劉祐誠 (Yu-Chen Liu) - マイポータル

基本情報

所属: 公益財団法人放射線影響研究所分子生物学部副主任研究員(任期付き)
: 大阪大学免疫学フロンティア研究センター招へい教員

研究者番号: 50894698
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2750-0182
J-GLOBAL ID: 202001007782273885
researchmap会員ID: R000008599

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

経歴

2025年8月 - 現在

公益財団法人放射線影響研究所, 分子生物学部, 副主任研究員(任期付き)
2023年4月 - 2025年7月

大阪大学免疫学フロンティア研究センター, 特任助教（常勤）
2020年4月 - 2023年4月

大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任研究員
2018年12月 - 2020年7月

KOTAIバイオテクノロジーズ株式会社
2017年5月 - 2018年8月

カリフォルニア大学サンディエゴ校
2016年10月 - 2017年5月

國立交通大學, 生物資訊及系統生物研究所

学歴

2013年2月 - 2016年10月

國立交通大学, 生物資訊及系統生物研究所
2009年2月 - 2012年8月

カリフォルニア大学サンディエゴ校, 生物工学, 生物信息学

論文

Host control of persistent Epstein–Barr virus infection

Axel Schmidt, T. Madhusankha Alawathurage, Friederike S. David, Yosuke Ogawa, Leonard Frach, Sylvia Richter, Merle Schaefer, Carina M. Mathey, Sabrina K. Henne, Genta Nagao …

Nature 2026年2月19日査読有り
Single-cell transcriptome analysis reveals the association between ketone body synthesis and morphogenic profile of intestinal epithelia in neonatal mice

Kyoko Matsuki, Taiki Sakaguchi, Mari Murakami, Ryu Okumura, Hisako Kayama, Maika Yamashita, Yu-Chen Liu, Daisuke Okuzaki, Keita Takayama, Masafumi Kamiyama …

Mucosal Immunology 2025年12月査読有り
Single-cell RNA sequencing analysis identified GARP-expressing myeloid cells that deteriorate post-infarct myocardial remodeling

Masashi Tomimatsu, Masanori Obana, Shota Tanaka, Ryota Kajiura, Ryoko Nagano, Kotaro Matsumoto, Kosei Yokota, Shunsuke Kominami, Taro Ito, Shota Suzuki …

American Journal of Physiology-Heart and Circulatory Physiology 2025年11月20日査読有り
Neutrophil gene expression in COVID-19 patients with acute respiratory distress syndrome

Hiroshi Ito, Masakazu Ishikawa, Jumpei Yoshimura, Yuchen Liu, Shuhei Sakakibara, Fuminori Sugihara, Hisatake Matsumoto, Haruhiko Hirata, Hiroshi Ogura, Jun Oda …

Frontiers in Immunology 16 2025年11月6日査読有り
Mapping NK cell diversity in response to COVID-19 and mRNA vaccination

Yosuke Kishi, Yu-Chen Liu, Masakazu Ishikawa, Maika Yamashita, Hisatake Matsumoto, Hiroshi Ogura, Shuhei Sakakibara, Daisuke Okuzaki

Scientific Reports 15(1) 2025年10月28日査読有り
Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution

Ryuya Edahiro, Go Sato, Tatsuhiko Naito, Yuya Shirai, Ryunosuke Saiki, Kyuto Sonehara, Yoshihiko Tomofuji, Kenichi Yamamoto, Shinichi Namba, Noah Sasa …

Nature Genetics 2025年7月28日査読有り
Reprogramming Dysfunctional Dendritic Cells by a Versatile Catalytic Dual Oxide Antigen-Captured Nanosponge for Remotely Enhancing Lung Metastasis Immunotherapy

Min-Ren Chiang, Chin-Wei Hsu, Wan-Chi Pan, Ngoc-Tri Tran, Yu-Sheng Lee, Wen-Hsuan Chiang, Yu-Chen Liu, Ya-Wen Chen, Shih-Hwa Chiou, Shang-Hsiu Hu

ACS Nano 2024年12月31日査読有り
A Self‐Cascading Catalytic Therapy and Antigen Capture Scaffold‐Mediated T Cells Augments for Postoperative Brain Immunotherapy

Bhanu Nirosha Yalamandala, Thrinayan Moorthy, Zhuo‐Hao Liu, Thi My Hue Huynh, Hoi Man Iao, Wan‐Chi Pan, Kang‐Li Wang, Chi‐Shiun Chiang, Wen‐Hsuan Chiang, Lun‐De Liao …

Small 2024年12月15日査読有り
Clonal landscape of autoantibody-secreting plasmablasts in COVID-19 patients

Shuhei Sakakibara, Yu-Chen Liu, Masakazu Ishikawa, Ryuya Edahiro, Yuya Shirai, Soichiro Haruna, Marwa Ali El Hussien, Zichang Xu, Songling Li, Yuta Yamaguchi …

