMATICS 33(15) 2314-2321 2017年8月査読有り
Erratum to: Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity.

Sasagawa Y, Nikaido I, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T, Ueda HR

Genome biology 18(1) 9 2017年1月査読有り
Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity (vol 14, R31, 2013)

Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Tetsutaro Hayashi, Hiroki Danno, Kenichiro D. Uno, Takeshi Imai, Hiroki R. Ueda

GENOME BIOLOGY 18 2017年1月査読有り

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MISC

1細胞RNA解析で世界最高成績－国際的な性能比較研究で証明－

笹川洋平, 田中かおり, 林哲太郎, 二階堂愛

2020年4月7日
生化学・分子生物学 1細胞RNAシーケンス法における遺伝子全長被覆度と網羅度の役割

林哲太郎, 二階堂愛

医学のあゆみ 270(3) 258-260 2019年7月
Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods

Yohei Sasagawa, Tetsutaro Hayashi, Itoshi Nikaido

Advances in Experimental Medicine and Biology 1129 1-17 2019年4月招待有り
JAPANESE AUTHOR シングルセル解析の新たな計測技術を開発

二階堂愛, 林哲太郎, 尾崎遼, 梅田茉奈

Natureダイジェスト 15(5) 22-25 2018年5月
「フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際

林哲太郎, 二階堂愛

実験医学別冊「新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる！」 275-283 2016年招待有り
１細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術-１細胞遺伝子発現解析の観点から

林哲太郎, 二階堂愛

実験医学別冊「新版フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる！」 267-274 2016年招待有り
Plabrain DB

阿形清和, 西村周泰, 西村理, 林哲太郎, 樽井寛

文部科学省委託研究開発事業統合データベースプロジェクト「生命科学系データベースアーカイブ」 2010年
CULTURE AND CELLULAR CHARACTERIZATION OF PLANARIAN STEM CELL(Developmental Biology)(Proceedings of the Seventy-Third Annual Meeting of the Zoological Society of Japan) :

Asami Maki, Hayashi Tetsutaro, Agata Kiyokazu

Zoological science 19(12) 1455-1455 2002年
幹細胞研究の最前線と再生医療への応用発生・分化メカニズムの解明,そして臨床へ第2章再生医学・再生医療の現状と可能性 1 モデル生物 3 プラナリアにおける再生研究プラナリア幹細胞に迫る

浅見真紀, 中塚剛史, 林哲太郎, 阿形清和

実験医学 19(15) 2001年

書籍等出版物

新世代フローサイトメトリー活用スタンダード : 生物学・医学・創薬研究で定量・多色解析を活かす! : 基本原理の理解と実践プロトコール

芳村美佳, 林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:機械学習を用いたFCMデータ解析〜次元圧縮手法の原理と事例)

羊土社 2021年12月 (ISBN: 9784758122542)
フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! : マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない!

林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:フローサイトメーターを用いた１細胞遺伝子発現解析の実際)

羊土社 2016年9月 (ISBN: 9784758101967)
フローサイトメトリーもっと幅広く使いこなせる! : マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない!

林哲太郎, 二階堂愛 (担当:分担執筆, 範囲:１細胞採取法としてのフローサイトメトリーと関連技術１細胞遺伝子発現解析の観点から)

羊土社 2016年9月 (ISBN: 9784758101967)

共同研究・競争的資金等の研究課題

１細胞解像度を有したプラナリア全RNAアトラスの創出

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2019年6月 - 2024年3月

林哲太郎

産業財産権

特許6583796 核酸の増幅方法

林哲太郎, 笹川洋平, 二階堂愛

その他

Nature ダイジェスト

2018年5月 - 2018年5月

｢シングルセル解析の新たな計測技術を開発｣ Nature ダイジェスト Vol. 15 No. 5 | doi : 10.1038/ndigest.2018.180522
理化学研究所 / 日本医療研究開発機構プレスリリース

2018年2月 - 2018年2月

｢1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測｣－1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発に成功－ http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/
理化学研究所神戸研究所プレスリリース

2012年2月 - 2012年2月

プラナリアの尾の再生に重要な働きをする遺伝子を発見 http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/12/120209_planaria.html

林哲太郎

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論文

MISC

書籍等出版物

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

その他

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