Life Science Alliance 2024年12月査読有り筆頭著者
Tau accumulation induces microglial state alterations in Alzheimer’s disease model mice

Kenichi Nagata, Shoko Hashimoto, Daisuke Joho, Ryo Fujioka, Yukio Matsuba, Misaki Sekiguchi, Naomi Mihira, Daisuke Motooka, Yu-Chen Liu, Daisuke Okuzaki …

eneuro ENEURO.0260-24.2024 2024年11月26日査読有り
Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring

Sang-Eun Kim, Ryota Noda, Yu-Chen Liu, Yukari Nakajima, Shoichiro Kameoka, Daisuke Motooka, Seiya Mizuno, Satoru Takahashi, Kento Takaya, Takehiko Murase …

EMBO Reports 2024年11月18日査読有り
Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination

Yu-Chen Liu, Masakazu Ishikawa, Shuhei Sakakibara, Mohamad Al Kadi, Daisuke Motooka, Yoko Naito, Shingo Ito, Yuko Imamura, Hisatake Matsumoto, Fuminori Sugihara …

Gene 2024年9月査読有り筆頭著者
Programmed Lung Metastasis Immunotherapy via Cascade‐Responsive Cell Membrane‐Mimetic Copolymer‐Wrapped Nanoraspberry‐Mediated Elesclomol‐Copper Delivery

Thi My Hue Huynh, Van‐Sieu Luc, Min‐Ren Chiang, Wei‐Han Weng, Chien‐Wen Chang, Wen‐Hsuan Chiang, Yu‐Chen Liu, Chun‐Yu Chuang, Chia‐Chih Chang, Shang‐Hsiu Hu

Advanced Functional Materials 2024年5月28日査読有り
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation

Yu Miyamoto, Junichi Kikuta, Takahiro Matsui, Tetsuo Hasegawa, Kentaro Fujii, Daisuke Okuzaki, Yu-chen Liu, Takuya Yoshioka, Shigeto Seno, Daisuke Motooka …

Nature 2024年5月23日査読有り
シングルセル情報とゲノム情報の統合解析によるCOVID-19重症化メカニズムの解明

枝廣龍哉, 白井雄也, 竹島雄介, 榊原修平, 山口勇太, 村上輝明, 森田貴義, 加藤保宏, Liu Yu-Chen, 元岡大祐 …

日本呼吸器学会誌 13(増刊) 166-166 2024年3月査読有り
Lung metastasis-Harnessed in-Situ adherent porous organic nanosponge-mediated antigen capture for A self-cascaded detained dendritic cells and T cell infiltration

Ting-Hsien Wu, Yu-Jen Lu, Min-Ren Chiang, Pin-Hua Chen, Yu-Sheng Lee, Ming-Yin Shen, Wen-Hsuan Chiang, Yu-Chen Liu, Chun-Yu Chuang, Hsiao-Chun Amy Lin …

Biomaterials 305 122443-122443 2024年3月査読有り
Impact of ACSL4 on the prognosis of hepatocellular carcinoma: Association with cancer‐associated fibroblasts and the tumour immune microenvironment

Katsuya Toshida, Shinji Itoh, Norifumi Iseda, Takahiro Tomiyama, Shohei Yoshiya, Takeo Toshima, Yu‐Chen Liu, Takeshi Iwasaki, Daisuke Okuzaki, Koji Taniguchi …

Liver International 44(4) 1011-1023 2024年1月31日査読有り
Single-cell transcriptomics of human cholesteatoma identifies an activin A-producing osteoclastogenic fibroblast subset inducing bone destruction

Kotaro Shimizu, Junichi Kikuta, Yumi Ohta, Yutaka Uchida, Yu Miyamoto, Akito Morimoto, Shinya Yari, Takashi Sato, Takefumi Kamakura, Kazuo Oshima …

Nature Communications 14(1) 2023年8月3日査読有り
Programmed T cells infiltration into lung metastases with harnessing dendritic cells in cancer immunotherapies by catalytic antigen-capture sponges

Min-Ren Chiang, Wei-Ting Shen, Pin-Xuan Huang, Kang-Li Wang, Wei-Han Weng, Chien-Wen Chang, Wen-Hsuan Chiang, Yu-Chen Liu, Shing-Jyh Chang, Shang-Hsiu Hu

Journal of Controlled Release 360 260-273 2023年8月査読有り
Programmed antigen capture-harnessed dendritic cells by margination-hitchhiking lung delivery

Thi My Hue Huynh, Bhanu Nirosha Yalamandala, Min-Ren Chiang, Wei-Han Weng, Chien-Wen Chang, Wen-Hsuan Chiang, Lun-De Liao, Yu-Chen Liu, Shang-Hsiu Hu

Journal of Controlled Release 358 718-728 2023年6月査読有り

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MISC

サルモネラ感染マウス脾臓組織のFixed RNA Profilingによる単一細胞解析

奥崎大介, 劉祐誠, 石川昌和, AL KADI Mohamad, 山下舞花, 日吉大貴, 児玉年央

長崎大学熱帯医学研究拠点共同研究報告集 2023 2024年
COVID-19における自己抗体のクローン拡大と体細胞変異による多様性獲得

榊原修平, 榊原修平, 劉祐誠, 石川昌和, 石川昌和, 枝廣龍哉, 枝廣龍哉, 枝廣龍哉, 白井雄也, 白井雄也 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
RNA解析を用いたCOVID-19によるARDSの病態解明

伊藤弘, 石川昌和, 吉村旬平, 劉祐誠, 松本寿健, 杉原文徳, 榊原修平, 奥崎大介, 平田陽彦, 小倉裕司 …

日本集中治療医学会雑誌 30(Suppl.1) S586-S586 2023年6月
COVID-19の再燃と同時期にCD4+T細胞認識からの逃避変異を認めた液性免疫不全者におけるSARS-CoV-2の持続感染例

森田諒, 森田諒, 纐纈律子, LU Xiuyuan, 佐々木正大, 中山英美, LIU Yu-chen, 奥崎大介, 元岡大祐, WING James Badger …

日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 70th 2023年
空間的トランスクリプトーム解析を用いた炎症関連瘢痕形成遺伝子の同定及び機能解析

森亮一, 金湘殷, Liu Yu-Chen, 亀岡章一郎, 福田茉莉, 元岡大祐, 奥崎大介, 下川功

日本病理学会会誌 111(1) 215-215 2022年3月
重症COVID-19患者由来好中球のSingle cell RNA-seq

石川昌和, 伊藤弘, LIU Yu-Chen, 吉村旬平, 榊原修平, 小倉裕司, 織田順, 松本寿健, 奥崎大介

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年

書籍等出版物

メディカル・サイエンス・ダイジェスト・遺伝統計学の最前線

石川昌和, 劉祐誠, 奥﨑大介 (担当:分担執筆, 範囲:シングルセルレベルのマルチオミックス解析)

ニュー・サイエンス社

講演・口頭発表等

Full-length nanopore sequencing of circular RNA landscape in peripheral blood cells following sequential BNT162b2 mRNA vaccination

第53回日本免疫学会学術集会 2024年12月3日
A Graph Based Method of Pattern Mining for Spatial Transcriptome Data

Ayaka Mae, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Yu-Chen Liu, Sangeun Kim, Daisuke Okuzaki, Ryoichi Mori, Hideo Matsuda

Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2023 2023年10月23日
Shift in circular RNA landscape in blood cells upon consecutive BNT162b2 mRNA vaccination as assessed through nanopore sequencing

チーム阪大リトリート2023 2023年6月19日
シングルセル解析データの課題と未来

劉祐誠

千里ライフサイエンス技術講習会G71「シングルセル解析に関する技術講習」 2023年5月31日
シングルセル解析のトレンドや今度について

劉祐誠

千里ライフサイエンス振興財団の技術講習会G71 シングルセル解析に関する技術講習 2022年5月31日
シングルセル解析セミナー =爆発的に使用されるようになったシングルセル解析と、その経験から見える現実=

奥﨑大介, 石川昌和, 劉祐誠

情報機構オンラインセミナー 2021年7月27日
Reconstruction of immune phenotype from demultiplexed single cell transcriptome

Liu, Yu-Chen

Emerging Technologies in Single Cell Research (Virtual edition) 2020年11月20日
Ouroboros Resembling Competitive Endoge-nous Loop (ORCEL) in circular RNAs revealed through transcriptome sequencing dataset analysis

Yu-Chen Liu, Hsiao-Chin Hong, Chi-Dung Yang, Wei-Hsiang Lee, Hsin-Tzu Huang, Hsien-Da Huang

APBC2018 (The Sixteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference) 2018年
Plant miRNAs found in human circulating sys-tem provide evidences of cross kingdom RNAi

Yu-Chen Liu,Hsien-Da Huang

APBC2017 (Asia Pacific Bioinformatics Conference 2017) 2017年
Biclustering of human tissue-specific circular RNAs reveals potential circRNA biomarkers

Yu-Chen Liu, Yu-Jung Chiu, Jian-Rong Li, Chuan-Hu Sun, Chun-Chi Liu, Hsien-Da Huang

InCoB 2017: The 16th International Conference on Bioinformatics
Transcriptome Sequencing Based Annotation and Homologous Evidence Based Scaffolding of Anguilla Japonica Draft Genome

Yu-Chen Liu, Hsien-Da Huang

APBC 2016 (The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference) 2016年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

心臓前駆細胞の発生を制御するエピジェネティック因子と転写因子のクロストーク

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

白井学, 奥崎大介, 劉祐誠, 若林真樹, 笹井紀明

劉祐誠

基本情報

研究分野

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学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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